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Expasy数据库与基因数据库交联比对法初步分析SELDI蛋白质荷峰
目的 探索确定SELDI识别出的蛋白质荷峰性质的方法.方法 应用基因数据库与Expasy等蛋白数据库交联比对分析方法来初步分析SELDI得到系统性红斑狼疮淋巴细胞候选质荷峰的蛋白性质.结果 应用基因数据库与Expasy等蛋白数据库交联比对分析方法可以初步明确SELDI法建立的蛋白质荷峰的蛋白可能属性的较小范围,为进一步确定蛋白质荷峰的性质提供更加明确的方向,为进一步研究打下基础,该方法有待进一步完善与验证.
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SELDI蛋白质芯片筛选差异蛋白分子的二级鉴定
目的 探讨以SELDI蛋白质芯片筛选后的细胞差异表达蛋白的分离和鉴定方法及其意义.方法 以经体外培养及10 μmol/L褪黑素药物干预的内皮祖细胞差异表达蛋白质为研究对象,分别采用Tricine-SDS-PAGE和双向凝胶电泳方法进行差异蛋白分离及结果比较,以FT-MS二级质谱鉴定.结果 经Tricine-SDS-PAGE分离后,选取分子量为53 ku左右的趋势性差异表达蛋白进行FT-MS分析,质谱鉴定为微管蛋白-α3(吻合度评分为87).经双向凝胶电泳分离后,于凝胶近酸性端、分子质量在72 ～95 ku之间区域,选取蛋白表达量较高的一点,质谱鉴定其为人热休克蛋白90-α(吻合度评分为91).结论 Tricine-SDS-PAGE对于大致35～62 ku范围的蛋白分离较清晰、重复性好且样品用量少,2-DE对低上样量有较严格要求,但它能提供分子质量、等电点双重参数来更准确定位所感兴趣蛋白点,且对大分子质量蛋白的分离效果更佳,经质谱鉴定结果理想.
关键词： SELDI Tricine-SDS-PAGE 双向凝胶电泳 质谱 -
SELDI技术在评估慢性病患者焦虑情绪中的应用
目的 探讨慢性症患者焦虑的发生情况及在焦虑状态下其血清焦虑蛋白质指纹图谱的变化规律.方法 采用自身对照研究方法随机选取慢性症患者30例,于住院当天进行焦虑自评量表(SAS)评估,次日抽静脉血行蛋白质飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)检测；根据SAS和SELDI结果进行4周心理干预,比较干预前后SAS评分和焦虑蛋白质指纹图谱变化.结果 30例慢性病患者干预前SAS评分为(47.30±5.541)分,心理干预后SAS评分降为(33.73±7.887)分,差异有统计学意义(t=7.709,P＜0.01)；干预前SELDI检测焦虑蛋白阳性率50.0％,干预后无一例阳性,干预前后蛋白质指纹图谱比较差异有统计学意义(x2 =20.00,P＜0.01)；慢性病患者血清蛋白质指纹图谱:在慢性病患者SAS评分结果显示无焦虑时血清中无蛋白质指纹图谱出现,在质荷比(M/Z)15 000 +H～16800 +H之间无任何峰簇出现,丰度＜5％,焦虑相关蛋白指纹(-)；焦虑时血清中捕获到蛋白质指纹图谱,在质荷比(M/Z)15 000+H～16 800+H之间出现一组单峰或双峰质谱峰簇(cluster),丰度≥5％,焦虑相关蛋白指纹(+)；无焦虑时部分血清中仍然会捕获到蛋白质指纹图谱,在质荷比(M/Z)15 000 +H～16 800+H之间出现一组单峰或双峰质谱峰簇(cluster),丰度≥5％,焦虑相关蛋白指纹(+).结论 慢性病患者焦虑的发生率相对较高,在用SELDI技术获取的蛋白质指纹图谱上,在质荷比(M/Z) 15 000 +H～16 800 +H之间出现一组单峰或双峰质谱峰簇(cluster),其大丰度≥20％,小丰度≥5％,其上游与下游之间内无任何质谱峰簇出现,经心理干预或疏导后该质谱峰簇消失.
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SELDI蛋白质芯片技术及其在肿瘤学中的应用
随着人类基因组工作草图公布,标志着基因框架已经绘就,生命科学的重点也由基因组学转移到蛋白质组学的研究上来[1].数万个基因负载着大量生命信息,而这些核苷酸序列并不能完全决定基因的功能.蛋白质是基因指导合成的终产物,它可以直接反映基因给予的信息,后基因组时代便接踵而来.以蛋白质作为研究对象,对整体细胞及变异细胞功能进行分析,从而可以寻找疾病的特异性标志物;并可以通过寻找终末点的方法来对化学制剂和药物毒副作用进行评估[2].要完成这些繁杂的工作,需要高效、快速、准确的技术支持,SELDI蛋白质芯片技术便应运而生,为研究蛋白质的结构、属性、功能提供了可靠的技术平台.我们就SELDI蛋白质芯片技术及其在医学领域的研究状况做一综述.
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蛋白芯片技术对甲胎蛋白阴性肝癌诊断的意义
目的 探讨表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(简称SELDI)技术在甲胎蛋白(AFP)阴性肝癌患者中的诊断价值.方法 应用美国Ciphergen公司SELDI仪和CM10芯片检测57例血清AFP阴性(<20 μg/L)肝癌患者和55例健康对照外周血清.采用Biomarker Wizard软件分析,筛选出特征性的蛋白峰,结合临床病理资料分析该蛋白峰的诊断价值.结果 筛选出的特异蛋白峰质荷比为4.2×103、4.1×103、6.7×103、5.7×103、6.5×103、6.9×103、5.8×103,利用差异蛋白峰对17例AFP阴性的肝癌患者和13例健康对照进行盲筛,其灵敏度和特异度分别为88.23%和92.31%.筛选出的特异蛋白峰与患者年龄、性别、肿瘤大小以及是否合并肝硬化等临床资料无关.结论 应用SELDI技术筛选肝癌患者血清特异性肿瘤标志物的方法快速、有效,对血清AFP阴性患者的正确诊断有较大的辅助作用.
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蛋白质芯片技术在妊娠期高血压疾病早期诊断中的应用
目的:探讨蛋白质芯片技术在妊娠期高血压疾病早期诊断中的应用效果.方法:选取2008年4月~2008年10月经我院妇产科确诊的妊娠期高血压疾病患者16例(实验组)和同期正常孕妇16例(对照组),采用蛋白质芯片(SELDI)技术,比较两组血清差异蛋白质相对含量和血清蛋白质谱图差异.结果:在质荷比2000~20000D范围内,妊娠期高血压患者中(3189.885、3268.658、6516.054、13817.78)质荷比相对含量(11.36±3.93、16.42±4.65、6.15±0.41、9.52±0.82)明显高于正常分娩孕妇(1.91±0.48、4.68±0.81、2.71±1.23、3.76±1.4),两组经统计学处理差异有显著性(P<0.05).结论:(3189.885、3268.658、6516.054、13817.78)可能成为妊娠高血压疾病早期筛查的血清标志物.
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SELDI-TOF-MS检测正常肾细胞株与肾癌细胞株的差异表达蛋白
目的 分析体外培养的正常肾细胞株和肾癌细胞株的蛋白质表达差异.方法 运用表面增强激光解吸离子化蛋白质芯片(SELDI-TOF-MS)技术检测常规体外培养的正常肾细胞株(HK-2)和肾癌细胞株(786-0).2种细胞株均用IMAC3(固定金属亲和)和WCX2(弱阳离子交换)2种芯片检测.采用PBSIIC型蛋白质芯片阅读机读取数据,Ciphergen proteinchip3.1软件采集数据,Biomarker Wizard软件分析2种细胞株的蛋白差异.结果 SELDI-TOF-MS技术检测发现体外培养的肾癌细胞株与正常肾细胞株的蛋白质存在差异表达,共有15个蛋白质水平发生变化.IMAC3芯片发现差异峰6个,WCX2芯片发现差异峰9个.结论 肾癌细胞株与正常肾细胞株之间的蛋白质谱有差异蛋白表达.
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SELDI技术筛选吉非替尼治疗非小细胞肺癌优势患者的相关性研究:耐药指纹峰簇与疗效的比较分析
目的:探索蛋白质指纹图谱峰型与吉非替尼治疗非小细胞肺癌(NSCLC)疗效相关性.方法:选择36名NSCLC患者,服用吉非替尼治疗前行SELDI(surface-enhaceed laser desorption/ionization,表面增强激光解析离子飞行时间质谱技术)检查,吉非替尼治疗时间达1个月以上,根据实体瘤疗效评价标准分成:有效组(CR+PR)、稳定(SD)、无效组(PD).采用ProteinChip 3.2.0软件和Biomarker Wizard 3.1软件分析每个患者的质谱图(指纹图),对图谱中指纹峰型与吉非替尼治疗NSCLC疗效相关性进行分析.结果:①经SELDI检测.在M/Z 8 400H+～8 900H+范围内形成明显峰簇.其中M/Z:(8 690±30)H+的丰度>30%,同时在M/Z 13 000～14 000范围内形成M/Z:(13 754±50)H+和(13 900+50)H+两个峰簇组成的明显峰簇,并且M/Z(6 887±30)H+是较明显上调标志.可视为预测吉非替尼治疗NSCLC无效标识,为判定不宜服用吉非替尼治疗NSCLC的界定标准.②经SELDI检测,在M/Z:8 400H+～8900H+范围内未形成明显峰簇.其中(8 693±50)H+的丰度<15%,同时,在M/Z:(6 887±30)H+处仅有指纹.可视为预测吉非替尼治疗有效指纹,为判断吉非替尼治疗NSCLC优势人群的界定指纹.结论:SELDI技术可以通过指纹描述来预测吉非替尼治疗NSCLC的疗效,判断服药优势人群和不宜服药人群.采用本方法可避免NSCLC患者盲目应用吉非替尼,可以使优势人群延长获益时间.
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恶性肿瘤患者病情缓解后与持续稳定时蛋白质指纹的比较分析
目的 比较分析恶性肿瘤患者病情缓解后与持续稳定时的蛋白质指纹.方法 选择109例恶性肿瘤患者,1年后对其进行随访,在随访前后,应用CM10弱阳离子芯片结合表面增强飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption / ionization time of flight mass spectrometry, SELDI-TOF-MS)技术对其血清各进行1次检测.其中95例患者在1年后随访时,病情稳定,体检、影像学及肿瘤标志物检查均未显示肿瘤生长迹象(A组).而另外14例患者在首次进行SELDI检测时,肿瘤标志物或影像学检查提示肿瘤生长,病情进展,并对其进行干预治疗(手术、放疗、化疗等),1年后随访时,患者病情达到稳定(B组).其中A组第1次检测结果设为A1组,末次检测结果设为A2组;B组第1次检测结果设为B1组,末次检测结果设为B2组.采用Protein Chip 3.2.0 和Biomarker Wizard 3.1 软件比较各组间有无差异指纹.结果 A1组-A2组:M/Z:2073、4116、2901表达上调,M/Z:3568表达下调;A1组-B2组:M/Z:18548、5335表达上调,M/Z:5315、2154表达下调;A2组-B2组:M/Z:4677、3242、5335、4629、9502、6104、18548、9336表达上调,M/Z:8604、5135、2154表达下调.结论 恶性肿瘤病情缓解的患者,与病情持续稳定的患者,在蛋白质水平仍有一定差异,其长期预后可能有所不同,仍需进行1年的随访,来明确其病情变化.
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SELDI技术在预测肿瘤化疗药物疗效中的应用
恶性肿瘤已成为世界人类死亡的主要原因。多年来人们不断探索有关恶性肿瘤的治疗方法，目前，化疗已经成为很多类恶性肿瘤的主要治疗方法。遗憾的是，虽然很多化疗药物已普遍应用于临床，但多数疗效不尽如人意。据很多研究表明，治疗失败的主要原因是肿瘤细胞对化疗药物耐药，而肿瘤细胞耐药与某些蛋白高表达有关。因此，耐药蛋白表达特征是判断恶性肿瘤化学治疗敏感性的一个极重要的指标。近年来，有很多关于利用SELDI技术筛选肿瘤化疗药物耐药蛋白的研究，这些研究证实了SELDI技术在预测肿瘤化疗药物疗效中的有效性。
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SELDI-TOF-MS技术在妇科恶性肿瘤早期诊断中的应用
表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)是近年出现的蛋白质研究新技术.其综合了蛋白芯片和质谱技术的优点,可通过蛋白表达图谱模式快速筛选肿瘤标志物,进行肿瘤的早期诊断.卵巢癌、宫颈癌及子宫内膜癌等研究资料显示,其敏感性和特异性均优于传统的肿瘤诊断方法,在妇科肿瘤早期诊断方面有巨大应用前景.
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应用SELDI技术筛选肺癌血清标志物的研究
究发现,两组间有8个差异蛋白(P＜0.05),用这些差异蛋白构建的诊断模型诊断肺癌敏感度为71.0%,特异度为62.1%,ROC曲线下面积为92.68%.结论:SELDI技术可以将肺癌患者、肺部良性病变患者和健康人正确区分,这对肺癌的筛查和早期诊断有重要意义.
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肝细胞性肝癌患者介入治疗前后血清蛋白质组的变化
目的 用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption-ionization timeof-flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片检测肝细胞性肝癌(简称肝癌)患者介入治疗前后血清蛋白质组的变化,初步探讨肝癌介入治疗的药物靶点.方法 应用SELDI-TOF-MS蛋白质芯片检测50例未经治疗的肝癌患者、50例介入治疗的肝癌患者,获得弱阳离子交换芯片(weak cationic exchanger)蛋白表达图谱,BioMarker Wizard软件分析差异蛋白.结果 未经治疗的肝癌患者和介入治疗的肝癌患者血清中检测到不同质荷比处有3个差异蛋白质峰,其蛋白质含量差异有统计学意义(P＜0.05).数据库搜索这3个蛋白质峰,得到3种与之分子量为接近的蛋白质.结论 应用SELDI-TOF-MS筛选肝癌患者介入治疗的药物靶点快速、有效,检测到的3个差异蛋白质可能是肝癌患者介入治疗的药物靶点.
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恶性肿瘤患者LGT指纹阴转阳的对比分析
目的:分析恶性肿瘤危重病人预警蛋白(LGT-Lost Goodwill Target)指纹由阴性向阳性转变后是否出现有意义的差异指纹.方法:应用CM10弱阳离子芯片结合表面增强飞行时间质谱(Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight MassSpectrometry,SELDI-TOF-MS)技术检测21例恶性肿瘤患者(分析组)LGT指纹由阴性向阳性变异前后的血清蛋白质指纹谱,以质/核比(M/Z):11100+H～11900+H,出现丰度>10%峰簇(cluster),视为LGT阳性,反之为阴性.另选择12例肿瘤患者各1份血清样本,间隔一周检测一次,再选择5例肿瘤患者取连续两天血清标本各1份进行检测,以此作为影响因素对照组.去除与对照组相同差异指纹后,比较LGT阳性向阴性转变后差异蛋白质组指纹有无显著性.结果:分析组中恶性肿瘤患者LGT指纹由阴性向阳性变异时,有18个蛋白质指纹差异有统计学意义(P<0.05),对照组中有差异指纹44个,其中M/Z为1005、1008的指纹与分析组相同,将之剔除后,剩余了16个有统计学意义的差异蛋白质指纹,其中上调指纹的m/z(质/核比)值分别为6626、2889、6429、8866、3452、1259、3052、3699、8531、757、1146和8765.下调指纹的m/z值分别为17650、7979、778和1006.结论:SEL-DI-TOF-MS技术检测恶性肿瘤患者血清捕获的m/z:6626、2889、6429、8866、3452、1259、3052、3699、8531、757、1146和8765蛋白质指纹呈上调趋势,m/z:17650、7979、778和1006蛋白质指纹呈下调趋势,可视为恶性肿瘤LGT指纹阴转阳的差异蛋白质.
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恶性肿瘤患者病情恶化前后与持续稳定时蛋白质指纹的比较分析
目的:比较分析恶性肿瘤患者病情恶化前后与持续稳定时的蛋白质指纹.方法:选择应用CM10弱阳离子芯片结合表面增强飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术检测的107例经手术治疗,且LGT指纹(指血清中出现质核比(M/Z):11000+H～12000+H的蛋白质指纹,设定为LGT阳性指纹,反之为阴性)在手术前为阴性的恶性肿瘤患者,随访1年,根据随访后LGT指纹仍为阴性组(95人)A组,和由阴性转变为阳性组(12人)B组.其中A组第1次检测结果设为A1组,第2次检测结果设为A2组;B组第1次检测结果设为B1组,第2次检测结果设为B2组.采用Protein Chip 3.2.0和Biomarker Wizard 3.1软件比较各组间有无差异指纹.结果:A1组-A2组:M/Z:2073、4116、2901、1558、4052、2048、1401、1298、1509、2888指纹上调,M/Z:3568、10050、2600、4629、9287、14822指纹下调;A1组-B1组:M/Z:8972、8460及8767指纹上调,M/Z:3192、3155、4326、4281、4381、3304、5448及2942指纹下调;A2组-B1组:M/Z:15851、15534、8460指纹上调,M/Z:3285、3304、3346、4178、3192、3266、951、5167、3930、4271、4052、4961、4259及2681指纹下调;B1组-B2组:M/Z:11648、11873、11489、11532及11405指纹上调,M/Z:8767指纹下调;A1组-B2组:M/Z:11618、11405、11648、11489、11532和11744指纹上调,无表达下调的指纹;A2组-B2组:M/Z:11489、11648、11405、11532、11318及11873指纹上调,无表达下调的指纹.结论:恶性肿瘤患者其LGT蛋白质指纹在疾病初期及持续稳定期均呈阴性时,LGT阳性表达是病情恶化的主要标识.本研究中,血清蛋白质指纹M/Z:8767上调和下调所表达的意义是不同的,尤其是在动态观察下,从有到消失及从无到出现,代表病情演变的两个不同结果,其意义仍需进一步研究证实.M/Z:8460蛋白质指纹表达上调,M/Z:3192、3304表达下调,可视为预示日后病情发生进展的蛋白质指纹.
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开唇兰属植物的种间蛋白质组差异
目的:通过差异蛋白峰的比较和指纹图谱的对照,分析开唇兰属五种金线莲的种间蛋白质组差异,初步探索了这种差异在品种鉴定中的应用并推断出品种之间的亲疏关系.方法:采用SELDI-TOF-MS方法研究了开唇兰属五种金线莲的种间蛋白质组差异.结果:通过SELDI-TOF-MS方法对开唇兰属五种金线莲种间蛋白质组谱图进行的分析结果表明,属内种间存在蛋白质组差异和特征蛋白质峰,据此建立了属内五种植物的蛋白质组指纹图谱,并依据蛋白质组的差异推测了属内五种金线莲的亲疏关系.结论:依据SELDI-TOF-MS鉴定结果,找到了开唇兰属五个物种间的蛋白差异,并基于差异蛋白数据分析了品种遗传变异性,结果表明地域和气候会对品种的变异产生一定的影响.
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危重病人预警蛋白质组指纹与肿瘤患者生存关系的报告
目的:探讨危重病人预警蛋白质(lost goodwill target,LGT)多肽谱指纹的峰型和丰度对判断肿瘤患者病情发展及预后的意义.方法:对接受SELDI(Surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometer)技术检测的178名患者生存期与死亡时间进行调查,并根据SELDI检测所获得的指纹图中,以LGT指纹存在与否,分成无峰组、单峰组、双峰组、三峰和多峰组.采用多因素方差分析和COX风险回归模型分析的方法,比较四组中哪一种状态下死亡风险大.结果:恶性肿瘤患者经SELDI技术检测所获取的指纹图中,如果LGT呈阴性表达,死亡风险低于单、双峰组,远低于三峰和多峰组;LGT呈三峰和多峰表达,其死亡风险远高于单、双峰组,差异有统计学意义(P<0.05),死亡率极高.结论:采用SELDI技术检测肿瘤患者的血清,LGT出现三峰和多峰表达,提示肿瘤患者病情即将恶化,该指纹标识为LGT阳性指标;单、双峰者为疑似指标;LGT指纹阴性表达,肿瘤患者近期预后良好,死亡风险极小.
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恶性肿瘤患者LGT指纹转阴前后的对比研究
目的:分析恶性肿瘤患者危重病人预警蛋白(Lost Goodwill Target,LGT)指纹由阳性向阴性转变后是否出现有意义的差异指纹.方法:应用CM10弱阳离子芯片结合表面增强飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术检测10例恶性肿瘤患者(分析组)LGT指纹由阳性向阴性变异前后血清样本的蛋白质指纹谱,以质/核比(M/Z):11100+H～11900+H,出现丰度＞10%峰簇(cluster),视为LGT阳性,反之为阴性.另选择12例肿瘤患者,各取1份血清样本,间隔1wk检测1次,再选择5例肿瘤患者连续两天血清标本各1份,以此作为影响因素对照组.去除与对照组相同差异指纹后,寻找LGT转阴后差异蛋白质组指纹.结果:分析组中恶性肿瘤患者LGT指纹由阳性向阴性变异时,有17个蛋白质指纹差异有统计学意义(P＜0.05),对照组中有差异指纹44个,其中M/Z为1007、1057的指纹与分析组相同,将之剔除后,剩余了15个有统计学意义的差异蛋白质指纹,其中上调指纹的m/z(质/核比)值分别为12262、6933、7964、8069、1171、915和1232.下调指纹的m/z值分别为2740、2818、4089、8828、2932、3191、3261和801.结论:SELDI-TOF-MS技术检测恶性肿瘤患者血清捕获的m/z:12262、6933、7964、8069、1171、915和1232蛋白质指纹呈上调趋势,m/z:2740、2818、4089、8828、2932、3191、3261和801蛋白质指纹呈下调趋势,可视为恶性肿瘤患者LGT指纹由阳性向阴性转变后伴随的相关蛋白质组指纹图谱.
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表面增强激光解吸离子化技术稳定性的分析
目的:表面增强激光解吸离子化(surface enhanced laser desorption/ionization,SELDI)技术的重复性和稳定性进行分析.方法:将17名患者分成A、B两组,A组12名肿瘤患者清晨空腹血,离心后分成两份:一份立即行SELDI技术检测,另一份-80℃保存一周后再行检测;B组5名肿瘤患者连续两天各采血一次,并于采血当天行SELDI技术检测.所捕获的指纹经Biomarker Wiz-ard3.1、ProteinChip 3.2和Biomarker Pattern软件分析有无差异指纹.结果:两种采样方法都发现了差异指纹,其中有部分差异指纹在两种采样方法的检测中都出现,所有差异指纹M/Z(质荷比)由731到1167.结论:SELDI技术的确存在有重复性差、系统不稳定因素,但都发生在M/Z小分子量位段,对大位段数据分析未发现有明显影响.
