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HIV/AIDS肺脾气虚证血清蛋白质组学的研究
目的:寻找艾滋病(HIV/AIDS)肺脾气虚证差异蛋白,从分子水平研究HIV/AIDS中医证候.方法:运用iTRAQ技术鉴定HIV/AIDS肺脾气虚证患者血清差异表达蛋白.结果:HIV/AIDS肺脾气虚证组与健康对照组进行比较,以比值改变≥1.15或≤0.87,P＜0.05为标准共鉴定出差异表达蛋白8个,其中3个蛋白表达上调,5个蛋白表达下调.结论:鉴定了HIV/AIDS肺脾气虚证差异表达蛋白,为中医证候的客观化和标准化研究提供了方法和依据.
关键词： 同位素标记相对和绝对定量技术 蛋白质组学 艾滋病 肺脾气虚证 -
益气健脾化瘀祛痰方对脾虚痰浊动脉粥样硬化巴马小型猪心脏线粒体蛋白质组的影响
目的:应用iTRAQ技术研究益气健脾化瘀祛痰方对脾虚痰浊动脉粥样硬化巴马小型猪心脏线粒体蛋白质组表达的影响.方法:9只巴马小型猪随机分为正常组、模型组和治疗组.模型组予高脂饲料喂饲,于第2周行冠脉球囊挤压伴拉伤,第6周进行跑步干预.治疗组予以益气健脾化瘀祛痰方混于饲料中饲喂.用药后分离提取心肌线粒体,ELISA法检测线粒体ATP含量,iTRAQ试剂标记后进行质谱检测并以软件分析差异表达的蛋白质,用Western blot方法验证部分差异蛋白.结果:与正常组比较,模型组心肌线粒体ATP含量明显降低(P＜0.01);与模型组比较,治疗组心肌线粒体ATP含量显著上调(P＜0.01).iTRAQ技术分析:与模型组比较,治疗组共有56个蛋白上调,24个蛋白下调.治疗组心肌组织中phosphoenolpyruvate carboxykinase,GTP-binding protein Di-Ras2,GTP-binding protein SAR1b,ATP synthase(ATP5E),Succinyl-CoA,ADP-ribosylation factor 3(ARF3),NADHdehydrogenase差异蛋白表达量显著上调,这些蛋白参与的生物过程与能量代谢尤其是三羧酸循环的过程密切相关.Western blot验证ATP5E及ARF3结果与蛋白质组所得相同蛋白的结果表达一致.结论:益气健脾化瘀祛痰方可能通过影响三羧酸循环相关酶及蛋白的表达,从而促进ATP的合成,达到其保护心脏的作用.
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阿茨海默病患者和正常老年人颞叶脑皮质的蛋白质组学分析
目的 分析正常老年人和阿尔茨海默病(Alzheirner disease,AD)患者颞叶脑皮质组织中的差异蛋白,为进一步研究AD发病机制奠定基础.方法 从解放军总医院老年医学研究所老年组织库中选取12例尸检的老年人颞叶脑皮质组织标本,其中正常老年脑组织6份和AD患者脑组织6份.应用同位素标记相对和绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)及二维液相色谱-串联质谱(two dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)方法,对两组颞叶脑组织进行蛋白质组学分析.结果 在两组的颞叶脑皮质组织中,经质谱鉴定共获得3071种蛋白质,其中差异蛋白质146种.与正常老年组相比,AD组中有62种蛋白质表达上调和84种蛋白质表达下调.通过蛋白生物信息分析,从146种差异蛋白中发现7种候选兴趣蛋白.结论 iTRAQ技术可快速、有效地筛选出多种与AD相关的差异蛋白,为研究AD疾病的预防或治疗靶点提供了基础性数据资料.
关键词： 阿尔茨海默病 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量技术 -
大鼠感觉、运动神经瓦勒氏变性前后蛋白分析
目的 通过同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术联合二维液相色谱-串联质谱(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术研究感觉、运动神经损伤7 d后蛋白表达差异.方法 成年雄性Wistar大鼠40只,体质量220~250 g,随机分为对照组和实验组,各20只.实验组大鼠脊髓横断,对照组不作处理.7 d后对两组大鼠脊神经前后根神经取材,运用iTRAQ技术标记(114标记正常运动神经;115标记损伤的运动神经;116标记正常的感觉神经;117标记代表损伤的感觉神经)并结合2D LC-MS/MS技术进行差异蛋白分析,并利用基因本体论和京都基因与基因组百科全书信号通路分析差异蛋白所在信号通路.结果 共鉴定出4312个蛋白:1)其中运动神经损伤后差异蛋白数量为637个,表达升高的有265个,表达降低的有372个;2)感觉神经损伤后差异蛋白数量为626个,表达升高的有258个,表达降低的有368个.结论 成功筛选出大鼠运动神经与感觉神经损伤前后的差异蛋白,可为周围神经再生研究提供支持.
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大鼠股神经肌支和隐神经损伤前后差异蛋白分析
目的 研究股神经肌支和隐神经纤维损伤7 d后二者蛋白表达的差异.方法 成年雌性SD大鼠20只,体质量220~250 g.将大鼠右侧股神经干横断,左侧作为对照组不作处理.7 d后分别对正常股神经肌支及隐神经、损伤股神经肌支及隐神经取材,运用同位素标记相对和绝对定量技术标记(114标记正常的股神经肌支;115标记损伤的股神经肌支;116标记正常的隐神经;117标记损伤的隐神经)并结合二维液相色谱-串联质谱技术进行差异蛋白分析.结果 共鉴定出3358个蛋白.其中损伤的股神经肌支与正常的股神经肌支相比差异蛋白293个,表达升高112个,表达降低181个;损伤的隐神经神经与正常的隐神经相比差异蛋白417个,表达升高184个,表达降低233个.结论 成功筛选出大鼠股神经运动神经纤维与感觉神经纤维损伤前后的差异蛋白,可为周围神经再生研究提供基础数据.
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应用iTRAQ技术筛选DNT与低级别胶质瘤差异表达蛋白
目的 应用同位素标记相对和绝对定量蛋白质组学技术(iTRAQ)联合液相串联质谱筛选胚胎发育不良性神经上皮肿瘤与低级别胶质瘤的差异表达蛋白.方法 收集胚胎发育不良性神经上皮肿瘤(编号113)与低级别胶质瘤(编号114)各6例实体组织冻存新鲜标本,各组标本混合,通过蛋白质提取,蛋白质浓度测量(采用Bradford定量),聚丙烯酰胺凝胶电泳,蛋白质酶解,iTRAQ标记,SCX分离,再进行基于QE的液质联用分析,得到信息数据.使用蛋白质鉴定软件Mascot 2.3.02,选择UniProt-Human数据库,然后进行数据库搜索和生物信息学分析.依据蛋白质丰度水平,当差异倍数达到1.3倍以上,且经统计检验其P＜0.05时,视为差异蛋白.结果 鉴定出了中国大陆黄种人DNT相对于低级别胶质瘤的差异蛋白质88个,其中上调蛋白质44个,下调蛋白质44个.这些差异蛋白具有不同生物学活性,并参与多种代谢及信号通路.其中重要的蛋白有水通道膜内在蛋白1、丝氨酸/苏氨酸激酶、细胞内氯离子通道蛋白1、膜联蛋白A1、谷氨酰胺合成酶、硫酸软骨素多糖蛋白4、S100A9、S100A16、S100A13、异柠檬酸脱氢酶等.结论 iTRAQ技术实用可靠,有效筛选出胚胎发育不良性神经上皮肿瘤与低级别胶质瘤的差异表达蛋白.
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基于iTRAQ联合2D LC-MS/MS分析PM2.5对人类胎盘滋养细胞的影响
目的:利用蛋白组学方法初步筛选PM2.5通过影响人类胎盘滋养细胞造成不良妊娠率增加可能涉及的蛋白分子和生物进程.方法:用0、30、60、120和200 μg/mL的PM2.5分别染毒HTR-8/SVneo细胞24 h与48 h后观察细胞增殖情况,终确定以120 μg/mL PM2.5染毒细胞24h和48 h进行后续实验.提取胞内蛋白,酶解消化后,同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)标记联合二维液相色谱串联质谱(2DLC-MS/MS)技术分析肽段,鉴定HTR-8/SVneo细胞内的差异表达蛋白,并进行生物信息学分析.结果:120 μg/mLPM2.5染毒24h和48 h后的存活率分别为86.09％和52.36％,与对照组(0μg/mL PM2.5染毒组)相比,细胞存活率显著下降(P＜0.05).120 μg/mL PM2.5 24 h染毒组和48 h染毒组细胞中分别鉴定出182个和486个差异蛋白,涉及细胞生物进程22条和217条.结论:PM2.5对HTR-8/SVneo细胞的影响涉及大量细胞生物进程的改变;iTRAQ联合2DLC-MS/MS技术是一种对染毒后细胞内差异表达蛋白高敏感度、高通量筛选的有效途径,为今后对PM2.5增加不良妊娠结局风险的深入机制研究奠定基础.
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应用iTRAQ技术筛选先天性心脏畸形胎儿母亲血清差异表达蛋白
目的 筛选先天性心脏畸形(CHD)母体血清差异表达蛋白质,明确和CHD相关的候选标志物.方法 收集40例CHD胎儿(实验组)母亲血清和10例正常胎儿(对照组)母亲血清,其中实验组包括法洛氏四联征10例,室间隔缺损10例,共同动脉干10例,其他少见先天性心脏畸形10例.每组10例标本等体积混合后,应用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对蛋白质进行鉴定和相对定量.结果 孕妇外周血血清中共鉴定到蛋白质606个,实验组与对照组差异达到1.5倍以上的蛋白质47个,其中23个在实验组中上调,24个在实验组中下调.结论 基于iTRAQ技术的蛋白质组学方法能鉴定出多种CHD相关的差异蛋白,CHD发生是一个多种蛋白质分子参与的结果.
关键词： 同位素标记相对和绝对定量技术 先天性心脏畸形 蛋白质组学 血清标志物 产前诊断 -
蛋白质组学在中药研究中的应用
系统生物学着眼于系统组成成分的构成、动态与发生,与中药对机体的整体而又动态的调节相符合,它的出现给中药研究带来了曙光.作为系统生物学的重要组成部分,蛋白质组学在中药研究中的应用已经越来越多.本文综述了蛋白质组学的常用技术以及近三年来这些技术在中药复方、中药有效部位和中药活性成分等方面的应用.
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肌层浸润性膀胱癌转移潜能异质性蛋白质组学研究＊
目的：研究肌层浸润性膀胱癌转移潜能异质性，并探讨生物通路在肌层浸润性膀胱癌异质性中的关键性作用。方法同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术和二维液相色谱串联质谱（2D－LC–MS／MS）量化和鉴定纯化不同转移风险组膀胱癌差异表达蛋白质，生物信息学方法进一步分析鉴定显著差异表达蛋白质并与既往相关文献的结果进行比较。结果生物通路的改变与浸润性膀胱癌异质性的调节密切相关。代谢相关通路参与了肿瘤的恶性生物学行为。显著改变的代谢通路包括糖酵解／糖异生通路、戊糖磷酸化通路、丙酮酸代谢通路、谷胱甘肽代谢通路等。结论遗传信息处理KEGG通路在决定浸润性膀胱癌恶性表型中起到重要作用。蛋白质量化分析结合KEGG通路分析有利于揭示膀胱癌发病机制并指导膀胱癌分子治疗方法。
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定量蛋白质组学技术筛选前列腺癌患者尿液中差异表达蛋白价值
目的 探讨同位素标记相对和绝对定量蛋白质组学技术在含有前列腺液的尿液样本中筛选前列腺癌差异表达蛋白质的价值.方法 良性前列腺增生患者10例(良性增生组)、高级别前列腺上皮内瘤变患者10例(上皮内瘤变组)、前列腺癌患者10例(前列腺癌组),取3组患者前列腺按摩后的前段尿液标本,并将3组患者尿液样本进行等体积混合,应用同位素标记相对和绝对定量技术联合液相串联质谱分析技术进行蛋白质鉴定和相对定量;检索Gene OntologyDatabase(GO数据库),对筛查得到的蛋白质所参与生物学过程及分子功能进行生物信息学分析.结果 含有3组前列腺液的尿液混合样本中共鉴定到蛋白质2 370种;相对于良性增生组,前列腺癌组患者表达差异倍数在2倍以上的蛋白质共52个,其中表达上调蛋白20个,表达下调蛋白32个;相对于良性增生组,上皮内瘤变组患者表达差异蛋白质共60个,其中表达上调蛋白22个,表达下调蛋白38个;鉴定蛋白质主要参与细胞过程、单器官过程和生物功能调节等生物功能,及结合功能、催化活性、酶调节活性等分子功能.结论 定量蛋白质组学技术有助于鉴定前列腺癌相关的尿液差异表达蛋白质.
关键词： 前列腺癌 同位素标记相对和绝对定量技术 蛋白质组学 -
应用iTRAQ多重化学标记串联质谱技术筛选晚期卵巢浆液性腺癌组织中卡铂耐药相关蛋白
目的 利用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术筛选晚期卵巢癌组织中卡铂耐药相关差异表达蛋白,为临床个体化治疗奠定实验基础.方法 收集Ⅲ期低分化卵巢浆液性腺癌标本并通过ATP-TCA药敏试验检测卡铂敏感度.取卡铂敏感和耐药标本各15例,iTRAQ试剂标记,被标记的肽段进行高效液相色谱(HPLC)分离及质谱检测(MS).结果 共鉴定出iTRAQ标记定量信息有755个显著差异表达的蛋白.卡铂耐药组与卡铂敏感组相比,上调1.2倍以上的蛋白429个;下调0.83倍以下的蛋白326个.上调蛋白中有osteopontin(OPN)、clusterin(CLU)、5'-nucleotidase(CD73)和tissue inhititor of metalloproteinases l(TIMPl)等18个蛋白与肿瘤恶性行为及化疗耐药相关.结论 应用iTRAQ技术能筛选出多种与晚期卵巢癌卡铂耐药相关的差异表达蛋白,该技术对于肿瘤组织蛋白质组学的研究有很好的应用前景.
关键词： 卵巢癌 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量技术 卡铂耐药 -
同位素标记定量技术评估肾病综合征尿液蛋白质谱变化的初步探讨
目的 旨在通过同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术分析原发性肾病综合征(PNS)患者尿液差异表达蛋白,寻找高特异性、无创性评估PNS的病理损害标记蛋白,并结合相应蛋白功能探讨其在PNS发病机制及疾病进展中的作用.方法 9例PNS患者肾穿刺当日和3例健康人的晨尿标本经毛细管高效液相色谱仪分离后,Q-Exactive质谱仪进行质谱分析,Maxquant 1.4.1.2和persus 1.4.1.3软件进行查库鉴定、定量和数据分析.结果 成功得到PNS尿液蛋白SDS-PAGE电泳图谱,并得到724个蛋白质组,其中 ≤2的唯一肽段308个,定量、查库鉴定和数据分析终得到差异蛋白表达明显的19个.其中与3例健康对照患者差异表达的蛋白3个,包括抗胰蛋白酶(AAT)、抗胰凝乳蛋白酶(AACT)和微管蛋白酪氨酸连接酶类似物7.结论 iTRAQ技术评估PNS尿液蛋白质组变化具有现实可行性,可以用于更深入的研究.
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灯盏乙素对痴呆模型小鼠脑组织蛋白表达谱的影响
目的:观察灯盏乙素对双侧脑室注射Aβ25-35痴呆模型小鼠脑组织中差异蛋白表达的影响,筛选出药物调控的靶蛋白和信号通路,为下一步研究灯盏乙素抗痴呆的防治机制提供实验依据.方法:将昆明小鼠随机分为正常对照组、模型组和灯盏乙素组.用灌胃方法对灯盏乙素组进行给药(40 mg/kg)处理,历时90 d.用Morris水迷宫方法检测小鼠学习记忆能力;用同位素标记相对和绝对定量技术进行蛋白质组学分析.结果:灯盏乙素改善了模型小鼠下降的学习记忆能力,调控了6种靶蛋白和2条信号通路的表达.结论:实验获得了灯盏乙素改善Aβ所致的小鼠学习记忆能力损伤的重要蛋白质和通路信息.
关键词： 痴呆 灯盏乙素 脑室注射 小鼠 同位素标记相对和绝对定量技术 -
相对和绝对定量同位素标记技术在肝细胞癌蛋白质组学中的应用研究进展
肝细胞癌以其异质性强、早期诊断难、预后不良和致死率高等特点,成为危害我国国民健康的重要疾病.准确的早期诊断对于提高肝癌切除手术的成功率和降低术后复发与转移至关重要,其关键是早期诊断生物标志物的筛选和验证.以同位素标记相对和绝对定量技术、基于预定同位素标记氨基酸的细胞培养技术等为代表的定量蛋白质组学技术是蛋白质组学技术重要的组成部分,其中前者因其通量高、定量精度高、不受样品来源限制等优势成为定量蛋白质组学技术中的支柱型技术.现就该技术在肝细胞癌发生、发展过程的分子机制及其标志物的筛选研究进展进行综述,为深入理解肝细胞癌发生发展的分子机制和这些新发现的生物标志物的开发创造条件.
关键词： 肝肿瘤 蛋白质组学 同位素标记 肿瘤标志物 同位素标记相对和绝对定量技术 -
基于iTRAQ技术筛选肝癌转移相关差异蛋白
目的:通过对不同转移潜能的肝癌细胞系的差异蛋白组学研究,以筛选鉴定出与肝癌转移相关的差异表达蛋白.方法:3株具有相同遗传背景、不同转移潜能的肝癌细胞系MHCC97-L、MHCC97-H及HCCLM3作为研究材料,经过收集胞质蛋白,浓缩、酶解、脱盐并用同位素标记相对和绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)对其进行标记,应用二维液相色谱串联质谱技术对肽段进行鉴定,得到的结果与数据库进行比对,对蛋白进行注释.基于WebGestah数据库对差异表达的蛋白进行GO (gene ontology)功能分析和通路分析以筛选与肝癌转移相关的目标蛋白.并用Western blot对3个关键蛋白(PLEC、SHMT2、LDHA)进行验证.结果:经过iTRAQ标记并质谱检测分析,共发现鉴定1 170个蛋白,其中在L/H(MHCC97-L/MHCC9-H)组鉴定发现47个差异表达蛋白,在M/H(HCCLM3/MHCC97-H)组鉴定发现65个差异表达蛋白.生物信息学分析显示L/H和M/H组差异表达的蛋白主要参与酶催化和细胞间粘附及细胞代谢的过程.应用Western blot在蛋白水平上的验证,PLEC在高转移细胞株MHCC97-H和HCCLM3中表达上调,SHMT2在HCCLM3中表达上调,LDHA在MHCC97-H中表达上调.结论:在本研究中应用iTRAQ标记高通量的蛋白质组学技术对3株不同转移潜能的肝癌细胞系的差异表达蛋白进行检测和鉴定分析,发现PLEC和SHMT2蛋白是两种新的与肝癌转移可能相关的蛋白.
关键词： 肝细胞性肝癌 蛋白组学 同位素标记相对和绝对定量技术 转移 -
基于iTRAQ蛋白质组学技术对前列腺癌血清标志物的筛查
目的:应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)蛋白质组学技术筛选前列腺癌血清中的差异表达蛋白质,提供新的候选标志物.方法:收集4组患者的外周血清标本:良性前列腺增生(BPH)(n=10)、高级别前列腺上皮内瘤变(HGPIN)(n=10)、局限性前列腺癌(localized PCa)(n=10)以及伴有远处转移的前列腺癌(metastatic PCa)(n=10).每组10例患者的血清样本进行等体积混合后,应用iTRAQ技术联合液相串联质谱分析(LC-ESI-MS/MS)对蛋白质进行鉴定和相对定量.结果:在患者外周血清中共鉴定到蛋白质825个.相对于良性前列腺增生,在前列腺癌组中表达差异在1.2倍以上的蛋白质13个,其中9个表达上调,4个表达下调.结论:基于iTRAQ技术的蛋白质组学方法有助于鉴定出前列腺癌相关的差异蛋白质,为进一步探索前列腺癌肿瘤标志物提供了新的思路和线索.
关键词： 同位素标记相对和绝对定量技术 前列腺癌 蛋白质组学 血清标志物 -
应用iTRAQ技术筛选DNT差异表达蛋白
目的 应用同位素标记相对和绝对定量蛋白质组学技术(iTRAQ)筛选胚胎发育不良性神经上皮肿瘤(DNT)差异表达蛋白.方法 将DNT实体组织标本(2例)与正常脑组织标本(2例),各组标本混合后提取蛋白,进行定量和酶解.iTRAQ标记后进行液相串联质谱分析.通过Mascot软件进行图谱分析.结果 实验匹配到的谱图数量是82 300张,其中特有谱图数量为57 738张,共鉴定到2 663个蛋白,16 341个肽段,其中含14 993个特有肽段.当蛋白丰度差异倍数达到1.3倍以上,且经统计检验其P值小于0.05时,视为差异蛋白,共鉴定差异蛋白225个,其中48个蛋白上调,177个蛋白下调.结论 通过iTRAQ技术分析得到的DNT差异表达蛋白可靠,iTRAQ技术为筛选出有意义的DNT生物标记物提供了一个良好的平台.
