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2013年北京市首例输入性D9基因型麻疹毒株的分离和鉴定
目的 分离并鉴定北京市输入性D9基因型麻疹毒株.方法 使用Vero/SLAM细胞,对可疑麻疹输入性病例的咽拭子和尿液标本进行麻疹毒株的分离培养.用反转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸同源性分析.结果 该病毒分离株BJCY13026-2和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS(维多利亚.澳大利亚)12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为95.8％,氨基酸同源性为96％;和其他23个基因型代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在88.1％ ～95.6％和90.7％～96.7％.和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为91.1％和90.0％;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型Hla基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为89.4％和91.3％.结论 该输入性病例的病毒分离株为麻疹病毒D9基因型.
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20株泛耐药鲍氏不动杆菌亲缘性分析
本研究在长江三角洲4家市级医院收集20株泛耐药鲍氏不动杆菌(pandrug-resistant Acinetobacter baumannii，PDR-ABA)，为了解其亲缘性，对这20株菌中的21种β-内酰胺类耐药相关基因、15种氨基糖苷类耐药相关基因以及季胺类耐药相关基因进行分析。
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中国境内首次发现输入性D4基因型麻疹病例
本文报道了2009年中国首例输入性D4基因型麻疹病例.使用Vero/SLAM细胞(淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞)对该麻疹病例的咽拭子标本进行麻疹病毒分离,经逆转录聚合酶链反应(Reverse transcript polymerase chain reaction,RT-PCR)方法扩增出麻疹病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)羧基(COOH)端676个核苷酸片段.通过对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,以COOH端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸和氨基酸同源性分析.该麻疹病毒分离株(MVi/Shanxi.CHN/20.0g/1)和WHO D4 基因型参考株Montreal.CAN/89在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为97.3%;与2009年流行于美国、加拿大、印度和俄罗斯的D4基因型麻疹野病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.0%～100%和97.3%～100%.结果表明,在本次输人性麻疹病例中分离到的麻疹病毒属于D4基因型,这对积累我国麻疹分子流行病学基线数据具有很重要的意义,同时也有助于监测和阐明麻疹病毒的传播途径.
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中国大陆首次发现输入性B3基因型麻疹病毒病例
为分离并鉴定中国大陆输入性B3基因型麻疹病毒.使用淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞(Vero/Slam细胞)对该麻疹病例的咽拭子标本进行病毒分离,经逆转录聚合酶链反应(Reverse transcript polymerase chain reaction,RT-PCR)方法扩增出核蛋白(Nucleoprotein,N)羧基(COOH)端核苷酸片段,并进行序列测定和分析.结果表明这两株B3基因型麻疹病毒分离株和世界卫生组织(World Health Organization,WHO)B3基因型参考株MVi/Ibadan.NGA/97在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性均为98％;与麻疹核苷酸序列数据管理系统(Measles nucleotide surveillance,MeaNS)中的病毒序列进行比对,结果表明本研究分离的两株麻疹病毒与2013年同期在澳大利亚、日本、韩国,中国香港地区,菲律宾、伊朗等国家流行的B3基因型麻疹病毒亲缘性关系为100％.在中国上海分离到的麻疹毒株为B3基因型.是中国自1993年开展病毒学监测以来首次分离到B3基因型病毒,为国外输入性的麻疹病毒.本研究中分离到的B3基因型麻疹病毒对于积累中国麻疹分子流行病学基线数据具有很重要的意义,也有助于全国及全球麻疹病毒的传播及溯源.
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2013～2014年我国输入性B3基因型麻疹病毒的基因特征分析
研究2013～2014年中国大陆分离到的输入性B3基因型麻疹野毒株的N蛋白羧基端核苷酸和氨基酸特征.应用MEGA6.0软件对2013～2014年输入我国的B3基因型麻疹病毒、GenBank下载的WHO参考株、2013～2014年全球流行的B3基因型麻疹病毒代表株和中国疫苗株泸191(S191)构建基于N蛋白COOH端450个核苷酸片段序列的亲缘性关系树、分析其核苷酸和氨基酸差异.13株B3基因型中国分离株间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.7％～100％和100％;与B3基因型WHO参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6％～96.8％和95.3％～97.3％;与2013～2014年流行的B3基因型的麻疹野病毒代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在90.0％～100％和87.9％～100％;与S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3％～93.5％和87.2％.本研究对积累我国麻疹病毒分子流行病学基线数据具有很重要的意义,随着我国进入麻疹消除加速阶段,将会监测到更多的非本土基因型的输入,需要进一步加强病毒学监测,防止输入性麻疹野病毒在我国扩散和传播.
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我国首例输入性D9基因型麻疹病毒的分离和鉴定
目的 分离并鉴定我国首例输入性D9基因型麻疹病毒.方法 使用Vero/SLAM细胞(非洲绿猴肾细胞/淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞)分离病毒,使用逆转录-聚合酶链反应扩增出编码核蛋白羧基末端450个核苷酸片段,通过对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘性关系树,进行遗传距离分析.结果 四川省D9基因型麻疹病毒分离株MVi/Sichuan.CHN/07.09/1和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS(维多利亚·澳大利亚)/12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核营酸同源性为96.9%;和2008年流行于泰国和荷兰的D9基因型麻疹野病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.3%～100%;和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为92.3%和90.7%;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型H1基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%和92.1%.结论 输入中国四川省的麻疹病毒株为D9基因型.
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云南省边境地区2013年麻疹病毒监测及基因特征分析
目的 探讨云南省边境地区2013年流行的麻疹病毒基因型别和特征.方法 采用Vero/SLAM细胞(Vero Cell Transfected to Express the Human Siganling Lymphocyte Activation Molecule,淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞)分离麻疹病毒,用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)扩增核蛋白N基因羧基末端的676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定,并以N基因羧基末端450个核苷酸序列构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.对未分离到病毒的标本直接提取病毒核酸,并进行RT-PCR和基因测序.结果 云南省边境地区2013年共分离和检测到19株麻疹病毒和30株病毒核酸,12株为H1基因型,分布于云南省的5个边境县(区,下同),老挝人民民主共和国(老挝)南磨县,缅甸联邦共和国(缅甸)贵概;36株为D9基因型,分布于云南省德宏傣族景颇族自治州(德宏州)与缅甸接壤的3个县,保山市龙陵县,缅甸的勐惹、木姐、贵概;1株为A基因型,来源于德宏州芒市.结论 云南省与缅甸接壤的边境地区,有H1基因型和D9基因型麻疹病毒的循环.D9基因型为德宏州的优势基因型,且该基因型在缅甸和德宏州与缅甸接壤的边境县相互传播;H1基因型在老挝和云南省与老挝接壤的边境地区相互传播.A基因型为中国沪191疫苗株麻疹病毒相似株.
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20株鲍氏不动杆菌获得性耐药元件检测与菌株亲缘关系研究
目的：了解鲍氏不动杆菌携带的获得性耐药元件，以及菌株间的亲缘关系。方法收集2015年1－12月医院分离到的20株鲍氏不动杆菌，采用聚合酶链反应（PCR）及序列分析的方法分析31种β‐内酰胺类药物获得性耐药基因和12种氨基糖苷类药物获得性耐药基因以及8种可移动遗传元件遗传标记，并对检测结果作样本聚类分析（U PGM A法）。结果本组菌对11种抗菌药物均耐药（100．0％），共检出4种β‐内酰胺类药物获得性耐药基因和5种氨基糖苷类药物获得性耐药基因以及5种可移动遗传元件遗传标记，且阳性率较高；每株均能检出β‐内酰胺类药物与氨基糖苷类药物获得性耐药基因及可移动遗传元件遗传标记；耐药元件检测结果共分为6种阳性模式；样本聚类分析提示，20株鲍氏不动杆菌呈明显的聚集性，其中2‐5‐7‐8‐9‐10‐13‐15‐17‐20号株（共10株），11‐12‐16‐19号株（共4株），1‐4‐6号株（共3株）为克隆传播。结论本组菌携带的β‐内酰胺类和氨基糖苷类耐药基因和耐药表型一一对应，携带的可移动遗传元件是获得性耐药基因快速传播的原因，特定耐药元件的检测是研究细菌耐药性的一种实用方法。
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泛耐药铜绿假单胞菌β-内酰胺酶基因分型及菌株亲缘性分析
目的 探讨泛耐药铜绿假单胞菌(PDRPA)β-内酰胺酶基因存在状况和菌株亲缘性.方法 应用PCR检测21种β-内酰胺酶基因和整合子、转座子遗传标记.结果 33株PDRPA blaTEM、blaOXA-10群、blaPER、blaGES、blaCARB、intⅠ 1、merA基因阳性率分别为48.5%、45.5%、33.3%、21.2%、15.2%、78.8%、69.7%;聚类分析示存在克隆传播现象.结论 PDRPA blaTEM、blaOXA-10群、blaPER、blaGES、blaCARB、intⅠ1、merA基因检出率高,PDRPA可存在克隆传播医院感染.
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鲍氏不动杆菌老年患者分离株亲缘性分析
目的 了解鲍氏不动杆菌(ABA)老年患者分离株亲缘性.方法 采用聚合酶链反应(PCR)检测20株ABA 33种耐药基因,并作聚类分析.结果 AmpC(染色体型)、TEM、PER阳性率为85%、55%、25%,其余基因均阴性;aac(3)-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、aac(3)-Ⅱ,aac(6')-Ⅰ b、armA阳性率为95%、95%、40%、15%、35%,其余基因均阴性;消毒剂-磺胺耐药基因qacE△1-sull阳性15株(75%);在ABA老年患者分离株中AmpC(染色体型)、TEM、PER、aac(3)-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、armA、qacE△1-sull阳性率高;聚类分析示存在克隆传播现象.结论 ABA老年患者分离株耐药表型与基因检测状况相符,ABA可导致医院感染.
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耐药大肠埃希菌获得性耐药基因及可移动遗传元件检测分析
目的 了解大肠埃希菌β-内酰胺类、氨基糖苷类获得性耐药基因及其可移动遗传元件的存在状况,以探讨菌株的亲缘性.方法 收集医院2010年住院患者痰标本中分离的耐药大肠埃希菌共20株,且该组菌株对一、二代头孢菌素、妥布霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、磺胺甲噁唑/甲氧苄啶的耐药率均＞65.0％,再采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析法分析43种β-内酰胺酶、氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶等获得性耐药基因和8种可移动遗传元件,并以这些基因为分子标记,对检测结果作样本聚类分析.结果 大肠埃希菌对环丙沙星、左氧氟沙星、磺胺甲噁唑/甲氧苄啶、头孢呋辛耐药率较高,耐药率分别为80.0％、80.0％、70.0％、70.0％,对亚胺培南、美罗培南、头孢他啶敏感,耐药率为0、0、5.0％；20株耐药大肠埃希菌共检出3种β-内酰胺类获得性耐药基因(TEMX-1、CTX-M-55、OXA-30),6种氨基糖苷类获得性耐药基因aac(3)-Ⅱ、aac(6')-Ⅰ b、ant(3")-Ⅰ、aadA5、aph(3')-Ⅰ、rmtB,6种可移动遗传元件；菌株亲缘性分析显示,A簇中的2号株与4号株(2～4克隆),7、8号株(7～8克隆)为克隆播散；3、5、17号株与2-4克隆亲缘关系密切,6、10、12、14、15号株与7～8克隆亲缘关系密切.结论 该组菌株的获得性耐药基因及其载体携带率高,提示菌株在生存环境中也极易输出传播给其他同种或不同种细菌；菌株亲缘性分析证实该组部分菌株分离自医院感染者.
关键词： 大肠埃希菌 氨基糖苷类修饰酶 16S rRNA甲基化酶 亲缘性分析 -
脉冲场凝胶电泳与多基因聚类分析在铜绿假单胞菌株亲缘性研究中的应用
目的:了解分离自临床铜绿假单胞菌分子流行病学特性及菌株亲缘性.方法:对分离自临床的32株铜绿假单胞菌采用Kirby-Bauer法测定抗菌药物的敏感性;利用脉冲场电泳和多耐药基因聚类分析菌株的亲缘性.结果:32株铜绿假单胞菌中有17株对8种以上抗生素耐药,占53.1%,8株(25%)铜绿假单胞菌对检测抗生素全部耐药,为同一耐药表型.脉冲场电泳聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为3个克隆株;而多耐药基因聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为2个簇群,二个簇群内已发生衍化,存在3个克隆传播.结论:分离自临床的铜绿假单胞菌耐药严重,亲缘性分析中多基因聚类分析法分辨率高于脉冲场电泳.
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铜绿假单胞菌菌株亲缘性研究
对同一种病原菌菌株进行亲缘性分析,是判断散在性感染还是暴发流行性感染(尤其是医院内感染),以及分析传播途径的有用方法,为采取控制措施提供依据.
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广西柳州市丙型肝炎病毒的基因型和基因亲缘性分析
目的 分析近年来广西柳州市丙型肝炎病毒(HCV)的基因型和基因亲缘性.方法 用巢式RT-PCR法对HCV NS5B区进行扩增,通过测序和构建进化树进行基因分型并分析基因亲缘性.结果 对182株HCV基因分型:1a型占3.3％,1b型占50.5％,3a型占17.0％,3b型占4.9％,6a型占26.4％,6c/d型占2.7％,6型未分亚型(6un)占0.5％.6株1a型HCV与美国参照株属不同分支.2.2％(2/92)的1b型与日本参照株属同一分支;29.3％(27/92)的1b型与来源于上海的参照株属于同一分支,其余67.4％(62/92)的1b型则独立分支;另外1株独立于上述各分支外.95.2 ％(20/21)的3a型以及77.8％(7/9)的3b型与日本和澳大利亚参照株属同一分支或并列分支.4.8％(1/21)的3a型和22.2％(2/9)的3b型则独立分支.97.9％(47/48)的6a型与越南、香港和英国参照株属同一分支或并列分支;2.1％(1/48)的6a型独立于上述分支外.5株HCV与6c和6d参照株并列分支,1株6型病毒未能区分亚型.结论 近年来广西柳州市HCV流行的主导基因型是1b、6a和3a.1b型的大部分具有独立的本地亲缘性特征;而6a和3a型的绝大部分则无此特征.
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泛耐药鲍曼不动杆菌基于管家基因和水平转移基因的菌株亲缘性分析
目的 调查20株泛耐药鲍曼不动杆菌(pandrug-resistant Acinetobacter baumannii,PDR-ABA)的菌株亲缘性.方法 收集2010年3月到2010年5月临床标本中分离的PDR-ABA菌20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法检测3种管家基因和37种β-内酰胺类获得性耐药基因、1 5种氨基糖苷类获得性耐药基因、5种喹诺酮类获得性耐药基因和8种可移动遗传元件等水平转移基因检测,并对检测结果作了样本聚类分析.结果 本组PDR-ABA菌carO、gyrA和parC3种管家基因均存在突变,且突变形式一致；blaTEM、bla ADC-like、blaoxA-23、aac(6')-I b、ant(2”)-Ⅰ、ant(3”)-Ⅰ、aphA1、adeB、tnpU、ISCR1、IS26和ISabal基因全部阳性,blaCARB-2、blaDHA-1和IS903基因阳性率为5％.样本聚类分析显示本组PDR-ABA菌为克隆传播.结论 本组PDR-ABA菌为医院内克隆传播,应加强控制.
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云南省首例D9基因型麻疹病毒的分离和鉴定
目的 分离并鉴定麻疹病毒基因型,加强麻疹病毒基因型监测.方法 使用Vero/SLAM细胞(淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞)分离病毒,用逆转录-聚合酶链反应(RT PCR)扩增核蛋白N基因羧基末端的676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定,并以N基因羧基末端450个核苷酸序列构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.结果 云南省分离到的1株麻疹病毒MVi/Yunnan.CHN/02.12/01,与世界卫生组织(WHO) D9基因型代表株Victoria.AUS/12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸和氨基酸同源性为96.3％和95.4％,在核苷酸水平上该云南省分离株和WHOD9基因型同源性高.结论 云南省分离到的该麻疹病毒为D9基因型.
