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深圳市腹泻患者肠道腺病毒感染的分子流行病学特征
目的 了解深圳地区感染性腹泻患者中肠道腺病毒的感染情况,并研究其分子流行病学特征.方法 采集深圳市2010年1月-2011年12月2083例疑似腹泻患者便标本,采用荧光PCR法检测肠道腺病毒核酸;应用特异性引物,对肠道腺病毒核酸阳性标本进一步扩增肠道腺病毒的hexon区,PCR扩增产物测序后,进行腺病毒型别鉴定和进化树分析,同时对病例的流行病学资料进行统计分析.结果 肠道腺病毒检出率为1.82％(38/2083);其中6月龄以下、6-11月龄、1-4岁和5岁以上患者检出分别为3.55％(6/169)、0.85％(6/707)、15.70％(19/121)和0.64％(7/1086);肠道腺病毒的感染无明显的季节变化特征,但不同月份检出率差异较大,介于0％ ～4.76％之间.对hexon区序列分析结果显示,深圳地区肠道腺病毒以41型为主要流行株,无40型肠道腺病毒的检出.结论 肠道腺病毒是深圳地区病毒性腹泻的重要病原体之一,41型肠道腺病毒是深圳地区肠道腺病毒的主要流行株,应加强对肠道腺病毒腹泻的监测.
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2011-2014年青岛地区甲型H3N2流感病毒基因进化分析
目的 了解2011-2014年青岛地区人群甲型H3N2流感病毒流行株基因进化及抗原变异趋势.方法 选取2011-2014年间青岛地区流行的甲型H3N2流感病毒64株,提取病毒RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA、NA、MP 3个基因片段,并进行序列测定,对各基因片段进行系统发育分析及基因和氨基酸位点变异分析.结果 HA进化树分析表明,甲型H3N2流感病毒基本上分为三大分支,并且每个分支与当年的疫苗株都不在同一分支上;HA1蛋白抗原决定簇共有8个位点发生了变化;NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.M2蛋白均发生S31N突变.结论 2011-2014年青岛地区流行的H3N2流感病毒在持续不断地发生基因变异而产生抗原漂移;毒株全部为烷胺类药物耐药株,但对神经氨酸酶抑制剂敏感.
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2010年江西省急性出血性结膜炎病原体鉴定及基因进化分析
为鉴定引起2010年江西省急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情的病原体,并对其进行基因进化分析,本研究采集了20份门诊AHC患者眼结膜拭子,对其进行病毒分离,随后通过逆转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)方法分别检测阳性分离物中肠道病毒70型(Human enterovirus type 70,EV70)、柯萨奇病毒A24变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)和腺病毒.并对CV A24v分离株进行VP1区和3C区全序列测定,分析其与全球流行CV A24v的基因进化关系.20份标本中有10份病毒分离阳性,PCR检测证明引起本次AHC流行的病原体为CV-A24v.基于3C区构建的基因进化树表明10株江西CV-A24v与全球2010年后分离到的其它CV-A24v同属于GenotypeⅣ基因型的Cluster 5群(GⅣ-C5),而且在GⅣ-C5内江西CV-A24v又分属于A和B两个传播链.基于VP1区构建的基因进化树将全球2000年后分离到的CV-A24v分成5组Group1～5(G1～5),江西CV-A24v属于G5,这些毒株在VP1区进化树中同样分属于A和B两个传播链.本研究表明2010年至少有两个CV-A24v传播链在江西同时流行.VP1区基因进化树对全球2000年后分离到的CV-A24v的组群划分与3C区基本一致,而且与3C区呈现同样显著的年代聚集性.
关键词： 柯萨奇病毒A24变异株 急性出血性结膜炎 基因进化分析 -
北京市朝阳区2011-2017年5岁以下腹泻患儿腺病毒分子流行病学特征
目的 研究北京市朝阳区感染性腹泻患儿中腺病毒(Adenovirus,AdV)的分子流行病学特征.方法 针对北京市朝阳区2011年4月至2017年12月收集的5岁以下腹泻患儿腺病毒感染者粪便标本,利用PCR方法检测其中腺病毒六邻体区核酸,并对扩增产物进行序列测定、腺病毒系统进化分析和型别鉴定,结合分析结果进行统计分析.结果 扩增并完成64例腺病毒阳性标本测序,男女比例为11∶5,平均年龄1.56岁,无明显的季节变化特征.系统进行分析结果显示,基于腺病毒六邻体基因,本研究共发现11种型别.AdV41型为主要的型别,占70.31％,其次依次是AdV31型(6.25％)、AdV40型(4.69％)、AdV1型(3.13％)、AdV5型(3.13％)、AdV6型(3.13％)、AdV7型(3.13％)、AdV2型(1.56％)、AdV3型(1.56％)、AdV4型(1.56％)和AdV61型(1.56％).结论 北京市朝阳区5岁以下腹泻患儿腺病毒感染呈现出型别多样性的特征,基于腺病毒六邻体基因,AdV41型腺病毒是该地区的主要流行型别,应加强对儿童腺病毒腹泻的监测.
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深圳市腹泻患者星状病毒感染的分子流行病学特征
目的 了解深圳地区感染性腹泻中星状病毒的感染情况,并研究其分子流行病学特点.方法 采集深圳市2010年1月至2011年12月2083例疑似腹泻患者粪便标本,同时采集30例健康人粪便标本作为对照,采用荧光RT-PCR检测星状病毒核酸；然后使用特异性引物,对星状病毒核酸阳性标本进一步采用RT-PCR方法扩增星状病毒的ORF2区域,对PCR扩增产物经纯化、测序后进行序列分析,同时对病例的流行病学资料进行统计分析.结果 星状病毒检出率为1.39％ (29/2083)；其中6月龄以下、6～11月龄、12 ～ 35月龄和36月龄以上患者检出率分别为2.96％ (5/169)、1.48％ (8/707)、2.48％(3/121)和1.20％(13/1086)；星状病毒在冬季检出率较高,春季次之,夏季和秋季则较少发生.对ORF2区域进行基因测序和分析显示,深圳地区星状病毒以HAstV-1为主要流行株,HAstV-2、HAstV-5亦有检出,其他型别则未检出.其中HAstV-1又可分为3个亚组,分别与GenBank上的德国株(AY720892)、印度株(AB551380)和巴西株(AY846638)有较高的亲缘关系,其核苷酸同源性分别为98.3％ ～99.1％、96.0％ ～ 100％和98.0％ ～ 100％.结论 星状病毒是深圳地区病毒性腹泻的重要病原之一,HAstV-1是深圳地区星状病毒的主要流行株,应加强对星状病毒腹泻的监测.
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舟山市3例发热伴血小板减少综合征的病原学与遗传特征
目的 对舟山市3例疑似发热伴血小板减少综合征(SFTS)病例进行病原学鉴定、确诊,并分析其遗传特征.方法 选用巢式RT-PCR测定新布尼亚病毒核酸及L、M、S3个特异性基因,并对基因扩增产物进行测序,测序结果与GenBank上公布的序列进行比对确认.用DNAStar软件构建进化树与序列距离表.用间接免疫荧光法测定患者恢复期和急性期血清新布尼亚病毒IgG抗体滴度.结果 3例SFTS患者急性期血清中均能检测到新布尼亚病毒的3个特异性基因片段,其中S基因核苷酸序列与舟山市同类基因核苷酸序列的同源性在94.4％～ 100.0％,患者恢复期血清病毒抗体滴度较急性期增高4倍以上.结论 经过病原学鉴定,3例临床疑似患者确诊为发热伴血小板减少综合征的新近感染病例.舟山市新布尼亚病毒的遗传特征比较稳定.
关键词： 布尼亚病毒科感染 发热伴血小板减少综合征 病原学鉴定 基因进化分析 -
安徽省2009年～2011年甲型H1N1流感病毒HA基因特性监测
目的 了解安徽省2009～ 2011年安徽省甲型H1N1流感病毒HA的基因特性.方法 提取病毒RNA,经RT-PCR扩增HA基因后测序,进行同源性分析和基因进化分析.结果 传入阶段HA基因同源性为99.4％～99.6％,蔓延阶段为99.4％ ～ 99.7％,稳定阶段为98.8％ ～99.5％,再现阶段为98.8％ ～99.1％,说明甲型H1N1流感病毒HA基因在研究两年期间保持较高的稳定性.结论 2011年甲型H1N1流感毒株HA基因较2009年流行毒株存在一定程度的进化,但基本保持遗传的稳定性.
