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结核蛋白芯片对肺结核诊断的临床价值
目的探讨结核蛋白芯片、痰涂片抗酸染色及结核菌素(PPD)皮试单独和联合检测对肺结核患者临床诊断的意义.方法对45例肺结核和30例非结核性肺疾病患者,同时进行结核蛋白芯片、痰抗酸杆菌直接涂片、PPD皮试,观察单项和联合指标对诊断肺结核的敏感性与特异性.结果 结核蛋白芯片、PPD及痰涂片的敏感性分别为66.7%、44.4%、22.2%,特异性分别为93.3%、84.6%、100%.结核蛋白芯片联合PPD对肺结核的阳性检出率为86.7%,结核蛋白芯片联合PPD及痰涂片的阳性检出率提高到88.9%,与单项检测的高阳性检出率相比差异有显著性意义(P＜0.05).三种方法联合检测的特异性为80%,与PPD或结核蛋白芯片单项检测相比无显著性差异(P＞0.05).结论结核蛋白芯片是诊断结核病较有效方法,具有快速方便等优点,蛋白芯片联合PPD、痰涂片抗酸染色,能显著提高肺结核的阳性检出率,但特异性并没有明显下降.
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卵泡抑素样蛋白1的研究进展
卵泡抑素样蛋白1(Fstll)是一种细胞外基质糖蛋白,又称为TSC-36或FRP,蛋白质序列分析发现,在结构上Fstll与SPARC家族其他成员虽有相同之处,即其也具有卵泡抑素样结构域(FS结构域)和细胞外钙离子结合结构域(EC结构域),但Fstll与该家族其他成员结构也有明显不同:Fstll的EC结构域是无功能的;Fstll无KGHK短肽[1].该蛋白参与诸多病理生理过程.
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德国小蠊致敏原Bla g 8的抗原表位预测及其同源建模
目的:通过生物信息学方法预测德国小蠊致敏原蛋白Bla g 8的三维结构和抗原表位,为蟑螂引起人类变态反应性疾病的诊断和治疗提供线索.方法:在美国国立生物信息中心(NCBI)上获取Bla g 8致敏原蛋白序列,通过序列比对(BLAST)得到相似序列,应用MEGA6.0构建同源进化树;联合应用DNAStar多种方法预测其抗原表位,使用Modeller 9.12同源建模后经Gromacs能量优化获取稳定的致敏原蛋白.结果:德国小蠊Bla g 8与美洲大蠊肌球蛋白轻链在进化上具有较近的亲缘关系;Bla g 8为含有2个EF手钙结合蛋白位点的α结构疏水性蛋白,主要抗原表位集中于1～24,27 ～ 50,55 ～ 65,69 ～91,92 ～110,121～132,138 ～ 153,159 ～ 180,191 ～208区域;预测并经能量优化后得到稳定的三维结构.结论:通过预测Bla g 8结构及抗原表位,为筛选低致敏原衍生物提供了分子基础.
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牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学分析
目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能.方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能.结果:该基因全长908bp,编码区为135～771bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列；与猪带绦虫GST的一致性为93％,相似性为96％；预测3个主要的抗原表位33～53aa,62～68aa,179～184aa位于空间结构上相距较远的分子表面.结论:从牛带绦虫成虫Cdna文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景.
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猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因的生物信息学分析
目的:分析猪带绦虫(Taeria solium)成虫凝溶胶蛋白(gelsolin,GEL)基因及编码蛋白的结构和功能.方法:利用生物信息网站美国国家生物技术信息中心(NCBI)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY)中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得的猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签(EST)中识别凝溶胶蛋白基因,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能特征.结果:猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因与细粒棘球绦虫凝溶胶蛋白的一致性为88%,相似性为93%;全长1 514 bp,编码区为167～1 263bp,编码365个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白在溶液中性质稳定.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中筛选出了猪带绦虫凝溶胶蛋白cDNA全长序列并预测其结构与功能.
