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贵州中药材钩藤属植物的分子鉴定
目的:对来自贵州钩藤原产地类似钩藤的4个中药植物材料的rDNA ITS序列进行分析,并构建了它们的系统发育树,从遗传本质上对这些材料的分类地位和种类鉴定提供分子证据.方法:对4个中药植物材料的rD-NA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用ClustalX、BioEdit和PAUP+4.0 beta 10等软件对ITS区序列进行分析.结果:获得rDNA ITSI、ITS2和5.8S rDNA完整序列,以Mitragyna rubrostipulata(AJ492621)和Mitragyna rubrostipulata(AJ605988)为外群,构建这4个类似钩藤的植物材料的系统发育树.结论:研究材料属于药用钩藤属的重要种类,并且是与Uncaria rhynchophylla具有很近亲缘关系的4个相近种类.
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华南地区肉芽肿性小叶性乳腺炎患者的细菌鉴定与分析
目的：以细菌16S rDNA 序列为分子标记，对12例来自华南地区肉芽肿性小叶性乳腺炎（ GLM）患者的脓液标本进行细菌培养和分子鉴定，从而探讨该地区肉GLM与潜在致病细菌之间的关系。方法将收集到的12例脓液标本接种于血琼脂平板，对在平板上生长的细菌进行革兰染色并进行初步的鉴定。进一步通过DNA提取试剂盒提取细菌总DNA并利用通用引物对其16S rDNA序列进行PCR 扩增，然后测定其核酸序列，在Gen－Bank中通过BLAST比对查找其同源序列并进行分子鉴定，后利用MEGA 6．0软件构建所鉴定细菌的分子系统发育树。结果12例脓液标本经血琼脂平板培养后2例呈阳性，细菌检出率为16．7％，革兰染色结果表明细菌为革兰阳性杆菌。序列分析结果显示两个标本的16S rDNA序列与GenBank中已有的棒状杆菌属16S rDNA序列达到99％的相似度，并且在系统发育树中与Corynebacterium kroppenstedtii DNF00591（ KJ082041）和Corynebacterium kroppenstedtii CIBU 090024（JF299190）聚类成为一枝。结论基于收集到华南地区12例GLM标本，通过16S rD－NA基因测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法，能够对GLM的细菌进行鉴定与分析。数据分析结果表明由kroppenstedtii棒状杆菌为致病菌导致华南地区GLM的概率约为16．7％。
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基于Cytb基因对药用昆虫地鳖虫炮制品的分子鉴别研究
目的:建立基于线粒体DNA细胞色素氧化酶b(Cytb)基因的分子标记技术对地鳖虫(地鳖、冀地鳖)及其混伪品炮制药材进行分子鉴定的方法.方法:采用改良的饱和氯化钠法对地鳖虫及其混伪品炮制药材的总DNA进行提取.通过通用引物REVCB2H、REVCBJ对所有样品的Cytb基因进行聚合酶链反应(PCR)扩增;用MEGA 5.1软件对所有样品的Cytb基因序列采用邻接(NJ)法构建系统发育树;并利用DNAMAN软件对得到的所有样品的Cytb基因序列进行比对,分析正品、混淆品间序列差异,在差异较大区域设计特异性引物Esin-F和Esin-R进行分子鉴定.结果:以提取的DNA为模板均能成功扩增出相应的Cytb基因片段;构建的系统发育树与其亲缘关系一致;设计的特异性引物Esin-F和Esin-R在同样的条件下,只有地鳖虫得到了扩增条带.结论:建立了地鳖虫及其混伪品药材炮制品的DNA提取方法;设计的特异性引物对地鳖虫有高度的特异性,能够有效鉴别地鳖虫及其混伪品.
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四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的克隆及序列分析
目的 探讨四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的特征.方法 根据已经报道的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit Ⅰ, COXⅠ)基因设计引物、PCR扩增和直接测序,并用软件对四川黑熊及其他几个物种的COXⅠ基因序列及COXⅠ蛋白的氨基酸序列进行了分析.结果 四川黑熊COXⅠ基因长1605 bp,编码含514个氨基酸残基的前体蛋白.碱基的含量分别为:A: 26.9%, C: 23.1%, G: 18.3 %, T: 31.8 %.起始密码子为"ATG",终止密码子为"TAA".蛋白质等电点为6.29,分子质量为57.2×103.以四川黑熊和已报道的其他6种动物的COXⅠ基因序列为数据构建的分子系统发育树表明在所比较的其他3种熊类中,四川黑熊和美洲黑熊的亲缘关系近;在牛,狗和大鼠中,四川黑熊与狗的亲缘关系近.结论 四川黑熊COXⅠ基因的DNA序列和蛋白的氨基酸序列和其他动物的相应序列有很高相似性,表明COX基因在所比较的几个物种中具有高度保守性.
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中国东海海水中弧菌的分离鉴定及耐药性分析
目的:对中国东海海水进行细菌分离,为东海海水中微生物的鉴定及抗生素的合理使用提供理论依据.方法:对取自中国东海海岸线(约北纬30°、东经118°)水域海水样品进行分离纯化,扩增分离菌株,将分离得到的菌株采用Chelex法提取DNA,并进行16S rRNA基因序列测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,确认分离得到弧菌菌株的分类地位,同时分离的弧菌属菌株和弧菌属常见致病菌株进行耐药性比对分析.结果:从中国东海海岸线水域的海水样品中分离得到2株弧菌属菌株DH-1和DH-2,分子学分析鉴定DH-1为Vibrio marisflavi,DH-2为Vibrio hangzhouensis;经抗生素试验比对,海水分离的弧菌属菌株与副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌等常见的临床致病菌株对某些抗生素具有相同程度的耐药性.结论:分离的弧菌菌株具有较强的耐药性.
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猪圈发酵床中细菌的分离鉴定及其特征研究
目的:研究猪圈发酵床分离细菌的系统发育树及生理生化特征.方法:采用R2A培养基对猪发酵床上层垫料进行分离菌株培养,将培养得到的单个菌落培养于固体培养基中,获得纯培养菌株;肉眼观察培养基中细菌的生长情况,电镜下观察细菌的形态、大小和排列特点,采用16S rRNA基因序列扩增、测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,将分离到的猪圈发酵床中的细菌与文献中获知的初期发酵床优势细菌的标准菌株进行生理生化特征的比对.结果:在R2A培养基中分离得到3株细菌SZDIS-1-1、GZDIS-1和SZDIS-2,鉴定为微杆菌属细菌;与文献中获知的4种标准菌株一样,培养得到的3种细菌镜下均为杆状,过氧化氢酶、吲哚试验均为阴性,能够利用麦芽糖作为生长碳源;药敏试验显示,分离得到的3株细菌对阿米卡星、头孢呋辛、利福平、妥布霉素、青霉素和环丙沙星等抗生素比较敏感,其中头孢呋辛抑菌效果佳.结论:在猪圈发酵床首次分离得到3株菌株,并构建系统发育树.
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云贵地区淡水湖中类蛭弧菌多样性分析
目的:对贵州阿哈湖、百花湖及云南滇池不同深度湖水中分离的类蛭弧菌进行分类鉴定,了解云贵地区淡水中类蛭弧菌多样性.方法:培养云贵地区3个湖泊中分离的类蛭弧菌,进行16S rRNA基因测序分析,用MEGA 6.0软件以邻接法构建3个湖泊中类蛭弧菌16S rRNA序列的系统发育树,并以大似然法(PHYLIP3.1软件)加以验证.结果:从阿哈湖、百花湖及滇池不同深度湖水中分离的类蛭弧菌覆盖率C值为75％,根据类蛭弧菌16S rRNA构建发育树,本研究所得的类蛭弧菌分属3个簇群,γ-Proteobacteria (8.3％)、δ-Proteobacteria(50.0％)及Sphingobacteria(41.7％);在百花湖中分离得到1株路德维希肠杆菌,分离自贵州阿哈湖的6株菌株与噬菌弧菌属的Bacteriovorax sp.EPA同源性较高,分离于滇池的5株菌株的序列为不可培养细菌序列.结论:云贵地区阿哈湖、百花湖及滇池不同深度湖水中的类蛭弧菌具有较高多样性,推测在云南滇池区域存在着尚未开发的新型类蛭弧菌资源.
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中国22个人群3个Y-STR基因座的群体遗传学研究
目的:用Y-STR基因座的基因频率探讨中国22个人群的群体遗传关系.方法:收集中国22个人群DYS390、DYS391和DYS393基因座的基因频率资料,采用Phylip3.66统计软件包计算出Nei's遗传距离,再用MEGA3.1输出系统发生树.结果:天津、安徽、浙江、福建、北京、云南、潮汕、湖南、成都汉族聚为Ⅰ簇;辽宁满族、新疆维吾尔族、陕西汉族、云南藏族、云南蒙古族、新疆柯尔克孜族和甘肃回族为Ⅱ簇;海南黎族和广西壮族、贵州水族和广州汉族为Ⅲ簇;云南普米族和纳西族为Ⅳ簇.结论:汉族人群间群体遗传关系较近,而少数民族群体间遗传关系较远.同时提示Y-STR基因座的基因频率分布与民族起源和地域有相关性.
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甘肃保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构分析
目的：研究甘肃保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构，探寻优势微生物种群。方法：通过构建16S rRNA 克隆文库法对测序结果进行分析，利用 BLAST 、Mothur、Clustalx 2．0等软件进行细菌群落结构多样性分析，构建系统发育树。结果：共检测到84个操作分类单位（OTU），归属于5个门，12个纲，15个目，18个科，19个属。其中以厚壁菌门（Firmicutes，88．60％）比例多；6个优势菌属（检出率＞1％），分别为链球菌属（Streptococcus，70．28％）、颗粒链菌属（GranuIicatella，6．20％）、孪生菌属（Gemella，3．10％）、韦永氏球菌属（Veillonella，1．81％）、奈瑟菌属（Neisseria，1．03％）和嗜血杆菌属（Haemophilus，1．03％），其中链球菌属在8个样本中均出现。结论：保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构较为丰富；链球菌属为主要优势菌。
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11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因的分子生物学研究
目的 利用分子生物学方法,研究7株11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因(cps loci).方法 根据11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因设计合成5对特异性引物,以7株肺炎链球菌基因组DNA作为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定及基因序列比对,确定其血清型.多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术分析7株11群肺炎链球菌序列型(ST).采用相邻合并分析(neighbour-joining analysis),根据MLST的7个管家基因和cps基因分别绘制系统发育树.结果 根据wcwC、gct和wcjE等3个基因产物确定5株原11A型肺炎链球菌为11A型,无11E型;根据wcwR和gct等2个基因产物确定2株原11B型肺炎链球菌为11B型.获得7株不包括4个合成调控基因(wzg、wzh、wzd和wze)的11群肺炎链球菌cps loci,长度为11～12 kb,11A型具有12个开放式阅读框(ORF),11B型具有11个ORF.5株11A型肺炎链球菌部分cps基因序列差异较大;2株11B型肺炎链球菌部分cps基因序列相似性高于99％.根据MLST分析发现3种新的ST型.根据MLST的7个管家基因绘制的系统发育树和cps基因绘制的系统发育树差异很大.结论 从分子水平上确定了11A和11B血清型.获得了5株11A型和2株11B型肺炎链球菌ST型和部分荚膜多糖合成相关基因(cps loci),完善了11群肺炎链球菌的菌种档案.
关键词： 肺炎链球菌 荚膜多糖合成相关基因 多位点序列分型 系统发育树 -
6群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因的分子生物学研究
目的 利用分子生物学方法,对25株6群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因(cps loci)进行研究.方法 采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,对25株6群肺炎链球菌进行分型;依据GenBank中收录的6群肺炎链球菌cpsloci设计合成引物,以25株肺炎链球菌基因组DNA作为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行基因测定及分析;采用相邻合并分析(neighbour-joining analysis),根据MLST的7个管家基因和wciP、wzy、必这三个cps loci的代表基因分别绘制出系统发育树.结果 根据MLST技术分析发现7株新的ST型菌株.25株6群肺炎链球菌cps1oci的G+C含量为35.4％ ～35.5％,均属于Ⅰ类;所有6C型wzy基因均有6个碱基的缺失.根据MLST的7个管家基因绘制的系统发育树,并根据cps loci的3个代表基因wciP、wzy和wzx绘制的系统发育树,差异很大.3个代表基因绘制的系统发育树,6C型为进化距离比较远的分枝,6A型和6B型的分枝进化距离相对较近;6D型与6B型在同一分枝内.结论 获得了25株6群肺炎链球菌ST型和全长cps loci,完善了6群肺炎链球菌的菌种档案.
关键词： 肺炎链球菌 荚膜多糖合成相关基因 多位点序列分型 系统发育树
