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口虾蛄肠道细菌种群多样性的分子分析
目的 探讨口虾蛄肠道细菌种群的多样性.方法 通过不依赖于分离培养的分子生物学分析方法,以直接提取虾蛄肠道细菌的总DNA为模板经过PCR扩增16S DNA,然后经与T载体连接建立质粒文库.用限制性内切酶(BsuRⅠ和Hin6Ⅰ)对阳性克隆的PCR扩增产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,选取有代表性的克隆进行测序.结果 16S DNA序列通过CLUSTAL X进行多序列比对及NCBI数据库中的BLAST分析后发现口虾蛄肠道细菌主要分成4类:未培养细菌,未培养支原体科细菌,未培养δ变形菌和马特斯支原体.结论 口虾蛄肠道细菌种类较为简单,且多为未培养的细菌.
关键词： 口虾蛄 肠道细菌 16S DNA 克隆文库 限制性片段长度多态性 -
ICR小鼠肠道中乳酸菌组成的克隆文库研究
目的 对健康雄性ICR小鼠肠道内乳酸菌的组成结构进行研究.方法 收集10只健康雄性ICR小鼠的新鲜粪便样品,提取粪便样品中微生物的总DNA,采用乳酸菌类群特异性引物(Lac1)和细菌通用性引物(1391r)的组合扩增16S rRNA基因并构建乳酸菌特异性克隆文库,研究小鼠肠道内各种乳酸菌的组成和比例.结果 克隆文库的分析结果表明罗伊乳杆菌(Lactobacillus reuteri)和约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)为ICR小鼠肠道内的优势种,其他还包括鼠乳杆菌(Lactobacillus murinus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)等乳酸菌以及一个潜在的乳酸菌新种.结论 健康ICR小鼠肠道内乳酸菌的多样性较高;L.reuteri种可能具有较高的菌株水平多样性.
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益生菌地衣芽孢杆菌治疗鸡腹泻机理初探
目的:探讨益生菌地衣芽孢杆菌饲喂鸡腹泻的治疗效果以及分子机理.方法:从养鸡场土壤中选择性分离芽孢杆菌,通过优化条件提高产生芽孢的比例;利用芽孢和大米混合后饲喂腹泻鸡,通过克隆测序分析腹泻鸡肠道微生物群落在饲喂前后的差异.结果:我们分离到一株地衣芽孢杆菌,通过优化条件使产芽孢的比例提高到60％.利用芽孢饲喂一周后能够有效地治疗鸡腹泻.分析鸡肠道微生物群落发现:鸡腹泻后其肠道细菌群落的多样性和均匀度降低.造成腹泻鸡肠道主要菌群为动胶杆菌(Zoogloeasp.);经芽孢饲喂后,主要菌群转变为拟杆菌(Bacteroides sp.),与健康鸡的肠道微生物主要菌群相似.结论:我们筛选到一株可能治疗鸡腹泻的芽孢杆菌,通过优化培养条件能够提高其产芽孢比例;腹泻鸡经芽孢饲喂后,其肠道中致病菌被益生菌所代替,形成正常的肠微生物菌群而恢复健康.
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中华按蚊实验室种群中肠内细菌菌群分析
目的 为获取实验室饲养的3个发育期中华按蚊中肠内的革兰氏阴性菌菌株. 方法 取实验室饲养的20只中华按蚊吸血成蚊的中肠,研磨稀释后涂板培养,挑取单个菌落,培养扩增.以各菌株的DNA为模板,对16S rRNA基因的V3高变区进行PCR扩增、测序和Blast分析.对经鉴定的各类细菌进行革兰氏染色.以中华按蚊的Ⅳ龄幼虫(10只)、刚羽化雌成蚊(50只)和吸血雌成蚊(20只)等3个发育期的中肠基因组DNA为模板,用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)分析3个发育期中肠细菌16S rDNA V3区序列;建立在3个发育期均存在的16S rDNA V3区的克隆文库,并进行测序分析.将两种方法获得的16S rDNA V3区序列进行亲缘关系分析,确定同种的革兰氏阴性菌. 结果 从吸血成蚊的中肠分离到28个菌株,经分类鉴定为5种细菌,除短芽孢杆菌革兰氏染色呈阳性外,气单孢菌、丛毛单胞菌、金黄杆菌和A4菌均为革兰氏阴性菌.DGGE分析显示,共检测到4组条带在3个发育期均存在,经序列分析来源于5种细菌,分别为气单孢菌、A4菌、假单胞菌、无色杆菌和某未知菌种,其中气单孢菌(GQ301543)和A4菌(FJ8701127)来源的16S rDNA V3区与分离得到的该两种菌株的序列一致性均为100%. 结论 获得2种在中华按蚊3个发育期中肠内均存在的革兰氏阴性菌株,分别为气单孢菌和A4菌.
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Atopobium vaginae与细菌性阴道病关系的研究
目的:应用非培养方法研究Atopobium vaginae与细菌性阴道病的关系.方法:根据Nugent评分标准从15例健康妇女及17例BV患者的其阴道分泌物中提取细菌总DNA.分别选择健康妇女及BV患者样本各3例,构建16S rRNA基因克隆文库并进行测序分析.应用Atopobium vaginae16S rRNA基因的特异性引物对32例样本进行PCR扩增.结果:Atopobium vaginae是BV患者阴道菌群中的优势菌种,它存在于大部分(14/17)BV患者阴道中,健康妇女阴道中(1/15)则很罕见.结论:Atopobium vaginae与细菌性阴道病的发生有一定的相关性.
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16S rRNA克隆文库法分析成人龋病唾液微生物多样性
目的:讨论汉族人群中高龋和无龋人群口腔唾液微生物结构的差异.方法:采集符合WHO采样标准的唾液样本6例,其中高龋组(CA组)3例,无龋组(CF组)3例,提取细菌总DNA,构建16S rRNA克隆文库,挑取阳性克隆子进行测序,并用MOTHUR等软件对结果进行分析,MEGA4.0软件构建系统发育树.结果:共获得80个OTUs,归属于5个门,9个纲,10个目,14个科,19个属,其中有13个优势属;CA组优势属为:链球菌属(53.16％)、普氏菌属(28.77％)、颗粒链球菌属(9.34％);CF组优势菌为:链球菌属(46.12％)、普氏菌属(23.41％)、奈瑟菌属(14.35％).结论:16S rRNA克隆文库法已成熟,可用于口腔微生物群落结构的研究,当地汉族人群中高龋和无龋人群口腔微生物群落结构存在一定的差异,高龋组中优势菌(链球菌属、普氏菌属、颗粒链球菌属)对龋病发生发展的作用还有待进一步的研究.
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甘肃东乡及裕固族牙周炎口腔微生物群落结构研究
目的:研究甘肃东乡族和裕固族成年人牙周炎唾液微生物群落结构.方法:构建16S rRNA克隆文库对测序结果进行分析,DP(东乡族样本),YP(裕固族样本).结果:发现链球菌属存在于所有样本中;伴放线放线杆菌属(DP:0.00％,YP:3.30％)、奈瑟菌属(DP:10.40％,YP:3.60％)及韦永球菌属(DP:0.40％,YP:3.85％)在两组样本中的分布具有明显的差异(P＜0.05).结论:甘肃东乡及裕固族牙周炎口腔微生物群落结构存在一定差异,其中,链球菌属、普氏菌属、梭杆菌属及嗜血杆菌属在牙周炎患者口腔中的作用值得进一步研究.
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甘肃保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构分析
目的：研究甘肃保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构，探寻优势微生物种群。方法：通过构建16S rRNA 克隆文库法对测序结果进行分析，利用 BLAST 、Mothur、Clustalx 2．0等软件进行细菌群落结构多样性分析，构建系统发育树。结果：共检测到84个操作分类单位（OTU），归属于5个门，12个纲，15个目，18个科，19个属。其中以厚壁菌门（Firmicutes，88．60％）比例多；6个优势菌属（检出率＞1％），分别为链球菌属（Streptococcus，70．28％）、颗粒链菌属（GranuIicatella，6．20％）、孪生菌属（Gemella，3．10％）、韦永氏球菌属（Veillonella，1．81％）、奈瑟菌属（Neisseria，1．03％）和嗜血杆菌属（Haemophilus，1．03％），其中链球菌属在8个样本中均出现。结论：保安族口腔健康儿童唾液微生物群落结构较为丰富；链球菌属为主要优势菌。
