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  • 种植年限对杭白芍根际细菌群落及芍药苷含量的影响

    作者:袁小凤;彭三妹;王博林;丁志山

    为探寻栽培年限对杭白芍根际细菌群落及芍药苷含量的影响,揭示根际土壤微生态与杭白芍品质的关系,收集了1~4年杭白芍的根及根际土壤,利用PCR-DGGE检测土壤菌群多样性;利用HPLC检测根中芍药苷含量.结果表明,种植杭白芍能明显降低土壤的酸性,并随着栽培年份增加pH酸性持续下降,到第4年时土壤pH、酶活均达到高,而有机质含量则低.变性凝胶梯度电泳检测1~4年的根际细菌多样性在3.38 ~3.61,多样性随栽培年限而上升,说明杭白芍的生长会促进土壤中的细菌多样性.测序结果表明,杭白芍土壤中的优势细菌为γ变形菌、α变形菌、放线菌、酸杆菌及厚壁菌等,其中,根际特异菌主要为α变形菌、酸杆菌Gp1及放线菌;而在非根际土中γ变形菌为特异优势菌群.此外,1~4年的杭白芍根际优势细菌组成基本相似,只有少数种类随年份发生改变,表明根际细菌群落的组成主要受杭白芍物种的影响.HPLC检测结果表明,1~4年杭白芍的芍药苷质量分数分别为3.26%,3.30%,3.36%,3.41%,均超过国家标准,且随生长年份呈上升态势,但无显著性差异.相关性分析可知,芍药苷含量与土壤pH、细菌多样性呈显著正相关,与有机质呈显著负相关.与其他有连作障碍的作物不同的是,随着栽培年限的延长,杭白芍根际的pH和细菌多样性不降反升,但优势菌群变化不大,这可能是该植物不产生连作障碍的原因之一.研究表明,农业实践中之所以选择4年采收杭白芍根入药的原因之一主要是产量而不是有效成分含量.此外,研究还发现有效成分芍药苷的累积与土壤pH、有机质和细菌多样性关系密切,证明杭白芍的道地性与土壤微生态环境密切相关.

  • 异基因造血干细胞移植术后微生物多样性的变化与肠道移植物抗宿主病的关系

    作者:陈小玉;王顺清

    目的:探讨异基因造血干细胞移植术后患者肠道微生物多样性的变化及其与肠道(gastrointestinal,GI)移植物抗宿主病(graft-versus-host disease,GVHD)的关系.方法:收集65例血液病患者移植前2周(移植前组),移植后1个月(移植后组)及GIGVHD发生时的粪便样品;同时收集26例供者及10例健康人(对照组)的粪便样品;提取粪便微生物中的16S rRNA并扩增其V4可变区,扩增产物在Illumina HiSeq 2500平台测序,对测序结果进行分析对比.结果:移植前组微生物多样性为5.70 (3.74,10.60),对照组为7.30(4.89,11.41),2组比较差异无统计学意义;移植后组微生物多样性为3.88(2.39,6.49),低于对照组及移植前组.移植后微生物多样性在不发生GIGVHD的患者中为4.24(2.47,7.16),随后发生GIGVHD的患者中为2.90(1.48,5.64),2组比较差异无统计学意义;GIGVHD发生时的患者中微生物多样性为2.13(1.76,3.75),低于不发生GI GVHD的患者.结论:异基因造血干细胞移植术后肠道微生物多样性降低,并与GI GVHD相关.

  • 某医院船不同舱室微生物多样性初步研究

    作者:付凯飞;王欲晓;李军;刘英;乔媛媛;周丽君

    目的:应用16S rDNA测序技术分析海军某医院船不同舱室细菌群落结构及其多样性,为医院船潜在感染的监测和控制提供科学依据。方法采用拭子涂抹方法在医院船的12个舱室( A~L位)共采集样本31份,采用IlluminaHiseq2500高通量测序平台PE250测序策略对样品16S rDNA扩增的V3~V4区域进行测序,并进行物种分类、丰度及多样性等生物信息分析。结果31份样品共产生原始测序数据为1860.64 Mbp,每份样品平均产生54.86 Mbp的clean data序列,各样品检测的Tags数量平均为60000,Unique tags序列数量均值为58364;操作分类单元( operational taxonomic units , OTU)数量181~2239。在医院船12个舱室中共检测到26个细菌门纲目等类,216个细菌科,414个细菌属。其中在各级水平分布的优势菌群分别为厚壁菌门(Firmicutes)、葡萄球菌科(Staphylo-coccaceae )和葡萄球菌属( Staphylococcus)。在属水平,葡萄球菌属在L位和J位分布多,微球菌属在B位分布多(27.15%),不动杆菌属在K位占优势(23.83%),栖水菌属则主要见于C位。12个舱室两间共有的OTU数量占检测到OTU总数的比例均<22.3%,其中K位有着高的Chao指数(4711.55)和Shannon-Wiener指数(8.58),及高的Simpson优势度指数(0.9905)。结论医院船菌群构成复杂、多样,以革兰阳性葡萄球菌为优势菌属,并有水生环境中的菌属分布,与陆地医院常见细菌分布存在明显差异,而且各舱室细菌物种丰度及分类也存在明显不同。

  • 不同龋敏感儿童牙菌斑微生物多样性分析

    作者:颜正豪;褚昊月;郭静;张晟;亓庆国

    目的:利用高通量测序方法,研究 ECC 儿童和 S-ECC 儿童牙菌斑微生物的多样性变化,探索儿童龋病的病因学。方法采集 ECC儿童和 S-ECC 儿童牙菌斑样本,利用 Il umina MiSeq 测序方法,针对16SrRNA 基因 V4变异区设计通用引物进行测序分析菌群微生物的群落变化。结果测序总共测得1669057条有效序列,平均有效率为89.16%,共1514个操作分类单位(OTU)。结论儿童龋病的发生发展与链球菌属等菌属密切相关,其种群的多样性呈现特异性的富集。

  • 美科学家在土壤中发现了新型抗生素

    作者:《药品资讯网》

    美国洛克菲勒大学研究团队近在土壤样本中发现了一种潜在的新型抗生素,科学家们因此大受鼓舞,并打算从世界各地征集土壤样本进行检测。该研究小组说,大自然中存在许多未经培养的细菌,可以提供大量的新型有机分子,其中许多可被拿来研制新药。基因编码小分子实验室的负责人布雷迪博士说:“我们希望通过努力,了解自然界微生物多样性以及化学多样性的分布,借以发现新的药物并改良现有的药物。”

  • 甲硝唑与乳杆菌活菌制剂对细菌性阴道病患者阴道微生物群影响的对比性研究

    作者:陈琛;黄少磊;丛丽敏;董为为;李明;袁杰利

    目的 对300例细菌性阴道病(Bacterial Vaginosis,BV)患者随机使用甲硝唑(100例)、乳杆菌活菌制剂定君生(100例)及甲硝唑联合定君生(100例),观察乳杆菌在阴道内定植情况及用药前后阴道内微生物多样性的变化,为临床治疗细菌性阴道病提供实验依据.方法 分别提取300例BV患者用药前和用药后的阴道微生物总基因组DNA,以德氏乳杆菌16S rDNA特异性引物进行PCR,检测患者用药后德氏乳杆菌在阴道内的定植情况.以细菌16S rRNA V3区通用引物进行PCR,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对所得指纹图谱进行分析,研究用药对微生态变化的影响状况.结果 甲硝唑治疗组用药前后均没有德氏乳杆菌检出;定君生治疗组用药后德氏乳杆菌检出率为54%;甲硝唑联合定君生治疗组用药后德氏乳杆菌检出率为76%.甲硝唑治疗组用药后微生物多样性显著降低,微生物群结构失衡;定君生治疗组用药后微生物多样性有所降低,微生物群结构无显著差异;甲硝唑联合定君生治疗组用药后微生物多样性降低,但较前两组有所增加,微生物群结构差异无统计学意义.结论 甲硝唑显著降低BV患者阴道微生物多样性,引起微生态失衡;定君生对BV患者阴道微生态的影响明显小于甲硝唑;定君生的使用有利于甲硝唑干预后阴道微生物多样性的恢复和微生态平衡的重建.

  • 养生月报

    作者:

    不健康饮食有可能危及子孙
      一项新的在试验鼠身上进行的研究证实了这样的说法:我们传递给子代的关键成分是遗传物质DNA,但肠道微生物也能够同时遗传下去。而且更为严重的是,这些肠道菌一旦消失,很难重新在肠道内定殖。人体肠道内上千亿的微生物以蔬菜中的纤维素作为营养来源,并给我们提供能量。如果纤维素的摄入量下降,大量细菌将不能存活,将影响健康。现在发达国家的人体内微生物多样性相比发展中国家的人要少30%,这很有可能是由于纤维素摄入量不足导致的。这些发现对我们目前的缺少膳食纤维的饮食习惯对后代的影响提出了严肃的质疑。

  • 高矿浆浓度下黄铜矿浸出过程中微生物群落结构变化规律

    作者:苏丽君;黄秋霞;邹海蛟;邹林峰;左雅婵

    目的:为阐明微生物群落演替及功能与浸出效率之间关系奠定基础,以及如何提高黄铜矿生物浸出效率和铜回收率提供理论依据.方法:通过连续传代培养进行驯化,使得复合菌群的矿浆浓度耐受能力达到25%(w/v).采用该复合菌群在25%矿浆浓度下浸出黄铜矿,同时利用变性梯度凝胶电泳和克隆文库技术分析浸出过程中的微生物多样性.后,采用实时荧光定量PCR对浸出过程中微生物群落结构进行定量解析.结果:28天内黄铜矿浸出率能够达到95.1%,而驯化前的浸出率只有51.5%.该复合菌群主要由Acidithiobacillus caldus,Sulfobacillus acidophilus和Ferroplasma therraophilum组成,其中Acidithiobacillus caldus是浸出前期和后期的优势种群,而Sulfobacillus acidophilus在浸出中期均有竞争优势,Ferroplasma thermophilum在整个浸出过程中占据整个群落的比例均较低.结论:本研究获得的复合菌群具有较强的浸出黄铜矿能力,Acidithiobacillus caldus和Sulfobacillus acidophilus在浸出过程中起着重要的作用,pH值和铜浸出率与群落结构相关性较高.

  • 封闭环境下酸性矿坑水中微生物生态多样性的研究

    作者:霍强;刘晰;刘文斌;谢建平;刘新星

    铜绿山铜矿是世界开采时间长的矿井之一,在开采过程中有许多矿井被废弃,许多废弃的矿井内产生了大量的对环境有害的酸性矿坑水.酸性矿坑水取自铜绿山铜矿某废弃矿井,利用限制性酶切片断多样性分析(RFLP分析)对酸性矿坑水中的微生物生态多样性进行了研究.研究表明,酸性矿坑水呈酸性,相对于其他极端与非极端生态环境,酸性矿坑水中的细菌与古菌的群落多样性较低.RFLP分析与系统发育分析表明,酸性矿坑水中细菌主要由A.fcrrooxidans(属于gamma-Proteobacteria)和L.ferrooxidans(属于Nitospira)成;古菌主要由Thermoplasma相关古菌组成.在这种封闭环境的酸性矿坑水中首次发现了类似于产甲烷古菌的克隆片断,其占古菌种群的四分之一左右.本研究将促进对酸性矿坑水中细菌及古菌群落组成及其对酸性矿坑水产生的作用的研究.

  • PCR-DGGE检测溃疡性结肠炎大鼠胃肠道中细菌多样性研究

    作者:陈孝天;彭三妹;王博林;陈如意;袁小凤;林瑶

    目的:探讨溃疡性结肠炎对大鼠胃肠道微生物多样性影响,为治疗溃疡性结肠炎提供可靠依据。方法采用2,4-二硝基氯苯乙酸复合法对健康SD大鼠进行溃疡性结肠炎造模;运用CTAB-SDS法提取肠道微生物总DNA,通过PCR-DGGE分析溃疡性结肠炎大鼠之间胃肠道微生物多样性差异。结果溃疡组、用药组和正常组大鼠的消化道中,不同部位细菌Shannon指数变化较大(1.64~3.05),结肠中Shannon指数高,其次是胃,小肠低。在结肠,不同组的细菌多样性Shannon指数变化幅度不大,以用药组高(3.05),其次溃疡组(2.98),正常组2.95,说明大鼠结肠在健康状态下细菌多样性低,结肠炎后会发生一定的变化。此外,发现病变后的大鼠胃中拟杆菌属、梭菌属、普氏菌属、紫单胞菌属等厌氧细菌增加,病变后的结肠中乳杆菌属细菌明显减少,紫单胞菌属和梭菌属细菌明显增加;病变后小肠中部分乳杆菌种类消失,同时梭菌属和紫单胞菌属等不常见菌群的出现。结论溃疡性结肠炎大鼠胃、小肠、结肠中有益菌乳杆菌明显减少,普氏菌属、紫单胞菌属、梭菌属等明显增多,这些菌属可作为条件致病菌引起内源性感染,可能是造成溃疡性结肠炎的重要原因。

  • 应用新一代高通量测序技术探讨含氟涂料对 患龋乳前牙菌斑微生物的影响

    作者:杨琳;张璐;李延平

    目的 应用新一代高通量测序技术,了解含氟涂料处理患龋乳前牙前后菌斑微生物的变化.方法 选取20名乳前牙患龋的学龄前儿童,菌斑生物膜样本采自含氟涂料处理前和处理后3天、7天和30天的乳前牙患龋牙面;抽提全基因组DNA后,用16S rRNA基因V4-V5高变区为引物扩增后,运用MiSeq测序平台测序并分析.结果 4个时间点菌斑生物膜微生物多样性Shannon指数的比较表明,涂氟后3天、后7天比涂氟前的Shannon指数更低(P=0.011;P=0.016),提示菌斑生物膜的微生物多样性降低;涂氟后30天和涂氟前的Shannon指数持平(P>0.05),提示涂氟后菌斑生物膜的微生物多样性恢复至涂氟前的状态;PCA分析也进一步表明和Shannon指数一致;4个时间点优势菌属的比较表明涂氟后3天、后7天、后30天和涂氟前优势菌属的种类和相对丰度均没有差异,说明含氟涂料对菌斑生物膜的多样性的抑制作用没有特异性.结论 含氟涂料对患龋乳前牙牙面菌斑微生物在一定时间内有明显的抑制作用,抑制作用无特异性,微生物多样性经过一段时间还能恢复至原有状态.

  • 东营石油污染区微生物多样性及优势菌假单胞菌对甲苯的降解

    作者:张晓

    目的:随着石油及其产品对环境的污染越来越受到重视,利用土壤微生物修复方法治理石油污染土壤得到了越来越多的关注。土壤中各种微生物可以吸收、降解和转化土壤中的污染物,使污染物的浓度降低或转化为无害的物质。本实验研究了东营石油污染区微生物的多样性及假单胞菌对甲苯的降解。方法对山东东营胜利油田附近区域的土壤微生物群落通过分子生物学方法进行分析研究,用大田实验研究了假单胞菌对甲苯的降解。结果确定了不同污染程度土壤中微生物多样性的变化,证明污染程度不同的区域具有相似的优势菌群。随着污染程度变化,微生物种类有所差异。优势菌群具有良好的污染物降解能力。结论对污染区微生物多样性及菌群对有机物的降解的研究,有助于利用生物降解的方法应对有机物的污染。

  • 香烟烟雾暴露对正常小鼠下呼吸道菌群分布的影响

    作者:党如意;赵晨阳;樊兴;赵子龙;蒋新格;李革

    目的 探讨香烟烟雾暴露对正常小鼠下呼吸道菌群分布的影响.方法 将10只雌性清洁级昆明系小鼠随机分成实验组和对照组各5只.实验组每天给予1次、每次2 h、每次14支香烟的烟雾暴露,持续70天.对照组正常饲养,不染毒.停止香烟烟雾暴露15天提取两组肺部细菌进行16S rRNA测序,检测其下呼吸道菌群组成并测算相对丰度.对下呼吸道菌群进行α多样性、稀释曲线、物种丰富度、PCA分析.结果 对照组下呼吸道主要菌属按相对丰度从高到低依次为盐单胞菌(相对丰度70.8%)、Enterobacteriaceae_unclassified(相对丰度2.5%)、肠杆菌(相对丰度2.3%)、Pelagibacterium(相对丰度2.1%)、涅斯捷连科氏菌(相对丰度1.8%)、葡萄球菌(相对丰度1.4%)、芽孢杆菌(相对丰度1.2%)、Gemmatimonadaceae_uncultured(相对丰度1.1%)、副球菌(相对丰度0.8%)、红杆菌(相对丰度0.7%)、棒状杆菌(相对丰度0.6%)、Saccharibacteria_norank(相对丰度0.4%)、Zoogloea(相对丰度0.4%),实验组上述菌属相对丰度分别为46.8%、2.9%、2.5%、3.9%、0.9%、0.4%、0.3%、1.0%、19.3%、1.5%、1.5%、1.4%、1.2%.两组优势菌属十分相似.α多样性分析结果显示,两组Chao指数、Shannon指数、Simpson指数比较P均>0.05;两组Coverage指数为0.990~0.999.稀释曲线分析结果显示,随着样本序列的增大,细菌物种数变化不大.物种丰度差异性分析结果显示,两组丰度有差异且LDA值大于2的菌群共有10个.Metastats软件分析发现,在属的水平上,共16种菌属的相对丰度存在统计学差异;但存在统计学差异的菌群相对丰度均少于1%.说明香烟烟雾对优势菌属无影响,对少量非优势菌属存在影响.PCA分析结果显示,对照组菌群组成较为相似,观察组菌群组成则差异明显.结论 香烟烟雾暴露对小鼠下呼吸道菌群的生物多样性无明显影响,但可影响部分非优势菌属的相对丰度.香烟烟雾暴露可能通过改变下呼吸道菌群组成引起宿主下呼吸道免疫反应改变,从而导致或者促进肺部疾病的发生.

  • 地下水中可培养微生物多样性研究进展

    作者:吴清平;魏磊;张菊梅

    目前世界上对微生物多样性的认识及分布规律研究还处在初级阶段,多数研究集中在地表环境,对地下水中微生物多样性及其生命活动规律的研究十分匮乏.地下水生态系统为微生物提供庞大而且复杂的栖息环境,地球上约40%的原核生物都栖息在地下水中.随着人们对地下水饮用安全和其有机物污染降解情况的重视,越来越多的研究开始对地下水微生物多样性展开了系统深入的调查.

  • 健康儿童及成人唾液微生物多样性研究

    作者:汪珍珍;王译彬;吴芳;李俊平;周建业;李志强;余占海

    目的:16S rRNA高通量测序技术分析口腔健康儿童与成人唾液微生物多样性的差异.方法:选择11位受检者(5例口腔健康成人(AJ组),6例口腔健康儿童(CJ组))的唾液样本进行细菌DNA提取,后利用Illumina MiSeq测序平台对11例样本DNA的16S rRNA V4-V5区进行测序,并分析两组唾液样本间菌群多样性.结果:11个样本总获得474119条序列,共92230TUs,归属于26个门,374个属;PcoA检测显示两组微生物群落结构有明显差异;T-检验显示两组间差异菌属为:纤毛菌属(Leptotrichia)、卟啉单胞菌属(Porphyromona)、密螺旋体属(Treponema)、孪生球菌属(Gemella)、颗粒链菌属(Granulicatella);其中,卟啉单胞菌属、密螺旋体属、纤毛菌属在AJ组的相对丰度高于CJ组,孪生球菌属、颗粒链菌属在CJ组相对丰度高于AJ组.结论:健康成人与健康儿童口腔唾液微生物群落结构在种类上相似,而在丰度上存在差异,差异提示:健康成人较健康儿童更倾向患牙周病;健康儿童较健康成人更倾向于患龋病.

  • 龋齿及牙周病患者与健康人群口腔微生态的比较研究

    作者:史彦;李成杰;张明正;王鑫;杨少国;孟凡景;陈廷涛;杨健

    目的:利用高通量测序技术比较健康入和口腔患者口腔微生物的组成和变化.方法:选取典型的龋齿和牙周病患者,收集受刺激的唾液和口咽样本并进行高通量测序,利用生物信息学分析和比较各样品之间的物种组成差异.结果:各组的平均操作分类单元(OTU)为315个,其中健康人口腔内硬壁菌(Firmicutes)、拟杆菌(Bacteroidetes)、蛋白菌(Proteobacteria)、放线杆菌(Actinobacteria)和梭杆菌(Fusobacteria)对应的OTU数目分别73、64、53、19和18个;此外,相对丰富度结果表明硬壁菌(Firmicutes)在儿童组中减少而在青年组和成年组中增多,而蛋白菌(Proteobac-teria)在儿童组中增多而在青年组和成年组中减少.结论:年龄段和口腔疾病对牙齿的发育和口腔微生物的组成影响 巨大,传统意义上的致病菌可能在口腔健康中同样发挥着维护口腔稳态的作用.

  • 种植体周围黏膜炎龈下微生物群落多样性研究

    作者:陈新;熊萍;钟科;孙勇;陈一

    目的:检测种植体周围黏膜炎龈下微生物群落的多样性,研究种植体周围黏膜炎龈下微生物种类、数量以及群落分布,找出特异性微生物,为临床上选择适当的维护与干预方法提供依据.方法:采集10例患黏膜炎的种植体龈沟液样本(A组)及14例健康种植体的龈沟液样本(B组),提取样本龈沟液中的微生物总DNA作为模板,采用细菌的16S rDNA V3区通用引物进行扩增,扩增产物进行DGGE电泳分析及克隆测序分析.结果:A组较B组龈沟液量多,差异有显著统计学意义(P<0.01).AB两组样本整体相似性为18%,A组各样本群落相似性为29.9%~60.2%,B组各样本相似性30.8%~74%.A组测得5种菌门,包括15种菌属,B组测得4种菌门,12种菌属.A组G-厌氧杆菌比例为69.65%,B组为64.51%.结论:发生种植体周围黏膜炎时龈沟液量较健康种植体增加,龈沟液量可一定程度上反映种植体周围软组织的健康状况.种植体周围组织在健康状态和发生黏膜炎时的龈沟液中微生物群落均具有高度多样性,但菌群结构差异较大.健康种植体及种植体周围黏膜炎龈下微生物群落均以G-厌氧杆菌为主,后者G-厌氧杆菌比例更高.

  • 聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳技术在口腔微生物多样性研究中的应用

    作者:沈会平;苏健裕;彭帅;朱啸;石磊

    目的 应用聚合酶链反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE )技术,分析健康人的口腔菌群及其菌种组成的多样性.方法 抽取8名健康人唾液样本,分别提取唾液细菌总DNA,PCR扩增16SrDNA并进行DGGE 和系统发育树分析.结果 8名健康人唾液样本的DGGE指纹图谱条带差异性较大,仅有65%相似性,表明采用PCR-DGGE 对口腔微生物多样性的检测是可行的.结论 PCR-DGGE 技术可较灵敏、直观地反映口腔微生物多样性情况.

  • 变性梯度凝胶电泳分析口腔微生物多样性的研究进展

    作者:谷海晶;凌均棨

    变性梯度凝胶电泳(DGGE)是近些年微生物分子生态学研究中的热点技术之一.由于DGGE技术具有可靠性强、重现性高和方便快捷等优点,被广泛地应用于微生物群落多样性和动态性分析.下面就DGGE的原理、在口腔微生物研究中的应用、优缺点和应用前景作一.

  • 不同龋敏感青少年口腔细菌多样性分析

    作者:张洋洋;何金枝;徐欣;周学东

    目的 通过聚合酶链反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析无龋及高龋青少年的唾液细菌多样性的差异.方法 随机选择20名12~18岁青少年分为无龋组(n=10)和高龋组(n=10),收集其非刺激性唾液,提取细菌全基因组DNA,采用通用引物进行PCR扩增,采用Quantity One软件对扩增产物DGGE指纹图谱进行分析.结果 DGGE图谱分析表明:唾液细菌的组成具有个体差异性;唾液样本中检测到的条带数无龋组为32.5±3.7,高龋组为27.3±3.4,差异有统计学意义(P=0.008).高龋组和无龋组的Shannon-Wiener's指数分别为2.5±0.2和2.6±0.2,二者之间的差异无统计学意义(P=0.405).聚类分析发现,同组内大部分样本聚类位置相近,群落结构表现出较高的相似性;不同组的大部分样本未聚类在一起,群落结构呈现出一定的差异.结论 无龋青少年唾液细菌的多样性显著高于高龋青少年,唾液细菌的多样性在龋病发展过程中有减少的趋势.

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