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应用基因表达系列分析方法进行宫颈上皮基因表达谱的研究
目的评价基因表达系列分析方法在宫颈鳞状上皮基因表达谱研究中的作用.方法应用基因表达系列分析方法(serial analysis of gene expression,SAGE.)建立正常宫颈鳞状上皮基因表达的SAGE文库.结果经SAGE分析获得13 886个特异标签,从中得到1 950个特异基因信息.结论 SAGE是一种能够快速、高通量地研究组织细胞基因表达谱的方法.
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基因芯片在精神分裂症研究中的应用进展
精神分裂症是基因易感性和环境共同作用的结果,以往采用连锁分析方法难以确定其主要致病基因及遗传方式.因此研究者把目光从原先在DNA 水平上鉴定基因结构缺陷,发展到在RNA水平上检测基因表达异常.虽已有不少基因表达检测技术如northern印迹、原位杂交、差异显示及基因表达系列分析(SAGE)等,但均远不如基因芯片技术灵敏、快捷、准确.基因芯片技术能同时检测成千上万个mRNA的种类和丰度,是研究基因表达的有效工具.
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垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织基因表达系列分析文库的构建和初步分析
目的探讨垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织中基因表达特点及差异.方法采用基因表达系列分析方法(serial analysis of gene expression,SAGE)分别构建垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织的SAGE文库,在两个SAGE库中各挑取40个阳性克隆测序,用SAGE2000软件对序列文件进行分析并与美国国立卫生研究院的SAGEmap进行数据比较,从而了解不同组织基因表达情况.结果在瘤周正常垂体组织的40个序列文件中提取到655个基因标签,可确认代表43个不同的基因;垂体腺瘤组织的40个序列文件中提取到737个基因标签,可确认代表53个不同的基因,这些基因标签中有13个是以往未报道的新的基因标签.瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织中与垂体激素分泌及能量代谢有关的一些基因表达水平较高.两种组织中均有生长因子和细胞因子的表达,其中包括与免疫系统有关的细胞因子.但是,瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织基因表达又存在明显差异,分别有31个和5个基因标签仅在特定组织中检测到.结论瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织中都存在与垂体激素分泌及能量代谢有关的一些基因的高表达以及生长因子和细胞因子的表达,同时两种组织基因表达又存在明显差异.用SAGE方法既能较完整地获得基因表达丰度的量化信息,又可以发现新基因.
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系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库的建立
目的 构建系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)外周血单个核细胞基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)文库.方法从3例家族性SLE患者外周血单个核细胞分离Poly A RNA,采用改良的SAGE技术构建SAGE文库,随机挑选阳性克隆进行菌落PCR鉴定及对部分阳性克隆进行测序.结果 初步构建的SAGE文库已获得600个克隆,随机取50个进行菌落聚合酶链反应(PCR)分析,其中43个克隆中质粒插入片段大于300 bp,占86%.部分克隆测序证实含有序列正确的SAGE标签.结论 应用改良SAGE的技术成功构建了SLE外周血单个核细胞SAGE文库,为筛选SLE患者差异表达基因奠定了基础.
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系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库的初步解析
系统性红斑狼疮(SLE)是一种具有家族聚集倾向的自身免疫性疾病,多基因参与疾病的发生已成共识.基因芯片研究提示其具有不同于正常健康个体的基因表达谱,但还不足以区分其他相关的自身免疫性疾病如类风湿关节炎[1].对此一个较为合理的解释是目前用于基因芯片研究的已知基因数量和特异性尚未达到将其区分的程度.然而,现阶段新基因发现已进入一个相对缓慢的平台期,有必要尝试利用新资源或新技术来继续新基因的探索发现过程[2].
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基因表达系列分析及在移植耐受研究中的应用进展
基因表达系列分析(SAGE)是一种能够快速、详细、准确地反映生物体内在不同的发育期及生理病理状态下基因表达水平的高效技术.SAGE不需要已知基因序列,可以发现新的转录本,可以对组织、细胞进行基因表达的定量定性研究,在生物学及医学研究中得到了广泛的应用.
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表达谱数据库的原理与应用
表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库,具有社区共建和数据共享的特征,为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具,体现了高通量数据研究的发展趋势.表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因,提示细胞内的信号转导途径的变化,甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究,因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息,提高科研效率有重要的意义.
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钙结合蛋白S100A4表达与乳腺癌的侵袭和转移
乳腺癌是威胁全世界妇女健康的主要疾病之一.近些年乳腺癌发病率呈逐年上升趋势,而且发病高峰提前;虽然针对乳腺癌的综合治疗已使其五年生存率有所提高,但是乳腺癌患者发生远处转移仍是影响其预后的重要因素之一.新近分子生物学研究表明:肿瘤细胞的某些基因活性改变及其表达产物在肿瘤的侵袭、转移和预后等一系列病理过程中发挥着重要作用[1].近,通过cDNA文库基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)筛选出的S100A4蛋白就是一个与乳腺癌等恶性肿瘤的侵袭、转移等密切相关的重要因子[1-3].
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基因表达系列分析及其在寄生虫学研究中的应用
基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)是一种高通量、快速定量分析真核细胞基因表达信息的技术.它通过抽取距离每个mRNA中3'端polyA尾近的一个锚定酶识别位点下游的10～14 bp片段作为其代表性标签,连成长串,克隆到载体中,进行高效测序,统计出研究对象中的mRNA的种类和丰度.SAGE技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因并得到这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异.本文将综述基因表达系列分析技术的原理、特点、方法、进展及其在寄生虫学研究中的应用.
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健康人成熟精子中mRNA的种类特征
目的 分析具有正常生育能力男性成熟精子mRNA的种类特征.方法 健康并育有后代的成年男性11例,禁欲3～5 d后取精液,上游法纯化精子,Trizol试剂提取精子总RNA.混合所有总RNA进行基因表达系列分析(SAGE),随后对所得SAGE文库进行功能聚类性分析.结果 所建SAGE文库共获877个克隆,测序得到21 052个标签,出现两次以上的独特性标签有2 712种.SAGE文库用DAVID软件进行功能性聚类分析,高丰度的389个基因能聚合成25组功能性的基因.突出的是一组核蛋白基因、参与DNA依赖的基因转录和转录调节;其次是与胞质,核糖体蛋白以及蛋白质合成相关的基因;其他基因类别还包括蛋白多肽水解相关蛋白;具有蛋白激酶活性,蛋白氨基酸磷酸化、蛋白修饰相关蛋白;免疫相关蛋白等.结论 人成熟精子中存在数量庞大、种类繁多的mRNA,这些mRNA可能并不仅仅是在精子形成过程中残留下来的,它的功能可能包括重新翻译以替代降解的蛋白、染色质的重组装,受精过程中传递一些父系必须的RNAs到卵子中以进行表观遗传.
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结肠癌实质细胞长标签基因表达系列分析文库的建立及应用
目的:应用长标签基因表达系列分析(long serial analysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因.方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方法得到结肠癌实质细胞及其相应正常结肠上皮细胞的反义RNA(antisense RNA,aRNA)样品,构建LongSAGE文库;然后应用SAGE2000软件对所得序列文本进行分析,筛选肿瘤相关基因;后采用RT-PCR方法验证该差异表达基因.结果: 结肠癌细胞LongSAGE文库标签体总数为50 542个,识别出基因总数为16 497个.正常结肠细胞LongSAGE文库标签体总数为50 124个,识别出基因总数为16 417个.LongSAGE文库筛选出结肠癌差异表达基因705个(P＜0.05).转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene,TGFBI)为LongSAGE文库筛选出的结肠癌相关基因,RT-PCR检测验证了其在结肠癌组织标本中表达上调.结论:LCM-LongSAGE是对结肠癌实质细胞进行定量转录组研究的可行流程.
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正常生育男性成熟精子mRNA的种类和特征
目的:剖析具有正常生育能力男性成熟精子mRNA的种类和丰度.方法:健康并育有后代的成年男性10例,禁欲1周后取精液,上游法优化精子,Trizol试剂提取精子总RNA.混合所有总RNA进行基因表达系列分析(SAGE).结果:所建SAGE文库共获877个克隆,测序得到21 052个标签,出现两次以上的独特性标签有2 712种.经与SAGEmap数据库比对,19.7%的独特性标签没有基因匹配,代表新基因;其余能匹配的基因中,67%具有蛋白质结合或核酸结合能力,41%具有催化活性,13%与信号转导有关,与细胞运输、精子结构、转录调节相关者分别达到10%左右.结论:人成熟精子中存在数量庞大、种类繁多的mRNA.
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基因表达系列分析技术在消化道肿瘤研究中的应用
基因表达系列分析技术(SAGE)是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段.它不需要事先知道其基因序列,能同时对数千个转录体的丰度进行定量研究.近年来人们利用此技术对正常和疾病组织细胞的基因表达信息进行了广泛的研究,作者就SAGE在消化道肿瘤研究中的应用进展作一综述.
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基因表达系列分析技术研究进展
基因表达系列分析技术(SAGE)是一种新的基因表达分析技术,它可以大量获取全基因组范围基因表达的类别并量化分析.由于其克服了基因丰度的影响,SAGE在新基因的发现中具有独特的优点.同时,SAGE技术被成功应用于特异组织或细胞的转录组研究、mRNA群体间的全局化比较以及差异表达基因染色体分布的分析.文章主要述及了SAGE技术的原理、特点及其在应用上的新进展.
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基因表达系列分析及其应用
基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术,它能够直接读出任何一种类型细胞或组织的基因表达信息,因此是研究基因表达定性和定量的一种有效工具.近年来人们利用此技术对动植物及人类的基因表达信息进行了广泛的研究,本文就SAGE特点、方法及其应用作一简要介绍.
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SAGE方法分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达
目的：采用基因表达系列分析（serialanalysisofgeneexpression,SAGE）方法，分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达。方法：细胞培养,收获永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞;提取细胞总RNA,分离mRNA,合成生物素标记的双链cDNA;采用SAGE方法获取标签序列，结合UniGene文库分析标签代表的转录本，终通过SAGE软件分析标签丰度，比较两组细胞基因表达差异。选取SAGE实验得到的在两组细胞中表达的已知基因Smad7和CCR11，以RTPCR方法制备探针，用两组细胞等量总RNA为样本，做Northernblot杂交。结果：建立了2个独立的SAGE文库。一个是1.5Gyα粒子照射诱发恶性转化BEP2D细胞的SAGE文库，一个是永生化BEP2D细胞SAGE文库。从2个文库中分别挑取克隆53个、50个，进行测序，测序一共得到总标签2331个，代表单一转录本252个，有70％的SAGE标签可找到与之一一对应的基因，有84个核糖体蛋白基因，约占33％；有12个转录本（4.8％）找不到与之理想匹配的已知基因；2个SAGE文库间，大多数基因表达丰度相近。对2个SAGE文库进行比较发现有在永生化细胞中高表达的基因，也有在恶转细胞中高表达的基因。Northernblot杂交证实SAGE方法得到的TGFβ诱导的Smad7基因在恶转BEP2D细胞中表达略高，化学激活物受体CCR11基因在永生化BEP2D细胞高表达。结论：（1）现有SAGE结果给出两组细胞基因表达丰度及表达差异的趋势。（2）SAGE方法结合Northernblot杂交，证实TGFβ诱导的Smad7基因在恶转BEP2D细胞中表达略高，化学激活物受体CCR11基因在永生化BEP2D细胞高表达。提示Smad7基因参与细胞恶转，CCR11基因对维持细胞正常生长有作用。（3）SAGE方法同时定量比较两组或两组以上mRNA间基因表达水平,简便、快捷，尤其适于筛查已知基因的新功能。
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数据库挖掘法高通量筛选分析前列腺癌相关基因
背景与目的:发现并研究前列腺癌与正常前列腺组织差异表达的基因,不仅可帮助阐明前列腺癌分子病理学机理,而且可提供有价值的诊断及治疗的肿瘤标志物.越来越多的肿瘤基因表达信息被收集在美国癌症基因组解剖计划(CGAP)数据库,给肿瘤研究者提供了一个前所未有的机会去挖掘筛选肿瘤差异表达基因.本研究探讨利用这些公用信息及分析软件去分析挖掘前列腺癌差异表达基因的可行性及具体筛选方法.方法:通过选择合理的数据库及统计参数,利用分析软件SAGE DGED及cDNA DGED获得在前列腺癌组织相对正常组织差异表达超过5倍的SAGE标签及cDNA,完成SAGE标签对基因的确认后根据我们制定的筛选原则进行标签筛选;后通过UniGene、OMIM及Pub/Med等数据库注释候选基因的主要功能及与前列腺癌的关系.结果:通过SAGE DGED得到53条差异表达基因,其中26条为前列腺癌上调表达,27条下调表达.通过cDNA DGED得到28条差异表达基因,其中15条前列腺癌上调表达,13条下调表达.结论:合理利用公用生物信息学资源,联合多数据库挖掘肿瘤相关基因是一个简单而可行的方法,可以给进一步的生物学实验以大量的提示.
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结肠腺癌及正常黏膜mRNA表达谱的构建
目的 构建结肠腺癌和正常黏膜基因的mRNA表达谱,探讨其表达差异,为进一步研究提供线索.方法 用SAGE(Serial analysis of gene expression)方法构建两者的mRNA表达文库,挑选一定数量克隆进行测序,结果用SAGE2000软件分析并进行比较.结果 构建了同一患者结肠正常黏膜和腺癌的SAGE表达文库,软件分析分别获得标签7926和7672个.癌组织与正常黏膜组织及与国外先期构建的结肠腺癌SAGE文库相比较其高表达基因之间均存在明显的表达差异.结论 SAGE技术是构建mRNA表达谱的有效方法;结肠腺癌与正常黏膜高表达基因之间存在明显差别;中国人结肠腺癌的基因表达可能具有自身的特点.
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基因表达差异显示方法研究进展
分离差异表达基因,对于研究细胞生命过程的调节机制及研究致病机理具有重要意义.90年以来,先后出现了mRNADD、RDA、SSH、SAGE、DNA microarray等多种分离差别表达基因的手段,本文对以上方法的原理、基本步骤及其应用作了简要综述.
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基因表达系列分析及其应用前景
基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression, SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析.近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究,并且可以发现新基因信息,还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响,明确表达基因的功能.本文就SAGE的原理、实验方案、技术发展与演变及其应用前景进行详细介绍.
