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尼帕病毒基因结构及其产物
尼帕病毒(nipah virus,NV)是新近发现的一种新的副粘病毒,因导致1998~1999年马来西亚、新加坡等东南亚国家流行性脑炎而倍受关注.本文就尼帕病毒的基因组结构、编码蛋白的特征、分子诊断技术及与其它负链RNA病毒的关系等方面综述了其研究进展.
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狂犬病毒的分子生物学研究
狂犬病毒(rabies virus)是狂犬病的病原体,是一种包膜病毒,在分类学上属于弹状病毒科狂犬病病毒属.根据血清学和抗原性的关系,狂犬病毒分为4个血清型[1].血清Ⅰ型由经典的狂犬病毒组成,包括野毒株和固定株,血清Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型统称为狂犬病相关病毒.近年来,随着分子生物学技术的发展,在狂犬病毒的基因组结构、基因组复制、转录和调控等方面积累了丰富的资料,笔者就狂犬病毒分子生物学方面的研究进展进行了综述.
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家蚕核型多角体病毒的基因组结构及其表达模式
Bombyx mori nucleopolyhedrovirus(BmNPV)是家蚕(Bombyx mori)的重要病原,属于杆状病毒.20世纪80年代后期发展了基于杆状病毒作为载体的昆虫杆状病毒表达系统技术.由于家蚕可以规模化饲养,利用重组的BmNPV以家蚕作为"生物工厂"生产重组蛋白因具有低成本、适合产业化的优点而受到高度重视.BmNPV的分子生物学研究以及作为表达载体的应用在过去十几年间得到了较快发展,本文主要就近年来关于BmNPV的基因组结构及其基因表达模式的研究作一概述.
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呼肠孤病毒结构与功能研究进展
随着现代分子生物学研究方法与计算机分子信息及模型处理技术的迅速发展,研究病毒基因结构与功能、三维构像与结构模型、病毒的遗传变异与系统进化,已成为现代分子病毒学研究领域的热点课题.其实质在于揭示病毒的复制与组装机制,探明病毒与宿主间的互相关系及遗传变异规律等,为终从理论上阐明病毒致病的分子机理,以及从实践上解决病毒病的诊断与防治技术提供有效的实验依据.20世纪50年代呼肠孤病毒的发现,首次证实了双链RNA病毒可作为稳定生命形式存在于自然界.特别是呼肠孤病毒特有的分段RNA基因组结构与全保留复制特征,为研究病毒的毒力、转录调控机制、病毒与宿主细胞间的相互作用提供了良好的研究模型.正呼肠孤病毒(亦简称呼肠孤病毒)T1L、T2J和T3D为呼肠孤病毒三种血清型原型分离株,目前已研究得十分深入.本文就近年来呼肠孤病毒结构与功能研究进展综述如下.
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猫疱疹病毒1型分子生物学研究进展
猫疱疹病毒1型(Feline herpesvirus-1,FHV-1)是引起猫科动物以上呼吸道感染和眼部溃疡为主要特征的猫传染性鼻气管炎的病原.该病毒在全球范围内流行,对宠物猫及虎、豹等野生猫科动物的健康造成了严重的威胁.本文介绍了FHV-1的基因组结构、编码蛋白及其生物学功能、病毒融合宿主细胞机制,以期为该病致病机制的深入研究与防控策略的制定提供参考.
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新近发现的冠状病毒研究进展
冠状病毒是自然界中广泛存在的一大类家族,人和多种动物易感.人冠状病毒感染后,通常引起普通感冒症状,严重者能造成死亡.冠状病毒广泛的宿主性以及自身基因组的结构特征使其在进化过程中极易发生基因重组,呈现遗传多样性;新亚型及新的冠状病毒在此过程中不断出现.本文针对新近出现的冠状病毒,尤其是SARS样冠状病毒(SARS-like-CoVs)以及2012年发现的新型人冠状病毒EMC (HCoV-EMC)的基因组结构特征及冠状病毒跨种属传播机制的新研究进展作简要论述.
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植物双生病毒的复制及转录调控研究进展
双生病毒(Geminiviruses)是一类具有孪生颗粒形态的植物病毒,颗粒大小约为18nm×30nm.双生病毒成员众多,大致可分为三个亚组.双生病毒通常以粉虱或叶蝉为媒介进行传播,侵染范围十分广泛,对农业生产造成巨大的危害.感病植株一般表现为花叶、曲叶、黄化等症状,严重地影响了植物的正常生长.近几年,属于双生病毒亚组Ⅲ的棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl virus,CLCuV)在印巴次大陆广泛流行,严重时可使棉花绝收.双生病毒基因组DNA为单链环状形式,长度约为2 400nt~3 000nt.对双生病毒基因组结构、遗传表达机制,及其分类和进化进行深入的了解,有助于揭示寄主植物与病毒相互间的作用方式,进而为防治由双生病毒引起的植物病害奠定基础.本文就上述内容的新进展作一简要综述.
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丙型肝炎病毒准种的研究和临床意义
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)是一种重要的致人类肝炎病毒,它与瘟病毒和黄病毒有相似的基因组结构,在分类上归属于黄病毒家族中的一个独立的属[1].与其他RNA病毒类似.HCV易发生变异,其基因序列呈高度异质性(heterogeneity).HCV基因组异质性可以见于两种情况:基因型(genotypes)和准种(quasispecies).其中,HCV准种在病毒逃避宿主免疫监视、病毒持续存在及耐受抗病毒治疗中的重要地位日益受到重视[2,3].
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乙型脑炎病毒高株部分基因序列分析
乙型脑炎病毒(JEV)高顺生株(高株)是我国学者于60年代从病人脑内分离到的乙脑病毒野毒株,其血凝活性的pH值较宽,与其他乙脑毒株不同,国内外对高株分子生物学研究尚未开展。我们对高株这两段基因保守区进行了DNA序列分析,以初步了解高株与其他乙脑野毒株基因序列的不同,为进一步阐明高株基因组结构与功能的关系奠定基础。 1 材料和方法 1.1 病毒的培养将中国预防医学科学院病毒学研究所虫媒病毒研究室冻存的感染高顺生野毒株的鼠脑在无菌状态下仔细研磨,离心取上清,10倍稀释后接种单层BHK细胞,数天后出现典型细胞病变(CPE)。
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利用双层固体平板法进行疏螺旋体单菌落分离的研究
疏螺旋体属包括多个人类的致病菌,如引起莱姆病的伯氏疏螺旋体( Bor-relia burgdorferi)。疏螺旋体的基因组结构特殊,包括染色体和约20个大小不等的质粒。一些质粒在传代培养过程容易丢失,然而却是维持病原菌感染性所必需的。疏螺旋体的单菌落分离及纯培养不能按照常规的微生物学方法进行,因为该菌株只能在复杂的 BSK ( Barbour-Stoenner-Kelly)培养基中缓慢生长。疏螺旋体是一种不好氧的细菌,常规的涂布平板法和平板划线法不利于菌株的生长。本研究利用双层琼脂平板的方法进行疏螺旋体的单菌落分离及纯化,操作简单快速,便于获得遗传背景单一的单克隆菌株。
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E.coli临床分离株的基因组结构分型
目的通过基因组结构分析对临床分离的Escherichia coli(E.coli)进行分型,并探讨分型与临床疾病的关系.方法取临床不同疾病病人的痰、尿、血、分泌物等标本,分离E.coli.用I-CeuⅠ酶切全基因组DNA,用脉冲场凝胶电泳分离DNA片段后,根据酶切图谱的异同进行分型.结果从临床上分离的64株E.coli中,62株有7个I-CeuⅠ酶切位点,2株有8个I-CeuⅠ酶切位点.菌株间I-CeuⅠ酶切图谱差异明显.这些菌株根据基因组结构的差异分为32个型,分型与疾病之间的对应关系分散.结论临床分离的E.coli基因组结构存在多样性,其与临床疾病之间的关系有待进一步探讨.
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HCV山东株C区的基因序列分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)为RNA病毒,其基因组的变异性较大,不同地理区域分离株的基因组结构有较大差异,根据病毒编码区和非编码区核苷酸序列的不同可把病毒分为不同的基因型.对HCV基因型的研究国内外均有报道.本研究采用C区基因的核苷酸序列作为HCV基因分型的依据,对山东省HCV地方株的C区进行了序列测定及分析,以摸清山东省HCV地方株的基因型.
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E V71复制策略研究进展
EV71属人类肠道病毒基因组A组,微小核糖核酸病毒科,是单链正链RNA病毒。其基因组包含约7400个核苷酸,其中开放阅读框包括3个区域:P1编码4个结构蛋白:VP1~4;P2和P3编码7个非结构蛋白:从2A到2C,3A到3D;开放阅读框两侧是复杂的5′UTR和带有polyA尾的3′UTR;且5′UTR与病毒VPg蛋白共价结合。 EV71通过识别宿主细胞上特定的受体(人类P选择性糖蛋白配基1以及清道夫受体B2)进入细胞[1-2]。感染宿主细胞后,其基因组虽缺乏5′帽子结构,但在其5′非转录区(5′UTR )有内在核糖体进入位点( internal ribo-some entry site,IRES),其能在不依赖帽子结构的情况下翻译成单个的多聚蛋白质,该蛋白质可被病毒编码的蛋白2Apro及3Cpro加工成外壳结构蛋白和非结构蛋白,参与病毒RNA的复制[3-5]。虽然目前关于EV71复制的具体机制尚不清楚,但几乎所有的肠道病毒均具有相似的病毒基因组结构及复制策略。其中,脊髓灰质炎病毒是已被深入研究的小RNA病毒,其复制的特点可作为研究EV71复制的参考模式。本文将主要描述参与EV71复制的宿主因素、尤其是在病毒RNA合成、依赖IRES翻译中的作用。
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基因组结构在细菌种系发育研究中的应用
一、细菌的种系发育与分类细菌由于个体微小及细胞结构简单而难于从形态上相互区分,因此有关种系发育(phylogeny)的研究,在20世纪80年代之前,进展非常缓慢.
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登革病毒的基因组结构及其基因检测
登革病毒是登革热的病原体,在分类上属黄病毒科黄病毒属.根据抗原性的不同,登革病毒分为1,2,3,4 4个血清型.登革热是一种由伊蚊传播的急性传染病,在临床登革热可分为普通型登革热(dengue fever, DF)和登革出血热(dengue hemorrhagic fever, DHF)/登革休克综合征(dengue shock syndrome, DSS)2个类型.前者病情较轻,后者病势较重,致死率高[1].
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一次腹泻病原菌的随机扩增多态DNA特征
RAPD(随机扩增多态DNA)分析细菌基因组结构的突出优势是无须知道待测细菌的遗传背景,技术成熟简便,从扩增产物可以比较不同属、种、型及株系间的DNA指纹特征.1998年6~10月,呼和浩特地区发生小儿急性肠炎,为进一步认识腹泻的病原菌,对保存菌株进行了RAPD分析.一、材料与方法12株福氏志贺菌2a型、2株福氏志贺菌6型和5株奇异变形杆菌进行细菌基因组DNA的RAPD分析.随机引物选择CyberSyn生物工程公司的CY10系列套式引物,PCR扩增在PE 480型上进行.收集生长对数期菌体,0.9% NS洗涤2次,15 000 r/min离心5 min,用EB平板测定DNA含量,稀释至4 ng/ml.25 μl常规反应体系,40个循环,退火温度根据引物的不同选择从37℃到40℃.1.5%的琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下拍照记录.
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丙型肝炎病毒p7蛋白研究进展
p7蛋白是一个介于丙型肝炎病毒(HCV)结构蛋白和非结构蛋白之间的一小蛋白,在脂质膜中形成六聚体阳离子通道,在病毒的自然感染过程中起一定的作用.金刚烷胺和长烷基链的亚氨基糖衍生物可抑制p7形成的阳离子通道,从而对HCV的治疗发挥重要作用.本文就p7蛋白的基因组结构、合成与功能作一综述.
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乙型肝炎病毒基因组结构与功能复杂性的认识
全世界有乙型肝炎病毒(HBV)感染者3.5亿人.对于HBV多年的研究已经积累了丰富的资料,但是,我们对于HBV基因组特性的认识远远没有穷尽,事实上还有许多方面需要进行探索.通过对特定慢性HBV感染者血清中不同的HBV病毒基因克隆序列的比较提出了HBV准种特点,使我们对于HBV基因组结构与功能的复杂性有了更为深入的了解.野生型病毒之间、野生型病毒与突变型病毒之间、突变型病毒之间的反式调节机制是各种类型的缺陷型HBV存在的重要条件和机制,也是HBV感染引起肝细胞癌(HCC)的重要的分子生物学机制.外周血中存在羧基末端截短的表面抗原中蛋白(MHBst)的编码基因,使我们对于HBV基因编码的反式激活蛋白的类型有了新的认识.通过对克隆的HBVDNA全长基因序列的比较,以及与其他地域所流行的HBV DNA序列之间的比较,发现了新型的开放读码框架(ORF),如前-X(pre-X)蛋白的编码基因和前-前-S(per-pre-S)蛋白的编码基因.长距离精确聚合酶链反应(LA-PCR)技术克隆的HBV DNA全长序列,是我国流行的adr亚型的HBVDNA全基因序列,代表了真正存在的HBV的基因全长序列,在HBV基因结构与功能的研究中,以及在抗HBV治疗疗效应答的研究中具有重要的理论和实际应用价值.
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乙肝病毒表面抗原基因启动子Ⅱ的结构及调节研究
0引言乙型肝炎病毒(HBV)为含有一段单股区的双链环状DNA病毒,属嗜肝DNA病毒科,其基因组结构紧密,可分为结构基因序列和调节基因序列两部分,二者可具有相互重叠的特点.HBV基因的负链核苷酸序列中,至少有4个开放读码框(open reading frame,ORF),包括编码外膜蛋白的S基因区,编码核衣壳蛋白的C基因区,编码聚合酶的P基因区和调节病毒基因转录水平的X基因区,4种ORF分别有各自的启动子.HBV的外膜蛋白能使病毒由感染的细胞分泌,并能附着和侵入新的细胞;同时其也是引起宿主保护性应答的免疫原表位[1-6].因此,作为指导S基因组RNA转录的SP启动子序列,在HBV的生活周期中,具有较为重要的作用.
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肝细胞因子3和乙型肝炎的调节关系
0 引言乙肝病毒(HBV)是很小的包膜病毒,基因组结构精密,仅约3 200个碱基(bp),但能以小容量发挥高效功能.HBV DNA复制周期开始于共价闭合环状DNA(cccDNA),先转录为前基因组RNA,然后反转录为负链DNA,再合成正链DNA,双链DNA又成熟为cccDNA,是一个连续的过程.分散在整个HBV基因组中有多个调节元件,与细胞或病毒产生的调节因子结合,增强或抑制不同基因的表达[1-3].肝细胞因子3(HNF3)是重要的转录调节因子,对于调节前基因组RNA和前核心RNA等的转录复制有重要的作用.