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重庆地区乙型肝炎病毒B/adw2和C/adrq+亚型PreS/S基因参照序列的初步建立
目的建立重庆地区不同亚型乙型肝炎病毒(HBV)流行株PreS/S基因参照序列.方法扩增18例HBV慢性无症状携带者的PreS/S基因,应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型/血清型,并选同HBV亚型的PreS/S拟定参照序列. 结果 9株基因型B/血清型adw2、6株基因型C/血清型adrq+、3株基因型B/血清型ayw1;建立的重庆地区基因型B/血清型adw2、基因型C/血清型adrq+HBV流行株 PreS/S参照序列,与华东华南、东北华南地区同亚型的参照序列比较分别有6个、13个核苷酸差异,均可引起4个氨基酸差异.结论初步建立了重庆地区HBV基因型B/血清型adw2、基因型C/血清型adrq+HBV流行株PreS/S基因参照序列.
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乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列的初步建立
目的 初步建立乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列. 方法 测定7例慢性无症状HBV携带者HBV基因组全序列,结合已有的2株HBV中国株全基因序列,经同源性比较及对齐比较,确定基因型和参照序列. 结果 血清型adr 4例, adw3例;2例基因型为B型,余均为C型.各序列间X基因差异大.该参照序列与国外参照序列仅有22个位点的差异. 结论 拟定了中国HBV C基因型毒株全基因参照序列,建立不同地区的HBV毒株参照序列尚待进一步收集各地区HBV全基因序列.
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2009年甲型H1N1流感病毒HA区参照序列的建立及变异分析
2009年3月开始全球暴发了新型H1N1流感,这是继1918年、1977-1978年之后国际上第3次H1N1流感暴发,甲型H1N1流感病毒属于RNA病毒,极易发生基因变异,当变异较大时出现抗原漂移或抗原转变,不同患者来源的病毒株基因序列也具有差异性.
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人类基因组计划及其进展简介
人类疾病是遗传因素(内因)和环境因素(外因)相互作用的结果已取得共识,所以美国在人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)的基础上,1998年启动和实施了环境基因组计划(Environmental Genome Project,EGP).人类基因组计划提供了人类基因的参照序列(reference sequence),从而为环境基因组的研究,尤其对易感基因的研究奠定了可靠基础.人类疾病都与基因有关,个体间基因组99.9%以上是相同的,即每个人含有几乎完全相同的基因,但不同个体对环境有害因素反应的差异是由人类基因组中微小的差异造成的,即剩下的0.1%的差异是相当重要的,这些差异即所谓的基因多态性,它决定个体间的各种差别,在对环境反应有关的基因中这种多态性就决定了个体对环境有害因素的易感性.本文将着重介绍即将完成的人类基因组计划及其初步成果.
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中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析
目的 建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)流行株的全基因参照序列.方法 从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析.结果 中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株；通过序列比对获得了大陆CoxA 16全基因和氨基酸参照序列；参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0％～98.8％,氨基酸序列同源性为94.3％～99.9％,与参照序列的核苷酸同源性为79.7％～97.0％,氨基酸同源性介于95.1％～99.5％之间,同源性低的为2008年安徽阜阳的FY18株.结论 比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 参照序列 序列比对 -
广东地区乙肝病毒基因型B及血清型adw2流行株参照序列的建立
目的 建立广东地区乙型肝炎病毒流行株全基因参照序列.方法 测定16例慢性无症状HBV携带者HBV基因组全序列,应用同源性分析及对齐比较等方法确定基因型和血清型,并选相同基因型和血清型的HBV全基因建立参照序列.结果 10例基因型B/血清型adw2、4例基因型C/血清型adrq+、2例基因型C/血清型adw2;相同基因型和血清型HBV各序列间X基因差异大,不同亚型间C基因差异小;建立的广东地区基因型B/血清型adw2乙型肝炎病毒流行株参照序列与根据GenBank中我国不同地区相同亚型HBV全序列建立的标准参照序列相比仅有两个核苷酸的差异,引起X基因一个氨基酸不同.结论 初步建立了广东地区乙型肝炎病毒基因型B/血清型adw2流行株全基因参照序列,为研究本地区乙肝病毒基因变异奠定基础.
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中国乙型肝炎病毒B、C基因型参照序列的建立
目的 建立中国HBV B、C基因型参照序列.方法 从GenBank中获得来源于中国不同地区的HBV全基因序列.通过基因分型和序列比对,以相同位置频率高碱基作为参照碱基建立序列;将这些参照序列与国内外的参照序列进行比较,了解其中的不同点,对不同编码区的氨基酸序列进行比较.对B,C基因型HBV的碱基替代情况进行统计学分析,其中1762、1764、1896位点采用χ~2检验,1858位点采用Fisher's确切概率法检验. 结果获得了中国HBV B,C基因型参照序列.Bc与Ba、Bj基因型HBV的全基因序列同源性分别为99.32%,95.52%,S基因序列同源性分别为99.71%、98.68%; Cc与C、Caus基因型的全基因序列同源性分别为98.44%、93.97%,S基因序列同源性分别为99.27%、95.01%.与Bj型相比.Bc和Ba型同源性更高;与Caus型相比,Cc和C型同源性更高.不同编码区的氨基酸序列也有差异;两种基因型在1762、1764、1858位点的碱基分布差异均有统计学意义(P值均<0.05).结论 建立的HBV B、C基因型参照序列可以作为中国HBV参照序列,为设计引物和分析碱基或(和)氨基酸变异提供参考.
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南通地区B型乙型肝炎病毒PreS基因参照序列的建立
[目的]建立南通地区B型HBV流行株PreS基因参考序列. [方法]扩增HBV慢性无症状携带者的PreS基因,分析确定基因型并拟定参照序列.将所测基因序列与HBV不同型PreS序列用Clustalx1.8软件比对,经MEGA3.1分型,选取其中的B型HBV基因,建立南通地区B型HBV流行株的PreS参考序列. [结果]与GenBank收录的HBV-B型序列比较,核苷酸和氨基酸的同源率分别为98.5%～99.2%和96.6%～98.9%. [结论]成功建立了南通地区B型HBV流行株的PreS基因参照序列.
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中国肠道病毒71型C亚型全基因参照序列的建立
目的 建立中国肠道病毒71型(EV71)全基因参照序列,为疫苗设计和分析碱基或(和)氨基酸变异进化规律提供参考.方法 从NCBI/GenBank中获得来源于中国不同地区的EV71病毒株全基因序列,通过基因分型和序列比对,以相同位置出现频率高碱基作为参照碱基建立序列.将获得的参照序列与国内外的参照序列进行比较,分析其全长序列及编码P1蛋白和VP1蛋白的核苷酸序列的相似性,并对结构蛋白区的氨基酸序列进行比较.结果 中国已获得81株EV71 C4基因亚型的全基因序列.这些毒株分离于1998-2010年,其中以2008年分离的多,共45株(占55.6％);调查地区中,广东省分离的多,共23株(占28.4％);通过序列比对获得了中国EV71 C4基因亚型参照序列RSC4; RSC4与C4基因亚型的核苷酸和氨基酸的相似性高,与A基因型的相似性低.结论 拟定的EV71 C4基因亚型参照序列RSC4可以作为中国EV71 C亚型参照序列.
