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一种基于Gene Ontology注释信息的基因选择算法
基因选择算法是辅助生物学分析重要的方法之一,但这类统计学算法受样本量相对基因数目过少的困扰.提出一种结合Gene Ontology(GO)注释信息的基因选择算法,用GO注释接近基因的方差的加权平均进行修正,增强小样本量下对总体的估计,进而寻找差异表达基因.将该算法与其他5种常见算法对比,以选择出的基因为特征构建分类器,以分类器的可靠性作为衡量算法的标准.3组芯片实验的结果表明,该算法在小样本情况下具有一定优势.亦有Pubmed文献证明,该算法可以鉴别出其他算法未曾发现的致病基因.该方法所建立起来的框架,是把生物学注释信息引入算法改进的一种有效尝试.
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基于SVM-RFE-SFS的基因选择方法
基因微阵列数据通常包含大量与肿瘤分类无关的数据,会严重降低肿瘤诊断的准确率;基因微阵列数据还存在小样本、高维度的问题,也增加了肿瘤诊断的难度,所以必须对其进行基因选择.提出一种新的基于支持向量机(SVM)、联合递归特征去除 (RFE)和序列前向选择 (SFS) 的基因选择方法.首先利用SVM计算每个基因的排序准则分数,再利用排序准则分数的一阶差分把基因划分为若干小组;对排序准则分数值小的基因小组进行递归特征去除,消去噪声基因,同时对排序准则分数值大的基因小组进行序列前向选择,选取有效信息基因.对白血病、结肠癌、乳腺癌基因微阵列数据的实验结果表明,所提出的方法运行效率高、分类性能好.
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基因工程乙型肝炎疫苗免疫原性和免疫效果的评价
80年代第一个基因工程疫苗--乙肝疫苗研制成功,以后随着对目的基因选择、抗原表达系统、质量评价等方面的研究进展,对其质量问题产生了不同见解.不同乙肝疫苗抗原来源于不同的表达系统,糖基化程度和生产工艺有所不同,由此引起保护率、抗体水平和免疫持久性的差异如何?以及以何种方法评价方能较科学地反映疫苗质量,均为乙肝预防工作中亟待解决的重大问题.开展这方面的研究,对确定我国乙肝疫苗生产发展的方向,即选择、推广何种类型的乙肝疫苗十分重要,为制定疫苗更新换代的行政决策提供依据.
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试管婴儿:人类生殖史上的"观音"
前不久,美国医学界用基因选择的方法培养的一名试管婴儿出世了,他的诞生,让全世界都常常体会到:试管婴儿确实是人类生殖史上的"观音".这个名叫亚旦的男婴来到这世上的目的之一就是为了拯救他六岁的姐姐莫莉的生命.因患先天性全细胞减少症而挣扎在死亡线上的莫莉因此有望摆脱死神的威胁.取自亚旦脐带的健康血细胞植入她的骨髓后,将生长、繁衍,从而从根本上恢复莫莉的造血机能.
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基于CFS算法研究肾癌中的关键基因
目的:识别肾细胞癌(RCC)中的关键基因,并揭示其在肿瘤中的作用机理.方法:从GEO数据库下载芯片数据GSE53757,筛选它们之间的差异表达基因(DEGs).使用DAVID在线工具对DEGs进行GO功能注释和KEGG富集分析,然后使用基于特征子集相关性(CFS)的变量筛选方法筛选DEGs的关键基因,并根据筛选出的关键基因,使用支持向量机(SVM)方法建立筛选RCC样本和正常对照样本的分类预测模型.结果:共筛选到541个DEGs,包括312个上调基因和229个下调基因.选择21个作为特征基因,通过SVM方法建立RCC样本和正常对照样本之间的分类模型,其预测精度为97.2%.此外,STRING数据库筛选的Top10Hub基因中也发现了4个与CFS算法筛选出的特征基因重合的Hub基因(CD40,EGFR,CAV1和TGFA).结论:CFS是用于筛选RCC中关键基因的有用工具.并且,CD40,EGFR,CAV1和TGFA这4个基因很可能为诊断RCC的目标基因.
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运用分子生物学方法鉴定生物检材种属的研究进展
生物检材的种属鉴定在法医、海关和食品行业中均有较多应用.当前,用于鉴定种属的分子生物学方法发展迅猛.本文结合文献,从用于种属鉴定的目的基因及筛选标准、主要分子生物学方法、鉴定存在的主要问题等方面进行综述,并结合Real-time PCR和SNP技术对未来种属鉴定的发展方向进行了预测.
