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雷公藤乙酰CoA酰基转移酶基因全长cDNA克隆及表达分析
研究根据雷公藤悬浮细胞转录组数据库设计引物,对雷公藤悬浮细胞乙酰辅酶A酰基转移酶(acetyl-CoA C-acetyl-transferase)基因TwAACT进行全长cDNA(GeneBank:KP297934)克隆以及生物信息学分析和基因表达分析.克隆得到TwAACT cDNA全长为1 704 bp,编码405个氨基酸,等电点为6.10,相对分子质量为41.20 kDa,在线预测表明TwAACT具有2个催化活性位点.雷公藤悬浮细胞经茉莉酸甲酯(MeJA)外源诱导后,通过荧光定量PCR表明,TwAACT相对表达量明显增加,在24h达到高.研究首次克隆得到雷公藤AACT基因,为进一步阐述雷公藤萜类生物合成途径奠定基础.
关键词： 雷公藤 乙酰CoA酰基转移酶 克隆 生物信息学分析 基因表达分析 -
雷公藤单萜合酶基因TwMS的克隆及蛋白表达分析
该研究克隆得到1条雷公藤单萜合酶基因TwMS.其完整开放阅读框为1 797 bp,编码579个氨基酸,相对分子质量为69.75 kDa、理论等电点为5.37.生物信息学分析表明,TwMS具有单萜合酶的特征结构域,属于萜类合酶TPSb亚家族.实时荧光定量PCR检测显示,经茉莉酸甲酯(MeJA)诱导后,TwMS的相对表达量显著上调,并在24 h达到高.此外,该研究在大肠杆菌BL21(DE3)中成功表达TwMS蛋白,为进一步研究该基因的功能奠定了基础.
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多实验平台下基因及异构体表达分析综述
转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础.差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况.当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq.首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果.
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基因芯片核心技术及其进展
基因芯片是近发展起来的一项高通量的基因表达分析技术.就基因芯片核心技术的关键环节及其新进展作一综述,主要包括:载体(或基片)表面化学修饰,核酸片段制备,基因芯片制备,标记,杂交和芯片扫描分析.全面介绍了目前各个技术环节的工艺要点及其优缺点.指明了需要进一步改进的技术方向,旨在推进这一技术的推广应用.
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低剂量As2O3诱导BEAS-2B细胞的基因谱研究
目的 研究低剂量三氧化二砷(As2O3)处理人支气管上皮细胞(BEAS-2B)后基因表达的变化,为砷的致癌机制提供依据.方法 将研究对象分为实验组和对照组,实验组添加As2O3,使终浓度为0.1 μg/L,对照组添加等体积氯化钠溶液,培养3个月后同时提取两组细胞的总RNA,逆转录成cDNA,用Cy5标记,与全基因体基因表达图谱OneArray(R)芯片杂交.所得数据利用Rosetta Resolver(R) System(Rosetta Biosoftware)计算和处理.结果 BEAS-2B 细胞经As2O3处理后,1518个基因片段的表达有显著上调,其中与肿瘤通路相关的基因主要有丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、v-ets母红血球病病毒癌基因同源物1(ETS1)、胰岛素样生长因子结合蛋白7(IGFBP7)等15个癌基因出现显著上调,并且7个肿瘤相关基因组中的基因显著上调.另有1409个基因片段的表达显著下调,其中与肿瘤通路相关的基因有凋亡因子(BCL2L11)和细胞色素C氧化酶亚基(COX5A),且有2个肿瘤相关基因组中的基因显著下调.结论 部分癌基因的上调可能是As2O3诱导BEAS-2B细胞癌变的重要调控环节.
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金银花丙二烯氧化物合酶基因(LjAOS)的表达分析
目的 检测LjAOS基因在金银花各组织中的表达量及在多种胁迫诱导下的表达量.方法 利用丰定量RT -PCR技术检测金银花根、白色花蕾、茎、叶组织中LjAOS基因表达量；检测LjAOS基因在茉莉酸/水杨酸/CuSO4/剪伤,尺蠖/白粉病诱导下的表达量.结果 LjAOS基因在金银花的各组织中均有表达,在白色花蕾和叶中的表达量较高；LjAOS基因能迅速响应多种外界胁迫,不同胁迫下LjAOS基因的表达模式不同.结论 LjAOS基因可能与金银花的抗病性、抗虫性密切相关.
关键词： 金银花 丙二烯氧化物合酶基因 基因表达分析 -
膝骨性关节炎患者关节液中miRNA-146a、MMP-13的表达分析及相关性研究
目的:检测膝骨性关节炎(KOA)患者与非(KOA)患者关节液中miR-146a和MMP-13的表达情况,并探讨miRNA家族链与该疾病的相关性方法:采用荧光定量PCR技术检测miRNA-146a、MMP-13在KOA组(n=40)与非KOA组(n=40)关节液中的表达水平,并运用Spearman分析miRNA-146a与MMP-13的相关性.结果:两组患者关节液中的目的基因均能检测到,扩增曲线良好,扩增率高;KOA组患者膝关节液中的miRNA-146a袁达量显著低于非KOA组,MMP-13表达量明显高于非KOA组,差异均有统计学意义(P＜0.05);相关性分析显示,KOA组关节液中miRNA-146a和MMP-13之间呈明显负相关性(r=-0.675,P＜0.05).结论:miRNA-146a与MMP-13的负相关性表达与膝骨性关节炎的发病机制有相关性,且呈现高MMP-13、低miRNA-146a表达.
关键词： 膝骨性关节炎 miRAN-146a MMP-13 关节液 基因表达分析 -
人核受体hLRH-1不同变异体在多种肿瘤组织和细胞系中的表达
目的:初步分析人核受体hLRH-1不同变异体在多种肿瘤组织和细胞系中的表达.方法:常规RT-PCR法分析hLRH-1v1和hLRH-1在肝癌等多种肿瘤组织和HepG2等肿瘤细胞系中的表达情况,实时定量PCR法分析hLRH-1v1,hLRH-1和hOct4在HepG2,SMMC-7721和BEL-7402三株肝癌细胞系的表达水平.结果:hLRH-1v1的表达见于所有检测的12种类型肿瘤和8种恶性肿瘤细胞系,hLRH-1的表达则仅在12种类型肿瘤中的6种肿瘤组织中可检测到,但8种恶性肿瘤细胞系均为hLRH-1阳性表达;在HepG2,SMMC-7721和BEL-7402三株肝癌细胞系中hLRH-1v1和hOct4的表达呈正相关.结论:hLRH-1v1在肿瘤中广泛表达,可能在维持肿瘤干细胞的自我更新中发挥重要作用.
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排除β-肌动蛋白假基因对反转录聚合酶链反应的干扰
目的 筛选合适的β-肌动蛋白(β-actin)引物以排除RNA样本中残存的DNA对人类基因表达分析的干扰.方法 利用EMBL、PSEUDOGENE等生物信息数据库,寻找β-actin的假基因.同时自行设计和从国内外文献中筛选了众多β-actin引物.选用其中具有代表性的5对跨过内含子的引物,分别将基因组DNA、未经逆转录的RNA、cDNA作为模板,对这5对引物进行聚合酶链反应(PCR)扩增.结果 生物信息学分析发现β-actin有37个假基因并且发现绝大多数的研究者所使用的引物都存在假基因干扰问题.当分别用DNA和cDNA作为模板时,5对引物中的1对跨过内含子的引物能扩增出大小不同的条带.结论 使用该对引物能有效发现和排除RNA样本中所残存的DNA的干扰,令人类基因表达分析得出更准确的结果.
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激光捕获显微切割技术应用研究新进展
对疾病发生过程中的组织损害要进行分子水平分析,首要步骤就是纯净目标细胞的分离.近年发展起来的激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)技术可以在显微镜直视下快速、准确地获取所需的单一细胞亚群,甚至单个细胞,从而成功解决了组织中细胞异质性问题.本文介绍了 LCM技术的原理及其优缺点,并对其在 DNA分析和基因表达分析两个方面的应用研究新进展进行综述,同时对 LCM技术的发展和完善提出了可能的方向.
