首页 > 文献资料
-
基于生物信息学方法探析补肺益肾方的分子网络及生物功能
目的:通过生物信息学方法探析治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)有效方剂补肺益肾方的分子网络及生物功能,为中药复方药理机制研究提供新思路.方法:通过在线数据库查找补肺益肾方中药成分的化合物,在PubChem数据库中检索这些化合物的靶蛋白,运用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对二者进行分子网络、生物功能及相关生物学通路的构图和解析.结果:查找到补肺益肾方的靶蛋白共239个,可构建成9个分子网络,其中相关的前3个分子网络功能为:Cellular Development、Energy Production和Cancer.与补肺益肾方相关的前3个生物功能为:Cellular Growth and Proliferation、Cell Death and Survival和Inflammatory Response.与补肺益肾方相关的前3个生物学通路为:Cell Cycle:G1/S Checkpoint Regulation、Chronic Myeloid Leukemia Signaling、Cyclins and Cell Cycle Regulation.结论:通过查找中药化合物靶标并通过IPA软件进行分析的生物信息学方法可以用于解析补肺益肾方的分子网络及生物功能.
-
麻杏石甘汤防治甲型H1N1流感分子机制的生物信息学分析
目的:通过构建分子网络及解析生物学通路,探讨麻杏石甘汤防治甲型H1N1流感的分子机制.方法:查找麻杏石甘汤中药成分的有效化合物,在PubChem数据库中检索有效成分的靶蛋白,在Gene数据库中查找甲型H1N1流感的相关基因,运用Ingenuity Pathway Analysis (IPA)软件对二者进行构图和解析.结果:查找到麻杏石甘汤的靶蛋白186个,甲型H1N1流感相关基因7个.二者的分子网络复杂,生物功能多样,在共同作用的8条生物通路中,有4条通路为细胞免疫相关通路:病毒模式识别受体信号通路、巨噬细胞白介素12(IL-12)信号和生产通路、蛋白激酶(PKR)在干扰素诱导的抗病毒反应中作用通路、肿瘤坏死因子受体Ⅰ(TNFR1)信号通路.麻杏石甘汤可以调节细胞免疫相关通路中的Toll样受体9(TLR9)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、核苷酸结合的寡聚结构域2受体(NOD2)等多个位点.结论:麻杏石甘汤可以通过干预细胞免疫相关通路中的多个位点起到防治甲型H1N1流感的作用.
-
一贯煎治疗肝癌的分子机制生物信息学分析
目的:通过生物信息学技术研究滋阴疏肝药一贯煎治疗肝癌的分子机制.方法:在PubChem数据库中查找一贯煎组成药物的活性靶蛋白,在Gene数据库中查找肝癌相关人类基因,运用生物软件Ingenuity Pathway Analysis(IPA),构建二者分子网络并解析生物学通路.结果:查到一贯煎靶蛋白分别76个,肝癌相关基因300个,二者分子网络复杂,生物功能多样,共同作用生物通路281条,主要涉及凋亡和肿瘤等相关生物学通路,且一贯煎可作用肝癌相关通路的TP53、NF-κB、STAT1、ERK1/2、MMP2等78个位点.结论:一贯煎可通过干预肝癌相关的凋亡和癌症通路中多个位点发挥治疗的作用.
-
雷公藤甲素治疗胰腺癌分子机制的生物信息学分析
目的:通过生物信息学方法探讨雷公藤甲素(TP)治疗胰腺癌分子机制.方法:在PubChem数据库中查找TP活性靶蛋白,在Gene数据库中查找胰腺癌相关基因,运用Ingenuity Pathway Analysis (IPA)软件,构建二者分子网络和生物学通路并解析.结果:二者涉及的生物学通路中有5个共有生物学通路,2条为癌症相关通路,TP可作用癌症相关通路的溶血磷脂酸受体(EDG)、JAK等.结论:TP可通过干预胰腺癌相关的凋亡通路和癌症信号通路上多个位点发挥治疗胰腺癌的作用.
-
喜炎平注射液防治甲型H1N1流感分子机制的生物信息学分析
目的 通过生物信息学方法,探讨喜炎平注射液防治甲型H1N1流感(简称甲流)的分子机制.方法 以“Andrographolide”(穿心莲内酯)为检索词,在PubChem数据库中查找其相关生物学结果,根据结果确定穿心莲内酯的活性靶蛋白.以“H1N1 influenza A”(甲流)为检索词,在Gene数据库中查找甲流的相关基因.利用IPA生物信息学软件分别构建穿心莲内酯的活性靶蛋白及甲流相关基因的分子网络,并进行生物学作用通路及分子作用机制的解析.结果 查找到穿心莲内酯的活性靶蛋白9个,甲流相关基因22个.二者构成的网络中共同分子为:Akt、Hsp90、Hsp27、PI3K、ERK1/2、NFkB、Proteasome、caspase、Jnk、P38MAPK、Pka、Pkc (s)、Ras、RNA polymeraseⅡ、Vegf,其中穿心莲内酯靶蛋白网络的分子大多与细胞周期、胚胎发育及细胞间信号传导有关;甲流相关基因网络中的分子大多与传染性疾病、炎症反应及免疫性疾病有关.二者共同作用的通路以细胞免疫通路为主,穿心莲内酯主要作用于该类通路中的AKT和NF-κB分子.结论 喜炎平注射液可能通过调解细胞免疫通路中的AKT和NF-κB分子干预甲流.
-
基于生物信息学方法探析川芎嗪对类风湿性关节炎作用机制
目的:通过生物信息学方法探析川芎嗪对类风湿性关节炎作用机制,为其后续的实验验证及应用拓展提供预测性科学依据.方法:将Pubchem数据库中查找到的川芎嗪人类靶蛋白和类风湿性关节炎Gene数据库中获得的人类靶基因导入IPA分析平台,把两者相关的网络、信号通路进行比较分析,进而得出川芎嗪作用于类风湿性关节炎的可能机制.结果:通过本研究,发现川芎嗪主要通过第二信使信号通路参与类风湿性关节炎发生发展中细胞的生长、增殖和发育、生存与死亡等功能.川芎嗪通过三条路径影响了类风湿性关节炎中细胞的转录功能,分别是Gaq-PI3K-AKT-NF-κ B路径、Gas-cAMP-RAF-ERK1/2-CREB路径和Gai-STAT3路径.川芎嗪可能通过RGS蛋白对G蛋白偶联受体信号进行了负调控.结论:通过查找川芎嗪靶蛋白、类风湿性关节炎基因并通过IPA软件进行分析可以得出川芎嗪作用于RA的可能机制.
-
绿茶提取物EGCG治疗卵巢癌分子机制的生物信息学分析
目的:通过生物信息学方法分析绿茶提取物茶多酚—表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)治疗卵巢癌的分子机制.方法:在PubChem数据库中查找EGCG活性靶蛋白,在Gene数据库中查找卵巢癌相关基因,运用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件,构建二者的信号通路和分子网络并进行分析.结果:二者共同作用的通路有232条,排在前面的主要是癌症分子机制通路、炎症反应通路、细胞因子信号通路;共同的分子网络有6个,也主要体现在"细胞死亡与生存,细胞生长、增殖,细胞发育,DNA的复制、重组、修复,转录后修饰与调控,蛋白质合成"等生物学功能上.预测EGCG作用于卵巢癌的靶点主要为Jun、FADD、NF-κB、BCL2、HIF1α和MMP.结论:EGCG可通过干预卵巢癌相关癌症分子信号通路上多个靶点发挥治疗卵巢癌的作用.
