首页 > 文献资料
-
一贯煎治疗肝癌的分子机制生物信息学分析
目的:通过生物信息学技术研究滋阴疏肝药一贯煎治疗肝癌的分子机制.方法:在PubChem数据库中查找一贯煎组成药物的活性靶蛋白,在Gene数据库中查找肝癌相关人类基因,运用生物软件Ingenuity Pathway Analysis(IPA),构建二者分子网络并解析生物学通路.结果:查到一贯煎靶蛋白分别76个,肝癌相关基因300个,二者分子网络复杂,生物功能多样,共同作用生物通路281条,主要涉及凋亡和肿瘤等相关生物学通路,且一贯煎可作用肝癌相关通路的TP53、NF-κB、STAT1、ERK1/2、MMP2等78个位点.结论:一贯煎可通过干预肝癌相关的凋亡和癌症通路中多个位点发挥治疗的作用.
-
博来霉素致C57小鼠肺纤维化分子靶点的探寻
目的 探寻博来霉素(BLM)致C57小鼠肺纤维化分子靶点.方法 应用BRB-ArrayTools软件中justRMA算法分析BLM(实验组)和生理盐水(对照组)作用于C57小鼠1、3、14 d后肺组织基因表达谱数据集GSE485,找出差异表达基因;应用DAVID在线工具对这些基因进行功能聚类,结合<京都基因与基因组百科全书>和BioCarta进行生物学通路分析;应用MSigDB搜寻[-2kb,2kb]区域富集的转录因子结合位点.结果 分别筛选出190、345、527个差异表达基因;按功能显著聚集的有趋化因子、膜蛋白、血清蛋白、补体成分、免疫球蛋白、钙黏蛋白、基质金属蛋白酶、前胶原类;受调控的有%11样受体、CCR5、ECM受体、补体途径、TGF-β生物学通路;富集度较高的有API、SRF、NFKAPPAB转录因子.结论 API、SRF和RhoA可能是BLM致C57小鼠肺纤维化的分子靶点.
-
以蛋白质组学技术筛选人肝细胞癌组织中失调蛋白相互作用的网络分析
目的 分析从人肝细胞癌(hepatoceUular carcinoma,HCC)组织中发现并经验证的失调蛋白相互作用,探讨失调蛋白可能共同参与的生物学途径.方法 以蛋白质组学和肝细胞癌为关键词搜索Pubmed数据库,人工筛选出从人HCC组织中发现并经验证的失调蛋白;以蛋白质相互作用数据分析软件PRINCESS分析失调蛋白的相互作用.结果 发现8个蛋白间存在9对置信度评分大于2.0的失调蛋白相互作用,APEX1分别与ILF2、PRDX3、ANP32A、MATR3两两相互作用,SULTlAI与PDIA6两两相互作用.结论 APEX1、ILF2、PRDX3、ANP32A、MATR3、IQGAP2可能在HCC发生、发展中经历同一生物学通路.
-
动脉粥样硬化分子互作网络的构建及生物学通路分析
动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响.本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络.首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND)中下载相关的基因数据以及互作信息,将数据导人Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,利用度分布挖掘Hub蛋白,借助KOBAS 2.0在线服务器来识别显著相关的通路和疾病,后构建出与疾病相关的生物学通路网络.总之,本文挖掘出了一系列与动脉粥样硬化相关的关键分子,这些关键分子有可能成为有效预防动脉粥样硬化或相关治疗药物的新靶标.
