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小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作网络特征分析
目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图.方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用Affymetrix Expression Console软件和Tran?scriptome Analysis Console(TAC)软件筛选差异表达基因,将差异基因导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导入Cytoscape 3.4.0软件中,筛选网络中心节点,并取其中相对独立、作用较为集中且与炎症基因相关子网络,采用David在线工具对其进行功能注释富集分析.结果共筛选出1166个差异表达基因,其中表达上调793个,表达下调373个,经STRING在线工具筛选后共有459个小鼠中耳炎差异基因编码的蛋白存在相互作用,并得到相应蛋白互作网络,分析其中与炎症相关子网络.结论本研究利用生物信息学技术构建了中耳炎差异基因互作网络,其中的网络中心节点基因,对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用.
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大骨节病和骨性关节炎差异基因的互作网络分析研究
目的 采用蛋白互作网络分析研究基因芯片数据,构建大骨节病(Kashin-Beck disease,KBD)和骨性关节炎(osteoarthritis,OA)差异基因互作网络图并对筛选的网络进行分析.方法 依据《大骨节病诊断》标准,选择Ⅱ和Ⅲ度KBD患者8例,WOMAC诊断OA 7例,经关节清理术和关节置换术收集关节软骨,采用美国安捷伦4×44K基因芯片进行差异基因筛选;将筛选出差异表达＜或＞2倍的1 055个差异基因的表达数据导入STRING 9.1在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape 3.2.1软件中,筛选出网络中心节点.采用KEGG等数据库进行信号通路分类及基因功能研究,并用实时荧光定量PCR(RT-PCR)进行验证.结果 ①334个KBD和OA差异基因编码的蛋白经STRING 9.1筛选存在相互关系,并构成互作网络图;②Cytoscape 3.2.1对网络的中心节点进行分析,筛选出10条以上通路的中心节点基因约150个,主要涉及线粒体功能、骨代谢及炎性因子等多条信号通路.结论 本研究构建出KBD与OA的差异基因互作网络,尤以网络中心节点差异基因为特点,对KBD与OA发病机制的异同、早期诊断及靶向治疗均具有重要意义.
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动脉粥样硬化分子互作网络的构建及生物学通路分析
动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响.本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络.首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND)中下载相关的基因数据以及互作信息,将数据导人Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,利用度分布挖掘Hub蛋白,借助KOBAS 2.0在线服务器来识别显著相关的通路和疾病,后构建出与疾病相关的生物学通路网络.总之,本文挖掘出了一系列与动脉粥样硬化相关的关键分子,这些关键分子有可能成为有效预防动脉粥样硬化或相关治疗药物的新靶标.
