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中国宿主动物中Amur汉坦病毒M片段全基因序列分析
目的 测定中国宿主动物中Amur病毒M片段全基因序列,以了解其分子特征.方法 设计特异的PCR引物,用RT-PCR法分段扩增JilinAP06株M片段全长,PCR产物经克隆后进行序列测定,然后进行系统发育分析和重组分析.结果 JilinAP06株M片段全基因序列共3615个核苷酸,A+T含量为59.3%,G+C含量为40.7%,包含1个单一的开放读码框架,其大读码框架从41～3448,由3408个核苷酸组成,共编码1135个氨基酸.序列同源分析表明,JilinAP06株与中国的人源Amur HV株同源性为96.0%～97.8%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为85.6%～86.7%,与HTNV原型株76-118同源性仅为79.5%,而与其他各型病毒间的同源性均低于79.0%.氨基酸同源分析,其氨基酸序列与中国的人源株Amur HV同源性为98.1%～98.4%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为96.4%～97.0%,与HTNV原型株76-118同源性为91.7%,而与其他各型病毒间的同源性均低于92.0%.系统发育分析结果显示,JilinAP06与Amur病毒构成一个相对独立的分支.结论 从中国宿主动物中获得了AmurHV的M片段全基因序列.
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在我国发现普马拉病毒新亚型
对我国东北地区捕获的157份棕背鼠平的肺组织进行普马拉病毒检测.其中免疫荧光检测出阳性标本1份,PCR检测出核苷酸阳性标本7份.对PCR产物进行测序后发现,其核苷酸的序列与报道的普马拉病毒核苷酸序列存在着差异.系统进化分析表明,我国发现的这株普马拉病毒,在进化树上形成了一个新的分支,为一新亚型.并且与在韩国和日本发现的普马拉病毒亲缘关系为接近.
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新疆地区克里米亚刚果出血热病毒M片段的遗传分析
目的 为进一步了解克里米亚刚果出血热病毒(CCHFV)M基因的特征,对新疆地区4株克里米亚刚果出血热病毒分离株亚东璃眼蜱的部分M片段核苷酸序列进行测定及分析.方法 从感染CCHF病毒的鼠脑中提取RNA,应用逆转录聚合酶链反应扩增,测定CCHF病毒的部分M片段核苷酸序列,与GenBank中的已登录的部分CCHF病毒M基因的同源序列进行比较分析和种系进化分析.结果 经测序得到了4株病毒的3962～4385 nt位点的424bp核苷酸序列(位点依据IbAr10200的M基因序列),该序列共编码139个氨基酸.前3株病毒序列有相当高的核苷酸同源性(99.5%～99.8%),将所得到的序列与已发表的中国、尼日利亚、巴基斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦和俄罗斯病毒株相比,中国株之间的核苷酸同源性为78.1%～99.8%,而非中国株则为42.9%～94.8%.但它们所编码的氨基酸序列变异不大,同源性非常高.系统发生树表明,所有的毒株被分为5个进化支(所比较的M基因长度为3962～4385 nt核苷酸),来自新疆南部和东部的YT05099、YL04041和YL05035共处于同一分支.结论 相比于新疆其他分离株,YT05099、YL04041和YL05035的部分M基因特征有极高的相似性.新疆株CCHF病毒M基因与中东和远东病毒株之间有较近的亲缘关系.
关键词： 克里米亚刚果出血热病毒 M片段 核苷酸序列 系统发生树 -
汉坦病毒包膜糖蛋白基因核酸免疫的初步研究
目的将克隆有汉坦病毒包膜糖蛋白基因M片段及G1、G2基因的重组质粒免疫动物,了解上述目的基因在核酸疫苗中的应用价值.方法大量制备已构建好的pcDNA3.1-M、 pcDNA3.1-G1、pcDNA3.1-G2重组质粒DNA及对照空质粒pcDNA3.1.然后用这四组质粒DNA通过肌肉注射的方法免疫6～8周龄的BALB/c小鼠(每组5只),每4周免疫一次,共免疫3次,每次免疫前及后一次免疫后2周断尾取血,用免疫荧光的方法检测基因免疫的体液免疫应答效果.结果重组质粒pcDNA3.1-G1免疫小鼠有4只血清抗汉坦病毒抗体为阳性,重组质粒pcDNA3.1-G2以及重组质粒pcDNA3.1-M免疫小鼠各有1只血清抗汉坦病毒抗体为阳性. 结论汉坦病毒糖蛋白基因核酸免疫动物后可刺激机体产生特异性的体液免疫应答.
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RT-PCR方法扩增白蛉热病毒M片段的研究
为建立扩增未知序列白蛉热病毒M片段的RT-PCR方法,本研究选取7个血清组成员和8个未分组血清型,共42株白蛉热病毒为RT-PCR检测对象.通过排列GenBank中已知的4型白蛉热病毒M片段氨基酸序列,选择保守区设计引物.根据保守区各已知病毒的cDNA特异序列合成寡核苷酸,将相同区的寡核苷酸等量混合成为"鸡尾酒"引物,用于RT-PCR.扩增产物经电泳检测,纯化后直接测序.引物对Ph-M-2FM和Ph-M-3RM扩增产物长度约为600bp,从42株病毒中扩增出34株,阳性率为81.0%.另一引物对Ph-M-2FM和Ph-M-4R2M扩增产物长度约为1400bp,扩增出22株病毒,阳性率为52.3%.测出序列经BLAST检索,与GenBank中已知白蛉热病毒同源.本研究首次成功地应用RT-PCR扩增不同血清型未知序列白蛉热病毒的部分M片段,并测出扩增产物序列,为白蛉热病毒属成员的基因鉴定和种系发生关系分析提供了实验手段,并将有助于白蛉热病毒感染的基因诊断.
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汉坦病毒中国疫苗株Z37M片段的克隆及序列分析
汉坦病毒Z37株是从褐家鼠体内分离到的，用于生产双价肾综合征出血热疫苗的病毒毒株之一，血清分型为SEO型。利用RT-PCR方法扩增Z37株M基因片段cDNA， 克隆入质粒载体，进行核苷酸序列测定及分析。Z37株M基因片段由3651个核苷酸组成，只有 一个开放读码框架，共编码1133个氨基酸。与HTN型病毒(76-118、A9、HV-114)的核苷酸 和氨基酸同源性分别为71.8%～72.1%、76.2%～76.7%，与SEO型(R22、L99、80-39)的核苷 酸和氨基酸同源性分别为95.3%～96.1%、95.3%～98.9%。这一结果的获得进一步从分子水平 确定了Z37株的型别，并为研制M基因片段重组疫苗打下基础。
