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高通量测序法对7种发酵豆腐细菌组成的比较研究
目的 研究不同发酵豆腐的细菌菌群组成,了解此类产品的食品安全风险.方法 从市场收集4个省份生产的7个品牌的发酵豆腐样品,并从中提取DNA,对16S rRNA基因的V3区进行PCR扩增,通过高通量测序和序列分析了解样品的细菌组成特征.结果 各样品获得序列数平均为4 307条.序列分析结果表明7种样品中厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门约占全部细菌的97.4％;各样品在门水平上为4～13类,在属水平上,样品的菌群组成复杂,大多数样品的细菌菌属都在10类以上,并发现样品的菌群组成与地域性和制作工艺密切相关;另外,部分样品检出较高丰度的克雷伯菌属、沙门菌属、克罗诺杆菌属等致病菌,及弧菌属、肠杆菌属和变形杆菌属等潜在有害菌属.结论 产地和工艺对豆腐中的细菌具有明显的影响,现有发酵豆腐的生产模式造成产品病原菌的过度繁殖,产品存在食品安全风险.
关键词： 发酵豆腐 16S rRNA基因测序 食源性致病菌 食品安全 -
HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核杆菌的应用研究
目的 采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,评价其优缺点.方法 收集浙江、安徽等地74株临床非结核分枝杆菌,采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,并用16S rRNA基因测序方法对其进行比较和评价.结果 74株非结核分枝杆菌HAIN基因分型试剂盒鉴定结果为:31株胞内分枝杆菌,12株脓肿分枝杆菌,8株偶发分枝杆菌,6株堪萨斯分枝杆菌,5株鸟分枝杆菌,3株耻垢分枝杆菌,2株草分枝杆菌,2株瘰疬分枝杆菌,1株戈登分枝杆菌,另外有4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属,不能鉴定到种.8株结核分枝杆菌鉴定准确.与16SrRNA基因测序相比较,HAIN基因分型试剂盒除了4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属以外,其余70株非结核分枝杆菌均能鉴定到种,鉴定符合率为94.59％；并且它能进一步区分脓肿分枝杆菌和龟分枝杆菌,以及堪萨斯分枝杆菌和胃分枝杆菌.如果单纯鉴定HAIN基因分型试剂盒菌株范围之内的临床常见非结核分枝杆菌菌株,鉴定符合率为100％.结论 HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌时间短、操作简单、结果准确,可在临床推广使用.
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儿童感染沙门菌耐药特点及鉴定方法的研究
目的 研究引起儿童感染的沙门菌耐药特点及快速鉴定方法.方法 选择沙门菌75株,使用标准生物化学和血清学试验对所有菌株进行鉴定;使用16S rRNA基因测序法鉴定;使用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)法鉴定,以上两种方法结果与传统培养方法结果进行比对分析.使用Kerby-Bauer纸片扩散法对常用抗生素进行敏感性试验,使用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)测定对广谱β-内酰胺类药物耐药的基因.结果 75株沙门菌中,鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌检出率高,分别为32株和26株.16SrRNA基因测序法与传统培养法的符合率为100％.MALDI-TOF-MS法的属符合率为100％,其中鉴定率在99.9％以上的为17株,90％以上的为32株,80％以上的为26株,结果均可信,但其对具体血清型的符合率不高.75株沙门菌中,耐药率高的是氨苄西林(69.3％,52/75),其次是氨苄西林/舒巴坦(44.0％,33/75),第三是萘啶酸(42.7％,32/75).75株沙门菌中共检出19株对广谱β-内酰胺类药物耐药,占25.3％.19株中有15株携带blaCTX-M基因(8株为blaCTX-M-14,2株为blaCTX-M-9,1株为blaCTX-M-34,2株为blaCTX-M-3,2株为blaCTX-M-15),8株携带blaTEM-1基因,4株携带blaOXA-1基因.结论 16S rRNA基因测序法作为细菌鉴定的金标准,以其快速准确著称,可作为传统鉴定法的补充方法.MALDI-TOF-MS法可以快速鉴定沙门菌,但仅在科研模式下指向性地提示血清型,因此需采用其他辅助技术进行鉴定.引起儿童腹泻的沙门菌对多种抗生素耐药,对3代头孢菌素类的耐药主要由blaCTX-M型引起.
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16 SrRNA测序法鉴定致皮下软组织感染的毗邻颗粒链菌一例
颗粒链菌属（ Granulicatella）为兼性厌氧的革兰阳性球菌，是人口咽部、泌尿生殖道和肠道的正常菌群，机体免疫力低下时可引起感染性心内膜炎、中耳炎和菌血症等。我们近期从1例无肌性皮肌炎患者右上肢皮疹溃疡中分离出1株毗邻颗粒链菌（ Granulicatella adiacens），现报道如下。
关键词： 毗邻颗粒链菌 16S rRNA基因测序 皮下软组织感染 -
16S rRNA基因测序技术在肝脓疡细菌鉴定中的作用
目的：评价16S核糖体RNA （rRNA）基因测序在肝脓疡中细菌鉴定中的应用价值。方法2012年1月-2013年12月间共20例肝脓疡行经皮置管引流的患者，分别行脓液培养，血培养和16S rRNA基因测序。利用454 GS Junior System对脓液基因组DNA行PCR和16S rRNA基因测序。脓液培养，血液培养和16S rRNA 基因测序结果进行分别评价。结果脓液和血液培养阳性的患者分别是9例（45%）和4例（20%）。16S rRNA基因测序细菌鉴定率为90%，明显高于传统的培养方法。结论16S rRNA基因测序方法较传统的培养方法能更准确和有效对肝脓疡进行细菌鉴定。
关键词： 肝脓疡 脓肿培养 宏基因组学 16S rRNA基因测序 -
2016年北京市昌平区A组乙型溶血性链球菌及相关菌株检测和分析
目的 对2016年北京市昌平区猩红热病原学监测结果进行分析.方法 利用qPCR方法与传统划线分离方法检测病例携带A组乙型溶血性链球菌(GAS)的阳性率,对分离出的GAS进行emm分型.利用16S rRNA和梅里埃VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析系统对检测出的非GAS菌株进行鉴定.结果 2016年昌平区采集的132份病例样本中,通过平板划线分离检出GAS 13株(阳性率9.85％),通过qPCR检出GAS 19株(阳性率14.39％).分离出的GAS的emm型别为emm1和emm12.分离出可培养的非GAS菌种63株,分属于5个不同菌属,共计13种菌种.结论 昌平地区GAS的emm型别较为单一,利用qPCR方法比平板划线分离方法更敏感,检测出的阳性GAS率更高.通过分离咽拭子中其他菌株,同时使用16S rRNA方法和梅里埃VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析鉴定,两者阳性率有差异, 16S rRNA方法更准确.
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口腔需氧菌及兼性厌氧菌种分离鉴定系统的建立
目的：建立口腔需氧菌和兼性菌的系统分离鉴定方法。方法招募20名口腔健康志愿者及8名口腔疾病患者，分别采集唾液、龈下菌斑、龈上菌斑和根尖周肉芽样本，采用形态鉴定、全自动生化鉴定仪及16s rRNA基因测序的多相分类方法，对口腔可培养细菌进行分离鉴定。结果鉴定出口腔菌种63种，共175株，梅里埃生化鉴定与16s rRNA基因鉴定的符合度为22.39%，不符合的菌种以基因测序结果为准。链球菌属、放线菌属和葡萄球菌属检出率占前3位，菌种以咽峡炎链球菌、口腔放线菌、变异链球菌、缓症链球菌检出频率高。慢性根尖周炎的咽峡炎链球菌检出率高；放射性龋患者中，中间链球菌、金黄色葡萄球菌检出率较高；猛性龋患者中，变异链球菌远高于其他细菌。结论口腔需氧菌和兼性厌氧菌中以革兰阳性菌检出率高。对于口腔细菌鉴定来说，梅里埃生化鉴定仪鉴定准确率不高，但可提供菌株生理生化指标，而全长的16s rRNA基因测序鉴定更为可靠。
关键词： 生化鉴定 16S rRNA基因测序 菌种鉴定系统 -
懒惰狡诈球菌临床感染病例1例及文献资料分析
目的 对我国大陆地区首例懒惰狡诈球菌临床感染病例进行描述,并对分离的细菌进行病原学和耐药性分析,同时结合文献资料描述懒惰狡诈球菌引起病例的情况.方法 查询该病例的临床信息以及该菌相关的文献信息进行病例描述,应用BD PhoenixTM-100全自动细菌鉴定/药敏系统、Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定药敏分析仪、布鲁克基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪、16S rRNA基因测序对分离的细菌进行鉴定,应用纸片扩散法对该菌进行耐药性检测.结果 该病例为头面部带状疱疹合并右眼带状疱疹性结膜炎患者,从其送检疱疹脓性分泌物中分离到大小两种菌落形态的革兰氏阳性球菌,通过两种全自动细菌鉴定/药敏系统鉴定分别鉴定为耳炎差异球菌(Alloiococcus otitis)和克氏库克菌(Micrococcus Kristinae),而质谱仪均未给出鉴定结果,通过16SrRNA基因测序和比对鉴定均为懒惰狡诈球菌(Dolosigranulum pigrum).在检测的11种抗生素中,该菌对红霉素和克林霉素耐药.通过检索、整理和分析文献信息,我们揭示该菌感染与性别无关,易于感染低年龄组儿童和老年人,而且该菌能够引起的疾病谱广泛,易于引起脓毒血症和眼部疾病.结论 懒惰狡诈球菌是一种潜在的致病菌.目前常见的商业化微生物鉴定系统均不能准确鉴定该菌,该菌鉴定需要依赖16SrRNA基因测序.
关键词： 懒惰狡诈球菌 生化鉴定 16S rRNA基因测序 耐药性检测
