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secA1基因用于诺卡菌菌种鉴定分型的研究

司晨琛;李振军;唐璐;韦超;吉兴照;徐帅;楼永良

摘要: 目的 研究secA1基因在诺卡菌菌种的鉴定分型能力.方法 对59株诺卡菌的secA1基因进行聚合酶链反应扩增,扩增片段纯化后测序,并从GenBank数据库下载32株诺卡菌secA1基因序列进行补充,采用DNAStar软件对所有序列计算种内与种间相似度水平,并用Mega 6.06软件的邻接法构建诺卡菌菌种系统发育进化树.结果 91株受试诺卡菌secA1基因的种内相似度为97.2% ~ 100.0%,平均相似度达98.6%;种间相似度为85.2% ~98.4%,平均相似度达91.8%.以secA1基因构建的系统发育进化树中,16种诺卡菌被准确分离为16个独立的分支,诺卡菌近缘种新星诺卡菌复合体、少食/短链诺卡菌复合体均可有效分离.结论 secA1基因序列分析为诺卡菌菌种的鉴定分型提供了一种新方法,在诺卡菌近缘种的分型方面有独特的优势.

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