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secA1基因用于诺卡菌菌种鉴定分型的研究
目的 研究secA1基因在诺卡菌菌种的鉴定分型能力.方法 对59株诺卡菌的secA1基因进行聚合酶链反应扩增,扩增片段纯化后测序,并从GenBank数据库下载32株诺卡菌secA1基因序列进行补充,采用DNAStar软件对所有序列计算种内与种间相似度水平,并用Mega 6.06软件的邻接法构建诺卡菌菌种系统发育进化树.结果 91株受试诺卡菌secA1基因的种内相似度为97.2％ ～ 100.0％,平均相似度达98.6％;种间相似度为85.2％ ～98.4％,平均相似度达91.8％.以secA1基因构建的系统发育进化树中,16种诺卡菌被准确分离为16个独立的分支,诺卡菌近缘种新星诺卡菌复合体、少食/短链诺卡菌复合体均可有效分离.结论 secA1基因序列分析为诺卡菌菌种的鉴定分型提供了一种新方法,在诺卡菌近缘种的分型方面有独特的优势.
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分子信标探针技术用于PCR检测诺卡氏菌SecA1基因
目的 将诺卡氏菌属细菌的一段特异性DNA设计成分子信标探针,用于该细菌的PCR检测.方法 将诺卡氏菌属细菌、戈登氏菌属细菌及红球菌属细菌菌株分别接种于脑心浸液琼脂培养基分离培养,观察其生长情况,提取菌株DNA作为扩增模板;设计诺卡氏菌属细菌基于secA1基因的特异性分子信标探针,在实时荧光定量PCR反应译体系中加入分子信标探针,PCR产物进行荧光信号检测.结果 诺卡氏菌secA1基因经实时荧光定量PCR扩增后可产生阳性荧光信号,红球菌属细菌及戈登氏菌属细菌的secA1基因、阴性对照实验组及空白对照组经实时荧光定量PCR扩增后不产生荧光信号,为阴性.结论 secA1作为看家基因,是用来进行种水平的鉴定及系统进化研究非常理想的靶分子,而分子信标探针技术可以准确、快速、灵敏的进行诺卡氏菌secA1基因检测.
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几类主要病原需氧放线菌菌属的SecA1基因分析研究
目的 了解几类主要病原需氧放线菌不同菌属间SecA1基因碱基突变特点,为病原需氧放线菌的实验室诊断,分类及致病性提供一定的实验室理论数据.方法 以162株需氧放线菌为实验研究对象,通过分子生物学方法对需氧放线菌SecA1基因扩增测序,及收集NCBI数据库中已发表的需氧放线菌SecA1基因,运用多序列对比及DNAStar软件对需氧放线菌SecA1序列进行特异性基序分析及SecA1蛋白的二级结构和表位特性预测.结果 需氧放线菌不同菌属间SecA1序列在300～350 bp区域有着特异性差异,经预测该区域编码的SecA1蛋白二级结构属间大致相同,而蛋白质柔性区域、亲水性及表面可及性等性质在属间存在差异,其中以Mycobacteria菌属的差异较为明显.结论 需氧放线菌SecA1基因不同菌属间具有特异性的碱基突变,这种突变导致属间SecA1蛋白部分性质有差异,与各菌属致病性可能存在着一定的相关性.
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16S rRNA和secA1基因构建临床诺卡菌的系统发育树比较
目的:比较16S rRNA和secA1基因构建诺卡菌分属Nocardia wallacei、Nocardia farcinica、Nocardia cyriacigeorgica及Nocardia otitidiscaviarum4个种系统发育树的多样性.方法:将8株临床分离的诺卡菌菌株分别接种于脑心浸出液琼脂培养基分离培养,观察其生长情况;提取细菌DNA,采用聚合酶链式反应扩增其16SrRNA和secA1基因序列并测序,所获序列与NCBI数据库进行BLAST比对,鉴定其菌种名;选取本研究鉴定的4个属共有的40个有效发表种及本研究分离的8株诺卡菌菌株的种,通过邻接法、大似然法分别构建16S rRNA和secA1基因序列的系统发育树并比较.结果:本研究所收集的诺卡菌分属Nocardia wallacei、Nocardia farcinica、Nocardia cyriacigeorgica及Nocardia otitidiscaviarum 4个种,且Nocardia wallacei、Nocardia farcinica及Nocardia cyriacigeorgica基于secA1基因构建的系统发育树较16S rRNA在种内菌株亲缘关系的分化差异程度高及分类多样性多(P＜0.05),而Nocardia otitidiscaviarum的分化程度和分类多样性在16S rRNA和secA1基因构建的系统发育树间差异无统计学意义(P＞0.05).结论:secA1基因用于诺卡菌种群的系统发育分析和分子进化的研究,较16S rRNA具有高度分辨率的优势.
