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Usher综合征患者致病突变基因的研究
目的 研究1例Usher综合征患者的致病突变基因.方法 选取解放军总医院院2015年4月眼科门诊1例临床诊断Usher综合征的39岁女性患者及其家系内所有成员(包括患者及非患者)为研究对象,提取其外周静脉血DNA,建立基因组DNA标本库,针对目前已知的Usher综合征致病基因,对患者基因组DNA进行目标区域捕获高通量测序,锁定该患者致病基因,并进一步对该家系中的其他成员(包括患者及非患者)进行相关突变位点的验证,终确定该患者的致病基因突变.结果 该患者致病突变定位于10q22.1的CDH23基因,由c.6253+1G＞A和c.287_288insG两个位点组成的复合杂合突变致病.在患者家系中,与患者有血缘关系的成员均具有符合Usher综合征这一单基因遗传病规律的基因型,而与患者无血缘关系的家庭成员均无上述两处基因位点的突变.结论 运用目标区域捕获高通量测序技术,可以在Usher综合征患者中实现致病基因的突变筛查,结合其他家庭成员的基因位点验证,可明确Usher综合征患者的具体致病基因突变.
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利用目标区域捕获测序筛查Leber先天性黑矇的致病基因及其临床表型
目的 探讨我国一个散发的Leber先天性黑嚎(LCA)家系的致病基因变异位点及其临床表型.方法 实验研究.收集嘉兴市妇幼保健院一个散发LCA家系共7名家庭成员的临床资料,其中1名LCA患者,6名正常家属.完善该家系内所有成员的眼科检查,采集该家系成员的外周静脉血,提取基因组DNA,运用目标区域捕获测序技术来筛查患者的283个视网膜疾病相关的基因,测序结果运用生物信息学分析得到候选基因,后用Sanger测序验证.结果 临床检查结果表明患者呈现典型的LCA临床症状.遗传学筛查结果证实患者在NMNA T1基因上存在2个复合杂合变异和1个纯合变异:具体为杂合的错义变异(c.634G＞A,p.V212M),杂合的内含子变异(c.-57+7T＞G)和纯合的错义变异(c.764G＞A,p.S255N).结论 本例患者的NMNA T1基因上存在3个不同的变异,很可能是导致其患有Leber先天性黑嚎的原因.
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应用新一代目标区域捕获测序揭示视网膜色素变性患者的EYS基因突变
目的 应用新一代测序技术研究一例散发视网膜色素变性(RP)患者的致病基因突变位点及其临床表型.方法 实验研究.收集一散发的RP家系,共3名家庭成员参与研究.其中1名患者,2名正常家属.采集3 ml外周静脉血,提取基因组DNA,运用目标区域捕获测序技术来筛查目前已报道的201个遗传性视网膜疾病的致病基因,测序结果运用生物信息学分析得到候选基因,后用Sanger测序验证.结果 临床检查结果显示患者呈现典型的RP临床症状.遗传学筛查结果证实患者在EYS基因上存在2个复合杂合突变:1个杂合的错义突变(c.6416G＞A,p.C2139Y),1个杂合的无义突变(c.8012T＞A,p.L2671X).Sanger测序结果证实为阳性并且分别遗传自父亲母亲,为常染色体隐性遗传.EYS基因被报道为RP的主要致病基因之一.结论 本例患者的EYS基因存在2个杂合突变,是导致RP的致病原因.
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KRT14基因新突变导致的单纯型大疱性表皮松解症家系的研究
目的 探讨一个包含4代9例患者的单纯型大疱性表皮松解症家系的遗传学病因以及表型特点.方法 应用高通量目标区域捕获测序分析先证者大疱性表皮松解症的相关基因.在发现疑似突变后,用Sanger测序对其家系进行分析,同时应用Mutation taster、PolyPhen-2、Provean、SIFT等软件以及NCBI网站对突变位点的致病性和保守性进行预测,并用100名正常人作为对照.结果 先证者KRT14基因存在一个新的c.1234A＞G(p.Ile412Val)杂合突变.家系分析提示所有患者均携带同样的突变.值得注意的是,3名成员(包括2例患者和1名正常个体)的KRT14基因存在一个人类基因突变数据库收录的c.1237G＞A(p.Ala413Thr)杂合突变,而在其余7例患者中未发现该突变,提示c.1237G＞A(p.Ala413Thr)并非致病突变.在100名正常对照中均未检测到上述两种突变.NCBI保守性分析提示,两个位点均高度保守,而c.1234A＞G(p.Ile412Val)为强致病性,c.1237G＞A(p.Ala413Thr)则可能为多态.结论 KRT14基因c.1234A＞G(p.Ile412Val)杂合突变很可能是该家系的遗传学病因.c.1237G＞A(p.Ala413Thr)氨基酸改变可能是一种多态.对于有多个致病基因的遗传病,高通量目标区域捕获测序比传统的Sanger测序更高效、准确、省时和低廉,更适合用于临床检测.
关键词： KRT14基因 新突变 单纯型大疱性表皮松解症 目标区域捕获测序 -
COL6A3基因新突变导致的Bethlem肌病家系研究
目的 应用遗传性肌病基因芯片捕获测序对一个肌营养不良家系进行分子遗传学检测,从基因水平确定其病因,进而分析其临床特点,为遗传咨询和产前诊断提供依据.方法 针对一个肌营养不良家系,首先通过表型进行临床诊断,检测特定的基因.在未能找到致病突变情况下,采用遗传性肌病目标捕获测序芯片,应用高通量目标区域捕获测序结合Sanger测序和生物信息学分析,确定该家系患者的致病突变.利用PolyPhen网站与NCBI网站对突变类型进行致病性与保守性分析,预测突变位点致病性.结果 基因芯片捕获测序方式提示先证者COL6A3基因存在c.3353A＞C杂合突变,进一步的Sanger测序证实该家系中4例患者均存在同样的突变,而家系中正常成员则无此突变.生物信息学分析该突变导致编码氨基酸由组氨酸变成了脯氨酸,该位点区高度保守,突变后具有高度致病性.患者智力正常,肌活检提示肌源性损害,血清肌酸激酶轻度升高,疾病进展缓慢,亦符合Bethlem肌病临床特征.结论 目标区域捕获测序是一种高效的基因诊断方法,应用该技术在一个遗传性肌病家系中发现COL6A3基因第8外显子c3353A＞C杂合突变,该突变可能导致Bethlem肌病,呈常染色体显性遗传方式.
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一个常染色体显性遗传性多囊肾病家系PKD1基因的突变研究
目的 对一个多囊肾病家系进行分子遗传学检测,从基因水平确定其病因,进而分析其临床特点,为遗传咨询和产前诊断提供依据.方法 通过临床检查和B超检查结果确诊家系中的3例多囊肾病患者.采用单基因遗传病携带者基因筛查目标捕获测序芯片,通过高通量目标区域捕获测序对家系成员进行突变分析,并在所有家系成员中对检出的遗传变异进行一代测序验证.用SIFT和NCBI等网站对突变进行致病性与保守性分析,预测突变位点的致病性.结果 基因芯片捕获测序结果提示先证者和胎儿PKD1基因存在一个尚未报道的新突变c.11333C＞A(p.T3778N).进一步的一代测序结果证实该家系中3例患者均存在同样的突变,而家系中正常成员无此突变.生物信息学分析显示,该错义突变使第3778位上的苏氨酸变为天冬氨酸,该位点区高度保守,突变后可能致病.结论 发现了一例PKD1基因的新突变引起的多囊肾病.该家系的新突变可能与常染色体显性多囊肾病的临床表型相关,并在此基础上提供有效的产前基因诊断.
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基于母体血浆单体型分析无创产前检测脊髓性肌肉萎缩症的研究
目的:探索无创产前检测(NIPT)脊髓性肌肉萎缩症(SMA)在临床应用的可行性.方法:招募生育过SMA先证者且再次妊娠的24个家系,其家系中夫妻双方及先证者致病突变经多重连接探针扩增技术(MLPA)测定.采集家系外周血及孕11周以后的孕妇血浆,通过目标序列捕获及高通量测序技术,首先对夫妻双方及先证者外周血DNA样品进行目标区域捕获测序,获得与致病位点连锁的亲本单体型信息,再结合血浆测序数据中提供的单核苷酸多态性位点的分析结果,构建隐马尔可夫模型,推断胎儿单体型,从而得到胎儿的基因型.同时利用有创产前诊断MLPA检测验证其准确性.本次研究主要针对SMN1基因第7、8号外显子的检测.结果:24个家系通过NIPT检测检出患胎5例,携带者7例,余12例正常;MLPA检测结果为5例患胎,8例携带者,11例正常.患胎均为SMN1基因第7、8号外显子纯合缺失.NIPT与MLPA检测结果一致率为95.83％ (23/24),两种方法诊断结果差异无统计学意义(P =0.317).结论:基于母体血浆目标区域捕获测序、单体型分析NIPT胎儿SMA风险的方法准确、安全,应用于有先证者遗传信息的SMA NIPT有一定可行性.
