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慢性血栓栓塞性肺动脉高压中长链非编码RNA表达谱的研究
目的 利用基因芯片技术筛选长链非编码RNA (lncRNA)在慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)中的异常表达,分析lncRNA在CTEPH疾病发生中的分子机制.方法 试验组5例CTEPH患者的病变肺动脉内膜组织,对照组5例肺移植术供体的正常肺动脉内膜组织.应用高通量基因芯片技术检测两组标本的lncRNA和mRNA表达谱,构建lncRNA-mRNA共表达网络,Pathway及GO分析探究基因功能.结果 与对照组相比,在CTEPH组织中发现了185种差异表达lncRNA.进一步分析发现464个增强调控相关的lncRNA和重叠、反义或附近mRNA.随后构建了基因共表达网络体系.lncRNA(NR_036693、NR_027783、NR_033766、NR_001284)的表达水平显著改变.GO分析和Pathway分析证实了lncRNA在关键调控过程中具有潜在作用,包括炎症反应、对内源刺激的反应以及抗原的加工与提呈反应.结论 CTEPH患者肺动脉内膜组织中差异表达的lncRNA可能与CTEPH的疾病发生发展有密切联系,本研究的结果将对未来关于CTEPH诊断和治疗有所帮助.
关键词： 长链非编码RNA lncRNA芯片 慢性血栓栓塞性肺动脉高压 -
旋转细胞培养系统模拟微重力环境对小鼠成纤维细胞lncRNA表达的影响
目的 研究旋转细胞培养系统(RCCS)模拟微重力环境对小鼠成纤维细胞株L929 lncRNA表达的影响.方法 体外培养L929细胞,随机分为模拟微重力组(SMG组)和正常重力组(NG组),每组3个样本.SMG组回转器轴心与地面平行旋转,NG组回转器轴心与地面垂直旋转,两组转速一致.RCCS培养7d,收集样本,提取样本总RNA,进行荧光标记和芯片杂交.利用Agilent Mouse lncRNA芯片分别检测SMG组和NG组L929细胞的lncRNA和mRNA表达,筛选差异表达显著的lncRNA,RT-qPCR验证芯片结果;利用GO和Pathway分析差异表达lncRNA的功能分布,结合mRNA差异表达谱,进行lncRNA-mRNA联合分析.结果 lncRNA芯片检测分析发现,RCCS模拟微重力环境下小鼠成纤维细胞L929共有238条差异表达的lncRNA,其中134条表达上调,104条表达下调;差异表达的mRNA共有237条,其中53条表达上调,184条表达下调.获取差异表达lncRNA的聚类分析图,对差异表达显著的4条lncRNA芯片结果进行RT-qPCR验证,结果相吻合.GO分析结果显示差异表达的lncRNA与巨噬细胞分化、伤口愈合的负性调节等生物学过程相关,Pathway分析结果显示差异表达的lncRNA与系统性红斑狼疮、TGF-β等信号通路相关.同时成功构建了lncRNA-mR-NA-TF可视化网络图.结论 RCCS模拟微重力环境显著影响L929细胞的lncRNA及mRNA表达谱,基于芯片技术的ln-cRNA靶基因预测和功能富集分析可为失重应激损伤机制探讨和修复措施建立提供理论依据.
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高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠肺组织中lncRNA表达谱的变化
目的:分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在高氧诱导支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasi,BPD)小鼠模型肺中表达谱的变化.方法:构建高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠模型,利用lncRNA芯片技术检测正常小鼠肺及BPD小鼠肺组织中lncRNA表达谱的变化,经过对原始数据进行预处理,筛选出差异表达的lncRNA.结果:与对照组相比,模型组差异表达的lncRNA(差异倍数≥2倍且P＜0.05)共1 769条,其中882条上调,887条下调;5倍以上上调的共140条,下调的共71条;10倍以上上调的共28条,下调的有2条.结论:高氧诱导BPD发生时,肺组织中lncRNA的表达谱发生了显著变化;这些差异表达的lncRNA,可能参与了BPD发生、发展过程.
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膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测
目的 筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测.方法 采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对5个异常调节的lncRNA(RP11-359E19.2、AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3、AK021804)和4个共表达的mRNA(HRAS、VEGFA、ITGB1、DNMT3B)进行验证.同时,对lncRNA共表达的mRNA进行GO及KEGG pathway富集分析.结果 差异表达的lncRNA共4 155条,其中2 045条高表达、2 110条低表达;与lncRNA共表达的mRNA共4 416条,其中2 472条高表达、1 944条低表达.|FC|≥10的lncRNA 345条,包括127条高表达和218条低表达.RP11-436F21.1和H19是上调明显的lncRNA.|FC|≥10的共表达mRNA有75条,其中57条上调、18条下调.与癌旁组织相比,膀胱癌组织5种lncRNA中RP11-359E19.2表达上调,AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3及AK021804表达下调(P均<0.05);4种共表达的mRNA中HRAS、VEGFA、ITGB1和DNMT3B表达均上调(P均<0.05);qRT-PCR结果与芯片结果一致.GO分析显示,上调的共表达mRNA主要参与细胞代谢和有丝分裂的生物学过程,下调的共表达mRNAs主要参与免疫系统的刺激反应和免疫应答;KEGG pathway富集分析显示,10个通路与上调或下调的共表达mRNA有关,其中在上调的共表达mRNA中,p53信号通路和膀胱癌的富集度高,在下调的共表达mRNA中细胞因子-因子受体相互作用富集度高.结论 成功筛选出膀胱癌特异表达的lncRNA及其共表达mRNA,这些特异表达的lncRNA及共表达mRNA在膀胱癌的发生、发展和转移中发挥重要的生物学作用,有望成为膀胱癌新的标志物.
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长链非编码RNA在舌鳞癌中的表达谱特征
[目的]观察长链非编码RNA (lncRNA)在正常舌组织和舌鳞癌组织中表达谱的变化.[方法]利用lncRNA表达谱芯片检测技术,筛查3例舌鳞癌组织及3例正常舌组织中lncRNA表达谱的变异,通过对原始数据进行预处理达到均一化后,确定舌鳞癌组织中2倍以上变化并有显著差异(P＜0.05)的lncRNA为差异表达lncRNA,筛选出差异表达的lncRNA;分别在scc-9、cal-27、um-1和um-2共4种人舌鳞癌细胞和1种人正常舌细胞以及在35例舌鳞癌组织和12例正常舌组织中,利用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)对芯片结果进行验证;对筛选所得的部分差异表达的lncRNA,利用lncRNA与mRNA特异性表达的标准化信号强度,构建基因共表达网络,并进行分析.[结果]芯片共筛选差异表达lncRNA 3590条,其中上调的共1785条,降低的共1805条;选取其中部分lncRNA,qRT-PCR进一步证实了芯片结果的准确性;共表达网络构建提示某些lncRNA可能在参与舌鳞癌发生发展过程中发挥重要调控作用.[结论]与正常舌组织比较,舌鳞癌组织lncRNA表达谱发生显著变化,提示差异表达的lncRNA可能与舌鳞癌的多种恶性表型有着密切联系.
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LncRNA在缺氧诱导的胃癌细胞中表达谱的变化
目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)在常氧条件下的胃癌细胞及缺氧诱导的胃癌细胞中表达谱的变化.方法:利用lncRNA芯片技术检测常氧条件下的胃癌细胞,缺氧诱导的胃癌细胞中lncRNA表达谱的变异,经对原始数据进行预处理达到均一化后,筛选出差异表达lncRNA,进行分析.结果:与常氧条件下的胃癌细胞相比较,缺氧诱导胃癌细胞中1.5倍以上变化并有显著差异(P＜0.05)的lncRNA,确定为差异表达lncRNA.其中在三种胃癌细胞中的变化均在1.5倍以上的共254条,占所有lncRNA的3.6％；大于1.5倍上调的共136条,1.5倍以上降低的共118条；2倍以上上调的共30条；2倍以上降低的共25条；3倍以上升高的共5条；3倍以上降低的共5条.结论:缺氧诱导的胃癌细胞与常氧的胃癌细胞比较,lncRNA表达谱发生显著变化.提示差异性表达的lncRNAs可能参与了缺氧环境下胃癌细胞多种恶性表型的变化.
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小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的差异
目的：观察长链非编码RNA（ lncRNA）在未发生转移的小细胞肺癌和发生转移的小细胞肺癌组织中表达的差异。方法：利用高通量lncRNA芯片技术分别检测3例未发生转移的小细胞肺癌组织和3例发生转移的小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的变异，经对原始数据进行预处理达到均一化后，筛选出差异表达的lncRNA，进行聚类分析。结果：将lncRNA表达在发生转移的小细胞肺癌组织中与未发生转移的小细胞肺癌组织中的变化倍数在2倍以上并有显著差异（ P＜0.05）的lncRNA，确定为差异性表达的lncRNA。其中在3例发生远处转移的患者肺癌组织中变化均在2倍以上的共842条，占所有lncRNA的12.1％。其中，2倍以上表达上调的共440条，2倍以上表达降低的共402条；5倍以上表达升高的共31条；5倍以上表达降低的共65条。结论：发生转移的小细胞肺癌组织与未发生转移的小细胞肺癌组织比较，lncRNA表达谱发生显著变化。提示差异性表达的lncRNAs参与了小细胞肺癌侵袭和转移的恶性表型。
