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双向荧光差异凝胶电泳技术在心脏病蛋白质组学研究中的应用
目的:应用双向荧光差异凝胶电泳技术筛选与致心律失常性右心室心肌病引起的与心力衰竭密切相关的蛋白质标志物.方法:从本院的心脏病组织库中挑选6例病理诊断明确和各方面资料比较齐全的致心律失常性右心室心肌病引起心力衰竭的左心室心肌标本(来源于心脏移植的受体),以年龄、性别和种族等因素相匹配的因非心脏病死亡的6例正常心脏的左心室心肌作为本实验的对照,进行比较蛋白质组学研究,筛选在致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭中差异表达的蛋白质,即蛋白质标志物,并应用免疫组织化学和免疫印迹杂交方法检验差异蛋白质的可靠性.结果:经二次重复实验共筛选出5个差异表达的蛋白质,其中有3个在致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭中表达升高,而另有2个表达降低.经生物信息学分析,这5个差异蛋白质主要为心肌细胞的骨架蛋白或参与能量代谢和应急保护反应的蛋白质.其中的一个差异表达蛋白质--细胞骨架蛋白Desmin经免疫组织化学和免疫印迹杂交方法得到了进一步验证.结论:本研究应用双向荧光差异凝胶电泳技术筛选获得5个与致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭密切相关的蛋白质标志物,这些标志物可能与心力衰竭发生的分子机制相关,并可能用于疾病的分层、判断预后及指导个性化治疗.
关键词： 致心律失常性右心室心肌病 心力衰竭 双向荧光差异凝胶电泳 蛋白质标志物 -
甲状腺恶性潜能未定的高分化肿瘤差异表达蛋白的蛋白质组学分析
目的 筛选与鉴定甲状腺恶性潜能未定的高分化肿瘤(WT-UMP)差异表达蛋白质分子,寻找新的蛋白质标志物.方法 收集2015年1月～2016年12月云南省第一人民医院(以下简称“我院”)手术切除新鲜标本甲状腺WT-UMP 20例及其周围正常甲状腺组织20例,另收集2016年1～12月我院病理科甲状腺乳头状癌(PTC)蜡块30例.从冰冻新鲜样本中分别提取总蛋白进行双向凝胶电泳(2-DE),经PDQuest 7.3图像分析软件检测表达差异点,利用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和SWISS-PROT数据库对差异蛋白进行鉴定,通过PANTHER分析对差异蛋白进行分类,选择其中5种差异表达蛋白通过免疫组织化学染色进行验证.结果 共鉴定出27种差异蛋白,在甲状腺WT-UMP中呈高表达的25个,呈低表达的2个.免疫组化染色显示5种蛋白Cytosolic non-specific dipeptidase (CNDP2)、Cytokeratin18(CK18)、Cathepsin B(CTSB)、Calreticulin (CRT)及Annexin A5(ANXA5)均定位于细胞浆.CK18、CTSB、CRT及ANXA5这4种蛋白的表达在WT-UMP中均高于正常甲状腺,差异有统计学意义(P＜0.05),在PTC中均高于WT-UMP,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 成功筛选了甲状腺WT-UMP差异表达蛋白质分子,这些蛋白质表达的改变,可能参与了WT-UMP的发生和发展.同时通过免疫组化的验证,有利于WT-UMP的早期诊断.
关键词： 甲状腺恶性潜能未定的高分化肿瘤 差异表达蛋白 蛋白质组学 蛋白质标志物 -
应用金芯片技术预测肾功能损害的临床应用研究
目的 探讨利用金(Au)芯片检测尿蛋白质指纹图谱在预测肾功能损害中的应用价值.方法 利用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术及Au芯片检测186例肾病患者和188例对照者尿蛋白质指纹图,分析肾病患者与对照组尿蛋白质表达差异并筛选标志蛋白质,结合人工神经网络(ANN)技术建立智能预测模型,评价其诊断肾病的应用价值.对部分差异蛋白质通过电喷雾四级杆飞行时间质谱(ESI-Q-TOF)进行鉴定.用免疫散射比浊法检测尿微球蛋白并与蛋白质指纹图谱结果 比较,评价SELDI-TOF-MS检测性能.结果 肾病患者与对照者尿中共检测到214个蛋白质峰,有69个蛋白质峰差异有统计学意义(P<0.05),筛选其中质荷比(m/z)11 735、23 770、51 720、58 720、67 650、80 045、91 240蛋白质建立的ANN模型预测肾功能损害的灵敏度为98.8%(85/86),特异度为96.6%(85/88).蛋白鉴定结果 表明m/z 11 735、23 770、67 650、80 045蛋白质分别为β2-微球蛋白、α1-微球蛋白、白蛋白、转铁蛋白.SELDI-TOF-MS检测微球蛋白较免疫散射比浊法更灵敏.结论 基于Au蛋白芯片技术的尿蛋白质指纹图谱检测,可快速、灵敏、高通量的显示尿蛋白质表达情况,对诊断肾损伤、判断蛋白尿类型及治疗评价具有重要的应用价值.
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肾母细胞瘤血清非应激相关性蛋白质标志物的筛选及鉴定
目的 通过蛋白质组学技术检测肾母细胞瘤患儿血清与健康儿童血清中的差异性蛋白质,筛选出肾母细胞瘤非应激相关性蛋白质标志物.方法 收集2010年5月至2014年5月郑州大学第一附属医院接诊的肾母细胞瘤患儿、健康体检儿童及外伤1～3h患儿血清.通过蛋白质组学的表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)、高效液相色谱(HPLC)以及二维液相色谱-线性离子阱质谱(2D-LC-LTQ-MS)相关技术,对血清差异性蛋白质进行筛选并排除创伤应激蛋白质干扰;鉴定肾母细胞瘤血清非应激相关性蛋白质标志物.结果 SELDI-TOF-MS筛选出质荷比为6630.58Da的蛋白质或肽段为特异性标志物,对比确认创伤应激患儿血清质谱中无相同或相似蛋白质.通过HPLC纯化及MALDI-TOF-MS和2D-LC-LTQ-MS鉴定,发现肾母细胞瘤患儿血清非应激相关性蛋白质为载脂蛋白CI(APO CI).结论 在排除应激干扰因素下,通过蛋白质组学相关技术筛选并鉴定出APO CI为一种肾母细胞瘤患儿血清蛋白质标志物,为进一步研究肾母细胞瘤患儿血清中蛋白质表达水平改变的机制及早期诊断肾母细胞瘤提供了可能.
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神经管缺陷胎儿和神经管缺陷胎鼠羊水蛋白质标记物的比较研究
目的 利用表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术研究神经管缺陷胎儿羊水和神经管缺陷胎鼠羊水的蛋白质谱变化规律.方法 根据实验对象不同分为①经超声确诊为胎儿神经管缺陷的孕妇11例为畸形组.包括脊柱裂5例,无脑儿5例.脑积水1例,病例组孕母均于引产前经腹抽取羊水5 ml,另选产前行羊膜腔穿刺取羊水做染色体核型检测,结果正常且孕周数相匹配的正常孕妇9例为对照组;②45只雌性Wistar大鼠(体重220～260 g),随机分为畸形组(n=30)和对照组(n=15).在标准条件下饲养,午夜雌:雄=4:16笼.次日清晨8时阴道涂片,镜检精子,确定其妊娠日期,有精子者计为孕0日(E_0).在孕10日(E_10)晨8时,畸形组雌鼠称体重.按120mg/kg称取维甲酸与矿物油混合均匀(维甲酸浓度为40mg/ml),经胃管一次注入孕鼠胃内.对照组仅将与畸形组同量且不含维甲酸的矿物油经胃管一次注入.在孕17 d剖腹,每只胎鼠抽取羊水约0.1～0.3 ml,选取11只脊柱裂畸形胎鼠的羊水,15只正常对照胎鼠的羊水.选用CM10蛋白质芯片,在PBSⅡ C型蛋白质芯片阅读机读取数据.采用Ciphergen protein chip 3.1.1软件对数据进行统计分析.结果在设定的优化相对分子量1～30 × 10~3范围内,神经管缺陷胎儿的孕母羊水中共检测到35个差异蛋白峰,其中7个有统计学意义,有6种蛋白质/多肽高表达,相对分子质量分别为14 700,7 995,15 891,16 027,13 776,11 040;1种蛋白质/多肽低表达,相对分子质量为23 417.神经管缺陷胎鼠羊水中共检测到55个羊水差异蛋白峰,有统计学意义的差异蛋白峰有9个.脊柱裂畸形组有5种蛋白质/多肽高表达,相对分子质量分别为11 658,27 387,7 898,11 603,13 829;4种蛋白质/多肽低表达,相对分子质量分别为5 124,14 702,5 403,13 626.将神经管缺陷胎鼠和神经管缺陷胎儿羊水蛋白质谱进行比较分析,发现二者羊水中共同蛋白质/多肽:4 138(4 145),7947(7941),8 588(8 588),9 385(9 390),14 702(14 700).其中14 700(P=0.006)差异具有统计学意义,很可能是神经管缺陷胎儿和神经管缺陷胎鼠羊水共同蛋白质/多肽标志物.结论 神经管缺陷胎儿和胎鼠羊水中可能存在相同的特异性蛋白质/多肽标志物,相对分子质量14 700的蛋白质/多肽对神经管缺陷诊断具有更重要的意义.
关键词： 神经管缺陷 表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱 羊水 蛋白质标志物 -
表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱技术在神经管缺陷胎儿母亲血清、尿液和羊水蛋白质标志物筛查中的研究
目的 探讨利用表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术结合分类与回归树分析(classification and regression tree analysis,CART)在筛选神经管缺陷胎儿母亲血清和尿液蛋白质标志物的应用.方法 孕母血清样本31例,尿液样本35例和羊水样本20例用于检测.采用PBSIIC型蛋白质芯片阅读机读取数据.SELDI数据结果采用分类与回归树分析(CART)建立血清和尿液诊断模型,用于区分神经管缺陷组与正常对照组.结果 与正常组比较,神经管畸形组血清中有8种蛋白质高表达,4种蛋白质低表达;尿液中有4种蛋白质高表达,1种蛋白质低表达;羊水中有6种蛋白质高表达,1种蛋白质低表达.4种蛋白质峰用于建立决策分类树诊断模型,血清诊断灵敏度88.20%,特异度100%;尿液诊断灵敏度80.00%,特异度93.33%.结论 血清和尿液蛋白质谱的高灵敏度和特异度提示表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱结合分类与回归树分析能够筛选神经管缺陷胎儿和正常对照.
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胰腺癌生物标志物研究进展
胰腺癌为常见消化系统恶性肿瘤之一,90％的患者是起源于胰腺腺管上皮的胰腺导管腺癌(PDCA),因其早期诊断困难、恶性程度高,发病率和病死率持续增加.据美国癌症协会估计,2017年美国有约53670人被诊断为胰腺癌,并且约有43090人在2017年因胰腺癌死亡,发病率与死亡率大致相当[1].
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上行型与下行型鼻咽癌患者血清蛋白指纹图谱的检测及意义
目的:通过分析上行型与下行型鼻咽癌的血清蛋白质谱,筛选鼻咽癌蛋白质标志物,为预测鼻咽癌临床分型提供可能的简易方法.方法:应用CM10弱阳离子交换芯片和表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)分析22例上行型鼻咽癌和26例下行型鼻咽癌患者的血清标本,采用Biomarker Wizard 3.01及Biomarker Pattern 5.01分析软件对测得的数据进行处理并建立相应的检测模型.结果:通过对上行型、下行型鼻咽癌患者血清蛋白指纹图谱数据的比较,筛选出差异蛋白质峰9个(P＜0.05),相对分子量分别为2 776.27 Da,3 940.04 Da,6 440.51 Da和9 138.54 Da的4个蛋白质峰被选择用于构建分类决策树模型,该模型交叉验证总准确率为81.3%,上行型鼻咽癌患者检出率为77.3%,下行型鼻咽癌患者检出率为84.6%.分别对这4个蛋白质峰进行数据库搜索,得到4种与分子量为接近的蛋白质.结论:应用SELDI-TOF-MS技术构建的分类决策树模型能达到区分上下型鼻咽癌患者的效果,这可能对鼻咽癌的分子分型、制定个体化治疗方案及预后预测方面有一定的临床意义,可进一步深入研究.
关键词： 鼻咽癌 临床分型 表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术 蛋白质标志物
