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应用SELDI-TOF-MS筛检肝癌血清特异相关候选蛋白的研究
目的 筛查潜在的小分子量低丰度的HCC血清相关候选蛋白,为肝癌复杂病理机制的全面阐明、理想早期诊断标志物的发现提供新思路.方法 分别收集81例伴有HBV感染和肝硬化背景的HCC患者血清,43例慢性乙型肝炎和36例肝硬化患者血清,采用弱阳离子交换蛋白芯片(WCX2)介质结合SELDI-TOF-MS对患者血清蛋白谱进行检测,并通过Biomarker Wizard软件对生成的蛋白指纹峰分别进行差异归类比较,然后采用消减差异分析确定HCC特异相关候选蛋白.标本检测前,对芯片检测系统的重复性进行分析.结果 同一标本同一芯片内强度CV为17.46%,m/z平均CV为0.024%,不同芯片间强度CV为17.74%,m/z平均CV为0.024%.将信噪比大于5,且超过20%标本具有的蛋白峰认定为有意义峰,在2 000～30 000 m/z范围内,共有128个蛋白指纹峰被确认.HCC与肝硬化患者血清蛋白指纹峰的差异比较分析显示,87个差异蛋白指纹峰有统计学意义(P＜0.05),其中强度差异在2倍以上的蛋白指纹峰有45个,在HCC患者血清中2倍上调的15个,2倍下调的30个.从HCC与慢性乙型肝炎血清蛋白指纹峰的差异分析发现,差异有统计学意义的蛋白指纹峰52个(P＜0.05),其中强度相差2倍以上的蛋白指纹峰有9个,HCC患者血清中2倍上调的2个,2倍下调的7个.从肝硬化与慢性乙型肝炎患者血清蛋白指纹峰的差异比较分析发现,差异有统计学意义的蛋白指纹峰79个(P＜0.05),其中强度相差2倍以上的蛋白指纹峰有28个,在肝硬化患者血清中2倍上调的17个,慢性乙型肝炎患者血清中2倍上调的11个.经消减差异分析筛查,确定在HCC患者血清下调表达的5个公共差异蛋白(2 870、3 941、2 688、3 165、5 483 m/z)及在肝硬化和HCC血清均上调表达的2个公共差异蛋白(3 588、2 017 m/z),但蛋白2 017 m/z在HCC与健康人比较的本所前期工作中的差异无统计学意义(P＞0.05).结论 由慢性乙型肝炎和肝硬化背景产生的非特异分泌蛋白的干扰,经消减分析被部分消除,获得的6个血清公共差异蛋白(2 870、3 941、2 688、3 165、5 483、3 588 m/z)在反映HCC病理特征方面具有明显的特异性,且有望成为HCC诊断中新的候选标志物.
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应用SELDI-TOF-MS技术建立卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断的血浆蛋白质组学模型
目的:通过蛋白质芯片-质谱技术结合生物信息学的支持向量机方法,筛选卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者差异表达的蛋白质峰,探讨建立数学逻辑的卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断模型及其意义.方法:采用表面增强激光解离飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术,运用CM10蛋白质芯片(一种弱阳离子芯片)分别检测26例卵巢浆液性乳头状囊腺癌和51例对照组(其中卵巢囊肿12例、子宫肌瘤31例、卵巢良性囊腺瘤8例)的血浆标本,对所得到的质谱数据采用Biomarker Wizard软件分析,初步筛选蛋白质峰,结合生物信息学的支持向量机(support vector machines,SVM)方法建立并测试卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者以及对照组的血浆蛋白质谱诊断模型.结果:应用SELDI-TOF-MS在CM10芯片上捕获到的蛋白质,经过Biomarker Wizard软件分析筛选出了卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者与对照组的71个差异蛋白质峰(P＜0.01),利用SVM方法再次筛选获得7个蛋白质峰组成卵巢浆液性乳头状囊腺癌的蛋白质谱优化模型,这7个蛋白质中质荷比(m/z)为4 099、4 477、4 123、4 081和3 938的表达上调,质荷比(m/z)为8 785和13 783的表达下降.经三倍交叉验证后用盲法测定,所建模型用于卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者与对照组鉴别的敏感度和特异度分别为84.62%和96.08%,阳性预测值为92.21%.结论:蛋白质芯片.质谱技术可以快速、有效地筛选出卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者血浆差异蛋白质,结合SVM可建立有效的蛋白质质谱诊断模型,对卵巢癌诊断方法的建立具有潜在意义.
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大肠癌早期肝转移的血清特征蛋白及组织表达特异基因筛查
应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术及RT2 ProfilerTM PCR Array HumanTumor Metastasis(PA HS-028A)芯片筛查早期肝转移患者血清特异性蛋白及相关肿瘤基因,为大肠癌肝转移的早期诊断提供理论依据.方法 应用弱阳离子蛋白质芯片(WCX2)及SELDI-TOF-MS技术检测20例大肠癌和20例大肠癌早期肝转移患者血清中蛋白的相对含量.PCR基因芯片技术对原发灶和肝转移灶组织进行差异基因筛选.结果 应用SELDI-TOF-MS的3组样本质荷比在2 000～30 000间有3 774、11 851的2个蛋白峰有显著差异.应用RT2 ProfilerTM PCR Array HumanTumor Metastasis(PAHS-028A)芯片技术发现在大肠癌原发灶中表达明显高于肝转移结节的基因有:ACTB、APC、CT-NNA1、ITGB3、NR4A3、MMP10、MMP11、ETV4、CTSL1、RB1、GNRH1、HPSE、CDKN2A、KISS1R、IL8RB、ITGA7、DENR、RPSA、CXCR4、NME2、PNN、SMAD4、SRC、SSTR2、SYK、RORB、TCF20、MMP3、MYCL1、TIMP2、TIMP3、TIMP4、TRPM1；在转移灶表达明显高于原发灶的基因有:MMP9、FN1、CST7、CCL7.结论 利用SELDI-TOF-MS及基因芯片技术可以为大肠癌早期肝转移的机制研究及诊断与治疗提供实验数据和资料.
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蛋白质组学及在耳鼻咽喉头颈外科学中的应用
目的 蛋白质组学作为一种大规模、高通量、高灵敏度、自动分析细胞蛋白表达图谱的新技术,在基础及临床研究中发挥着日益重要的作用.本文就蛋白质组学的基本技术,蛋白质组学新技术的发展及其在耳鼻咽喉-头颈外科学的应用方面的新研究进展作一综述.
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消化道肿瘤患者多联肿瘤标志物联合检测临床意义分析
目的 探讨多肿瘤标志物蛋白芯片诊断系统在消化道肿瘤临床诊断中的应用价值.方法 应用Luminex100测定240例消化道肿瘤患者、100例消化道良性疾病患者血清糖类抗原242(CA242)、糖类抗原125(CA125)、甲胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)和细胞角蛋白19(CY-211)含量,分析其诊断灵敏度和特异度.结果 多肿瘤标志物联合检测对消化道肿瘤的诊断灵敏度高于各指标单独检测(P<0.05);胃癌、肝癌、结直肠癌患者血清AFP、CA242、CA125、CEA和CY-211含量高于消化道良性疾病患者(P＜0.05).结论 多肿瘤标志物蛋白芯片检测系统的应用对消化道肿瘤诊断有较高的临床参考价值,可提高诊断灵敏度,适用于健康人群、肿瘤高危人群筛查及患者预后和疗效判断.
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SELDI技术分析体外培养不同肝细胞株差异蛋白的表达
目的: 运用表面增强激光解吸/离子化/飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS) 技术,检测体外培养的肝癌细胞株(HepG2),转染乙肝病毒的肝癌细胞株(HepG2.2.15)与正常肝细胞株(LO2)蛋白质的差异表达,筛选肝细胞癌的标志蛋白,为进一步研究肝癌发病的蛋白质组学机制奠定基础. 方法: 常规培养上述3种细胞,细胞状态良好时收集细胞,裂解细胞后采用 SELDI-TOF-MS技术用WCX2芯片检测HepG2, HepG2.2.15, LO2细胞内蛋白质组学的差异表达. 结果: WCX2芯片共捕获91个蛋白,在Mr 5000～15 000区段,与正常肝细胞株比较,有7个蛋白质在两种肝癌细胞中出现明显变化,其中2个蛋白在肝癌细胞中表达量增高,5个蛋白在肝癌细胞中表达量降低;另外两种肝癌细胞株也有其各自的标志蛋白,9个蛋白分子在HepG2表达量增高,10个蛋白分子在HepG2.2.15表达量增高. 结论: SELDI蛋白芯片技术检测可作为检测肝癌早期生物标记的方法,它简便,敏感性高,重复性好,本文发现的这些组织特异性蛋白生物标记对肝癌的早期诊断有潜在的应用价值,对我们从血清或组织标本中筛选和鉴定不同型别肝癌细胞之间的标志蛋白有重要意义,从而为从蛋白质水平研究肝癌的发病机制及新的治疗靶位的寻找奠定了一定的基础.
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丙型肝炎病毒不同片段抗体蛋白芯片的制备及评价
目的: 制备丙型肝炎病毒(hepatitis virus C, HCV)不同片段抗体蛋白芯片,并对其临床应用价值进行评价. 方法: 分别取HCV融合抗原及分片段抗原,点至醛基化玻片上,制成HCV不同片段抗体蛋白芯片. 进行抗-HCV(ELISA)试剂和RIBA试剂与蛋白芯片法的比较. 结果: 蛋白芯片的融合抗原检测与ELISA法相比,阴性符合率为93.8 %,阳性符合率为97.1% . 蛋白质芯片分片段检测与ELISA法相比,阴性符合率为96.8 %,阳性符合率为97.1%. 蛋白芯片的融合抗原检测与RIBA法相比,阴性符合率为96.9% , 阳性符合率为98.5 %. 蛋白芯片分片段检测与RIBA法相比,阴性符合率为100%, 阳性符合率为98.5%. 结论: 蛋白芯片法与RIBA试剂检测结果相比较,与RIBA试剂有良好的一致性(P<0.05)),证明其具有良好的检测准确率,并可以降低ELISA法的假阳性.
