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3家系成骨不全基因突变及临床表型分析
目的对3家系成骨不全(OI)测序及其临床表型和突变分析,提高对成骨不全的诊断和认识.方法收集临床资料,提取患者及家属血标本;高通量测序,一代测序验证和结果分析.结果先证者1,FKBP10,EXON6,c.1016G>A,p.R339Q,纯合突变,父、母分别为此位点杂合突变.先证者2,COL1A1,EXON9,c.671G>A,p.G224D,杂合突变,父亲为此位点杂合突变,母亲基因无变异.先证者3,COL1A1,EXON30,c.2010delT,p.P670fs,杂合突变,母亲此位点杂合突变,父亲基因无突变.结论FKBP10新位点突变可能导致了XI型成骨不全及其新表型的发生;证实了COL1A1两位点突变和成骨不全之间的关系.
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表现为帕金森综合征的肌张力障碍临床研究(附1例利用二代测序方法筛查报告)
目的 探讨表现为帕金森综合征(PKS)的肌张力障碍的临床特点.方法 回顾性分析1例表现为PKS的肌张力障碍患者的临床资料.结果 患者为青年女性,31岁起病,临床表现为右足跛行、震颤,不对称起病,应用左旋多巴短期有效,多巴胺转运体(DAT)PET双侧豆状核后部DAT分布明显减少,考虑不典型帕金森病,较长时间按PKS治疗.后利用二代测序法发现DYT6基因发生c.268-4T>A(NM_018105)杂合突变,突变方式为剪切突变,并经一代测序验证.结论 肌张力障碍患者有时临床表现类似PKS,尤其需要与青年型帕金森病合并局灶性肌张力障碍相鉴别.临床观察、基因检测是鉴别的重要方式.
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二代测序技术在Cardio-facio-cutaneous综合征诊断中的应用研究
目的 探讨二代测序技术在辅助诊断RAS心肌病群的作用.方法 提取1例疑似Noonan综合征患儿及其父母外周血,采用aCGH、二代测序技术检测基因突变,并用Sanger法进行验证.结果 二代测序结果显示,患儿BRAF基因存在c. 1406G>A杂合突变.患儿一代测序结果与二代测序结果一致,父母一代测序结果显示该位点均为G/G野生型.结论 该患儿为CFC患者,二代测序技术在RAS心肌病群的鉴别诊断中可以起到很好的辅助作用.
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AMSS-PCR在肺癌突变基因检测中的价值研究
背景与目的 肺癌驱动基因检测具有重要意义,目前检测方法多样,临床适用性有差异.本研究旨在比较基于扩增阻碍突变系统·聚合酶链反应(Amplification Refractory Mutation System-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)技术的试剂盒与一代测序及ARMS-qPCR检测肺癌突变基因的敏感性和特异性,探究突变位点特异扩增法(Amplification Mutation Specific System,AMSS)-PCR技术在肺癌突变基因检测中的应用价值.方法 对前期已行ARMS-PCR检测的肿瘤标本进行一代测序及试剂盒检测,比较各种方法的检测结果,并对检测结果进行统计学分析.结果 本研究共收集了309例肺癌标本.试剂盒与一代测序符合率97.41％,ARMS-PCR的符合率97.73％.试剂盒与一代测序、试剂盒与实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR)、qPCR与一代测序一致性检验的Kappa值分别为0.946、0.953、0.913.试剂盒以一代测序为参照的受试者工作特征曲线(receiveroperating characteristic curve,ROC)曲线下面积为0.976,以qPCR为参照的ROC曲线下面积为0.975.结论 AMSS-qPCR技术能够有效检测肺癌突变基因,具有较好的临床应用价值.
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多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用研究
目的:探索多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用.方法:从药品微生物实验室环境中连续7个月采样收集获得248株细菌和6株霉菌,并对收集的细菌采用全自动微生物生化鉴定仪(Vitek 2 Compact)进行鉴定.根据生化鉴定结果选择在种属分类学上具有代表性的20种细菌(共28株)和6株霉菌分别采用一代测序技术(ABI 3500测序平台)和宏基因组测序技术(Hiseq 2000测序平台和Ion torrent测序平台)进行鉴定分析,相互验证菌株鉴定方法的准确性.结果:28株细菌的16S rDNA一代测序鉴定与生化鉴定相比,属水平分类一致的有23株,种水平分类一致的有10株.采用Hiseq 2000对28株细菌混合进行全基因组测序鉴定获得78种菌株信息,与16S rDNA一代测序相比,种水平一致的有15株,属水平一致的有2株,缺失了3株菌的信息,多出了61株菌的信息;霉菌全基因组测序获得3株菌信息,与霉菌LSU rDNA的一代测序结果相比,缺失了3株菌的信息.采用Ion torrent对28株菌混合进行16SrDNA宏基因组测序鉴定,获得信息包含7科、10属和13种,与16S rDNA一代测序结果对应的有11种,且10种属覆盖了一代测序中的28株菌;霉菌ITS2宏基因组测序结果包含4属和3种,4属覆盖了霉菌一代测序结果中的6株菌,但种水平只有烟曲霉和一代测序结果一致.结论:新一代宏基因组测序技术及分析方法需要进一步改进与完善,才能对环境微生物混合菌株进行快速准确鉴定从而开展建库溯源工作.
