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利用重定位策略从中药中发现L-型钙离子通道作用降压药
该文以来源于NCBI数据库中对新西兰兔心脏L-型钙离子通道具有抑制作用的12个化合物为研究对象,利用HipHop定性药效团模型构建方法,建立L-型钙离子通道拮抗剂的药效团模型,利用数据库搜索方法对药效团模型进行优劣评价,同时,以所得的优药效团模型对Drugbank和TCMD进行筛选,通过匹配程度和文献验证分别对从Drugbank中筛选所得的已上市药物进行降压作用重定位和从TCMD中筛选所得中药有效成分进行降压作用评价.结果获得优药效团模型具有2个氢键受体和4个疏水基团,其综合评价指数CAI为2.78,从Drugbank中筛选的已上市药物93个,从TCMD筛选的中药有效成分285个.该文所构建的定性药效团具有一定的可靠性,可用于活性化合物筛选;Drugbank中筛得化合物,如普伐他汀,具有潜在的L-型钙离子通道抑制作用;TCMD筛选的中药化学成分,如白花前胡素Ⅲ、牛蒡苷元是潜在的降压药物.该策略有助于从中药中开展L-型钙离子通道的药物重定位研究.
关键词： 药物重定位 L-型钙离子通道拮抗剂 定性药效团 降压药 -
孤儿药研发相关的信息学研究进展
药物研发包括临床前研究和临床研究,在推动医药产业发展中发挥着至关重要的作用.由于研发各阶段投入成本高、周期长,药物毒性作用难预知等原因,新药开发的耗费巨大,成功率平均只有万分之一,周期可长达几年甚至几十年.而罕见病药物研发由于基因异质性高、病理机制未明、可参与临床试验的患者数量少等问题在药物研发上更是具有较大局限性.近年来信息学领域的飞速发展大大推动了药物研发的进程,基于计算机的理性药物设计、海量虚拟筛选、组合化学、高通量反应筛选系统等技术不断发展成熟,在新药研发的各个阶段均起到积极的促进作用;信息技术还有助于药物重定位这一新型药物开发模式的发展,通过药物警戒作用可对药物研发进行有效的反馈、补充.信息技术的发展还促进了药物研发模式向集成式研发转变.这对孤儿药研发起到了积极的促进作用.本文主要对孤儿药研发相关的信息学研究进展进行综述.
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基因表达标签相似性比较的抗辐射药物重定位研究
目的:探讨基于表达谱标签相似性比较的途径从上市药物中筛选发现抗辐射损伤治疗药物.方法:从GEO数据库获得辐射损伤基因表达谱数据集GSE26835,利用RMA和SAM软件对表达谱芯片数据进行差异表达基因分析,获得辐射损伤基因标签,后通过connectivity map数据库进行检索,并对检索结果进行实验验证.结果:获得的辐射基因标签包含上调基因134个,下调基因73个,这些基因生理功能主要集中于DNA损伤应激,DNA修复,细胞周期阻滞等;通过Cmap分析,筛选到阿米洛利,潘必啶等候选药物,其中阿米洛利负相关指数高,进一步实验验证证明阿米洛利在体外和体内实验中都具有较好的抗辐射活性.结论:基于基因表达谱的药物重定位可从上市药物中筛选到有效的抗辐射药物为发现老药的新用途提供了新的途径.
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药物重定位的研究策略
以上市药物为物质基础发现和确认药物新适应证的新药研发可节省大量时间、人力和物力成本,且成功率较原研药高.本文总结了药物重定位的研究内容和一般研究流程,并通过实例介绍了“老药新用”的3种研发策略.
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药物重定位——网络药理学的重要应用领域
药物重定位是指发现已上市药物的新适应症,是网络药理学的重要应用领域.药物重定位策略是目前已知的药物研发策略中风险与效益比好的策略之一,也是一种解决新药开发高投入低成功率困境的有效方法之一.目前已成功进行重定位的药物已超过百余种(国内有老药新用专著收载123种),药物重定位研究已超越了随机发现药物新适应症的阶段,进入了基于计算机技术的崭新研究阶段.现有研究方法主要有基于小分子(或配体)特征的方法、基于蛋白靶点(或受体)特征的方法、基于表型(或网络)特征的方法.随着对防治重大疾病有效药物需求的不断增加,以及系统生物学、计算生物学、网络药理学等相关学科的快速发展,面对新药研发难度越来越大的严峻形势,药物重定位已成为世界范围内关注的热点,在药物研发领域占据重要地位.
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药物－疾病关系预测：一种推荐系统模型
目的：药物重定位是指发掘已有药物新的治疗作用，然而具有潜在治疗作用的药物－疾病往往隐藏在数以百万计的关系对中。该研究基于医疗大数据分析，预测具有潜在治疗关系的药物－疾病关系对。方法将社交网络中推荐系统模型应用于药物重定位研究，并假设具有相似化学结构的药物可能具有相似的适应症。从开源数据库收集已知药物－疾病的治疗关系、副作用关系以及药物和疾病特征描述符，计算得到药物－药物的相似度和疾病－疾病相似度，再构建推荐模型将上述信息融合，并预测具有潜在治疗关系的药物－疾病，终得到预测关系对的排序列表。结果列表排名前500的关系对中，有12．8％得到临床实验支持或综述报道，20％得到模式生物实验或细胞实验支持。结论相比于已有分类模型和随机抽样结果，本模型可明显提高具有潜在治疗作用药物－疾病的富集程度。
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网络药理学在中药药物重定位研究中的应用现状与思考
药物重定位(又称老药新用)是指已上市药物发现新适应症或新用途,其不仅在西药研发中受到越来越多的关注,在中药新药研究领域也逐渐成为热门.目前,药物重定位研究已进入基于计算机技术的新阶段,其研究方法、技术得到不断地完善.网络药理学方法在药物重定位研究方面发挥着越来越重要的作用,目前其应用于中药药物重定位研究中的策略主要包括基于小分子(或配体)、基于药物靶点和基于网络理论三方面.本文对中药药物重定位的概念、研究现状及网络药理学的应用现状及策略进行介绍,以期为中药药物重定位研究提供参考.
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基于语义关系发现的阿尔茨海默病药物重定位
针对阿尔茨海默病,提出基于语义关系SCP算法发现重定位药物的方法,从总体流程、语义关系集抽取等方面阐述算法原理,介绍结果验证方法并比较该算法与LTC-AMW算法筛选药物-AD关系对排序结果.
