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1996-2014年中国HIV-1毒株CRF01_AE亚型传播簇和传播网络研究
目的 了解我国HIV-1毒株CRF01 AE亚型在省内和省际的传播规律和风险因素,为实施精准干预提供参考依据.方法 收集我国19个省份1996-2014年已有的2 094条CRF01_AE pol区基因序列,利用PhyML 3.0软件构建系统进化树,确定传播簇,利用Cytoscape 3.6.0软件构建传播网络,结合背景信息分析传播风险.结果 发现82个传播簇,包含255条序列(12.18％,255/2 094),省内传播簇数量和包含序列数(61个,173条)明显多于跨省传播簇(21个,82条).传播簇中男男性传播人群的成簇比例随时间上升趋势明显,由1996-2008年的2.41％(2/83)上升为2013-2014年的23.61％(72/305)(x2=27.800,df=1,P=0.000).跨省传播簇的男男性传播人群比例明显高于省内传播簇,由1996-2008年的0.67％(2/297)上升为2013-2014年的6.36％(30/472),具有随时间的上升趋势(x2=20.276,df=1,P=0.000).跨省传播簇中男男性传播的比例(86.59％,71/82)明显高于省内传播簇(56.65％,98/173),差异有统计学意义(x2=22.792,P=0.000).含2种及以上传播途径的跨省传播簇的比例(33.33％,7/21)明显高于省内传播簇(13.11％,8/61),差异有统计学意义(x2=4.273,P=0.039).传播网络分析发现,跨省传播簇内高传播风险人群比例(51.22％,42/82)明显高于省内传播簇(26.59％,46/173),差异有统计学意义(x2=14.932,P=0.000).跨省传播簇以男男性传播人群为主.结论 我国HIV-1毒株CRF01_AE亚型存在复杂的传播网络,跨省传播簇快速增长,其中高风险传播者对HIV-1亚型的大范围传播起到重要作用,应深入进行传播网络研究以指导精准干预.
关键词： 艾滋病病毒 CRF01_AE亚型 传播簇 传播网络 -
浙江省义乌市2016年新报告HIV/AIDS的HIV-1亚型和传播簇分析
目的 了解浙江省义乌市HIV亚型分布和传播簇特征,为HIV流行趋势分析和疫情防治提供依据.方法 对该地区2016年新报告HIV/AIDS开展分子流行病学横断面研究,从168例血浆中提取RNA,通过RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因并测序.构建系统进化树分析亚型和传播簇,通过CPR 6.0在线软件工具分析耐药突变位点.结果 研究对象年龄(39.1±13.4)岁,男性为主(86.3％,145/168),外省户籍居多(66.7％,112/168),感染途径为同性传播(51.2％,86/168)和异性传播(48.8％,82/168).HIV序列成功获得率为89.9％(151/168),优势亚型为CRF01_AE 74例(49.0％)和CRF07 BC 64例(42.4％),其他亚型包括CRF08_BC 5例(3.3％),CRF55_01B 3例(2.0％),B、CRF45_cpx、CRF59_01B、CRF85 BC和URF(B/C)各1例.CRF45_cpx和CRF85_BC在浙江省首次发现.共发现26个传播簇(含65个病例),总成簇比例43.0％(65/151),CRF01_AE成簇比例54.1％ (40/74),高于CRF07 BC的32.8％ (21/64);各传播簇平均大小为2.5例/簇,CRF01 AE中异性传播的传播簇大(3.5例/簇).传播性耐药率为4.6％(7/151),7例检出监测性耐药突变,包括M46L 5例,F77L和Y181C各l例.结论 义乌市HIV亚型复杂多样,多种传播簇并存且特征多样,应继续加强亚型监测,重点对传播簇病例开展专题调查,实施针对性有效干预.
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浙江省男男性行为人群HIV-1新近感染者的毒株亚型和传播簇研究
目的 了解浙江省MSM中的HIV-1新近感染者的毒株亚型组成和传播特征.方法 233例2011年新报告的MSM感染者经BED捕获酶免试验(BED-CEIA)检测为新近感染,其中107例纳入分子流行病学研究,收集血浆样本提取RNA核酸,用反转录/巢式PCR扩增HIV病毒的pol基因片段,测序后进行生物信息学分析.结果 107例研究对象与当年MSM新近感染者在社会人口学特征上差异无统计学意义.序列获得率为94.4％(101/107),CRF01 AE占比高(62.4％),其次是CRF07 BC(31.7％),另有3例B亚型,1例CRF55_01B和2例独特重组型.毒株在系统进化树上主要分为CRF01 AE的簇1、簇2和CRF07_BC的簇3,杭州地区的毒株散播于各个进化分支.共发现10个传播簇,80％涉及≥2个的地市,90％与现住址为杭州的病例有关; 共发现有3个样本各存在一个监测性耐药突变,分别为M46I、T215S和G190A,传播性耐药率为2.97％.结论 浙江省MSM的HIV亚型呈现复杂性趋势,但传播性耐药处于低度流行水平;HIV的跨地区传播较为普遍,杭州在地域上可能发挥着核心传播作用,全省已形成混杂交织的复杂网络.
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广西壮族自治区低档场所中老年嫖客与暗娼HIV-1感染者基因亚型研究
目的 了解广西壮族自治区低档场所中老年嫖客与暗娼的HIV-1感染者病毒基因亚型特征及传播规律.方法 采用方便抽样的方法,于2012年对广西壮族自治区4个城市和9个县(区)低档场所的嫖客(年龄≥50岁)与暗娼开展分子流行病学调查,进行HIV-1抗体筛查,对HIV-1抗体阳性者血浆进行pol区基因片段扩增和序列测定,对获得的基因序列进行系统进化树构建并鉴定毒株的基因亚型,分析毒株亚型分布特征及传播规律.结果 共招募4048例中老年嫖客和784例低档暗娼,共发现116例HIV-1抗体阳性,中老年嫖客与暗娼的HIV-1抗体阳性检出率分别为2.5％(103/4048)、1.7％(13/784),对其中84例HIV-1抗体阳性者进行基因扩增和序列测定,53例获得基因序列(中老年嫖客48例、暗娼5例).发现3种基因亚型,均为重组株,CRF0 I_AE占90.6％ (48/53),CRF08_BC占7.5％(4/53),CRF07_ BC占1.9％(1/53).经系统进化树分析发现,48例CRF0I_AE流行毒株聚集成2个传播簇Cluster 1和2;4例CRF08 BC聚集成1个传播簇.在CRF01_AE Cluster 1中又形成4个亚簇C1-SC1、2、3、4,各亚簇对象来源于同一处或相邻低档场所、或与同一省道毗邻乡镇的低档场所.结论 广西壮族自治区低档场所中老年嫖客与暗娼HIV-1感染者流行毒株仍以CRF01_AE为主,以同一处或相邻低档场所或毗邻乡镇呈小范围聚集,当地HIV-1阳性的中老年嫖客与暗娼可能是该人群易感者毒株快速传播的重要传染源.
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人类免疫缺陷病毒-1 CRF01 AE 毒株在我国的分子传播网络分析
目的：构建我国 HIV-1 CRF01 AE 毒株分子传播网络，并分析网络特征。方法从洛斯阿拉莫斯国家实验室 HIV 基因数据库（Los Alamos database）下载中国地区的 CRF01 AE pol 区基因序列并进行人口学信息核对。通过构建系统进化树、提取传播簇、小基因距离选择及传播网络可视化4个步骤构建传播网络。运用卡方检验分析不同人群参与网络形成的比例和网络中度的分布。描述性分析不同人群和不同地区之间的传播关联。结果2419条序列共形成250个大小介于2~25的传播网络，包括847个节点和610条边。度≥2的个体虽然只占网络中个体总数的26.4%（224/847），但与66.5%（563/847）的个体存在关联。男男同性性行为者（ MSM）、男性异性性行为者、静脉药瘾者（IDUs）及女性异性性行为者参与网络形成的比例分别为37.6%（669/1781）、28.4%（102/359）、16.1%（10/62）和30.4%（66/217），差异有统计学意义（χ2=23.774，P﹤0.001）。MSM 人群中度≥2的比例（10.8%，193/1781）显著高于男性异性性行为者（5.6%，20/359）和女性异性性行为者（4.6%，10/217）（P 值分别为0.002和0.004）。网络中绝大多数（95.5%，639/669）MSM 与其他MSM 之间存在传播关联，仅有2.4%（16/669）的个体与女性异性性行为者之间存在传播关联，但有15.1%（10/66）的女性异性性行为者与 MSM 之间存在传播关联。男性异性性行为者与女性异性性行为者之间存在传播关联的比例为35.3%（36/102），与 MSM 之间具有传播关联的比例为9.8%（10/102）。网络中20.9%（177/847）的个体与其他省份之间存在传播关联。结论较少比例的超级传播者在 CRF01 AE 毒株的分子传播网络形成中起到了核心作用，不同人群和不同地区之间的毒株进行着活跃的传播。
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上海市男男性行为者中感染HIV-1的CRF01_AE毒株传播簇分析
目的 了解上海地区男男性行为者(MSM)中,感染艾滋病病毒1型(HIV-1)的CRF01_AE重组型的流行情况、成簇特性,为HIV防控工作提供科学数据.方法 从2009-2013年每年新诊断的MSM HIV-1感染者血浆样本中提取RNA,并对HIV-1 pol基因片段进行反转录和巢式PCR扩增、DNA测序和亚型分析.对CRF01_AE重组型序列进行系统进化学和社会人口学信息分析.结果 1262名MSM感染者中,CRF01_AE重组型感染782人(62.0％),其序列在系统进化树上形成6个流行簇.使用不同参数界定传播簇并进行比较,选择以Boot-strap≥90％及基因距离≤0.03作为传播簇的界定标准,形成112个传播簇,其中由10条及以上序列形成的传播簇有5个;年龄、文化程度、婚姻状况、性病史和CD4+T淋巴细胞计数与样本的成簇性有统计学关联.结论 CRF01_AE重组型毒株是上海市MSM HIV-1感染者中的优势传播株,具有较强的成簇性,并且与相关的社会人口学和流行病学背景相关.
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黑龙江省HIV-1型流行株CRE01_AE env基因序列特征和传播簇分析
目的 分析黑龙江省HIV-1感染者中流行株CRF01_AE env基因序列特征以及成簇特性.方法 应用巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction,Nested-PCR)对env C2-C4区核苷酸序列进行扩增.用MEGA软件进行系统进化分析,然后对156份CRF01 _AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域氨基酸特征分析以及生物信息学分析.结果 156份样本中绝大多数样本与中国黑龙江、吉林、辽宁的代表毒株聚成一簇,还有一小部分样本与来自中国云南以及泰国代表株90CM240、90CM235聚成一簇.共发现6种V3环顶端四肽类型,主要类型为GPGQ、GPGR,此外还有GLGR、GQGR、GPGK、GPGS.根据V3环的氨基酸分析可预测HIV-1辅助受体的使用情况,其中121份(77.6％)使用趋化因子受体5(chemokine reseptor,CCR5)作为辅助受体,没有可被预测为使用趋化因子受体4[chemokine(c-x-c matif)-receptor 4,CXCR4]为辅助受体的毒株,35份(22.4％)样本不能被预测.以bootstrap≥90％、基因距离≤0.045作为界定传播簇的参数,共形成16条传播簇,其中1条传播簇有9条序列.结论 黑龙江省HIV-1流行株CRF01_AE V3环顶端四肽具有较大的变异性,大部分毒株呈现巨噬细胞嗜性.CRF01_AE毒株形成的传播簇规模较小,成簇序列数也仅达到四分之一.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 CRF01_AE V3环 传播簇
