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浙江省动物米库尔新埃立克体及其16S rRNA基因分析
2003年Kawahara等[1]从日本Mikura岛野生褐家鼠中分离得到新埃立克体.在此之前,已有研究在荷兰蓖子硬蜱和中国广州褐家鼠中检测到相似的16S rRNA[2,3].2010年,瑞士首次报道在1例患淋巴细胞白血病的发热患者血中检测到米库尔新埃立克体16S rRNA基因[4],之后德国2例严重发热患者被确诊为米库尔新埃立克体感染[5].2008年在中国浙江野生啮齿动物中也检测到米库尔新埃立克体16S rRNA基因(GenBank登录号:HM439431).本研究对浙江省动物米库尔新埃立克体的自然感染状况及分子生物学特性进行分析.
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1例上呼吸道感染病例的高通量测序病原鉴定
目的 以高通量测序技术对1例上呼吸道感染病例的可能病原进行鉴定并对样品前处理方法进行优化.方法 以核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交预处理患者咽拭子样本,非序列依赖单引物扩增(sequence-independent single primer amplification,SISPA)后制备测序文库,利用MiSeq高通量测序,对测序结果进行生物信息分析及Real time RT-PCR验证.结果 测序reads经拼接后与病毒数据库比对发现存在乙型流感病毒序列,进化分析该毒株属于Yamagat系一株新的变种,核酸酶结合核糖体RNA探针杂交处理样本可提高高通量测序目标序列数及覆盖率.结论 应用核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交处理样本结合高通量测序技术可用于快速高效地鉴定不明原因感染的病原.
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体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探
目的 通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitro RRI推测in vivo RRI的可靠性.方法 采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo 小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较.结果 发现in vitro snoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的snoRNA片段重叠率为38.78%(19/49);in vitro测定的rRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的rRNA片段重叠率为80.70%(46/57).结论 in vitro和in vivo条件下snoRNA-rRNA 的相互作用差异很大,提示in vitro条件下测定的snoRNA-rRNA 的相互作用不能真实反映它们在in vivo的相互作用.
关键词： RNA-RNA相互作用 生物信息学 RNA 小核仁 核糖体RNA -
利用分子生物学方法推测寄生原虫间的进化关系
本文对分子生物学方法在推测原生生物物种间种系发生关系中的重要作用,以期为兽医相关寄生生物的研究提供重要参考.
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实时荧光定量PCR检测儿童肺炎支原体16S rRNA的临床意义
目的 探讨实时荧光定量PCR(RTFQ?PCR)检测肺炎支原体(MP)16S核糖体RNA在儿童支原体肺炎诊治中的临床意义.方法 收集70例支原体肺炎患儿的临床及实验室资料,将其分为轻症组及重症组.采用RTFQ?PCR测定肺炎支原体16S核糖体rRNA的表达并比较痰液及咽拭子标本阳性率的差异.对检测阳性患儿给予大环内酯类抗生素为主的方案治疗,根据临床症状的缓解及用药疗程复查,分析RTFQ?PCR定量指标与临床治疗效果的相关性.结果 痰液MP RTFQ?PCR阳性率高于咽拭子(92.86%vs.54.29%),支原体肺炎轻症组MP RTFQ?PCR转阴时间短于重症组[(2.78±0.42)周vs.(5.34±1.04)周],差异均有统计学意义(P<0.05).结论 RTFQ?PCR检测肺炎支原体定量指标可以指导大环内酯类药物应用时间,减少副作用产生,具有重要的临床指导意义.
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两种巢式PCR法检测实验大鼠卡氏肺孢子虫的灵敏度评价
目的 对ITS1-5.8S rRNA-ITS2 巢式PCR 法与mtLSUrRNA 巢式PCR 法检测大鼠卡氏肺孢子虫的敏感性进行评价.方法 把大鼠随机分为7 组(6 组实验组,1 组对照组),每组10 只,采用地塞米松免疫抑制法诱导实验组大鼠感染肺孢子虫;自第3 周开始每周剖杀1 组实验鼠,收集第3 周至第8 周实验组大鼠肺组织(LT,lung tissue) 和支气管肺泡灌洗液(BALF,bronchoalveolar lavage fluid) 标本.同时采用镜检法、ITS1-5.8S rRNA-ITS2 巢式PCR 法和mtLSUrRNA 巢式PCR 法对大鼠LT 和BALF 标本进行检测,并对结果 进行统计学分析.结果 采用GMS 染色镜检法于第5 周开始检出肺孢子虫包囊,第6、7 周包囊数多.采用ITS1-5.8S rRNA-ITS2-巢式PCR 法和mtLSUrRNA 巢式PCR 法对实验感染大鼠LT 和BALF 进行检测,前者卡氏肺孢子虫阳性率分别为第3 周20% (2/10)和0(0/10);第4 周70%(7/10)和10%(1/10);第5 周90%(9/10)和30%(3/10);第6 周90%(9/10)和80%(8/10);第7 周100%(10/10)和80%(8/10);第8 周40%(5/8)和40%(5/8).后者卡氏肺孢子虫阳性率分别为第3 周100% (10/10)和100(10/10);第4 周100%(10/10)和80%(8/10);第5 周100%(10/10)和50%(5/10);第6 周90%(9/10)和100%(10/10);第7 周100%(10/10)和80%(8/10);第8 周100%(8/8)和87.5%(7/8).经χ2检验,在大鼠无明显症状阶段(3~4w)时,两种巢式PCR 方法 检测敏感性差异有统计学意义.有明显症状阶段(5~8wq)时,其敏感性差异无统计学意义;同时统计学分析显示不同来源的标本对不同方法 敏感性不同,采用mt-LSU 巢式PCR 检测时,LT和BALF标本敏感性差异无统计学意义,采用ITS-巢式PCR检测时,对LT检测的敏感性更高.结论 mtLSU-巢式PCR 法检测实验大鼠中检出卡氏肺孢子虫敏感性高于ITS1-5.8S rRNA-ITS2-巢式PCR 法.
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对Rett综合征中发现的rRNA基因突变进行计算机辅助的二级结构模拟分析
目的 分析Rett综合征中rRNA基因突变mtDNA2835C→T和mtDNA2706A→G引起的rRNA二级结构变化.方法 将rRNA基因的野生型和突变后的mtDNA序列共同输入计算机,以软件DNASIS(6.14版)加以分析.统一设置模拟长度为300碱基,大环径30碱基.结果 mtDNA2835C→T与阳性对照一样,使16S rRNA二级结构彻底变化,能量变化很大;相反,mtDNA2706A→G引起的结构和能量变化都很小.结论 计算机模拟程序能对这两种突变引起的rRNA结构变化进行快速的预测,其中mtDNA2835C→T突变可能与Rett综合征发病有关,而另一个突变mtDNA2706A→G则对二级结构影响不大.
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帕金森病与核仁应激
帕金森病(Parkinson's disease,PD)是中老年人常见的神经系统变性疾病,以静止性震颤、肌强直、运动迟缓、姿势步态异常等为主要表现,其病理特征主要是中脑黑质(substantia nigra,SN)的多巴胺能神经元(dopaminergic neurons,DA)进行性丢失.核糖体RNA (rRNA)的转录下调是在应激状态下维持细胞稳态的主要方式.核仁应激即核仁的结构和功能的破坏,是变性疾病过程中新近发现的改变.近期研究表明PD患者对应激状态的反应及其调节机制受损,而代谢应激可能是PD的一种诱发机制.本文我们就PD与核仁应激的关系及机制进行综述.
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抗生素产生菌核糖体相关基因改变与次级代谢产物的生物合成
利用抗生素抗性筛选方法及定点突变方法可以得到引起抗生素产生菌核糖体相关基因改变的突变株,这些突变对次级代谢产物的生物合成产生深刻影响,如能够显著地提高抗生素的产量也能够产生一些新的次级代谢产物.这种方法不仅对抗生素产生菌的菌种选育具有重要的意义,且为获得新的抗生素提供了新的途径.本文就抗生素产生菌核糖体蛋白基因、核糖体RNA基因、核糖体修饰相关基因及核糖体相关蛋白基因的改变引起次级代谢改变研究进展做简要综述.
