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应用DNA条形码技术鉴定烤鱼片、鱼干中河鲀鱼鱼种
目的 应用DNA条形码技术对北京和厦门市市售烤鱼片、鱼干中河鲀鱼成分进行鉴定.方法 以烤鱼片、鱼干中提取基因组DNA为模板,利用针对河鲀鱼细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆并测定线粒体COⅠ基因序列.将测序结果与GenBank中已有河鲀鱼的DNA序列进行BLAST比对,并且构建分子进化树.结果 本研究27份样品中有15份能扩增出特异性条带.通过BLAST比对和进化树分析,将15份样品归属到不同的河鲀鱼鱼种中.结论 北京和厦门市市售烤鱼片和鱼干中存在混入河鲀鱼的现象,应加强监管和规范产品的加工程序以避免中毒事件发生.
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四种常见蚊虫的COⅠ基因分子进化分析
为了解无锡4种常见蚊虫的COⅠ基因特征和蚊虫分子系统进化关系,对无锡淡色库蚊、白纹伊蚊、骚扰阿蚊和中华按蚊的COⅠ基因序列进行扩增、测序,在GenBank中对序列进行同源性比对,分析基因特征、颠换率、遗传距离,利用MEGA4.1构建分子系统树.结果显示,4种蚊虫的COⅠ基因序列扩增长度为699～717 bp,GC含量为30.62%～32.49%,种间颠换率为11.74%～15.49%,种间遗传距离为0.121～0.151;每种蚊虫为单系群的支持值都为100.COⅠ基因具有种属特异性,可以用于4种常见蚊虫的分类鉴别.
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应用 DNA 条形码技术鉴定凭祥口岸蚊种
为探索DNA条形码技术在蚊类鉴定中的应用，本研究扩增了广西凭祥地区5种蚊虫的COⅠ基因序列，进行比对分析。基于Kimura双参数模型计算23只蚊子COⅠ序列的种内种间遗传距离结果表明种间遗传距离显著大于种内遗传距离。通过NJ法构建系统发育树聚类分析，不同种类的蚊虫位于不同的分支，同属的蚊种分支较不同属的蚊种分支较短，种内分支则更短。上述结果都与形态学鉴定结果一致。这些研究结果表明， DNA条形码技术对于本研究中所涉及的蚊种具有较好的区分效果，可以作为一种有效的工具在蚊虫鉴定中进行应用。
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福建省泉州口岸5种常见麻蝇分子鉴定研究
目的 利用DNA条形码技术对泉州口岸常见麻蝇进行鉴定,以期解决麻蝇形态鉴定存在的缺陷问题,以作为形态鉴定的补充.方法 通过对泉州口岸常见的5种麻蝇进行PCR扩增、序列测定,进而进行同源性对比、分析进化距离及构建进化树.结果 5种麻蝇细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ (cytochrome oxidase subunit Ⅰ gene,COⅠ)基因序列除短角亚麻蝇外,其余种类与GenBank中已知序列的同源性均在99％以上;种内差异为0.0％～0.6％(＜2％),种间差异则为5.1％ ～10.0％;进化树显示相同种能聚集在一起,可信度达99％.结论 以CO Ⅰ基因作为分子标记可对泉州口岸5种麻蝇进行鉴定,可作为形态鉴定的重要补充.
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布氏田鼠疫源地鼠疫宿主动物DNA条形码分析
目的 探究应用DNA条形码技术对鼠疫宿主动物进行分子鉴定的可行性.方法 采集内蒙古自治区锡林郭勒高原布氏田鼠鼠疫自然疫源地内的7种啮齿动物,包括布氏田鼠、达乌尔黄鼠、达乌尔鼠兔、蒙古毛足鼠、五趾跳鼠、长爪沙鼠和大沙鼠,提取肝脏组织,进行线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列分析,用MEGA 5.0软件计算GC含量,通过双参数(Kimura-2-parameter,K2P)模型计算遗传距离,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统发育树.结果 共获得61条CO Ⅰ基因序列片段,每条序列长度657 bp.五趾跳鼠、布氏田鼠、长爪沙鼠、达乌尔鼠兔、蒙古毛足鼠、大沙鼠、达乌尔黄鼠的GC含量分别为(46.945±0.109)％、(43.836±0.000)％、(40.313±0.084)％、(47.514±0.073)％、(41.838±0.073)％、(40.335±0.000)％、(39.467±0.032)％,除大沙鼠和长爪沙鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义(P＞ 0.05),其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义(P均＜ 0.05).上述7个鼠种在第1位密码子处GC含量分别为(57.534±0.000)％、(55.251±0.000)％、(54.338±0.000)％、(57.078±0.000)％、(55.308±0.057)％、(53.881±0.000)％、(56.164±0.000)％,除布氏田鼠和蒙古毛足鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义(P＞ 0.05),其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义(P均＜0.05);上述7个鼠种在第3位密码子处GC含量分别为(40.835±0.328)％、(33.790±0.000)％、(24.136±0.253)％、(43.455±0.218)％、(27.740±0.207)％、(24.201±0.000)％、(19.772±0.097)％,除大沙鼠和长爪沙鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义(P＞0.05),其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义(P均＜0.05).各鼠种的种内平均遗传距离为0.003,种间平均遗传距离为0.234 8,NJ系统发育树能清楚的区分7个不同的类群.结论 应用DNA条码技术检测COⅠ基因,可以对内蒙古布氏田鼠疫源地的鼠疫宿主动物进行鉴别,同时可为形态鉴别提供佐证数据.
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巢式PCR扩增布氏田鼠细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因
目的 确定布氏田鼠细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因巢式PCR扩增的方法.方法 采集内蒙古锡林郭勒盟阿巴嘎旗青格勒宝拉格地区的布氏田鼠12只,取肝脏组织,提取DNA,采用巢式PCR方法扩增CO Ⅰ基因,并对扩增产物进行测序.结果 巣氏PCR内外引物分别扩增出657、1 132bp的产物,与目的片段大小一致.内引物PCR扩增共获得12条布氏田鼠CO Ⅰ基因序列片段,测序均为CO Ⅰ基因片段,在GenBank中序列号为KF182196-KF182207;12条CO Ⅰ基因序列进行比对,相似性为100％,无碱基的变异.结论 巢氏PCR方法可有效扩增出布氏田鼠COⅠ基因,避免产生假基因现象.
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DNA条形码技术在软体动物分类学中的研究进展
DNA条形码技术在物种分类和鉴定中具有快速、准确的特点.近几年,基于CO Ⅰ基因的DNA条形码技术已成功应用于软体动物物种水平的鉴定.本文对DNA条形码技术的概念、优点和局限性,以及该技术在软体动物物种分类鉴定中的应用进展进行综述,主要阐述其在医学贝类分类研究中的应用和CO Ⅰ基因序列的相关研究现状.
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江苏口岸小家鼠细胞色素氧化酶亚基COⅠ基因的多态性研究
目的 研究小家鼠细胞色素氧化酶亚基COⅠ基因的多态性特征,为国境口岸鼠类的鉴定和溯源提供技术支持.方法 通过对江苏口岸本底及输入性小家鼠COⅠ基因的扩增、测序和比对,结合GenBank的小家鼠信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和分子系统树研究.结果 获得81个国内外小家鼠COⅠ基因序列,测出的590个序列位点中保守位点555个,可变异位点35个,核苷酸平均差异数为7.931.建立这些小家鼠COⅠ序列的分子系统树,该分子系统树共分为两支,其中一个分支多以江苏本底的小家鼠为主,另一分支构成复杂.结论 不同地区的小家鼠之间具有一定的种内差异,小家鼠种内亚种的划分与地理位置有一定的联系.
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云南省临沧市小管福寿螺COⅠ基因多态性分析
目的 通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据.方法 对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩增,并将PCR产物测序.运用MEGA 6.06软件Kimura-2参数模型,对来自于GenBank的福寿螺单倍型与本研究获得单倍型一起进行系统进化树构建和个体间遗传距离计算,分析其遗传多样性.结果 共获得31条序列,分属3种单倍型(Haplotype1~Haplotype3),其中Haplotype1的频率较高,占整个样本的83.9%(26/31).3种单倍型与小管福寿螺的遗传距离小,为0~0.052;而与Pila conica的遗传距离大,为0.021~0.239.进一步进化分析表明,3种单倍型均为小管福寿螺,与来自日本熊本(GenBank登录号:AB 433769)、中国香港(GenBank登录号:KT 313034)和美国夏威夷(GenBank登录号:EU 523129)的小管福寿螺序列聚成一大支,具有较近的亲缘关系;而与P.insularum (GenBank登录号:EF 514942)、P.camena(GenBank登录号:EF 515059)等序列的亲缘关系较远.结论 云南省临沧市存在小管福寿螺,本研究获得的3种单倍型之间存在较大的遗传分化.
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基于DNA条形码的鱼胶鉴别技术的研究
目的:研究建立基于DNA条形码的鱼胶种属鉴别的分子生物学方法.方法:(1)优化鱼胶DNA提取方法;(2)优化鱼胶DNA模板扩增体系;(3)通过对鱼胶COⅠ基因进行序列分析,鉴别鱼胶的种属来源.结果:获取了3种已知新鲜品、8批鱼胶成品和2种混伪品的DNA序列.结论:初步建立了以COⅠ基因作为DNA条形码的鱼胶分子鉴定法.
