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基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析
目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足.方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树.结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01％～2.9％,种间遗传距离3％～15.4％,种间遗传距离显著大于种内遗传距离.结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定.
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基于COI基因片段的拟钉螺种类鉴定初探
目的 探讨COI基因片段在拟钉螺种类鉴定中的作用.方法 收集来自福建省内多个地区的疑似拟钉螺标本,用形态学方法进行物种鉴定后,取出螺肉提取基因组DNA,通过PCR的方式扩增COI基因序列片段并测序,通过序列比对及系统进化分析鉴定其物种.结果 共采集到标本13份,通过形态学方法将样本鉴定为福建境拟钉螺属.所有标本经实验扩增到长度为515～598 bp的COI基因片段.13份标本中11株的COI基因片段与γ拟钉螺属为相似(88.96％～97.82％),另外2株分别与拟钉螺属下的武鸣拟钉螺(87.08％)及新拟钉螺属下的开放新拟钉螺(88.55％)为相似.在属水平上,13份标本中仅有1份的形态学鉴定结果与基因鉴定结果吻合,其余12份样本的形态学鉴定结果均与基因鉴定不同,两种方法的鉴定结果存在较大差异.结论 通过COI基因检测可快速对拟钉螺亚科作出准确判断,但对属水平的鉴定的准确性还需要进一步的研究.
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壮药资源与鉴定探讨
结合壮药资源DNA条形码鉴定体系对DNA条形码技术在壮药鉴定中的应用方法研究进行了综述.以动物类、植物类、微生物类及人来源药材为研究对象,利用DNA条形码技术结合品种考证等开展的研究情况.2014版的《中国壮药资源名录》中共收录壮药种类2285种,其中374种已纳入《广西壮药质量标准》,包括动物药9种,植物药135种,微生物1种,人源1种等146种壮药已建立利用DNA条形技术的分子鉴定体系.壮药种类繁多,习用品、代用品及多基原、同名异物等混乱问题是影响壮医临床用药安全性和有效性的主要问题.DNA条形码技术对壮药鉴定体系鉴定的可靠性,为从基因层面解决市售壮药及其混伪品的识别问题及大规模壮药的普查鉴定提供依据.
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天门冬属部分物种trnH-psbA序列比较研究
采用叶绿体trnH-psbA序列对天门冬属9个物种进行种间关系分析.结果发现,9个物种的trnH-psbA序列的长度和GC含量变异较小,序列全长在625 ～638 bp之间;GC含量约为36％;基于trnH-psbA序列的系统发育树中,天门冬和石刁柏优先聚类,非洲天门冬和狐尾天门冬优先聚类后再与武竹聚类,新疆天门冬和文竹优先聚类,短梗天门冬在系统树的外层.结果认为,trnH-psbA序列可以有效地鉴别天门属冬物种,但某些物种的划分地位值得商榷,认为trnH-psbA序列分析属内物种的系统发育结果有一定的局限性.
关键词： 天门冬属 TrnH-psbA序列 物种鉴定 -
药用植物DNA条形码物种鉴定技术
DNA序列的变异程度是决定其能否作为DNA条形码进行物种鉴定的主要因素.本文对系统发育研究中常用的DNA序列标记在药用植物DNA条形码鉴定研究中的使用效果进行了评价,如当前已知序列多的2种标记--质体编码的核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基(rbcL)和核核糖体大亚基内转录间隔区(ITS),以及变异程度相对较高的质体psbA-trnH区域等,均有很大的用于中药材DNA条形码鉴定的潜力.单亲遗传的质体或线粒体基因组仅能提供物种分类所需的部分信息,因此其在物种分类研究中的应用尚不够完善.但其在短期内已足以解决物种鉴定研究中所遇到的实际问题,且随着新的条形码物种鉴定工具的开发--如变异显著且容易扩增的核基因标记等,包括对杂交后代进行检测在内的其它难题也将得到很好地解决.
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DNA条形码技术在医学媒介生物鉴定中的应用
DNA条形码(DNA barcode)基于一段相对较短的线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ基因(COI),根据遗传距离的差异进行物种鉴定,具有不受发育状态和标本保存情况的限制、简便易行、快速准确等优势,在多种生物中得到广泛应用.医学媒介生物的准确鉴定是虫媒病防控的基础和关键.基于形态特征的传统鉴定方法对技术人员有着极高的要求,除了受分类专家主观认识的影响外,也易受标本保存情况、样品的发育阶段等多种客观因素的限制.DNA条形码技术的出现弥补了形态学鉴定方法的不足,为媒介生物的鉴定提供了的途径,在虫媒病的防控、口岸检验检疫等方面发挥了重要作用.本文基于目前的研究综述了DNA条形码技术在主要医学媒介生物蚊、蝇、蜱、蟑螂、蠓、白蛉、鼠鉴定中的应用,以期为该技术在其它医学媒介生物种类鉴定中的应用和推广提供参考.
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市售14份蛇粗毒的16S rRNA基因序列分析
目的:从14份标签上注明的来自不同地区的4种干燥蛇粗毒--分别来自舟山眼镜蛇、孟加拉眼镜蛇、尖吻蝮蛇和短尾蝮蛇中提取总DNA,并结合PCR和序列分析技术对粗毒的来源进行核实.方法:分别从上述粗毒中提取总DNA,同时以4种对应蛇肌肉组织中提取的总DNA作为对照,用1对线粒体16S rRNA基因通用引物16H1/16L1进行扩增.结果:测序结果提交NCBI,并与GenBank中的同源序列进行比对和构建进化树.结论:序列分析结果证实扩增的均为止确的来自对应蛇种的线粒体16S基因序列,该技术有可能推广用于对各种动物毒液类毒素样品来源的身份进行核实.
关键词： 蛇毒 物种鉴定 16S rRNA基因 DNA测序 -
蒙药材草乌叶DNA条形码研究
目的:建立草乌叶与其易混品的分子鉴定方法.方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对草乌叶及9种混伪品的候选序列(ITS、ITS2、marK、rbcL、psbA-trnH)进行扩增,比较各序列的扩增效率和测序成功率,并进行种内、种间遗传变异分析和barcoding gap分析.结果:ITS和ITS2序列GC含量较高,种间变异明显大于种内变异,根据barcoding gap图显示种内、种间遗传距离重叠较小,适合物种的区分,基于K2P距离进行聚类分析,ITS序列呈现较好的单系性.结论:ITS序列可应用于蒙药材草乌叶与其混伪品的鉴定,为民族药鉴定提供新方法.
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乌头属药用植物的研究进展
乌头属植物具有广泛的药用价值,在我国传统中医药领域占有重要地位.通过对40余种常用乌头属药用植物的相关文章进行整理归纳,总结了其物种鉴定的生药学、化学、分子生物学3种方法;并对化学成分种类以及总生物碱和具有毒性的双酯型生物碱的含量测定方法进行整理,有利于更好地对有效成分和毒性成分进行分析;同时阐述了其药理作用及毒性方面的研究现状,为乌头属植物的研究开发以及临床用药的有效性和安全性提供参考.
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多重PCR技术在鉴定菜豆中的应用
通过分析菜豆及其近缘种共21份植物材料的psbA-trnH基因序列,设计出一对菜豆的特异性引物.将叶绿体trnL和此对特异性引物结合进行多重PCR,结果表明可用于鉴定菜豆.
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应用DNA条码技术鉴定狗咬胶熏料植物种
[目的]利用DNA条码技术对狗咬胶专利产品熏料的植物物种进行了鉴定.[方法]采用CTAB法、CTAB-担体法和磁珠法从狗咬胶表面提取痕量的植物总DNA,对其中植物条码基因rpoB和rpoC1进行分析.[结果]疑似产品的植物熏料不是番薯,可能是旋花科的另一植物.建立了利用植物条码基因进行物种鉴定的实验体系.
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七彩神仙鱼和神仙鱼的DNA条形码研究
应用通用引物测定了观赏鱼市场上具有较高价值的7个品系七彩神仙鱼和3个品系神仙鱼的16S rRNA基因和CO Ⅰ基因部分序列,并应用DNA序列分析软件,对这些基因进行了同源性比较和系统发育分析.通过GenBank中的核酸BLAST和BOLD SYSTEMS数据库对这些基因序列进行比对,结果表明16S rRNA基因和COⅠ基因可以在物种水平对神仙鱼进行准确鉴定,但对七彩神仙鱼只能进行有限度的鉴别.由于不同品系的七彩神仙鱼或神仙鱼,尽管其体色和斑纹具有明显差异,但16S rRNA基因和CO Ⅰ基因序列高度相似.因此,对这些观赏鱼依靠16S rRNA基因或CO Ⅰ基因都无法准确鉴定,需要研究进化速度更快的DNA基因条码.
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罂粟分子遗传标记研究现状及开发前景
罂粟作为鸦片及海洛因的毒品原植物,在非法种植与运输案件物证检测中,其物种鉴定一直是案件侦破和定性的关键.本文综合分析了国内外有关罂粟遗传分子标记研究的现状,针对鸦片罂粟SSR及SNP标记缺乏这一难题,阐述了简化基因组测序技术应用于罂粟标记开发的可能和前景.
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DNA分析技术在法医昆虫学中的应用
在利用尸食性昆虫进行法医学案件分析时,昆虫种类的鉴定是首要的一步[1].在尸体上及其附近发现的昆虫,用形态学方法鉴定常感困难[2].
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3种鹿类动物物种特异性引物的设计及其有效性
近些年来，市场上出现了很多来自国外的驯鹿(Rangifer tarandus)茸和驼鹿(Alces alces)茸的切片，被当作梅花鹿茸出售；马鹿(Cervus elaphus)和梅花鹿(C.Nippon)的肉、内脏、胎盘、阴茎等产品也经常被其他动物的相应产品所冒充。……
