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DNA条形码技术用于原木携带蚊种的鉴定
目的 对临沂口岸进境原木上截获的蚊种进行DNA条形码研究确定蚊种.方法 使用双翅目COI基因国际通用引物对原木携带蚊种COl基因进行PCR扩增和序列测定,序列在NCBI网站上进行Blast,确定蚊种.结果 待测蚊种COI序列与GenBank中编号为HQ398903.1的骚扰阿蚊(Armigeres subalbatus)序列相似性为99％.结论 基于COI基因的DNA条形码技术可成功地对媒介蚊类进行分类鉴定,该技术可弥补蚊虫形态缺失和形态学鉴定知识不足对蚊类鉴定的影响.
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COI及cytb基因对河鲀鱼鱼种鉴定的适用性研究
目的 建立河鲀鱼DNA条形码鉴定方法,探讨细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)及细胞色素b(cytb)基因对我国常见东方鲀属、兔头鲀属河鲀鱼鱼种鉴定的适用性.方法 野捕河鲀鱼经形态学鉴定后,钓取COI及cytb基因序列并测序.从GenBank下载已有河鲀鱼参考序列,分别构建COI及cytb基因分子进化树,确定样品种属并与形态学鉴定比对.应用所建方法对中毒样品进行河鲀成分鉴定.结果 COI和cytb基因分子进化树将57份样品聚类到东方鲀属和兔头鲀属的9个鱼种,除棕斑兔头鲀和暗鳍兔头鲀(COI进化树)、暗纹东方鲀和晕环东方鲀(cytb 进化树)外,2种条形码均能对其余鱼种进行有效区分.中毒样品经鉴定均含有月兔头鲀.结论 所建立的DNA条形码方法可有效鉴定河鲀鱼鱼种,弥补形态学鉴定的缺陷.
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鲤科鲌属药用鱼类线粒体COI基因的DNA条形码研究
目的:采用线粒体COI基因序列研究我国长江流域不同地区鲤科鲌属药用鱼类的遗传特征,探讨利用该基因片段作为鲌属药用鱼类鉴定条形码的适用性.方法:扩增鲌属药用鱼类的线粒体COI基因序列5′端并进行测序,分析不同药用鱼类种内和种间的遗传变异,构建聚类树,探讨该序列片段在鲌属药用鱼类中进行鉴定的可行性.结果:鲌属药用鱼类COI基因片段的碱基组成中A+T碱基量明显高于G+C量,96％的遗传变异均发生在编码区密码子第3位点,但所有翻译后氨基酸组成均相同,表明COI基因编码在鲌属鱼类中的保守性；鲌属药用鱼类的种内遗传距离均小于1％,种间遗传距离大于10倍的种内距离；NJ聚类树显示所有鲌属鱼类聚成独立的一支,其属内不同鱼种的个体又分别聚成独立的分支,不同分支具有较高的节点支持率.结论:鲌属4种药用鱼类的DNA分类与形态学分类结果一致,COI条形码序列能够对鲌属鱼类进行有效的区分.
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数种蜥蜴亚目药用动物DNA条形码分类探讨
该研究选取数种蜥蜴亚目药用动物为研究对象,应用DNA条形码通用引物扩增测序,并与GenBank收录的共3科7属12种59个体的同源序列(564 bp)进行比对分析,采用邻接法、大简约法和贝叶斯推断法分别构建分子系统发育树.结果表明,该片段的G+C平均量为46.5％,低于A+T平均量(53.5％).基于Kimura双参数模型计算,所有个体的种内遗传距离平均值为1.7％,种间遗传距离平均值为35.5％,种间平均遗传距离是种内的21倍.无疣壁虎、疣尾蜥虎和大壁虎的种内平均遗传距离均大于2％,进一步分析表明这些种的地理群体间的遗传分化可能均已达到亚种甚至种的水平,当然还需要结合形态、更多分子标记等分析才能定论.基于COI基因片段序列构建的系统发育树表明,DNA条形码在科、属和种水平的分类鉴定与传统方法所得结果一致.因此,DNA条形码用于蜥蜴亚目药用动物物种间的鉴定是可行的,特别是对于非专业人员鉴定相关类群药材真伪具有一定应用价值.
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常见药用蛇类的DNA条形码研究
目的 建立国内常见药用蛇类的DNA条形码数据库,用于生药样品鉴定并分析物种间的亲缘关系.方法 收集常见药用蛇类23种,共44个样品,对各样品COI条形码序列进行测定.所得序列录入数据库；用MEGA 5.0等软件进行遗传距离等分析,构建NJ树,分析各物种的种内变异,种间变异,以及系统树中各物种的聚类情况.结果 各物种的种间存在277个变异位点,种内遗传距离值范围为0 ～0.040 9,种间遗传距离值范围为0.085 0 ～0.256 8,种内遗传距离与种间遗传距离有显著差异；由所构建的系统聚类树图可以看出,样品可聚类为与分科相一致的3个类群,各物种均形成了相对独立的支.结论 COI条形码能够对实验中各药用蛇类物种进行准确鉴定,具有科学、准确、简便等特点,可以推广运用于其他蛇类的鉴别；研究还为上述蛇类物种间亲缘关系提供了新的参考信息.
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成都机场口岸常见媒介蝇类的分子鉴定
目的:建立以线粒体COI基因作为分子标记的蝇类分子鉴定方法.方法:设计COI基因引物对成都双流机场口岸常见4科10属14种卫生蝇类进行PCR扩增和序列测定,并与不同地区蝇类的COI基因片段比较,分析其碱基差异和系统发育关系.结果:部分不同地理来源的种类种内碱基差异变化较大,中国四川与马来西亚棕尾别麻蝇碱基差异为3.4％,中国四川与中国广东巴浦绿蝇碱基差异为3.3％；其他种类种内碱基差异较小(＜1.0％).系统发育分析显示所有种类的COI基因分子鉴定结果和形态学结果相一致.麻蝇科种类聚为一个分支,而丽蝇科、花蝇科和蝇科种类没有聚集形成单系.结论:可以将COI基因片段作为分子标记,建立一种适用于口岸的蝇类种类之间分子鉴定方法.
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线粒体DNA标记在动物类药材分子鉴定中的应用进展
动物类中药材是中华医药宝库中重要的组成部分,药用历史悠久,功效显著.随着野生动物资源的破坏和日益增长的市场需求,动物类药物中混伪品掺杂现象时有发生,为其临床应用带来了安全隐患.线粒体DNA因其严格的母系遗传特征和丰富的遗传多样性,被广泛应用于动物群体遗传、谱系生物地理和系统发育等研究领域.近年来,线粒体DNA标记在动物类药材分子鉴定中的应用日益广泛,并取得了丰硕的成果,为动物类药物的质量控制提供了技术保障.对COI、Cytb、12S rRNA等线粒体DNA标记在动物类药材分子鉴定中的应用现状进行总结,结合课题组前期的研究结果,对线粒体DNA分子标记技术在动物类药材鉴定中的后续应用开发进行了展望,以期为我国药用动物资源的合理利用提供参考和借鉴.
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内蒙古锡林郭勒盟常见几种鼠疫宿主动物的DNA条码比较
目的 应用DNA条形码技术对鼠疫宿主动物进行分子生物学的鉴定.方法 运用PCR方法检测锡林郭勒盟9种啮齿动物的149条线粒体COI基因657 bp的片段序列,用MEGA 5.0软件采用邻接法(NJ)构建分析系统发育树.结果 NJ进化树能清楚地区分9个不同的类群.结论 通过COI基因应用DNA条码技术可以对锡林郭勒盟的鼠疫宿主动物进行鉴别,同时可为形态鉴别提供佐证数据.
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DNA条形码技术在贵州茂兰鼠类鉴定中的应用
目的 探讨基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对鼠类进行准确的鉴定.方法 以贵州茂兰地区的3个常见鼠种21个鼠类标本为研究对象,提取基因组DNA,扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段并测序,将测序结果进行BLAST比对,基于双参数模型计算鼠种种间和种内遗传距离,构建分子发育系统.结果 DNA条形码检测技术可用于该地区鼠种的鉴定,并能纠正现场形态学鉴定的失误. 结论 研究结果表明DNA条形码技术是一种有效可靠、易于操作的鼠类鉴定方法,能纠正形态学鉴定中的错误.
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基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析
目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足.方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树.结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01％～2.9％,种间遗传距离3％～15.4％,种间遗传距离显著大于种内遗传距离.结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定.
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基于COI基因片段的拟钉螺种类鉴定初探
目的 探讨COI基因片段在拟钉螺种类鉴定中的作用.方法 收集来自福建省内多个地区的疑似拟钉螺标本,用形态学方法进行物种鉴定后,取出螺肉提取基因组DNA,通过PCR的方式扩增COI基因序列片段并测序,通过序列比对及系统进化分析鉴定其物种.结果 共采集到标本13份,通过形态学方法将样本鉴定为福建境拟钉螺属.所有标本经实验扩增到长度为515～598 bp的COI基因片段.13份标本中11株的COI基因片段与γ拟钉螺属为相似(88.96％～97.82％),另外2株分别与拟钉螺属下的武鸣拟钉螺(87.08％)及新拟钉螺属下的开放新拟钉螺(88.55％)为相似.在属水平上,13份标本中仅有1份的形态学鉴定结果与基因鉴定结果吻合,其余12份样本的形态学鉴定结果均与基因鉴定不同,两种方法的鉴定结果存在较大差异.结论 通过COI基因检测可快速对拟钉螺亚科作出准确判断,但对属水平的鉴定的准确性还需要进一步的研究.
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陕西省黄鼠的遗传学特征分析
目的 明确分布于陕西省的黄鼠的遗传学特征.方法 测定COI、Cyt-b基因序列,与内蒙古科右中旗、正镶白旗达乌尔黄鼠、宁夏海原县阿拉善黄鼠同类基因序列进行比对,分析遗传距离,构建系统发育NJ树.结果 陕西省定边县黄鼠COI基因序列与宁夏阿拉善黄鼠的遗传距离≤0.5％,与内蒙达乌尔黄鼠遗传距离在7.9％～9.3％之间,Cyt-b基因序列与宁夏阿拉善黄鼠的遗传距离为≤2.2％,与内蒙达乌尔黄鼠遗传距离在8.9％～11.2％之间.基于COI和Cyt-b基因的NJ系统树可见所有样本序列形成两个高支持度的单一分支,陕西定边县黄鼠与宁夏阿拉善黄鼠聚为一类,两者与内蒙达乌尔黄鼠形成两个独立分支,基于COI基因的NJ系统树显示陕西各地样本聚为一类.结论 陕西省的黄鼠应为阿拉善黄鼠.
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基于DNA条形码技术鉴定青海柴达木盆地小型兽类
目的 为弥补传统形态分类方法不足,提高小型兽类现场鉴定成功率和准确性.方法 将采自青海省柴达本盆地总计3目5科12属145只小型兽类进行COI基因序列检测.结果 分析所测全部COI基因序列,种内遗传距离0.01％～2.2％,种间遗传距离10.9％～15.6％,种间遗传距离显著大于种内遗传距离.属间遗传距离16.2％～21.3％,科间遗传距离16.2％～27.0％,NJ树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,在14个形态种中共发现17个分子种.讨论 研究结果表明DNA条形码技术能纠正传统形态学鉴定中的错误,提高动物分类鉴定的准确性.
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基于DNA条形码技术揭示广州中药材市场蝠鲼鳃的种类来源
目的 研究广州中药材市场蝠鲼鳃的种类来源.方法 采用DNA条形码技术获得了广州清平中药材市场13家商铺的31份蝠鲼鳃样品的COI基因序列,对其进行了系统发育分析.结果中药材市场销售的蝠鲼鳃来自日本蝠鲼(Mobula japanica)、褐背蝠鲼(Mo.tarapacana)、印度蝠鲼(Mo.thurstoni)和双吻前口蝠鲼(Manta birostris),4个种类的检出比例分别为41.9％、22.6％、3.2％和32.3％.结论在缺少形态学数据的情况下,DNA条形码技术能够有效对蝠鲼鳃进行种类溯源.印度蝠鲼较低的检出率可能暗示其种群数量在中国已经较少.研究结果也在一定程度上澄清了中国海蝠鲼科的种类组成.
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金钱白花蛇与三种常见混伪品多重PCR鉴别方法
目的 建立一种快速、高效的鉴别金钱白花蛇(银环蛇)与三种常见混伪品的多重PCR方法.方法 采用动物DNA提取试剂盒提取金钱白花蛇、赤链蛇、赤链华游蛇与金环蛇DNA;根据各样品COI(动物线粒体细胞色素b基因)序列设计4对不同长度的特异性引物,建立并优化多重PCR反应体系,通过电泳检测扩增产物分子量差异实现4种蛇类的快速鉴别.结果 针对金钱白花蛇、赤链蛇、赤链华游蛇与金环蛇所设计的4对引物分别扩增出136、195、244和315bp的目的条带;每对引物特异性扩增,灵敏度为皮克级.结论 首次建立了金钱白花蛇与常见三种相似混伪品的多重PCR方法.此方法特异性高,为多重PCR技术体系在中药材金钱白花蛇的快速检测提供参考.
