结核分枝杆菌单核苷酸多态性特征的分析
摘要： 目的 通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picardv 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用大似然法软件RAxML v 8.2.8构建系统进化树;Genepop v 4.5.1软件计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);SnpEff v 4.3c软件注释.结果 初步筛选得到107 654个SNP位点,构建的系统进化树将2 347株MTB明确地划分为7个谱系以及69个亚谱系.优化后得到285个谱系定义的SNP位点,将2 347株MTB准确划分为7个分支及67个亚谱系.结论 本研究通过基因组序列分析发现一批基于系统进化的SNP位点,而且基于系统进化285个SNP位点不仅可以用于系统发育及进化相关分析,同时也能够作为基因分型技术靶标,用于结核病分子流行病学.
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江苏省1980～1998年伤寒流行病学分析
为探讨伤寒在我省的流行规律,制订有效的防制措施,同时也为卫生行政部门制订伤寒防制策略提供科学的依据,现根据我省历年伤寒疫情报告及流行病学调查资料,将1980～1998年江苏省伤寒发病资料汇总分析如下.
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泸州市1999年麻疹流行特点分析
我市自1978年开展计划免疫活动以来,麻疹的发病大幅度下降并得到了有效控制.但近几年来由于一些县区常规免疫接种率出现滑坡,监测系统敏感性降低,致发病回升,个别县区甚至出现局部暴发.
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强化免疫后一起麻疹暴发流行的调查分析
2000年4月中旬至七月中旬,我市大竹乡大竹中.小学及幼儿园发生一起麻疹暴发流行,发病54例.对此,我们进行了流行病学和血清调查.
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安阳市中小学生HBsAg检测结果分析
乙型肝炎已经成为严重危害人民身体健康的传染病,特别是在学生这个相对密集的群体中,乙肝的传播会更加迅速、广泛,危害会更加严重.为了解我市中小学生乙肝病毒的感染状况,为乙肝防治工作提供科学依据,我站门诊部于1999年3月至2001年3月对前来我站门诊进行乙肝疫苗注射的3 387名7-19岁的中小学生进行了HBsAg检测,并对测出的阳性患者进一步做常规肝功能检查.
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河南省居民对吸烟有害健康知识知晓程度的调查
吸烟有害健康,特别是吸烟者较易患气管炎和肺癌等慢性病已被国内外许多学者的研究结果证实.为了解我省人群对于吸烟有害健康知识的知晓程度,评价当地控烟健康宣教工作的效果和成绩,进而为有关部门进行吸烟行为干预和制订控烟对策提供依据.我们于1998年在本省的郑州、辉县等6个市、县进行了本次调查工作,现报告如下.
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铜陵市饮服从业人员HBV感染情况调查分析
乙型肝炎病毒(HBV)血清学标志物检查是从事食品和公共场所从业人员每年一次健康检查的项目之一.为了解铜陵市食品、公共场所从业人员HBsAg携带状况和做好HBV感染者监测工作,我们于1999年1-12月对全市上述人员进行乙肝血清流行病学调查,现将结果报告如下.
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浙江省慈溪市大气、水环境中肿瘤患病危险因子分析研究
目的 通过2002-2004年对浙江省慈溪市大气、水的监测,评估大气、水环境中与肿瘤患病相关的危险因子.方法 大气环境:连续3年对空气中二氧化硫、二氧化氮及酸雨进行监测,以相应的国家标准进行评价.水环境:对慈溪市10个主要湖泊、水库及河网水系进行监测,按GB 3838-2002进行评价.结果 通过监测,发现二氧化硫和二氧化氮3年中总体没有超过国家标准,但酸雨概率达到90%以上.主要湖泊、河流水质指标符合国家标准,但慈溪市河网水环境中的氨氮和石油类污染物超标.结论 特殊的地理、水文条件和工农业污染是造成慈溪市各种癌症高发的原因.
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天津市河北区1997-2001年肾综合征出血热发病分析
肾综合征出血热(以下简称出血热)是一种自然疫源性疾病.90年代初本区每年偶有发病,自1997年开始病例呈逐年上升趋势.全区12条街均有发病,较严重的危害居民的身体健康.现对1997-2001年55例出血热病例进行分析.
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广西1990-2003年狂犬病流行病学分析
狂犬病是由狂犬病毒引起的人畜共患传染病,一旦发病,病死率高达100%.我国狂犬病的发病数仅次于印度,居世界第二位.广西是我国狂犬病主要疫区之一.为进一步掌握广西狂犬病流行特征,采取有效的防治对策,现将广西1990-2003年狂犬病的流行特征分析如下.
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174例轻型急性呼吸道感染症流行病学调查分析
目的分析东台市一起轻型急性呼吸道感染症疫情的临床特点和流行过程,为疾控工作提供科学依据.方法选取许河、三仓两镇174名轻型急性呼吸道感染症住院病人,对病人的基本情况、临床表现、治疗转归和接触史等方面展开流行病学调查,并汇总分析.结果 (1)疫情集中在5、6月份,病例主要分布于镇区中小学及幼儿园.(2)临床特点有发热、咽痛、扁桃体肿大,肺纹理增强,白细胞升高以中性粒细胞升高为主.(3)对病人咽拭子和血样等进行病原学检测,结果表明腺病毒(3型)感染是本病的主要原因.阿奇霉素、头孢呋新和病毒唑等药物治疗效果较好.(4)大多数病人发病前有类似病人的接触史,平均潜伏期4～5d.结论此类轻型急性呼吸道感染症传染性强,传播速度快,但病原体毒力较弱,症状较轻.加强疫情监测、早期发现病人,减少同学之间的相互接触、注重饮食和环境卫生,加强个人卫生和防护等,是控制本病传播的主要措施.
关键词： 轻型急性呼吸道感染症 腺病毒 流行病学调查
