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肠道病毒71型湖州分离株的遗传进化和重组分析

吴晓芳;纪蕾;徐德顺;陈莉萍;沈月华;朱晓娟;查赟峰

摘要: 目的 对湖州市肠道病毒71型(EV71)进行基因特征及重组特点分析.方法 对2011-2012年湖州市EV71分离株进行全基因组测序,并与其基因型及A组肠道病毒其他血清型的原型株进行全序列比对,使用Mega 4.0软件绘制系统进化树.然后利用Simplot 3.5.1软件进行相似性分析,对基因重组加以验证.结果 P1区系统进化分析显示,2011-2012年湖州市EV71株属于C4基因型的C4a亚型.P1、P2、P3区的系统进化和相似性分析证实湖州市分离株在非结构蛋白2B编码区存在EV71 C基因型和Cox A16、14、4型间重组.结论 2011-2012年湖州市EV71分离株为C4a亚型,与2004年以来中国大陆优势株流行趋势一致.EV71 C4基因型湖州市株存在型间重组现象.

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