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DNA提取方法对桑树内生菌多样性研究的影响
【目的】基于聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）对桑树根、茎、叶组织内生菌多样性的分析，结合浓度、纯度、 PCR扩增性等指标，比较4种DNA提取方法之优劣。【方法】采用常见的DNA提取方法十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、缓冲液振荡（SPBS）法、液氮研磨（LNG）法和试剂盒（KIT）法提取桑树各组织DNA,从PCR-DGGE多样性等多方面对4种方法进行比较。【结果】对于桑树根和茎， DNA提取浓度高的方法是LNG法，低的是SPBS法；桑树叶情况则完全相反。桑树各组织， KIT法获得的DNA纯度均高。桑树各组织通过16S rDNA PCR-DGGE比较内生细菌多样性，适宜的DNA提取方法是LNG法或CTAB法，不宜采用KIT法提取DNA。内生真菌ITS PCR-DGGE分析结果完全不同，佳提取方法是KIT法，不适宜的DNA提取方法因组织不同而异。【结论】对于桑树内生菌研究，佳的DNA提取方法因组织不同而异，还与研究的内生菌种类有关系。
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三种全血提取基因组DNA方法的比较及Genomix方法的改良
目的:选择一种高效、简便快速、价格合适的从全血中提取基因组DNA的方法.方法:分别采用3种不同的方法从全血中提取基因组DNA,比较了3种方法提取的DNA的质量,以及各种方法所需时间及其费用.对其中的一种方法进行了改良.结果:3种方法提取的DNA的质量都能达到相关分子生物学实验的要求,但在操作程序、价格等方面存在差别.结论:Genomix法操作简单、快速、灵活性好、价格便宜,适合于大样本的DNA提取.
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改良国产试剂盒提取血浆DNA的方法
目的 建立一种高效、简便快速、成本低的提取血浆DNA的方法.方法 对国产试剂盒提取血浆DNA的方法进行改良,并比较了4种方法提取的DNA的质量、所需时间及其费用.结果 改良国产试剂盒提取血浆DNA的质量不仅能达到相关分子生物学实验的要求,而且与其他3种提取血浆DNA的方法相比,具有操作简单,耗时短,成本低等优点.结论 改良国产试剂盒提取血浆DNA方法操作简单快捷、价格便宜,适合于大样本的血浆DNA提取.
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如何优化肝细胞DNA提取实验教学的研究与探讨
目的 研究和探讨优化肝细胞DNA提取实验教学的有效做法.方法 采用抽提-浓盐法提取肝细胞中的DNA;用SDS处理肝匀浆后再用氯仿-异戊醇抽提除去蛋白质,加入乙醇脱水析出DNA.结果 肝细胞DNA提取可选用猪肝代替传统习惯兔肝,佳条件猪肝匀浆量为7 ml,新鲜猪肝匀浆搅拌时间为20 min,DNA脱水所用乙醇为75％乙醇.结论 采用上述单因素条件对猪肝细胞DNA进行提取,提取率较高,成本低,实验教学效果好.
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不同样品提取方法对地中海贫血基因诊断的影响
目的:考察不同全血基因组提取方法对地中海贫血基因诊断的影响.方法:使用酚/氯仿抽提法、盐析法、Chelex快速法和硅吸附法提取全血基因组DNA.使用分光光度计和电泳法检测提取DNA的质量.结果:4种方法提取的DNA无明显质量差异,但地中海贫血基因检测试剂盒检测结果标明,除Chelex快速法提取的DNA有时会出现扩增效果不好外,其他方法提取的DNA都可获得满意的效果.结论:4种基因组提取方法均可用于地中海贫血的基因诊断,但在临床应用中应格外小心.
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拭子提取黏膜部细菌DNA方法的优化
目的:探索一种适合于黏膜部微生物组学分析的DNA抽提方法.方法:评价玻璃珠机械破碎法+溶菌酶裂解法结合DNA提取试剂盒法(Beads+ Lysozyme+ QIA法)和溶菌酶裂解法结合DNA提取试剂盒法(Lysozyme+ QIA法)对9例鼻咽拭子和5株常见细菌的DNA提取效果.利用NanoDrop 2000测定DNA的浓度;以末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)分析DNA的生态结构多态性.结果:两种方法对鼻咽拭子总DNA提取量无明显差别(P=0.288);T-RFLP结果显示,Beads+Lysozyme+ QIA法可得到92种末段限制性片段(T-RF),高于Lysozyme+ QIA法所得的43种,Beads+ Lysozyme+ QIA法SDI为(2.34±0.43)明显高于Lysozyme+ QIA法(1.61±1.09)(P=0.03),Beads+ Lysozyme+ QIA法可以获得更丰富的T-RF;Beads+ Lysozyme+ QIA法在表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌中可获得更高的DNA提取量(均P＜0.05),在甲型溶血性链球菌和枯草芽孢杆菌中两种方法无明显差异(P＞0.05).结论:优化的拭子提取细菌DNA的方法可以更大程度地反映样本中微生物的多样性,减少偏倚;有利于黏膜部微生物组学的研究.
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两种提取白桂木基因组DNA方法的比较研究
[目的]寻找适合白桂木基因组DNA的提取方法.[方法]采用改良的CTAB法及试剂盒法提取白桂木基因组DNA.用紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳法检测白桂木DNA纯度、浓度,比较两种方法的适用性.[结果]试剂盒法能够较好去除多糖及其他次生代谢产物.[结论]试剂盒法更适合从白桂木中提取高质量的DNA.
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改良外周血DNA提取方法的效果分析
目的 探讨经济有效提取外周血DNA的方法.方法 对常用外周血DNA提取方法(试剂盒提供方法)进行改进,比较常用试剂盒方法与改进方法的效果.结果 改进法提取DNA质量及扩增效果均明显优于常用试剂盒方法.结论 改进法提取外周血DNA成功率高、质量好、扩增效果更好,并且不增加试剂成本.
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不同检材微量血间日疟原虫PCR检测模板制备方法的研究
目的 探寻不同检材微量血间日疟原虫PRC检测模板制备的方法.方法 全血标本采用酚/氯仿抽提法、洗涤沉淀法、Chelex煮沸法和洗涤水煮法；滤纸干血滴及厚血膜标本以Chelex煮沸法和洗涤沉淀法制备模板.以间日疟原虫特异性引物作PCR扩增检测模板制备的效果.结果 采用上述4种不同的方法制备的全血间日疟原虫DNA模板与采用Chelex法和洗涤沉淀法制备的滤纸干血滴以及厚血膜疟原虫DNA模板均可被扩增出1条341bp的间日疟原虫特异性DNA条带,与预期的扩增片断大小一致；不同方法制备的10份间日疟患者血样DNA模板用于PCR扩增检测,结果无明显差异.其中,Chelex煮沸法和洗涤沉淀法对不同检材的疟原虫感染血样DNA模板均能有效制备,且可在同一离心管中进行,减少了交叉污染的机会.结论 Chelex法和洗涤沉淀法简便、实用,适用于不同检材微量血疟原虫PRC模板的制备.
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巢式PCR检测梅毒螺旋体DNA方法研究
目的 建立一种血清梅毒螺旋体DNA提取及PCR鉴定方法.方法 基于化学热裂解法和柱式核酸提取原理进行血清梅毒螺旋体DNA提取.根据文献筛选优化引物建立巢式PCR检测体系,并对实验方法的特异性、抗干扰性、检测梯度进行评价.结果 建立的实验方法特异性好、抗干扰性强,对TRUST为1∶8以上的标本检测全部为阳性.结论 提取梅毒螺旋体DNA及PCR鉴定有助于梅毒的快速诊断,对于血液中梅毒螺旋体增殖能力判断具有重大潜在应用价值.
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不同保存时间对人乳头瘤病毒DNA检测结果的影响
目的 研究不同保存时间对人乳头瘤病毒(HPV)DNA检测结果的影响.方法 收集HPV高危型标本,按病毒水平分为高水平组、中水平组和低水平组,每组各5例,每例分装成3份,其中1份立即提取DNA并进行检测(原始水平),检测后将其置于4℃冰箱保存(已提取DNA标本),其余2份标本直接置于4℃冰箱保存(未处理标本).分别于第2、4周对已提取DNA标本和未处理标本进行HPV DNA检测分析.结果 未处理标本和已提取DNA标本的3个水平组HPV DNA检测结果一致.高、中、低水平组第2周HPV DNA水平与对应的原始水平比较,差异无统计学意义(P>0.05).高、中水平组第4周HPV DNA水平与对应的原始水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);而低浓度组第4周HPV DNA水平降低甚至消失,无法进行检测.结论 适宜的保存温度和保存时间可保证HPV DNA水平的稳定,有利于指导标本的保存和复查工作.
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毛细管液滴中的乙型肝炎病毒DNA提取与扩增
目的 利用毛细管液滴技术,发展一种集成DNA提取与扩增的乙型肝炎病毒分析方法.方法 利用聚四氟乙烯毛细管的疏水特性,向毛细管中先后引入油相和水相溶液,在表面张力作用下形成油包水液滴.顺序向毛细管中引入含有不同试样的液滴,完成进样、DNA结合、洗涤、洗脱,扩增等过程.微液滴不仅有效解决了样品蒸发和扩散问题,同时在操作中起到微阀和微混合器微功能.结果 利用上述毛细管液滴方法分析了乙型肝炎病毒的血清样品,通过优化DNA提取和扩增条件,毛细管液滴方法能在较短时间内高效纯化并扩增DNA.结论 上述方法具有简便快速和低成本的优势,有望发展成一种有潜力的微全核酸分析系统.
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一种快速提取新生隐球菌及其他酵母样真菌DNA方法
目的 寻找一种快速提取酵母样真菌DNA的方法.方法 使用酶溶解法提取新生隐球菌及其他酵母样真菌DNA,并对提取的DNA通过特异性引物进行PCR,所得产物进行酶切验证.结果 用此方法提取的新生隐球菌基因组DNA浓度为280～395 ng/μL,OD260/OD280比值为1.6～1.8,所提取的DNA可用于PCR的扩增检测特异性酵母样真菌.结论 该方法可以用于提取新生隐球菌及其他酵母样真菌.
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肺结核患者粪便TB-DNA提取方法的应用比较
目的 比较煮沸裂解法、酚/氯仿法和试剂盒法3种DNA提取法在肺结核患者粪便标本中检测TB-DNA的应用效果.方法 收集肺结核患者粪便标本,分别用煮沸裂解法、酚/氯仿法和试剂盒法提取DNA,比较其TB-DNA实时荧光聚合酶链反应(PCR)扩增的检测阳性率及扩增效率,分析不同方法的差异.结果 对于痰抗酸涂片阴性患者的粪便标本,3种方法均未测到有TB-DNA扩增.痰抗酸涂片阳性患者的粪便标本,煮沸裂解法、酚/氯仿法和试剂盒法的TB-DNA检出率分别为45%、70%和80%.酚/氯仿法与试剂盒法TB-DNA的定量结果比较,存在显著性差异,试剂盒法提取扩增效果显著强于酚/氯仿法.结论 试剂盒法可有效去除粪便标本中的PCR抑制物,TB-DNA检出率和定量结果明显优于煮沸裂解法和酚/氯仿法,对于无法产生痰或咳出痰的肺结核患者的实验室诊断具有较高的应用价值.
关键词： 肺结核 粪便 DNA提取 实时荧光聚合酶链反应 结核分枝杆菌 -
药用百合鳞叶中总DNA提取方法的研究
目的:对药用百合DNA的提取过程进行改良和优化,筛选出较理想的DNA提取方法.方法:在传统十六烷基三甲基氯化铵(CTAB)提取方法基础上,进行改良和优化,寻找出一种实用的DNA提取方法.结果:用改良CTAB法提取的总DNA的OD260/OD280在1.6～2.0之间,电泳条带清晰,其含量和纯度完全满足引物扩增分析的要求.结论:本试验中的百合鳞叶总DNA的提取方法简便实用,所得DNA的产量和纯度均能满足基因工程操作的要求.
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蒙药材山野豌豆总DNA提取方法研究﹡
目的：寻找快速、简便的山野豌豆总DNA提取方法。方法采用4种不同方法（CTAB法、SDS法及改进CTAB法、改进SDS法）提取山野豌豆总DNA，通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测其纯度，以筛选出优提取方法。结果改进CTAB法和改进SDS法所得的山野豌豆总DNA纯度都较高，A260和 A280分别为(1.9128±0.0827)和(1.8767±0.0408)。改进CTAB法提取到的总DNA电泳时DNA条带亮度明显，无拖尾现象。结论改进CTAB法是提取山野豌豆中高质量总DNA的有效方法。
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PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法
目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法.方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100+NP40、Chelex-100+TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度.结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100+NP40 法纯度(OD260/280=1.79±0.03)高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度.结论:Chelex-100+NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR.
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应用于PCR及实时荧光定量PCR的细菌DNA提取方法
目的建立特异灵敏的适应于PCR及实时荧光定量PCR的细菌DNA提取方法.方法于细菌样本离心所得沉淀中加入提取液(25% Chelex-100,0.5%NP40,TE配制,pH=9.0);56℃孵育30 min;100℃水浴10 min;离心后所得上清即为DNA.电泳、PCR及Real-time PCR扩增评价该方法的特异性及灵敏度.结果本方法所提细菌DNA电泳条带清晰,未见假阳性,D(260)/D(280)=(1.79±0.03);PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,灵敏度达101/ml细菌浓度.结论本研究细菌DNA提取方法特异灵敏,适应于PCR及Real-time PCR.
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石蜡包埋组织DNA提取方法的比较及巢式PCR技术的应用
确定从福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织中提取DNA的佳方法,增强长片段PCR产物的成功扩增率,便于分子生物学与临床医学的有机结合.本文选取正常甲状腺FFPE标本20份,分别应用“一步法”、酚/氯仿抽提法和试剂盒法三种不同的方法提取总DNA,并应用传统PCR法和巢式PCR法对线粒体DNA(mtDNA)的D环区进行扩增.结果酚/氯仿抽提法所得样本DNA的OD26o/D280比值高,为1.703±0.086.“一步法”、酚/氯仿抽提法和试剂盒法提取DNA的普通PCR长片段扩增成功率分别为0%、5%和l0%,而巢式PCR长片段扩增成功率分别为0%、95%和85%.可见用蛋白酶K消化、酚/氯仿纯化法提取的FFPE组织标本DNA质量可靠,巢式PCR技术是从石蜡标本中扩增长片段DNA的有效方法.
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西安地区出土3000年前人牙齿DNA的提取及性别鉴定
目的 提取西安地区出土3000年前人牙齿中的DNA并进行性别鉴定,为后续的考古研究提供帮助.方法 选取西安地区出土的3000年前人牙齿35颗,应用逆向根管技术提取牙齿内部组织的DNA.设计釉原蛋白基因特异性引物,应用PCR技术进行样本的性别鉴定.结果 成功提取到30份3000年前的人基因组DNA,并对相应样本进行了性别鉴定,其中男性8例,女性22例.结论 逆向根管技术可用于古人类牙齿DNA的提取,基因学方法可补充体质人类学方法的不足,完善古代样本性别信息.
