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骨骼脱钙后DNA含量损失问题初探
骨骼是一类特殊的生物检材,是一种致密的结缔组织,相对于人体其他的组织脏器腐败降解得更慢.对高度腐败及白骨化的尸体,骨骼是进行DNA检验的唯一检材,但由于骨骼的特殊组织结构及环境因素的影响,使骨骼DNA的提取较困难.因此,为使骨组织中DNA易于释放,在提取中往往采用单独EDTA脱钙的步骤,以去除羟基磷灰石中的钙元素[1-2].有研究[3]表明脱钙的好坏对骨骼DNA的提取影响很大,脱钙有助于细胞间的分散,同时能够协助裂解液破坏细胞膜及核膜,将组蛋白从DNA分子上拉开,增加DNA产量.但脱钙会导致骨屑表层骨细胞中的DNA在脱钙过程中损失[4].本文主要探讨骨骼经EDTA脱钙后DNA含量的损失情况及STR分型.
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联合运用CTAB与磁珠提取陈旧骨骼DNA
用Chelex-100法或酚-氯仿法提取骨骼DNA,一般采用PK消化.该法虽对比较新鲜且有软骨组织存在的骨骼DNA提取效果较好[1],但对陈旧性骨骼DNA提取,难以达到理想效果.
关键词： 法庭科学 十六烷基三甲基溴化胺(CTAB) 骨骼 DNA提取 磁珠 -
提取COⅠ基因片段鉴定嗜尸性蝇类
目的 通过扩增蝇类CO Ⅰ基因片段,结合形态学特征鉴定嗜尸性蝇类的种类.方法 运用改良平衡酚—tris饱和酚法提取蝇类DNA,进行CO Ⅰ序列扩增和测序,与数据库序列进行比对和分析.结果 改良平衡酚-tris饱和酚提取DNA方法可获得有效的蝇类DNA,并可应用于CO Ⅰ基因片段扩增,进而进行蝇类种类的鉴定.结论 平衡酚-Tris饱和酚法提取的噬尸性蝇类虫体DNA作为模板,用于CO Ⅰ序列扩增,测序后与数据库目的序列分析比对,可准确鉴定嗜尸性蝇类的种类;和传统的昆虫形态学特征鉴定方法比较,该体系更准确,应用范围更广.
关键词： 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 鉴定 DNA提取 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ -
法医学DNA提取试剂盒优化及适用性评价
目的：用磁性纳米磁珠和自主设计的试剂体系及提取流程，来建立一种基因组DNA的快速提取优化方案。方法利用自主研制的法医DNA提取纯化试剂盒设计实验方案对陈旧棉签血样进行DNA提取，用紫外分光光度计分析定量，通过对实验结果进行分析比较进一步优化自主研发的法医学DNA提取试剂盒。用优化之后的试剂盒提取各种不同的疑难捡材，探索本试剂盒的适用性。结果通过优化试验条件，同样获得了各种检材理想的DNA提取效果，却大大降低了DNA样本的提取成本。结论经优化过的国产磁珠DNA提取试剂盒完全可以应用与法医DNA检测中。
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4种固相颗粒吸附法提取滤纸血痕DNA效果的比较
目的：探讨4种固相颗粒吸附法提取滤纸血痕样本DNA的效果。方法含有1μL静脉血的滤纸血痕180份，分为4组，每组45份。分别采用4种固相颗粒吸附法（DNA IQ?系统、D盾超敏DNA提取试剂盒、超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒和常规的硅珠法）对上述样本进行DNA提取，对比各组DNA溶液的浓度及STR分型检验结果。结果 D盾超敏DNA提取试剂盒[（3.764±1.790）μg/mL]、超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒（3.634±1.112）及常规硅珠法（3.350±1.250）提取到DNA溶液的浓度无统计学差异（P>0.05），但均高于DNA IQ?系统（1.864±1.207）（P<0.001）；D盾超敏DNA提取试剂盒、超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒及常规硅珠法样本图谱峰高大于DNA IQ?系统（P<0.001），超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒和常规硅珠法样本图谱峰高大于D盾超敏DNA提取试剂盒（P<0.01）。结论 D盾超敏DNA提取试剂盒、超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒及常规硅珠法对于滤纸血痕的DNA提取效率高于DNA IQ?系统；超高效硅珠纯化DNA提取试剂盒和常规硅珠提取到的DNA溶液可能具有更高的质量。
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纳米磁珠提取法在骨骼DNA提取中的应用
目的 对纳米磁珠法提取纯化骨骼DNA的效果进行比较评价,为方法选择提供应用参考.方法 取泥土掩埋、水中浸泡1～10年不等的25根长骨,经水洗、刮净,液氮冷冻研磨器将骨骼研磨成粉末状,分别应用纳米磁珠提取法和KingFisher仪器自动化提取法提取DNA,Identifiler@Plus试剂盒进行扩增,ABI 3100遗传分析仪进行STR分型检测;对两种方法提取的DNA定量和经扩增、分型检测的结果进行比较.结果 骨骼样本采用纳米磁珠法提取到的样本DNA(1.237 5ng/μL±0.319 2ng/μL),较之KingFisher法的浓度(0.506 2ng/μL±0.280 5ng/μL)更高,两种方法间差异具有统计学意义(P＜0.05);而纳米磁珠法的分型成功率亦更高,两种方法间差异具有统计学意义(P＜0.05).结论 用纳米磁珠提取纯化骨骼DNA,能得到高质量DNA模板,有利于提高分型检验的成功率,可在实际检案中选择使用.
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洗涤法结合硅珠法提取指甲垢DNA
目的 考察洗涤法结合硅珠法提取指甲垢DNA的应用价值.方法 收集200枚刑事案件中受害人指甲,采用洗涤法结合硅珠法提取指甲垢DNA;用Idemifiler试剂盒进行PCR扩增,3030xl遗传分析仪进行分型检测.结果 应用洗涤法结合硅珠法在200枚指甲中有64枚(32％)检出异体DNA,其中52枚为混合型,12枚为单一异体DNA;另有104枚检出受害人单一DNA.结论 洗涤法结合硅珠法可应用于指甲垢DNA的提取.
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盗窃案件现场检材提取与DNA检测结果的统计分析
目的 统计分析1574例盗窃案件中提取的2496个现场生物检材,为提高DNA在盗窃案件侦破中的应用成效提供参考.方法 根据2496个生物检材的类型、现场提取方法、重点提取部位、DNA检测结果等进行统计和分析比较,总结常见类型盗窃案件现场生物检材的主要发现提取部位以及不同方法提取的现场生物检材DNA检出率.结果 接触类检材已成为盗窃案件多见的生物检材类型,但检出率仍然较低,对混合分型应进一步分析筛选以提高DNA的认定率;不同方法提取的现场生物检材在DNA检出率方面存在统计学差异,接触类生物检材以植绒拭子和原物提取的方式为首选;现场生物检材的主要发现提取部位根据盗窃案件的类型不同有所侧重.结论现场勘查人员在盗窃案件中发现和提取到有价值的生物检材是提高DNA检出认定能力的关键因素,应着力培养现场勘查人员的微量生物物证意识,提高现场勘查人员提取和处理微量生物检材的能力.
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人骨骼及牙齿DNA提取方法的比较和优化
目的 人骨骼和牙齿DNA提取方法的比较和优化.方法 收集18份不同个体的长骨、30颗磨牙和同一个体2根股骨、8颗磨牙.利用TissueLyser-Ⅱ组织破碎仪和PreFiler Express BTATM法医DNA提取试剂盒(BTA法),应用Automate ExpressTM自动化法医DNA提取系统提取DNA,进行STR分型,与脱钙法进行比较,并进行实验条件优化.结果 用TissueLyser-Ⅱ结合BTA法,约2.5h即可完成骨骼和牙齿的DNA提取,分型成功率分别为94.4％和96.7％.与脱钙法比较,两种方法获得DNA质量浓度和检出率比较接近(P＜0.05),但BTA法在操作过程方面更具优势.佳样本量为100mg,消化时间为2h.结论 采用TissueLyser-Ⅱ组织破碎仪结合BTA法对骨骼和牙齿进行DNA提取和分型检验,能满足实际检案的要求,可在法医学实践中选择使用.
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山兰不同部位DNA提取的比较研究
目的 研究珍稀植物山兰的假鳞茎、叶片、花芽中的DNA的质量,为开展分子鉴定等研究提供依据. 方法 采用CTAB法提取其基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳对其进行质量检测,用分光光度计进行浓度及纯度检测,并分别进行RAPD扩增.结果 不同来源的DNA的电泳均有明显条带,表明质量均较好. 花芽提取的DNA浓度高,为356.82μg/μL;叶片次之,为215.43μg/μL;假鳞茎低,为93.76μg/μL. 3个部位提取的纯度相近,不同部位提取的DNA模板对RAPA扩增没有明显影响. 结论 山兰3个部位提取的质量均较好,可以进行后续的酶切及PCR扩增等实验. 从来源上,采用叶片提取DNA好.
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人参基因组RAPD条件的优化
目的确定药用人参佳随机扩增多态DNA(RAPD)分析方法.方法以药用人参新鲜叶为材料,研究对影响RAPD反应的各因素进行优化.结果药用人参RAPD反应体系及程序为:在25μL反应体系中,含40ng模板DNA,0.3μmol/L随机引物,0.2mmol/LdNTPs,2.5μL10×PCRBuffer,2.0UTaq酶;扩增程序为:第一步94℃预变性2min,第二步94℃变性1min,第三步36℃退火45s,第四步72℃延伸90s,返回至第二步重复40个循环,第六步72℃延伸10min,后4℃保存以备电泳.结论建立了人参RAPD的优化反应体系及程序.
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Chelex-100法提取滤纸血痕DNA影响因素的比较
目的 改进滤纸血痕DNA提取方法,建立更简便、廉价,适合当前DNA建库需要的提取方法.方法 将752份滤纸血痕分成四组.分别按照四种不同的Chelex-100法进行DNA提取并进行比较研究;63份新鲜血痕分别按照两种方法提取并进行对比研究.结果 对于陈旧滤纸血痕,四种提取方法的检测成功率无显著差异(P＞0.05);对于新鲜血痕,两种提取方法的检测成功率有显著差异(P＜0.05).结论 对于建库陈旧滤纸血痕样本的DNA提取可采用不加纯水处理,直接加入Chelex-100的方法进行.
关键词： 滤纸血痕 Chlex-100法 DNA提取 比较研究 -
一种改良的精斑涂片DNA检验方法
目的建立一种有效的精斑涂片DNA检验方法.方法以本实验室平时积累的91例精斑涂片为研究对象,采用chelex法提取,结合硅珠法纯化浓缩,提高DNA浓度后进行PCR扩增和STR分型.结果尽管涂片上精子量较少,但chelex法的DNA提取率较高,且硅珠法可以纯化并浓缩模板DNA,本文建立的方法兼具了这两种提取方法的优点,成功率较高.结论精斑涂片可以作DNA检验,在法医检案中具有较高的应用价值.
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福尔马林固定石蜡包埋组织中DNA提取
由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA.近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物等,可以有效提高FFPET中提取的DNA质量,为FFPET的DNA分析奠定了基础.
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镜下单片状头屑DNA提取分型法与EZ-tape法的比较
目的 改进常规头屑类样本的EZ-tape提取分型方法,借助显微镜采集单片状头屑,提高样本利用率、降低漏检率,并减少混合分型结果比例. 方法 采用EZ-tape脱落细胞粘取器和透明胶带粘取2名志愿者轮流佩戴的帽子内侧,EZ-tape法遵循传统方法直接提取DNA,镜下单片状头屑DNA提取分型法(简称“单片头屑分析法”)则借助显微镜分拣出透明胶带中的单片状头屑.两种方法均分别进行持续振荡和静置消化.所有样本均采用Chelex-100法提取DNA,扩增及电泳后获得STR分型.比较EZ-tape法及单片头屑分析法所获的STR分型结果.结果 EZ-tape法所获分型中11份(45.8％)样本发生漏检,仅获得单一来源的分型结果,10份(41.7％)样本为混合分型结果,其中6份样本有等位基因插入或丢失.单片头屑分析法有12份样本获得了与志愿者一致的单一来源分型结果,仅2份样本获得混合分型结果.振荡处理的分型准确数高于静置消化(P＜0.05). 结论 DNA提取过程中进行振荡有利于DNA的释放.单片头屑分析法获得单一来源STR分型成功率较高,样本漏检率低,可作为法医临案工作中头屑类特殊检材的特定样本采集方式.
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联苯胺试验对血痕DNA检验的影响
目的 探讨联苯胺试验及相关试剂对血痕DNA检验的影响.方法 制作含1μL静脉血的滤纸血痕970份,其中10份为对照样本,960份经联苯胺试验及相关试剂分别处理后,采用Chelex-100法和硅珠法提取DNA,AmpF詛STRTM IdentifilerTM Plus PCR扩增试剂盒进行复合扩增,对比各组STR分型结果.结果 联苯胺试验后立即提取DNA,硅珠法的STR基因座检出数为(3.80±1.34)个,而Chelex-100法均未获得STR分型结果;联苯胺试验后干燥处理,硅珠法有13例(21.7％)获得全部STR基因座分型结果,且STR基因座检出数[(12.90±1.49)个]远高于Chelex-100法[(4.70±1.96)个](P<0.05);加入冰醋酸后立即提取DNA,硅珠法的STR基因座检出数为(9.40±2.09)个,而Chelex-100法均未获得STR分型结果;只加冰醋酸后干燥处理以及只加四甲基联苯胺乙醇饱和溶液或3％过氧化氢溶液,两种方法均获得完整15个STR基因座分型结果.结论 联苯胺试验对血痕的后续DNA检验有很大的影响,Chelex-100法不适合联苯胺试验后血痕的DNA检验,联苯胺试验后干燥处理及采用硅珠纯化的方法可有效提升联苯胺试验后血痕的STR基因座检出数.
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DNA检案中混合拭子提取方法的优化
在强奸案中,阴道拭子作为犯罪证据,其重要性不可替代.通常精斑预实验阳性的阴道拭子检材即为混合斑的拭子,分离检验方法是采用差异裂解法(两步法)先除去精子外的其他细胞DNA,保留精子DNA[1],再通过DNA IQTM System提取精子DNA,获得纯精子的DNA图谱.但在实际操作中,混合斑中的阴道上皮细胞和精子DNA未作定量检测,使用该方法提取精子DNA时,往往会出现女性DNA去除不干净或精子DNA被消化完全的情况,所以对于此类检验的消化时间好设置梯度,避免达不到理想效果而重复操作.
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两种DNA提取法对腐败胎盘组织STR分型结果的比较
在法医物证检验工作中.对于新鲜的人体组织检材,一般采用Chelex-100法提取DNA就可得到理想的STR分型结果,但是对于高度腐败的人体组织,单纯地依靠此法检测存在失败的可能.笔者运用两种不同的DNA提取法对高度腐败的胎盘组织进行了DNA提取,并对其STR基因座分型的检出率、DNA含量及纯度进行了比较.
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两种DNA提取法对不同色泽肋软骨STR分型成功率的比较
目的 比较两种DNA提取法对不同色泽肋软骨的DNA STR分型结果的影响.方法 利用Chelex-100法和酚-氯仿法,分别对30例不同色泽的腐败尸体肋软骨进行DNA提取,STR复合扩增,ABI 3100型基因分析仪对扩增产物进行检测.结果 用酚-氯仿法提取的30例腐败尸体肋软骨,均检测到全部STR基因座的等位基因型.用Chelex-100法提取的肋软骨中,22例(11例白色、8例淡黄色、3例黄色)检测出全部STR基因座的等位基因型;7例(3例黄色、4例黄褐色)检测出部分STR基因座的等位基因型;1例黑灰色的腐败尸体肋软骨,未检测出STR基因座的等位基因型.结论 根据肋软骨的色泽,选择适宜的DNA提取方法.对于颜色较深的肋软骨,用酚-氯仿法进行DNA提取有助于提高其STR基因座的检出率.
关键词： Chelex-100法 酚-氯仿法 DNA提取 肋软骨 -
陈旧骨骼DNA提取
目的寻找从陈旧骨骼中提取DNA的有效方法.方法运用传统的有机法结合Microcon100纯化柱提取骨骼DNA.结果用常规荧光标记复合STR基因分型法可对提取到的陈旧骨骼DNA进行成功分析.结论有机法结合Micrcon 100纯化柱提取陈旧骨骼DNA法可有效应用于实际检案.
关键词： 有机法 Microcon100 DNA提取 陈旧骨骼
