首页 > 文献资料
-
miR4492和miR-200A-3P在鼻-鼻窦炎伴息肉发病中的调控作用
目的 本研究通过构建鼻-鼻窦炎伴息肉和鼻-鼻窦炎不伴息肉患者鼻黏膜组织miRNA表达谱,从中筛选出差异表达的miRNA,以期寻找在伴有鼻息肉的慢性鼻窦炎的生物通路中起调控作用的miRNA.方法 分别提取鼻-鼻窦炎伴息肉和鼻-鼻窦炎不伴息肉患者组织样本的总RNA,利用高通量测序和数据分析得到两组鼻黏膜组织样本中的miRNA表达谱.通过生物信息学方法进行差异表达miRNA的筛选、预测并注释差异表达miRNA的靶基因及其通路.利用实时定量逆转录PCR (quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)在大样本中验证差异表达的miRNA及靶基因的表达水平.结果 鼻-鼻窦炎伴息肉患者组织样本中,miR-200 A-3P和miR4492的表达水平显著低于鼻-鼻窦炎不伴息肉患者(P=0.0448,0.0023).通过TargetScan预测并筛选得到miR4492和miR-200A-3P共同调控的靶基因RYBP和TNFAIP3.通路分析发现miR4492的另外两个靶基因IL-10和TNF-α同时在多条呼吸道疾病相关通路中起作用.qRT-PCR验证表明以上实验及分析结果比较可靠.结论 miR-200A-3P和miR4492可能通过抑制下游靶基因的方式调控伴鼻-鼻窦炎伴息肉的发生.
-
医学研究生“高通量测序技术”应用能力的培养
高通量测序技术目前已广泛的应用于临床研究领域.与传统测序方式相比,该技术具有通量高、耗时短、成本低等特点.研究生教育中对高通量测序技术的新进展及其在疾病研究、临床诊断等方面的应用方面的介绍较少.培养医学研究生对高通量测序技术的应用能力,可以增强研究生对高通量测序技术的方法、原理、应用范围、数据分析的理解,为医学研究生应用高通量测序技术发现及解决临床问题打下一定的基础.
-
人体皮肤微生物群落研究进展
皮肤作为人体大的器官，上面定居着各种各样的微生物，它们大部分是无害的，甚至对人体有益。皮肤表面的生态环境因不同的表面特征和外部因素而呈现不同的格局，使得分布于皮肤上的微生物群落出现差异。分子生物学技术的发展使研究皮肤表面微生物群落的高度多样性和多变性成为可能，而且可从生态系统角度去理解和认识皮肤微生物。本文就皮肤微生物群落的主要特点、微生物群落与疾病的联系及其具体应用等方面作一综述。
-
T细胞TCR CDR3受体库的高通量测序分析概况
T细胞是机体免疫功能的执行者,T细胞受体(TCR)是T细胞表面识别抗原的分子,也是T细胞产生免疫应答的第一个关键分子.TCR由胚系基因于胸腺中进行V(D)JC基因重排而形成,发育成熟的T细胞迁移至外周组成多样性的T细胞库,其中能代表T细胞应答特征的分子为TCR高变区CDR3,在外周形成一个多样性的T细胞CDR3受体库(repertoire),对TCR CDR3受体库研究,将为T细胞生理和病理特征的全面解析提供基础.
-
患2型糖尿病的肥胖人群肠道菌群分析
目的：探讨患2型糖尿病的肥胖人群肠道菌群的变化特征。方法以21例患2型糖尿病的肥胖者作为研究组，21名血糖正常的肥胖志愿者作为对照组。取研究组和对照组新鲜粪便，采用Illumina Miseq高通量测序平台对粪便样本中所有细菌的16S rRNA-V3区进行DNA测序，分析肠道菌群物种的丰度和分布，并进行聚类分析。采用实时定量聚合酶链反应（PCR）对肠道菌群进行定量分析。结果成功进行了DNA测序分析，样本稀疏曲线显示测序深度充分，测序覆盖深度（Coverage指数）>0.99。研究组肠道菌群2个丰度指数（Ace和Chao1）均低于对照组（P<0.05），2个多样性指数（Shannon和Simpson）分别低于和高于对照组（P<0.05）。实时定量PCR结果显示，在门水平，研究组的厚壁菌门和放线菌门均低于对照组（P<0.05），而拟杆菌门高于对照组（P<0.05），其他2个菌门（变形杆菌门和梭形杆菌门）差异无统计学意义（P>0.05）；在属水平，研究组的韦荣球菌属、Ⅳ型梭菌属和拟杆菌属均高于对照组（P<0.05），而乳杆菌属、Blautia球菌-直肠真杆菌属、普雷沃菌属和双歧杆菌属均低于对照组（P<0.05）。结论患2型糖尿病的肥胖人群肠道菌群的丰度和多样性下降，定量分析肠道菌群的构成对该人群有特殊意义。
-
高通量测序临床应用中数据质量控制和分析若干问题的探讨
随着国内精准医学计划的开展,高通量测序,即下一代测序(NGS)在临床检测上的应用得到了大力推动.然而,作为临床检测领域的新生事物,目前尚缺乏系统性的法规或指南来规范NGS检测项目的开展.作为肿瘤诊断和治疗试点单位之一,长海医院转化医学中心正在开展遗传性肿瘤筛查和肿瘤个体化用药指导的NGS检测项目.文章将以该中心在NGS检测实践中碰到的问题和积累的经验进行阐述,希望能为相关临床工作的开展提供参考.
-
第二代测序技术在肿瘤诊疗中的应用及其价值与风险
测序技术从第1代发展至今的第4代,读长从长到短,又再由短至长.每一次技术进步都有力地促进了生命科学和临床医学研究的发展.其中高通量测序又称下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术即二代测序技术因其通量大、精确度高且信息量丰富,不同的测序平台在通量、读长、准确度、速度和成本方面各具优势,在基因组从头测序、重测序、转录组及表观遗传学研究中发挥了重要作用.近年来,NGS的数据产出一直呈现出指数增长的趋势,并逐渐应用于个性化医疗和遗传诊断等临床服务.NGS在临床肿瘤的研究与检测中也显示出巨大的市场价值,但是在此背后却同时存在着一定程度的风险,不得不引起我们的重视和警惕.
-
高通量测序在临床分子诊断中的应用与展望
高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病.NGS技术的出现促使临床基因诊断逐渐从单基因时代跨越到多基因时代.随着靶向基因组测序、全外显子组测序以及全基因组测序项目在临床中的广泛应用,医务工作者将逐渐改变对复杂遗传性疾病的管理策略,终将依据遗传学检测结果对每一位患者进行2次分类并给予精准治疗.另外,生物信息学分析方法的不断更新和便捷的数据分析软件包也使NGS在临床诊断中的应用更加广泛.文章中主要论述了现有NGS的主流平台、现阶段NGS在临床分子诊断中的主要应用策略以及应用NGS检测序列变异的数据分析方法.
-
一个Rett综合征合并努南综合征家系的基因诊断
目的:对1例发育迟缓患儿及其家系进行基因检测, 了解其基因突变的类型和遗传模式, 以对其进行临床诊断.方法:提取先证者及其家系成员的外周血DNA, 利用高通量测序技术对先证者进行基因筛查, 结合临床表型资料, 寻找候选基因致病位点, 结合Sanger测序技术对先证者及其家系成员进行致病位点验证.按照美国医学遗传学与基因组学学会 (American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG) 变异分类指南判断致病性.结果:高通量测序结果发现, 先证者MECP2基因、PTPN11基因存在杂合错义变异, 分别为第4号外显子c.398G＞A, p.Arg133His及第3号外显子c.188A＞G, p.Tyr63Cys.Sanger测序结果显示, MECP2基因变异遗传自母亲, 导致Rett综合征;PTPN11基因变异遗传自父亲, 导致努南综合征 (Noonan syndrome, NS).这2个错义变异均为致病性变异, 与先证者及其父母的临床表型相一致.结论:本研究通过高通量测序发现1例发育迟缓患儿存在2个不同基因的致病性变异, 导致同患2种不同的遗传性综合征, 提示遗传性疾病患者中可能同时存在2种或以上的疾病表型, 需加以重视.
-
精准医学时代遗传性疾病的分子诊断
人类基因组计划的完成标志着人类正式迈进基因组时代, 而其得益于测序技术和设备的快速发展, 以及费用的不断下降, 才使针对个人的基因测序成为现实, 人类由此进入精准医学时代.由于人体生殖细胞或受精卵的遗传物质在数量、结构或功能上发生改变 (如基因突变或染色体畸变), 并引起上代向下代传递的疾病, 称为遗传性疾病.遗传性疾病大多属于罕见病, 影响了世界总人口的约10％.迄今为止, 已知的遗传性疾病超过7 000种 (http://www.orpha.net), 且每年仍有260～280种新的遗传病被发现.如何应用分子诊断技术, 特别是测序技术对遗传性疾病进行准确诊断, 已发展为精准医学的一个重要内容, 也是实现这类患者个体化医疗的重要前提.基于患者的临床特点选择合适的检测方法, 进行准确、合理的数据分析和变异解读, 不仅可以提升遗传性疾病的诊断效率, 还可将遗传性疾病的诊断深入到分子水平, 有助于人们认识相关的分子机制, 从而为后续的治疗、管理、遗传咨询制定个性化的方案, 从而满足精准医学时代的疾病诊疗需求.本文将重点讨论现阶段遗传性疾病的分子诊断技术及其临床应用和面临的挑战等.
-
新一代测序技术在临床微生物检测中的应用
1975年, Frederick Sanger等发明了双脱氧链终止法 (Sanger法) 核酸测序技术, 该技术以其高准确率、读长较长的特点在人类基因组计划及相关科研领域的研究中取得了重大成就.然而, Sanger测序成本高、测序速度慢、通量低的缺点限制了其大规模推广应用.基于此背景, 新一代的测序技术应运而生.新一代测序 (next-generation sequencing NGS) 也被称为深度测序、高通量测序或大规模平行测序, 是一组较一代测序通量更高、成本更低、用时更短、自动化程度更高的测序技术, 其主要测序平台目前有Solexa、SOLiD、454等.成本低、高通量的优越性, 使NGS被大规模投入科研及临床应用成为可能.
-
染色体核型分析的技术进展及应用原则
染色体和染色质是同一种物质在细胞周期不同阶段的不同存在形式,是细胞核中重要的组成部分,也是基因的主要载体. 细胞从间期到分裂期过程中, 染色质 DNA 高度螺旋化, 使几厘米长的DNA 形成几微米长的染色体, 其长度约为原来的万分之一. 这种有效的包装方式,使细胞在分裂过程中能够把携带遗传信息的 DNA 以染色体形式平均分配给子细胞, 在细胞从分裂期到间期的过程中,染色体又解螺旋成为染色质.
-
高通量测序技术在寄生虫学中的应用
高通量测序技术具有读长较短和能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定等特征.与传统Sanger测序技术相比,高通量测序技术具有高通量、高分辨率、低成本等优点,极大地促进了测序技术在生命科学研究中的应用.该文对高通量测序技术及其在寄生虫基因组学、转录组学及蛋白组学方面的应用进行综述,讨论高通量测序技术在寄生虫学应用中的发展前景和存在问题.
-
高通量测序技术检测肥厚型心肌病致病基因研究
目的:利用高通量测序技术对肥厚型心肌病(HCM)患者进行基因筛查,并与临床表型相对照,以期对临床诊治HCM提供参考依据.方法:对19例门诊HCM患者进行高通量测序,检测其突变类型并收集临床资料.结果:19例患者中有9例发现基因突变,除2例患者为单磷酸腺苷(AMP)激活蛋白激酶γ2调节亚基(PRKAG2)突变外,大部分基因突变为肌节蛋白基因突变.此外,检测出2例双基因突变患者,涉及PRKAG2与肌球蛋结合蛋白C(MYBPC3)、MYBPC3与 β-重链肌球蛋白(MYH7)双基因突变.基因突变的检出率为47％. MYH7基因突变患者发病年龄相对较轻,心肌肥厚程度较重,2例PRKAG2基因突变患者均有不同程度的心肌肥厚和传导阻滞的表观.结论:高通量测序技术准确、高效,对于HCM致病基因的检测阳性率高,与临床表型相对照,对于HCM的发生、发展以及转归提供了有利的依据.
-
中华按蚊幼虫肠道细菌宏基因组的组成研究
目的 了解野外采集的中华按蚊幼虫肠道细菌的多样性.方法 应用高通量测序技术测定采自上海嘉定稻田(分成两组,即L1和L2)和海南文昌渗出小积水(AS)的中华按蚊幼虫肠道细菌16S rDNA V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha 多样性,以及物种丰度的差异性.结果 本研究获得用于分析的序列和OTU数为253 724/3 930 (L1)、225 203/4312(L2)和73 990/2 380 (AS);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近实际情况.L1、L2和AS等3个样品的丰富度指数分别为5 942.61/6534.88、6 328.17/7 235.89和4 228.66/5 651.20,多样性指数分别为4.63/0.03、5.10/0.02和0.14/3.94.中华按蚊幼虫肠道优势菌种均隶属变形菌门,分别占87％ (AS)和90％(L),除此之外,共有的优势门还有厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门.比较样品L与AS的细菌丰度,发现除变形菌门和异常球菌-栖热菌门外,其余18门均差异显著;样品L1和L2相比,仅9个门差异显著.结论 获得了稻田和海边渗出水环境中华按蚊幼虫肠道细菌的均匀度、丰富度和菌群结构.
-
ACAN基因变异致家族性身材矮小一家系报告
目的 分析家族性矮小家系的临床表型及基因变异特征.方法 回顾1个采用靶向基因高通量测序结合Sanger测序技术确定致病基因的广西壮族地区家族遗传性矮小家系的临床资料.检索相关文献,总结ACAN基因变异患儿的临床表型与基因型的关系.结果 患儿分别为9岁10个月和7岁的两兄弟,身材均矮小;其父母亲身高均为150 cm,非近亲婚配;叔叔和爷爷亦为矮小身材.基因测序证实两兄弟的ACAN基因12号外显子处均存在杂合变异c.6193 delC(p.Gln2065Serfs*27),均遗传自父亲.检索到英文文献11篇,包括本研究在内,在41个家系中发现33个存在ACAN基因致病性变异,包含4个来自中国患儿的变异,但未见中文文献报道.临床表现以特发性矮小为多见,多为家族性遗传,也可散发.部分患儿还合并有骨关节炎、椎间盘突出或退化等症状.大部分患儿骨龄提前,但亦有部分正常甚至落后.予生长激素联合促性腺激素释放激素类似物推迟青春期治疗可有效改善身高.结论 ACAN基因杂合变异可导致儿童身材矮小,具显著的家系遗传特征,其临床特征与基因型不具备特征性联系.
-
Bardet-Biedl综合征1例报告并文献复习
目的 提高对Bardet-Biedl综合征临床表现和致病基因特点的认识.方法 回顾性分析1例确诊为Bardet-Biedl综合征患儿临床、实验室资料及基因检测结果,并复习相关文献.结果 患儿,男,13岁,临床表现有多趾畸形、视网膜色素变性、性腺发育不全、肥胖、智力发育迟缓、肾囊性发育不全、慢性肾功能不全、糖耐量异常、尿道下裂、脂肪肝、贫血、矮小症.高通量测序分析发现患儿BBS2基因存在纯合突变(c.1148_ 1149 dupTC,p.His 384 Serfs* 34),其父母该位点均为杂合子.结论 借助于高通量测序技术,有助于得到明确的Bardet-Biedl综合征分子诊断.该患儿BBS2基因的变异未在HGMD、ExAC及ClinVar数据库中收录,为国内外首次报道.
关键词： Bardet-Biedl综合征 高通量测序 分子诊断 -
高通量测序技术与多重连接探针依赖扩增技术在PMP22全基因分析中的应用比较
目的：探讨高通量测序技术与多重连接探针依赖扩增(MLPA)技术检测周围神经髓鞘蛋白22基因(PMP22)全基因突变中的应用比较。方法收集5例拟诊为腓骨肌萎缩症1型(CMT1)/遗传性压迫易感性神经病(HNPP)患者的外周血标本，采用高通量测序技术进行PMP22基因检测。结果高通量测序技术检测的基因全长捕获测序分析发现PMP22基因缺失突变1例，重复突变3例，所得结果与MLPA检测结果一致；点突变1例与一代测序(Sanger测序)结果一致。结论应用高通量测序技术不仅能准确检测出PMP22基因点突变，还能检出外显子缺失和重复突变，为CMT1和HNPP患者的早期诊断、鉴别诊断、预后判断及产前诊断提供遗传学帮助，成为一站式PMP22基因检测平台。
-
前列腺癌与精准医学
当精准医疗的理念遇到后人类基因组计划时代,前列腺癌的临床诊疗迎来了"再解读"和"新导向"的绝佳机遇.前列腺癌作为男性肿瘤的头号杀手,其按传统理念治疗的效果提升或遇瓶颈、或待突破,而按精准医疗理念治疗初现成效.通过精准医疗手段对患者进行临床再分型,对前列腺癌经典的雄激素剥夺治疗(ADT)、化学治疗乃至放射治疗策略具有潜在的优化价值;当前列腺癌的传统治疗渐失效果时,前列腺癌分子分型图谱的描绘和靶向治疗的开发有望成为新的突破点;与此同时,精准医疗的探索还促使免疫环境改造、肿瘤新抗原预测以及类器官培养等新型治疗理念进入前列腺癌的研究领域.精准医学正在"加速"走进人们视野,未来在前列腺癌诊疗中或将具有广阔的应用前景.然而,现阶段肿瘤精准医疗的投入与获益比仍远低于大众的心理预期.同时,与诸多新兴理念一样,精准医疗背后潜在的巨大市场不可避免滋生了过热的商业宣传.在这种现状下,科研工作者与临床医患双方充分沟通、合作,以及政府卫生管理部门对行业的规范和引导,是保证精准医疗造福人类健康正确前行方向的必由之路.
-
靶向基因高通量测序技术诊断儿童基因组病的可行性研究
目的·对10例临床怀疑基因组病的患儿进行临床分子诊断,初步探讨靶向基因高通量测序技术检测拷贝数变异(CNVs)的可行性.方法·对患儿进行外周血DNA靶向高通量测序,通过生物信息学分别分析其基因组CNVs,确定致病CNVs位点及大小,同时使用染色体基因芯片技术作为对照方法检测CNVs.结果·靶向测序分析结果表明:在其中1个患儿基因组的17号染色体q25.1-q25.3区域存在9 345 kb的重复(3个拷贝),而另1个患儿基因组中存在15号染色体q11.2-q13.1区域的8 232 kb的杂合缺失,其余8例患儿基因组未见可疑CNVs.染色体基因芯片检测结果与高通量测序结果相比高度一致.结论·借助于分子诊断技术,2名患儿被确诊为基因组病.临床应用靶向基因高通量测序技术检测CNVs完全具有可行性.
