欢迎来到360期刊网!
学术期刊
  • 学术期刊
  • 文献
  • 百科
电话
您当前的位置:

首页 > 文献资料

  • 两种方法分离免疫细胞用于高通量测序TCR组库分析的比较

    作者:黄红艳;王小利;周心娜;张彦斌;李莎;任军

    目的 探讨两种方法分离免疫细胞进行高通量T细胞表面的T细胞变体(TCR),组库分析的区别及可行性.方法 分别采用免疫磁珠分选纯化CD3阳性T细胞和Ficoll-Paque梯度离心法分离外周血淋巴细胞的方法制备TCR测序所需样品各1例,提取DNA后多重聚合酶链式反应(PCR)扩增CDR3区域,将扩增得到的PCR产物纯化后构建免疫组库,进行高通量测序及生物信息学分析.结果 两种方法获得的免疫细胞提取DNA后均能够满足TCR免疫组库建库需要,高通量测序结果显示互补决定簇3 (CDR3)区域长度呈高斯分布,来自健康志愿者的TCR具有丰富多样性,肿瘤患者TCR多样性呈寡克隆分布.结论 纯化的T细胞或者直接分离得到的淋巴细胞均可用于免疫组库构建及后续TCR CDR3受体库高通量测序分析,TCR CDR3多样性可能直接反应机体免疫状态.

  • 胚胎停育和人流后组织中基因变化分析

    作者:李妺;南芳芳

    目的:通过运用高通量测序技术来研究染色体异常所导致的流产遗传机制,并探寻胚胎停止发育和绒毛组织中染色体发生异常的相关危险因素,有利于科学的干预、指导育龄期女性出现胚胎停止发育的现象.方法:采集发生胚胎停育的94名患者的流产后绒毛组织(2017年5月至2018年5月,山东省东营市胜利石油管理局胜利医院妇科),标本培养后运用高通量测序技术对染色体进行核型分析.结果:收集标本全部培养成功,检测结果中染色体结构异常5例;染色体数目异常37例;异常核型49例.结论:染色体异常是导致胚胎停育的重要原因.及时发现并治疗,对优生优育有重大意义.

  • 高通量基因测序技术在自然流产遗传学分析中的应用

    作者:蔡莉蓉;戚红;祝建疆;杨锴;陈佳靓;曾雯;闻小慧;玄兆伶;肖飞

    目的 初步探讨高通量测序技术在自然流产绒毛遗传学分析准确性和异常核型检出率中的作用. 方法 采用高通量测序和生物信息分析技术,选取常规染色体核型分析结果为46,XY的自然流产绒毛样本进行检测,比较两种检测结果的一致性及差异. 结果 (1)常规染色体核型分析技术:14例样本染色体核型分析结果均为46,XY.(2)高通量测序技术:14例样本染色体核型均为46,XY,有拷贝数变异(CNV)改变的占43%(6/14),能检测到250 kb~16.5 M染色体片段的改变.(3)通过两种检测方法的比较,发现高通量测序技术检测时间短,对染色体结构异常有更高的检出率. 结论 高通量测序技术更敏感、高效,具有更高的染色体异常检出率.可作为常规染色体核型分析的补充检测手段.

  • 基于高通量测序的黑胸大蠊转录组分析

    作者:齐润姿;高雪萌;魏丹丹

    目的 利用转录组技术获得非模式生物黑胸大蠊的大量转录组数据,为今后开展分子生物学研究打下基础.方法 利用Illumina测序技术对黑胸大蠊Periplaneta fuliginosa进行转录组测序.测序结果取阈值e≤10-10在Swiss-Prot、NR、KEGG、COG、GO和Pfam等公共序列数据库进行比对.结果 获得黑胸大蠊转录组信息数据量13.63 G,39576个unigene,总长度32 297 597 bp,长27 693 bp,平均长度816 bp.共获得61 167个注释结果.发现黑胸大蠊单核苷酸的多态性位点(SNP)置换33 955个,颠换16 561个,找到2 666个微卫星序列.结论 数量巨大的转录组信息为黑胸大蠊新基因的克隆和基因组学研究提供了有价值的信息.

  • 高通量测序在稽留流产绒毛组织染色体检测中的应用分析

    作者:熊英;谭世桥;吕康模

    目的:应用新一代高通量测序技术对稽留流产患者绒毛组织染色体进行分析,为临床诊治提供依据.方法:选择本院行手术终止妊娠的稽留流产患者作为研究对象,收集绒毛组织标本-80℃保存,解冻检测DNA总量和浓度.构建并获得全基因组重测序文库行Illumina HiSeq平台测序.将高通量测序所得数据进行生物信息学分析,获得染色体拷贝数变异数据,分析稽留流产患者染色体特点.结果:共检测成功54例稽留流产患者绒毛组织,检测成功率88.5%,染色体异常检出率77.8%(42/54).其中染色体数目异常31例(73.8%,31/42),主要为非整倍体数目异常,1例同时有15和18三体异常;染色体结构异常11例(26.2%,11/42).染色体非整倍体检出率57.4%(31/54),其中以X染色体单体(22.6%)及16号染色体三体为常见(22.6%).染色体双三体1例(1/54).结论:在稽留流产绒毛组织中染色体异常占较大比例,异常多为非整倍体,其中近50%是X染色体单体及16号染色体三体.高通量测序技术不仅可以检测染色体数目和结构异常,还可以检测100kb染色体片段的微缺失和微重复,具有较好的技术优势.

  • 转录组测序技术在癫痫中的应用

    作者:卢倩;邹丽萍

    转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术作为一种新兴的测序方法,利用高通量测序平台,对特定状态下的细胞内全部RNA进行测序分析,揭示不同物种的基因表达情况以及转录调控的规律.癫痫发病原因复杂,即使具有相同突变基因的癫痫患者,临床表现严重程度不同,提示存在额外的影响因素,RNA-seq技术通过对差异表达基因的分析,在癫痫病因的研究中发挥重要的作用.文章主要介绍RNA-seq技术与其他测序技术的比较以及不同的RNA-seq技术平台特点,并叙述RNA-seq技术在癫痫中的应用.

  • 高通量测序在新生儿遗传性疾病诊治中的应用进展

    作者:王晖

    高通量测序技术是近些年发展起来的新型DNA测序技术,对于新生儿遗传性疾病的诊治具有明显的优势.因此本文对近些年关于高通量测序在新生儿遗传性疾病诊治中的应用进展进行综述,以期提高临床新生儿遗传性疾病的整体医疗水平.

  • 新一代测序技术在肿瘤精准医学中的应用

    作者:王旭东;鞠少卿

    精准医学依据全基因组测序数据及其他相关分子信息与个人疾病状态资料,可更好地诠释疾病发生的分子机理,进而为开发靶向药物和实现精准用药做准备.目前,精准医学的理念将首先在临床肿瘤诊治中应用,人们可根据导致疾病的潜在分子和相关因子对疾病进行诊断和分类,实现“同病异治”和“异病同治”的临床治疗策略.此外,新一代测序技术也将成为临床肿瘤诊治中的不可或缺的技术;同时,还需进一步完善相应的管理政策,以达到临床应用规范化管理的目的.

  • 高通量测序技术在五类疾病分子诊断中的应用及质量管理策略

    作者:鲍芸;肖艳群;王华梁

    高通量测序技术(high-throughput sequencing)又称下一代测序(next generation sequencing,NGS)能一次并行对成千上万个基因进行测序,极大地提高了DNA测序效率并降低了成本.近年来,NGS在医学研究和临床诊断中的应用日益广泛,在无创产前筛查,肿瘤筛查、诊断和治疗,微生物病原体检测,遗传性疾病的筛查与诊断及器官移植排斥筛查等多个领域具有广泛的应用前景.NGS技术作为一项新兴技术,在相关临床应用中也存在诸多问题,其质量管理体系尚不完善,还面临许多挑战,需要医学实验室和相关部门共同努力,以促进NGS在临床诊断中规范开展.

  • 土荆芥对幽门螺杆菌感染小鼠肠道菌群多样性的影响

    作者:史宗明;于靖;黄秋月;王灼慧;杨闪闪;张学智

    目的 观察幽门螺杆菌(HP)诱导小鼠胃炎模型肠道菌群结构和丰度的变化.获取盲肠内容物进行测序分析,通过分析肠道菌群结构的改变探究长期服用土荆芥提取物对小鼠的影响.方法 雄性昆明小鼠30只,随机分为空白组10只、模型组10只,土荆芥组10只.幽门螺杆菌感染成模后给药4周,同一时间取各组小鼠的新鲜直肠粪便.在Illumina HiSeq PE250高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S rDNA-V3-V4区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析.结果 在门水平,幽门螺杆菌感染模型组拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、软壁菌门、放线菌门相对丰度降低,厚壁菌门相对丰度升高,与空白组和土荆芥组均有明显差异;在属水平,模型组乳杆菌属、双歧杆菌属相对丰度降低,拟杆菌属、瘤胃球菌属、颤杆菌和理研菌属、肠球菌属、肠单胞菌属等相对丰度升高.土荆芥组肠单胞菌属和理研菌属相对丰度升高,肠球菌属相对丰度降低.结论 HP的定植会显著改变肠道菌群结构,肠道菌群的丰度和多样性降低,HP感染胃炎的发病过程可能与益生菌群减少,有害菌群增加有关.土荆芥干预可以改善HP感染对肠道菌群的影响,增加菌群多样性.

  • 基于本草基因组学应用流式量测序技术检测人参基因组大小

    作者:张小燕;刘志香;廖保生;肖水明;徐江;盛玮

    人参(Ginseng)是五加科植物人参(Panax ginsengC.A.Mey.)的干燥根和根茎.由于其基因组数据的缺乏制约了人参基础研究和产业发展.本实验以水稻(Oryza sativa ssp.Nipponbare)和大豆(Glycine max (L.) Merrill)为内参,通过流式细胞术检测人参基因组大小约为3.42 Gb;同时,分别构建人参基因组插入片段大小为250 bp和500 bp的鸟枪法(shotgun)文库,利用Illumina HiseqXTen平台进行双端PE 150高通量测序,过滤原始测序数据后获得183.82 Gb高质量数据,K-mer分析法预估人参基因组大小为3.35 Gb,测序深度为54.87 X.本研究采用流式细胞术结合K-mer分析法测定人参基因组大小,为人参全基因组测序以及本草基因组学的研究提供基础数据.

  • 濒危药用植物新疆阿魏cDNA文库构建与微卫星标记

    作者:王果平;樊丛照;罗红梅;季爱加;宋骏;李晓瑾

    目的:测试和分析新疆阿魏转录组,挖掘基因表达谱多态性标记(EST-SSRs),为新疆阿魏属植物遗传多样性、生物学特性、功能基因鉴定和濒危机制的研究奠定基础.方法:提取新疆阿魏茎叶总RNA,反转录合成cDNA,应用454 GS FLX Titanium进行测序,并对其序列进行拼接,获得一致性序列(UniqueSequences);使用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体,采用Primer 5及SSR Hunter软件设计引物并进行PCR扩增.结果:高通量测序获得新疆阿魏ESTs序列550 200条,经拼接得到60 248条Unique Sequences,从中发现1916个EST-SSRs,平均每100kb出现3.18个SSR,其中二核苷酸多,GA重复常见,随机挑选5条序列扩增及测序结果表明,80%的SSR位点与Sanger测序结果一致.结论:通过转录组测序首次获得新疆阿魏EST-SSRs,为新疆阿魏生物学特性及濒危机制研究奠定了基础.

  • 大柴胡汤对冠心病不稳定型心绞痛血清Ghrelin和Obestatin的表达及肠道菌群构成的影响

    作者:陈维;孟宪萌;关乐;王凤荣

    目的:考察大柴胡汤对冠心病不稳定型心绞痛(UA)患者的治疗靶点,预测其对心绞痛治疗作用的通路.方法:进行前瞻性研究,患者共计110例,均为辽宁中医药大学附属医院心内一科2016年9月至2017年9月收治的患者,将人选的患者按照入院先后顺序排序,采用随机数字表达法分为治疗组与对照组,各55例,分别采用基础西药加大柴胡汤(治疗组)及基础西药(对照组)进行治疗.通过对纳入本研究患者的胃饥饿素(Ghrelin)及肥胖抑制素(Obestatin)表达水平及肠道菌构成进行分析.结果:经过基础治疗配合大柴胡汤,UA患者的总有效率大幅提高(P<0.05);结果提示,大柴胡汤可以明显的改善 UA患者的临床症状,同时,进一步对患者的Ghrelin,Obestatin表达情况进行测定发现,大柴胡汤治疗组对UA患者Ghrelin的上升和Obestatin的下调均起到了加速的作用;肠道菌群构成的结果提示,大柴胡汤可使UA患者的拟杆菌门(Bαcteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)两种细菌的构成会发生了变化.结论:大柴胡汤可以显著的影响UA患者的血清Ghrelin,ObeStatin表达,可调节UA患者的肠道菌群,并增加患者有益菌的种类与丰度.

  • 基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生真菌的多样性

    作者:刘蓬蓬;陈江宁;贾天柱

    目的:分析黄芪内生真菌群落多样性,为筛选菌种进行发酵炮制转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据.方法:应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定黄芪内生真菌的18S rDNA NSl-Fung区域序列并进行物种丰度等生物信息分析.结果:获得有效序列29 677条,操作分类单元188个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理.黄芪内生真菌主要分布于驼孢锈菌属(Hemileía),赤霉菌属(Cibberella),粪盘菌属(Ascobolus ),假裸囊菌属(Pseudogymnoascus)和曲霉属(Aspergillus)共5个属.结论:黄芪内生真菌群落多样性较低,hemileia和Gibberella是黄芪内生真菌的优势种群.

  • 高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络

    作者:廖江铨;王阶;刘咏梅;段练;陈光

    目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制.方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱.对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和starBase靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因.在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证.结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关.功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关.共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系.CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点.Real-time PCR结果验证了上述结果.结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础.

  • 蝉花内生真菌多样性分析及菌株分离鉴定

    作者:史晓飒;张洪梅;刘腾飞;刘自尧;史新元

    目的:探讨蝉花内生真菌的多样性,明确蝉花的寄生菌.方法:采用Illumina Miseq对江苏蝉花内生真菌进行多样性分析,采用传统分离培养法对蝉花内生真菌进行纯种分离培养,并用克隆测序对DNA的ITS序列进行测序,通过和NCBI数据库比对确定菌种.结果:Illumina Miseq测序Alpha多样性结果显示,Chao指数为11,Shannon多样性指数为0.313,Simpson多样性指数为0.891;OTU的数量为11个.蝉花内生真菌11个OTU均为蝉棒束孢属(Isaria).通过传统分离培养法,分离得到菌株JS01,通过克隆测序与NCBI比对,结果显示菌种为大蝉草.结论:江苏茅山蝉花内生真菌丰富度较低,多样性较少,蝉花的寄生真菌为大蝉草.

  • 黄腻苔舌面菌群门与属水平上的差异性研究

    作者:齐城成;李伟;丁成华;孙悦;王河宝

    目的:利用Illumina Miseq测序技术探究病理黄腻苔、生理黄腻苔及健康薄白苔之间舌苔菌群门与属水平上的差异性.方法:采集病理黄腻苔、生理黄腻苔和健康薄白苔样本各50例,归为3组.对3组舌苔样本提取总DNA,并筛选出12份病理黄腻苔样本、12份生理黄腻苔样本及11份健康薄白苔样本,共35份,以Illumina Miseq PE300为测序平台进行高通量测序,并对测序数据进行处理和分析.结果:对35份样本的测序数据进行统计后共得到1 282 089条优质序列,全部样本的平均序列读长为443.35bp.与数据库进行比对后确定分属于12个门、23个纲、39个目、66个科、133个属、246个种的细菌.3组样本的群落构成有一定相似性,在门水平上有厚壁菌、变形菌、梭杆菌、放线菌和拟杆菌5种相同优势菌门;在属水平上有普雷沃菌-7、奈瑟氏菌、韦荣球菌和链球菌等13种优势菌属.但3组样本在门、属水平上优势菌群组成存在差异.结论:变形菌、放线菌、奈瑟氏菌、韦荣氏菌和嗜血杆菌可能是导致黄腻苔形成并区别于健康舌苔的菌群,同时变形菌、奈瑟氏菌、韦荣球菌可能是区分生理与病理黄腻苔的关键菌种,而生理黄腻苔与健康舌苔在群落结构上无显著差异.

  • 基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究

    作者:吴琼;段小群;陈旭;肖培根

    目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究.方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences).用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体;采用PRIMER3设计扩增引物.结果:高通量测序获得红豆杉81 148条ESTs,经拼接得到20 557条unique sequences,从中发现了753个EST-SSRs.依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物.在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5%的序列与Sanger测序结果一致.结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础.

  • 人参根际真菌群落多样性及组成的变化

    作者:董林林;牛玮浩;王瑞;徐江;张连娟;张军;陈士林

    连作障碍导致人参减产减收,影响人参产业的可持续发展.土壤真菌群落参与关键生态过程,其多样性及组成的变化与连作障碍相关.该研究采用高通量测序技术,分析人参根际土壤真菌群落多样性及组成的变化,阐述人参栽培模式对根际微生态的影响,为克服连作障碍提供策略.与森林土壤相比,人参根际土壤微生物多样性增加,且随着种植年限的增加,多样性增加趋势下降;真菌群落Sordariomycetes,Alatospora,Eurotiomycetes,Leotiomycetes,Saccharomycetes,Mucorales,Pezizomycetes的丰度增加.皮尔森相关分析表明,土壤理化指标影响人参根际真菌群落的丰度,pH与Dothideomycetes和Alatospora的丰度显著相关,有效钾含量与Dothideomycetes,Alatospora,Mucorales的丰度显著相关,土壤总氮含量与Sordariomycetes,Mucorales的丰度显著相关.结果表明,施肥是影响人参根际微生态的关键因素之一,优化施肥体系是克服人参连作障碍的有效途径之一.

  • 五产区牡丹根际及根内放线菌研究

    作者:王雪;管玉鑫;丁东玲;位诗棋;刘辉;郑艳

    采用高通量测序技术研究了牡丹皮五产区采收期牡丹根际及根内放线菌多样性.测序获得的129 954条优质序列分为1 754个可操作分类单元,其中从根际土壤中获得的1 311个OTU检出放线菌4纲、4目、27科、67属,Ilumatobacter等33属在五产区根际土壤中均有分布,Longispora等3属仅分布于道地产区,Mycobacterium,Nocardioides,Streptomyces为根际放线菌优势属.根中获得的443个OTU检出放线菌3纲、3目、24科,50属,Cryptosporangium等13属在五产区根中均有分布,Planosporangium,Luteococcus仅分布于道地产区,Nocardioides为根内放线菌优势属.Alpha多样性分析得到毫州、南陵、铜陵产区根际放线菌多样性指数(Chaol,Shannon指数)大于菏泽、洛阳.PCoA分析表明铜陵、南陵产区根际放线菌以及铜陵和洛阳产区根内放线菌组成较为接近.Heatmap显示铜陵、南陵、亳州产区根际放线菌系统发育相似,铜陵、洛阳、南陵产区根内放线菌相似.研究表明牡丹根际、根内放线菌种群组成多样,道地产区根际放线菌系统发育相似性较高.

359 条记录 1/18 页 « 12345678...1718 »

360期刊网

专注医学期刊服务15年

  • 您好:请问您咨询什么等级的期刊?专注医学类期刊发表15年口碑企业,为您提供以下服务:

  • 1.医学核心期刊发表-全流程服务
    2.医学SCI期刊-全流程服务
    3.论文投稿服务-快速报价
    4.期刊推荐直至录用,不成功不收费

  • 客服正在输入...

x
立即咨询