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胎儿常见染色体非整倍体无创基因检测结果分析与遗传咨询
目的 探讨无创基因检测技术在胎儿常见染色体非整倍体中的临床应用价值.方法 应用高通量测序对7050份孕妇外周血浆进行胎儿21三体、18三体和13三体检测分析.结果 7050份样本中,发现常染色体非整倍体阳性57例(0.81％),其中3例为假阳性,其余6993例阴性结果出生后随访,未发现21三体、18三体和13三体患儿.无创基因检测的敏感性为100％,特异性为99.96％.结论 无创基因检测技术用于胎儿常染色体非整倍体的检测有较高的准确性,提高了产前筛查与诊断的效价比,降低了漏筛率.
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重庆地区健康献血人群血液宏基因组分析与新发病原体鉴定
目的 了解重庆地区健康无偿献血人群的微生物组,并调查可能存在的新发/再发病原体的流行情况,本研究利用深度测序的方法对重庆地区5 000人份健康无偿献血者标本进行了宏基因组学分析,以鉴定其中的新发/再发病原体.方法 提取5 000人份血浆核酸总DNA,经随机引物扩增后,建库上机深度测序,用本课题组开发的KrakenPy软件分析宏基因组数据,并确定其中的微生物组,鉴定可能存在的新发/再发病原体.结果 通过深度测序将获得的1.23 Gb的数据,其中包括2 146 844个有效读长,去人类DNA背景后,结果显示属于细菌的片段47条,属于病毒的片段21条,属于寄生虫的片段333条.主要的病原体是刚地弓形虫(Toxoplasma gondii),其次是欧猥迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei),仅发现少量指环病毒科(Anelloviridae)的病毒成员如扭转病毒Torque teno virus等.另外,我们还发现在欧美发达国家已经被认为是能够造成输血安全威胁的病原体DNA片段,如疟原虫(Plasmodium spp.),婴儿利什曼原虫(Leishmania infantum)等.结论 本研究结果显示了重庆地区健康无偿献血人群的微生物组结构,同时也揭示了这些健康献血者有可能携带的新发/再发病原体,提醒采供血系统工作者应结合当地新发传染病流行情况,合理的制定疫区或是传染病流行季节的筛查模式和献血者招募策略.另外,对于这些潜在风险也不必过于惊慌,因为这仅是微生物基因组片段结果,不代表该病原体仍具有感染性.
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病毒宏基因组学与输血安全
研究血液病毒组学对监测流行病和保障临床输血安全十分重要.目前,全国采供血机构已经全面检测可经血传播的常见病毒(HBV、HCV和HIV),但是受血者仍有可能感染其他已知或未知的病毒,尤其是大部分受血者在接受输血时正处在免疫力低下的状态,这使他们更容易受病毒的侵染从而导致严重的后果.为了预防输血传播某些未受监控的病毒,采供血机构实行一些措施,比如排除高危行为献血者、制备去白细胞的血液制品以及对血液制品进行物理或化学手段的病毒灭活处理.但是迄今为止,并没有1种对所有血液制品都通用,以及对各种类型的病毒都有效的病毒灭活方法,比如对病毒核酸有破坏作用的病毒灭活方法,对无包膜的病毒灭活效果却不理想,而且不能对含有高病毒载量的血浆制品进行彻底灭活.因此,我们需要1种可以发现可能影响输血安全的未知病毒的方法.病毒宏基因组学结合了高通量测序技术,被认为是鉴定和监测血液中可能存在的已知和/或未知病毒的有前景的方法.
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早产小鼠胎盘差异表达基因谱的建立及分析
目的:通过筛选早产小鼠胎盘的差异表达基因(DEGs),探讨早产相关因子和早产分子机制.方法:性成熟Balb/c小鼠按雌∶雄比例2∶1合笼交配,妊娠第15.5天随机分为两组(早产模型组6只,对照组6只),分别予子宫注射脂多糖(LPS)或无菌磷酸缓冲盐溶液(PBS),6小时后处死小鼠并取出胎盘组织.随机挑选对照组胎盘3个和LPS早产模型组胎盘4个,采用RNA测序技术筛选胎盘差异表达基因,并进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析.结果:检测到早产差异表达基因508个,其中高差异表达基因353个,低差异表达基因155个.主要的炎症相关的基因有:核因子κB(NF-κB)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白介素34(IL-34)、核苷酸结合寡聚化结构域2(NOD2)、信号转导及转录激活因子(STAT2、STAT3)、酪氨酸蛋白激酶3(JAK3)、促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶(MAPKKK)、血管生长因子(VEGF)、基质金属蛋白(MMP)1、8、10、12、干扰素γ(IFN-γ)和趋化因子(CxCL1、Cx3 CL、CCR2、CxCl2).而常见的早产相关炎症因子IL-1β、IL-6表达并未见上调.GO功能注释分析显示差异表达基因主要参与免疫调节、器官组织发育、细胞分化等生物进程.KEGG通路分析提示早产差异表达基因富集于NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路.结论:早产小鼠胎盘差异表达基因在Go和KEGG通路上显著富集,主要集中在免疫系统进程,并通过NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路等激活炎症反应,导致早产的发生.
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利用高通量转录组测序对肺鳞癌基因型的研究
背景与目的 目前尚无有效的靶向药物用于肺鳞癌的临床治疗,在肺腺癌中有效的靶向药物却无法让鳞癌患者获益,而研究者对肺鳞癌的靶点知之甚少.本研究重点筛选并鉴定肺鳞癌的特异关键基因,为肺鳞癌的治疗提供新的靶点.方法 转录组测序检测5例肺鳞癌患者的配对肺癌组织及正常肺组织样本,使用生物信息学分析筛选两组之间的差异编码基因,进而应用实时定量PCR验证关键差异基因在肺癌细胞系的表达情况.结果 转录组测序结果显示,与正常肺组织相比,肺鳞癌组织上调的差异基因数目为534条.位于前十位肺癌组织高表达的基因包括GAGE12J、SPRR3、PRAME、SPRR1A、SPRR2E、MAGEA3、SPRR1B、IL36G、TMPRSS11D和SPRR2D.进而于不同生物特征的肺癌细胞系H520、GLC82、A549、H1299及PC9验证SPRR家族表达状态,我们发现在淋巴结转移细胞系H1299处于高表达水平.结论 高通量转录组测序筛选到肺鳞癌异常高表达基因SPRR家族,此家族与肺癌淋巴结转移相关,为肺癌的靶向治疗提供了新的思路.
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基于高通量测序技术研究慢性牙周炎患者龈下刮治和根面平整术治疗前后龈下菌群的变化
目的 采用基于16S核糖体DNA(rDNA)的高通量测序技术,分析10例慢性牙周炎患者接受龈下刮治和根面平整术(SRP)治疗前后龈下菌斑多样性及相对丰度的变化,探讨应用微生物群落的构成变化作为牙周炎诊断及预后评估指标的可行性.方法 选择2014年3—9月在首都医科大学附属北京口腔医院牙周科就诊的10例慢性牙周炎患者作为研究对象,在SRP治疗前及治疗后3个月分别在研究对象的同一位点采集龈下菌斑样本,提取样本基因组DNA,采用Illumina Miseq平台测序,分析各组样本从门到种各水平的菌群分布及相对丰度.结果 在门水平上,共检测到16个菌门,有8个门的细菌在牙周龈下菌斑菌群结构中占主要地位(99%);在属水平上,共检测到128个不同菌属,SRP治疗后3个月坦纳菌属(Tannerella)的相对丰度较治疗前明显降低(P<0.05),纤毛菌属(Leptotrichia)和链球菌属(Streptococcus)的相对丰度较治疗前明显上升(P<0.05);在种水平上,6种牙周可疑致病菌被检出,SRP治疗后3个月福赛坦纳菌(Tannerella forsythia)和中间普氏菌(Prevotella intermedia)的相对丰度较治疗前明显减少(P<0.05).结论 慢性牙周炎患者龈下菌群具多样性,SRP治疗前后,牙周可疑致病菌的相对丰度降低,而有益菌的相对丰度升高,SRP治疗可以明显改变龈下菌群构成.
关键词： 慢性牙周炎 龈下刮治和根面平整术 高通量测序 -
口腔鳞状细胞癌组织中差异微小RNA/mRNA表达谱的对接研究
目的：构建分析口腔鳞状细胞癌（OSCC）中差异表达的微小RNA（miRNA）和mRNA表达谱，初步预测与OSCC发生和发展相关的miRNA和mRNA。方法运用高通量深度测序技术构建miRNA和mRNA表达谱，通过Gene Ontology功能显著性富集分析预测与OSCC细胞周期、增殖、分化和凋亡相关的miRNA和mRNA。结果共发现77个miRNA和1 298个mRNA显著性差异表达，富集分析显示与OSCC细胞周期、增殖、分化和凋亡相关的miRNA共73个，且一个miRNA可调控多个mRNA。结论 OSCC中差异表达的miRNA和mRNA对OSCC的发生和发展有潜在的作用。
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利用比较基因组学快速鉴定大肠埃希菌噬菌体耐受基因
噬菌体是解决致病菌多重耐药性问题的佳选择之一,然而噬菌体的宿主特异性使得噬菌体的裂解谱有限,因此研究噬菌体宿主特异性对于噬菌体治疗应用具有重要意义.本研究通过筛选大肠埃希菌宿主菌BL21噬菌体IME253的耐受菌,结合对敏感菌和耐受菌的高通量测序,分析基因组差异,预测噬菌体耐受相关基因,发现耐受与外膜受体蛋白FepA有关.然后利用向导CRISPR/Cas9切开敏感菌epA基因,同时利用Red同源重组系统无痕敲涂fepA基因,证明fepA基因敲除可以导致细菌BL21对噬菌体IME253耐受.本实验利用比较基因组学分析平台,建立了一种宿主耐受噬菌体的分析方法,并且利用CRIPSR无痕敲除技术来验证耐受相关基因,为噬菌体治疗提供理论基础.
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成都地区中老年人肠道菌群与其血糖、血脂代谢关系的初探
目的 调查成都地区中老年人肠道菌群组成与其血脂、血糖代谢间的可能关系.方法 于2016年11月在成都市纳入51例中老年人,收集其血液及粪便样本,测定其血糖、血脂,使用Illumina高通量测序技术对粪便样本中肠道菌群的丰度、多样性及菌种组成进行详细分析.结果 受试中老年人粪便细菌主要为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门、放线菌门、疣微菌门.高血糖受试中老年人的粪便细菌多样性(Shannon指数)低于血糖正常的受试中老年人(P＜0.05),但是Shannon指数和血脂无明显关系.在粪便细菌门水平上:变形菌门、拟杆菌门分别在高血糖的中年、老年女性受试者粪便中的比例高于血糖正常受试中年、老年女性(P＜0.05).在粪便细菌属水平上:粪杆菌在高血糖受试中老年人粪便中的比例降低(P＜0.05),且其丰度与血糖水平呈负相关(r=-0.278,P=0.048);普氏菌属、帕拉普氏菌属在高血脂组的比例降低(P＜0.05),且均与血脂水平呈负相关(r=-0.357,P=0.10;r=-0.365,P=0.008).结论 不同血糖、血脂水平的中老年人其肠道菌群的构成和数量存在显著差异,表明肠道菌群与中老年人血糖、血脂代谢可能有着密切的关系,在中老年人血糖、血脂相关疾病的预防及治疗中可能有重要意义.
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高通量测序研究种植体周围炎龈下微生物多样性
目的 利用高通量测序,研究口腔种植体周围炎龈下微生物的多样性,为种植体周围炎微生物学病因的研究提供思路.方法 刮取种植体周围炎患者(D组)及正常种植修复患者(N组)龈下菌斑,利用Illumina Miseq测序平台,对16S rRNA V4区进行双端测序;通过Mothur等软件进行群落结构的多样性分析.结果 9个样本总测156 507条序列,共4 402个操作分类单位(OTU);在D组中的优势菌属为:新月形单胞菌属(Selenomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)及梭杆菌属(Fusobacterium)等,在N组中的优势菌属为:梭杆菌属、韦荣球菌属(Veillonella)及链球菌属(Streptococcus)等;PcoA检测显示两组微生物群落结构差异明显.LEfSe检测发现,在门、纲、目、科及属的水平上,两组均具有差异.结论 种植体周围炎的发生发展不仅是牙周炎相关致病微生物的作用,而且与口腔微生物群落结构中菌属的变化有关;密螺旋体属(Treponema)、草螺菌属(Herbas pirillum)、Butyricimona及Phaeobacter等菌属在种植体周围炎及健康患者中存在差异,提示它们可能与种植体周围炎的发生发展密切相关.
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NGS与常规筛查对地中海贫血基因筛查的结果比较
目的 比较高通量测序技术(NGS)与常规筛查方法对地中海贫血基因的筛查效果.方法 以进行孕前或孕期检查的405例广东籍夫妇为研究对象,分别采用高通量测序(NGS)技术(观察组)和常规筛查方法(对照组)进行地中海贫血基因筛查,比较两组的检出率、符合率及经济效益.结果 通过常规检测、NGS及双脱氧链终止法(Sanger测序)或实时定量基因扩增荧光检测系统(Q-PCR)检测,共确认249例基因检测为阳性,其中α-地贫血基因168例(67.47％),β-地贫基因72例(28.92％),α,β-地贫基因9例(3.61％).其中对照组检出221例(88.76％),研究组检测出247例(99.20％).研究组检测23种常规地贫基因的结果与对照组基本一致,但研究组还检测出25例对照组未检测出的7种基因突变类型,与Sanger或Q-PCR验证结果完全一致.观察组基因检测耗时明显长于对照组,费用显著高于对照组(P＜0.05).结论 NGS可提高地中海贫血基因的检出率,筛查范围广,效率高,有利于临床地中海贫血基因的筛查.
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正常足月儿母亲胎盘菌群检析
目的 探讨正常足月儿母亲胎盘菌群的结构和组成.方法 采集足月经阴道正常分娩的胎盘组织3份,应用组织DNA提取试剂盒提取胎盘组织菌群的DNA,用16SrRNA基因的高通量技术对样本进行测序,并对测序结果进行分析.结果 在细菌门水平,5个菌门被检测出,即变形杆菌,未分类细菌门,放线菌门,厚壁菌门和拟杆菌门.大部分序列属于变形杆菌门,在胎盘组织中相对含量超过90％.在细菌属水平,有24个细菌属被检测到,主要属于变形杆菌门、放线菌门及厚壁菌门.胎盘中以变形杆菌门中的盐单胞菌属、Pelagibacterium和未分类的叶杆菌属为主.胎盘中也能检测到放线菌、大肠杆菌、志贺氏菌、单胞菌、多形杆状菌、链球菌、克雷伯氏菌、双歧杆菌、梭菌和葡萄球菌等.结论 正常足月儿胎盘组织中有较丰富的细菌定植.
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过敏性紫癜患儿肠道菌群结构及多样性研究
目的 探讨过敏性紫癜(HSP)患儿的肠道菌群结构及多样性变化和粪便菌群与黏膜菌群结构及多样性的差异.方法 收集47例过敏性紫癜患儿粪便样本和其中7例腹型患儿的结肠黏膜样本,以11例健康儿童粪便样本为对照,采用试剂盒提取法提取样本DNA并进行高通量测序,对测序结果进行生物学信息分析.结果 HSP患儿与健康儿童粪便菌群存在结构差异,在门水平两组均以厚壁菌门(47.10%、57.75%),变形菌门(23.04%、10.13%),拟杆菌门(22.81%、21.74%)为主要优势菌群,在科水平,均以肠杆菌科(17.60%、8.72%)、拟杆菌科(18.90%、21.65%)、瘤胃菌科(16.44%、28.93%)、毛螺菌科(11.55%、10.74%)有较高的丰度.HSP患儿粪便菌群中变形菌门、欧文氏菌属(从目到属)、拟杆菌属-uniformis种、巨单胞菌属、肠球菌属(从科到属)丰度高于对照组健康儿童,而双歧杆菌属(从目到属)、链球菌属(从目到属)、普拉梭菌种(从科到种)丰度低于对照组健康儿童.腹型患儿粪便菌群多样性高于黏膜菌群;在门水平,粪便菌群以厚壁菌门(53.64%)、变形菌门(33.65%)、拟杆菌门(9.24%)丰度较高,黏膜菌群以变形菌门(88.13%)丰度高,在科水平,粪便菌群以肠杆菌科(27.18%)、瘤胃菌科(15.58%)、毛螺菌科(12.31%)为优势菌科,黏膜菌群以肠杆菌科(87.19%)为优势菌科;粪便菌群以双歧杆菌属(从门到属)、链球菌属(从门到属)、动性球菌科(从门到科)、丹毒丝菌科(从门到科)、梭菌科(从门到科)、瘤胃菌科(从门到科)、毛螺菌科(从门到科)为主要特征差异细菌种类,结肠黏膜菌群以欧文氏菌属(从门到属)为主要特征差异细菌种类.结论 HSP患儿粪便菌群病原菌或机会致病菌增多而有益菌减少,腹型HSP患儿黏膜菌群与粪便菌群存在结构和多样性差异.
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敲低小鼠中脑神经元多巴胺D2受体使其生脂基因表达上调
目的 研究小鼠中脑神经细胞多巴胺D2受体(DRD2)对神经元生脂基因的调节作用.方法 构建针对DRD2短发夹RNA(shRNA)的慢病毒载体,特异性下调小鼠原代中脑神经元的DRD2表达;神经元分为阴性病毒对照组和DRD2-shRNA病毒感染组,进行高通量转录组测序,分析两组差异基因并以共表达网络筛选核心基因;实时荧光定量PCR及Western blot法验证该差异基因表达并检测神经元脂肪酸含量变化.结果 成功培养小鼠中脑神经元并下调DRD2;高通量转录组测序发现中脑神经细胞DRD2下调对多个生脂基因有调节作用,主要包括δ(14)-固醇还原酶、乙酰辅酶A合成酶、胰岛素诱导基因1蛋白、硬脂酰辅酶A去饱和酶等,其中硬脂酰辅酶A去饱和酶I(SCD1)上调显著(上调4倍),并经实时定量PCR和Western blot结果得到验证.同时脂肪酸含量检测发现与SCD1关系密切的游离脂肪酸在DRD2下调组显著增加.结论 下调小鼠中脑神经元DRD2可以显著上调SCD1的表达,SCD1上调可以加速饱和脂肪酸向单不饱和脂肪酸转化,防止脂毒性对细胞的损伤.
关键词： 帕金森病 多巴胺D2受体 高通量测序 硬脂酰辅酶A去饱和酶1 中脑神经元 -
结节性硬化症TSC1/TSC2基因突变的高通量测序快速诊断
目的 建立结节性硬化症TSC1/TSC2基因高通量测序技术以快速准确检测结节性硬化的TSC基因突变.方法 对10例结节性硬化症患者及10例正常对照进行研究,利用长链PCR方法扩增TSC1及TSC2基因所有外显子区域,运用Ion PGMTM平台进行二代测序并运用常规测序验证.结果 设计引物对TSC1及TSC2基因特异性扩增出7个长片段产物,产物长度介于13 kb～15 kb间;运用二代测序技术快速鉴定出10个致病突变,其中,7个突变位于TSC2基因,3个突变位于TSC1基因;所有突变经常规Sanger测序验证,结果一致.结论 高通量二代测序技术可快速可靠诊断结节性硬化症TSC1、TSC2基因突变.
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生物信息学分析沉默HIF-1α后胃腺癌细胞系基因表达变化同胃腺癌发生发展的相关性研究
目的:探寻缺氧诱导因子-1α(hypoxia induced factor-1α,HIF-1 α)在表达和敲除的情况下胃腺癌细胞系中的基因表达特点,并揭示差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的相互作用.方法:从GEO数据库中下载基因表达谱数据GSE57200,共包括9个样本细胞株:4株导入空白对照的胃腺癌AGS细胞系和5株经慢病毒处理沉默HIF-1 α的AGS细胞系.对DEGs的富集分析采用了GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库数据,蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络由Cytoscpe软件实现.结果:共筛选出DEGs 510个,GO主要富集在有机物反应、蛋白质代谢、细胞信号传导和细胞通信等,KEGG通路主要富集在谷胱甘肽代谢和细胞色素P450参与外来化合物代谢等.MAPK3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3又名extracellular regulated protein kinase 1,ERK1)是PPI得到的排名高的基因节点.MCODE模型显示DEGs主要与JAK/STAT传导通路、MEK/ERK传导通路相关,两者均与恶性肿瘤的侵袭转移密切相关.在胃腺癌细胞中HIF-1 α和MAPK3均呈过表达,通过感染慢病毒下调HIF-1α的表达后,MAPK3的表达也随之下调,两者正相关.结论:本研究在一定程度上揭示了在HIF-1 αc诱导下胃腺癌的发生发展,可能为后续胃腺癌相关的诊断和治疗提供有价值的分子靶标.
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长链非编码RNA MAFG-AS1在骨肉瘤中的表达及功能
目的:探讨及分析骨肉瘤中差异表达长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱及功能.方法:本课题前期通过5对组织(骨肉瘤组织和瘤旁组织)进行高通量转录组学测序筛选出差异表达的lncRNAs,并筛选出上调变化的前5位lncRNAs,通过荧光定量PCR在骨肉瘤细胞系内检测lncRNA MAFG-AS1的差异表达,并通过小干扰RNA技术干扰其表达,CCK-8法检测敲低lncRNA后细胞增殖是否发生变化,Western-blotting检测下游蛋白变化.结果:高通量数据分词浅析显示,共有376个lncRNAs在骨肉瘤组织中差异表达,其中206个上调,170个下调,并筛选出上调变化的前5位lncRNAs.荧光定量PCR显示lncRNA MAFG-AS1在骨肉瘤细胞内高表达.CCK-8法结果显示该lncRNA MAFG-AS1具有影响骨肉瘤细胞增殖的作用,且下游蛋白RRM2表达发生变化.结论:骨肉瘤组织中存在明显的lncRNAs差异性表达.且lncRNA MAFG-AS1在骨肉瘤发生和发展中发挥中重要的作用.
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高通量测序分析口服米诺环素对重度寻常痤疮患者肠道菌群的影响
目的 利用高通量测序技术分析重度寻常痤疮患者经口服米诺环素治疗后其肠道菌群的变化情况.方法 以皮肤科门诊确诊的10例重度寻常痤疮患者为研究对象,按照指南推荐剂量予以米诺环素50mg口服,2次/d,连续治疗6周,分别在治疗前、停药后24h内收集患者粪便标本,提取DNA进行生物信息学分析.利用16S rRNA测序鉴定微生物的种类并进行菌群差异分析.结果 治疗前后患者标本主要由拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门组成.两组肠道菌群多样性及在门、属、种水平上相对丰度差异均未发现统计学意义.结论 口服指南推荐剂量米诺环素对BMI≤25的重度痤疮患者的肠道菌群未产生显著影响.
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青海土族、回族与藏族牙周病的可疑致病微生物差异分析
目的:通过高通量测序的方法明确青海土族、回族和藏族人群牙周病可疑致病菌的多样性和差异.方法:纳入青海慢性牙周炎患者28例唾液样本,其中互助县土族8例、平安县回族10例和玉树藏族10例.健康对照组12例,利用Illumina平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4区)高通量测序,后利用Mothur软件分析牙周病可疑致病菌的群落结构和多样性.结果:基于97％的相似性类聚获得牙周病组土、回、藏族患者和对照组物种注释(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为181、210、38和14,土族类群11门19纲87属,回族13门21纲113属,藏族2门4纲21属;对照组有4门5纲12属.土族和回族共有的已知致病菌为梭杆菌属、普氏菌属和卟啉单胞菌属;土族中仅有的为消化链球菌;回族中仅有密螺旋体;同时检出大量的可疑致病菌.结论:该研究的发现对青海地区口腔疾病的治疗和防控具有参考意义.
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青海汉族牙周病患者口腔微生物的群落结构分析
目的:明确青海汉族牙周病患者口腔微生物的多样性和种群分析.方法:纳入慢性牙周炎患者10例、正常人群5例,唾液样本共15例,用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4区)高通量测序,用Mothur软件分析微生物的群落结构和多样性.结果:基于97％的相似性类聚获得牙周病组和正常组的物种注释OTU数目分别为为60和14.牙周病组的优势菌属依次是Enterobacteriaceae unclassified、Pseudomonas、Acinetobacter、Bacillus、Aeromonadaceae unclassified、Neisseria、Haemophi-lus、Fusobacterium、Staphylococcus、Lactococcus.结论:青海汉族牙周病组的唾液微生物多样性与丰度明显高于正常组,可能与相关疾病的发生存在相关性.
