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2型猪链球菌表面蛋白Sao的生物信息学分析及基因工程疫苗的设计
目的 利用生物信息学方法分析Sao蛋白结构并预测B细胞抗原表位,筛选可用于疫苗设计的序列. 方法 以Sao蛋白的氨基酸序列为基础,利用Protparam 工具分析蛋白基本理化性质,TMHMM预测跨膜区,PredictProtein在线分析蛋白二级结构,SWISS-MODEL软件模拟三级空间构象,DNASTAR分析亲(疏)水性、可塑性和表面可及性,综合使用在线ABCPred和BepiPred工具预测B细胞抗原表位,筛选能用于构建基因工程疫苗的蛋白序列. 结果 Sao蛋白羧基端存在7个高度一致的重复序列以及1个LPVTG保守膜锚定基序,二级结构组分中无规卷曲比例高达74.21％,三级空间构象模拟结果与二级结构预测一致.蛋白的亲水区域、可塑性区域、表面可及性区域比例分别为76.21％、64.06％和75.04％.Sao存在多个线性抗原表位,经筛选得到两个可用于疫苗设计的蛋白序列,BLAST显示这两个序列为猪链球菌所特有,存在于2型猪链球菌9种不同的分离菌株中,同时也存在于猪链球菌致病性血清型1、2、1/2、3、7、9、14型中. 结论 Sao蛋白为不稳定蛋白,亲水性强,筛选得到的两个蛋白序列抗原性强且高度保守,为猪链球菌特有序列,能够用于基因工程疫苗的构建.
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幽门螺杆菌UreB抗原表位预测及其有效表位噬菌体展示的筛选
目的 筛选幽门螺杆菌(Hp)尿素酶B亚单位(UreB)分子中的抗原表位,为研制多抗原肽(MAP)疫苗奠定基础.方法 采用生物信息学技术对UreB的T细胞和B细胞表位进行预测和分析.构建ureB基因原核表达系统,Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组表达产物rUreB,常规皮内免疫法制备兔抗血清.选择UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽并构建其噬菌体展示系统,PEG/NaCl沉淀法提纯重组噬菌体,SDS-PAGE鉴定目的重组PⅢ蛋白(rPⅢ).分别以商品化抗Hp全菌IgG和rUreB抗血清为一抗,采用Western blot对上述表位肽进行鉴定和筛选.结果 与GenBank中相关序列比较,所克隆的ureB基因核苷酸和氨基酸相似性分别为96%～99.5%和96%～100%.rUreB表达量约为细菌总蛋白的52%,提纯后仅见单一蛋白条带.预测的4个主要表位肽UreB230、UreB322、UreB479和UreB527在M13噬菌体中获得成功表达,采用不同一抗的Western blot均显示相似的阳性结果,但UreB322和UreB527反应强度明显高于UreB230和UreB479.结论 本研究成功地构建ureB基因高效原核表达系统和UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽噬菌体展示系统.所采用的生物信息学技术可有效地预测抗原表位.UreB322和UreB527是UreB有效抗原表位,可作为幽门螺杆菌MAP疫苗的候选表位.
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恶性疟原虫MAL13P1.129基因的抗原表位预测及免疫学分析
目的 对恶性疟原虫MAL13P1.129基因的抗原表位进行预测,表达其重组蛋白并进行免疫学鉴定.方法 利用生物信息学分析方法对MAL13P1.129基因的线性抗原表位进行预测,从亲水性、表面可及性、柔韧性及二级结构等方面对抗原表位进行筛选.人工合成经密码子优化的MAL13P1.129基因,构建至PET32a(+)表达载体,获得PET32a129表达质粒,热激转化至宿主菌Rosetta gami(DE3)中进行诱导表达,分别用抗His-标记的IgG及恶性疟患者的血清作Western印迹分析鉴定表达产物.结果 MAL13P1.129基因具有2个潜在的抗原表位,分别位于氨基酸44～51、98～106.表达获得的重组蛋白与His-标记的IgG进行Western印迹有反应条带,与恶性疟患者血清无反应条带.结论 MAL13P1.129蛋白具有2个抗原表位,其在大肠埃希菌中表达的重组蛋白能被His-标记的IgG识别,但不能被恶性疟患者血清识别.
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肝癌抗原肽SLIVHLNEV免疫原性研究
肿瘤细胞抗原肽SLIVHLNEV可以与MHC-I类分子结合,由T细胞表位识别,激活细胞毒性T细胞(CTL),为肝癌免疫治疗开辟了新领域.文章通过软件DNAstar-protean与Syfpeithi分析,确定抗原肽的抗原表位.然后抗原肽刺激树突细胞,通过检测CD80,CD86的表达,观察抗原肽诱导树突细胞成熟的情况.将负载抗原肽的树突细胞与T细胞的混合淋巴细胞反应(MLR),MTT检测T细胞增殖的情况,确定佳抗原肽浓度与佳刺效比.以佳抗原肽浓度与佳刺效比刺激T淋巴细胞分化,测定T细胞表面CD8、CD4表达情况.结果表明抗原肽SLIVHLNEV不含B淋巴细胞抗原表位,而为HLA_A*02∶01型T淋巴细胞表位抗原,并可以刺激H2-Db表位,经树突细胞(APC)递呈,刺激T细胞分化为CTL,发挥细胞免疫作用.
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HBeAg的B细胞线性表位预测及鉴定
目的 预测并鉴定乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞线性表位,为乙型肝炎的诊断和治疗提供新的依据.方法 采用生物信息学分析技术,利用NCBI数据库和免疫表位数据库提供的相应软件预测HBeAg的B细胞线性表位,采用人工合成法合成相应表位肽并分别将与血蓝蛋白(KLH)偶联,作为免疫原,免疫大白兔制备抗HBeAg抗原表位抗体,ELISA法鉴定抗体的特异性.结果 发现了1MDIDPYKEFG10、37LYREALESPEHCSP50、74SNLEDPAS81、127RTPPAYRPPNAPIL140等4条新的HBeAg蛋白B细胞线性表位肽,其与KLH的偶联物作为免疫原免疫大白兔,获得特异性高效价抗体,抗体滴度大于1∶512000,ELISA实验证实上述抗体均可与HBeAg发生特异性免疫反应.结论 采用生物信息学技术成功确认了4个HBeAg蛋白B细胞线性表位肽,为深入研究HBeAg的功能和作用以及乙型肝炎的治疗提供了新依据.
关键词： 乙型肝炎病毒 乙肝e抗原乙型肝炎病毒 抗原表位预测 B细胞线性表位 -
甲壳类动物4种过敏原的序列分析、抗原表位预测及三维结构建模
目的 探明甲壳类动物各种过敏原之间是否存在相似性,以期深入研究甲壳类食品过敏原的构效关系.方法 应用生物信息学方法,分析预测了甲壳类动物的4种过敏原—原肌球蛋白(TM)、精氨酸激酶(AK)、肌球蛋白轻链(MLC)和肌质钙结合蛋白(SCP)的二级结构、亲水性、可塑性、抗原性、表面可及性、线性抗原表位和三维结构等.结果 TM为超螺旋结构,而AK、MLC和SCP均为复合蛋白,含有较多的Turn和Coil结构;TM、AK、MLC和SCP 4种过敏原的亲水性区域均在60％以上,可塑性区域约为50％,抗原性区域均在60％以上.TM、AK、MLC和SCP分别有11、10、4和4个线性抗原表位.TM、AK、MLC和SCP的三维结构建模结果与相应的二级结构预测结果—致,基本能够反映此4种过敏原的空间构象.结论 通过生物信息学方法分析,同时获得了甲壳类动物4种过敏原TM、AK、MLC和SCP的分子特征、抗原表位及部分三维结构,可望为进—步采用实验方法研究其构效关系奠定理论基础.
