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河北卢龙县猪与人G3型A组轮状病毒进化关系研究
对存于中国疾病控制预防控制中心病毒病预防控制所病毒性腹泻室的一例卢龙G3型仔猪GARV LLZ212的主要基因片段VP7、VP4、VP6、VP2和NSP2-5进行扩增,确定其基因型,并探讨其与当地人G3型GARV的进化关系.采用逆转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),对LLZ212标本及6例当地儿童G3型GARV阳性标本的VP7、VP4、VP6、VP2和NSP2-5进行扩增,并进行序列测定.应用A组轮状病毒自动分型工具(RotaC v2.0)对各个片段进行分型.应用DNAStar和MEGA5.0软件包与GenBank上的参考株进行同源性和系统进化分析.卢龙猪LLZ212基因型为G3-P [8]-I5-C1-N1-T1-E1-H1,6株人GARV基因型均为G3-P [8]-I1-C1-N1-T1-E1-H1.LLZ212基因片段VP7、VP4、NSP4和NSP5分别与人GARV E885、CMH014/07、Wa和RMC321株同源性高,且进化树在同一亚枝内;LLZ212基因片段VP6、NSP2和NSP3均与猪GARV PRG921株同源性高,基因片段VP2与猪GARV OSU株同源性高,且进化树在同一亚枝内.确定一株罕见G3-P[8]-I5-C1-N1-T1-E1-H1型猪GARV,可能为人-猪重配株,LLZ212基因片段VP7、VP4、NSP4和NSP5与人GARV同源性高,LLZ212基因片段VP6、VP2、NSP2和NSP3猪GARV同源性高.
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A组轮状病毒G3型哈尔滨地方株VP7基因序列分析
目的:了解我国A组轮状病毒G3型哈尔滨地方株与标准株及国内外部分地区G3型地方株VP7蛋白基因序列的差异,为轮状病毒疫苗在我国东北地区的研发与应用提供资料.方法:通过一步法RT-PCR获得了6株轮状病毒哈尔滨地方株VP7蛋白的cDNA片段,,对其进行扩增、克隆、测序.用DNASTAR生物软件进行序列分析.结果:6株哈尔滨地方株VP7蛋白推导氨基酸序列同源性99.4%～100%;与G3标准株Crw-8的同源性为94.2%;与G1、G2、G4标准株比对变异较大(75.2%～82.2%);哈尔滨地方株氨基酸序列在aa108、aa266、aa268、aa278位点的变异完全相同.结论:6株轮状病毒G3型哈尔滨地方株来源于相同的一支G3型轮状病毒毒株.
