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高温环境下蚂蟥病害病原初探
该文以健康蚂蟥为对照利用高通量测序对高温环境下患病蚂蟥病变肌肉、肠道、发病蚂蟥养殖水体环境与沉积物的细菌进行16S rDNA序列测定,分析细菌多样性,分析高温环境下患病蚂蟥细菌性疾病的致病菌.结果表明,各处理原始序列达83 000以上,并且有效序列占比在87％以上,GC量在52％～54％,细菌多样性丰富.细菌相对丰度分析表明各处理中均以变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门细菌含量为丰富.与健康蚂蟥肌肉、肠道相比,发病蚂蟥肌肉、肠道中拟杆菌属、假单胞菌属、脱硫弧菌属细菌相对丰度显著升高,且在发病蚂蟥养殖水体和沉积物中具有丰富的含量,推测诱发蚂蟥夏季高温细菌性疾病的致病菌为拟杆菌属、假单胞菌属、脱硫弧菌属细菌.
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菜市场污水中细菌多样性检测分析
目的 未经处理的菜市场污水中携带大量细菌(特别是病原细菌),查清菜市场污水中细菌多样性分布和种群结构特征,为菜市场污水治理措施提供基础数据.方法 通过提取水中微生物总DNA,利用PCR扩增细菌16S rRNA基因片段,构建污水中细菌16S rRNA基因文库.结果 菜市场宰杀清洗家禽和水产品产生的污水中细菌多达16个属30多种,细胞16S rRNA基因主要来自变形细菌(proteobacteria)的ε-,γ-,δ-,β-亚族、厚壁菌门(Fir-miutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等类群,近似弓形菌属(Arcobacter)和梭菌属(Clostridium)的细菌比例高,分别为27.6%和20.7%.结论 构建细菌16S rRNA基因文库的分子生物学方法可快速检测菜市场污水中细菌,且细胞种群呈多样性.
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北衙金矿矿区可培养细菌多样性初步研究
目的 对北衙金矿矿区样品中的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究.方法 采集云南北衙金矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及PYGV培养基分离矿区环境可培养细菌,并利用16S rRNA基因序列分析构建系统发育树,初步评估细菌多样性.结果 北衙金矿矿区环境细菌的主要种群包括厚壁菌门和放线菌门的不同菌属:芽胞杆菌、微杆菌属、考克菌属、葡萄球菌属及节杆菌属的菌株,其中抗逆境较强的优势菌群为放线菌门的细菌.结论 本研究初步证实北衙金矿矿区可培养细菌种类丰富.
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玉溪地区自然陈化烟叶表面可培养细菌多样性研究
目的 为了较全面的了解陈化烟叶的细菌多样性,进一步挖掘其中的有益微生物.方法 以种植于玉溪元江县的红大烤烟品种为材料,利用16S rDNA克隆测序技术,系统研究了云南玉溪红塔区和元江县两仓库中不同自然陈化时期烟叶表面可培养微生物的种群结构.结果 陈化初期,烟叶表面细菌数量较少,元江县低水分烟叶陈化30 d时细菌数量达到高峰;红塔区高水分烟叶陈化4.5个月时细菌数量达大;经过16S rDNA鉴定,烤烟叶面细菌包括芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobactersp.)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus sp.)和泛菌属(Pantoea sp.)等8个细菌属.结论 不同时期、不同地点陈化烟叶表面细菌的优势种群不尽相同,而芽孢杆菌属始终为优势种群.另外,研究中分离到的大量可培养细菌,为进一步筛选烟叶表面有益细菌提供了重要线索.
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云南省富宁磁铁矿矿区可培养细菌多样性初步研究
目的 对云南富宁磁铁矿矿区样品中可培养细菌进行分离并对其多样性进行了初步研究.方法 采集云南富宁磁铁矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及PYGV培养基分离该矿区环境中的可培养细菌,利用16S rRNA基因序列分析构建系统发育树,并统计不同种属细菌的数量,初步评估细菌多样性.结果 富宁磁铁矿矿区环境细菌的主要种群包括厚壁菌门、放线菌门和变形菌门的不同菌属:芽孢杆菌属、葡萄球菌属、节杆菌属和假单胞菌属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为厚壁菌门的芽孢杆菌.结论 本研究初步表明富宁磁铁矿矿区可培养细菌种类具有一定的多样性.
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云南文山铝土矿区微生物多样性初步研究
目的 对云南文山铝土矿区矿石样品中的细菌多样性进行研究.方法 采集云南文山铝土矿矿石样品,利用16S rRNA高变基因序列构建细菌基因文库,建立系统发育树,初步探究该矿区细菌多样性.结果 文山铝土矿区矿石样品中细菌的主要菌群包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,其中优势菌群为变形菌门的细菌.结论 云南省文山铝土矿区的矿石样品中存在丰富的细菌,且种群多样性较好.
关键词： 文山铝土矿 16S rRNA基因文库 细菌多样性 -
云南兰坪铅锌矿区细菌多样性研究
目的 研究云南省兰坪铅锌矿区矿石样品中的细菌群落结构.方法 构建细菌16SrRNA高变区基因文库.结果 矿石内部细菌种类丰富多样,文库测序结果表明矿石样品中细菌分属于4个门,27个属；其中变形菌门(Proteobacteria)类群是优势种群,占所有细菌总克隆数的51.7％,而且大多数属于γ-变形菌纲亚群.各克隆序列分析结果表明,其中部分细菌序列与已报道物种的相似性较低.结论 表明云南省兰坪铅锌矿矿石样品中可能存在新的细菌种类.
关键词： 兰坪铅锌矿 16SrRNA基因文库 细菌多样性 -
北衙金矿矿石内部可培养细菌多样性初步研究
目的 对北衙金矿矿石样品内部的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究.方法 采集云南北衙金矿矿石样品,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及厌氧琼脂培养基分离矿石内部的可培养细菌,并利用16S rRNA基因序列构建系统发育树,初步评估细菌多样性.结果 北衙金矿矿石内部细菌的主要种群包括厚壁菌门和放线菌门的不同菌属,包括芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、考克菌属及节杆菌属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为放线菌门的细菌.结论 本研究证实北衙金矿矿石内部的确存在大量可培养细菌,并具有种群多样性.
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API在给水管网细菌多样性研究中的应用
目的:及时、准确地检测给水管网中细菌种群的类型和数量.方法:采用法国梅里埃API细菌鉴定方法-API20E对取自实验室模拟给水管网的水样检测.结果:给水管网中细菌基本都为白色系,只有少部分是有色细菌.共鉴定了32株细菌,分别属于假单胞菌属、金黄杆菌属等10个属,且大部分为致病菌.结论:API方法及时、准确,给水管网中存在一定的微生物风险,管壁生物膜和管网主体水中均存在致病菌,须加以控制.
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自来水管网生境中细菌多样性的研究
目的 分析自来水管网生境中细菌种群多样性.方法 采集自来水管网生境中管壁标本和水体标本(滞留水和流动水),参照《生活饮用水标准检验方法微生物指标》(GB/T 5750.12-2006)中的方法并加以改良,选择LB培养基分离培养细菌,计算细菌总数;根据菌落形态、革兰染色性对生长的全部细菌进行分类、计数,并进一步鉴定.结果 管壁标本细菌总数为1.0×103 cfu/ml～4.8×104 cfu/ml,检出22种细菌,细菌出现频度50％以上的为类志贺邻单胞菌(6/6),该细菌数量为1.7×103 cfu/ml～4.8×104 cfu/ml;滞留水标本中细菌总数为8.0×10 cfu/ml ～ 3.0×104 cfu/ml,检出23种细菌,频度50％以上的菌包括蜂房赫夫尼亚菌(4/6)、聚团肠杆菌(3/6)、产气肠杆菌(3/6)、霍利斯弧菌(3/6)、黏质沙雷菌(3/6)、脆弱气单胞菌(3/6)、类志贺邻单胞菌(3/6),细菌数量为1.3×102 cfu/ml ～ 3.0×104 cfu/ml;流动水标本浓缩500倍仅3个样本检出少量细菌,细菌出现频度50％以上的为鼻硬结克雷伯菌(3/6),细菌数量为1 cfu/500 ml ～2.2×102 cfu/500 ml.结论 滞留水标本中细菌种群为丰富,但水体标本和管网生境中管壁标本种群多样性存在差异.
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中度和重度牙周炎患者龈下细菌多样性和群落结构分析
目的:通过16 S rDNA测序探索和比较重度牙周炎和中度牙周炎患者龈下细菌多样性及群落结构.方法:选取17例中度或重度牙周炎患者作为研究对象,根据症状将其分为重度牙周炎组9例与中度牙周炎组8例.收集提取其牙周袋内龈下细菌进行16S rDNA测序,然后对每个样品的可操作分类单元(operational taxonomy u-nit,OTU)丰度和每个水平的分类(域、界、门、纲、目、科、属、种)进行统计并进行α多样性与β多样性分析,后对每个样品的16S rDNA组成数据分析并预测细菌功能.结果:从龈下样本中获得的高质量的序列(555028)分为373个OTUs,代表303个独立的种,隶属于138属75科,47目,28类,12门.两组共332个OTUs,表明核心龈下微生物的存在.龈下微生物的优势菌门包括拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、变形菌门和螺旋菌门,优势菌属包括梭形杆菌属、链球菌属、卟啉单胞菌属、普氏菌属、奈瑟氏菌属和密螺旋体属.α多样性分析结果表明,重度牙周炎患者的微生物多样性高于中度牙周炎组.β多样性分析表明两组微生物群落结构相似.所有样品中共预测到39种代谢功能,主要集中于膜转运(10.9％)、复制和修复(9.9％)、糖代谢(9.3％)、氨基酸代谢(9.1％)、翻译(6.9％)、能量代谢(5.8％)和不良性征(5.1％).结论:牙周炎患者龈下细菌具有丰富的多样性与稳定的群落结构,龈下细菌的功能与口腔其他部位的细菌相同.牙周炎疾病的严重程度与龈下细菌的多样性有关,但与细菌的群落结构尚未发现相关性.鉴于牙周炎的微生物多样性和共生性,调控微生物相互作用及其功能发挥的治疗策略应得到进一步发展.
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75名不同GSTM1基因型健康大学生鼻腔细菌多样性分析
目的 研究不同GSTM1基因型健康大学生鼻腔菌群的细菌多样性.方法 采集75个健康大学生志愿者鼻腔样品,利用高通量测序分析鼻腔中菌群结构及多样性.结果 调查人群中GSTM1缺失型(GSTM1 null genotype,GN)发生率为53.3％,且GN组个体中的种群丰富度较GSTM1表达型(GSTM1 positive,GP组)个体高.对鼻腔样品细菌群落组成分析发现,优势菌门为厚壁菌门(44.87％)、变形菌门(30.85％)、放线菌门(22.87％),其中女性厚壁菌门的相对丰度(47.63％)高于男性(41.60％),且在GN组中,女性厚壁菌门的相对丰度(42.37％)远高于男性(28.78％)(P＜0.05);而放线菌门的相对丰度(20.73％)却低于男性(26.18％)(P＜0.05),GP组中,男性梭杆菌门的相对丰度(0.040％)高于女性(0.028％)(P＜0.05).结论 不同GSTM1基因型人群鼻腔细菌种群构成相似,但种群丰富度有较大差异.性别对不同GSTM1基因型健康成人的微生物分布有影响,为进一步研究大气污染物暴露对不同GSTM1基因型个体的呼吸道健康效应提供了理论依据.
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通用PCR技术检测临床标本中病原菌的污染及防护
鉴定病原微生物的传统方法是实验室分离培养、生物化学、形态学和血清学试验，都需要微生物生长，而且它们已明显限制了对细菌多样性的认识，并在许多情况下不能实行。
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应用TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR结合分离培养监测分析灰仓鼠细菌多样性
目的:监测分析中国灰仓鼠细菌的多样性,收集更多的质量信息,获得更全面的微生物背景知识,为灰仓鼠的种群建立、生物净化和动物模型的建立提供科学的数据依据.方法:60只成年灰仓鼠来自新疆地区,安乐死后剖解采集标本.应用TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR和常规微生物学方法进行细菌多样性研究.结果:本研究采用常规微生物学方法从灰仓鼠中鉴定出179株细菌,包括大肠埃希菌、鲍氏志贺菌、肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌、栖冷克吕沃尔菌、嗜肺巴斯德菌、溶血性巴斯德菌、产气巴斯德菌、铜绿假单胞菌、栖稻假单胞菌、门多萨假单胞菌、粪产碱杆菌、阴道加特纳菌、卡它莫拉菌、莫拉克斯氏菌、CDC group EF-4a、特氏纤维单胞菌、戊糖片球菌、金黄色葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、腐生葡萄球菌、模仿葡萄球菌、头状葡萄球菌、孔氏葡萄球菌、木糖葡萄球菌、鸡葡萄球菌、里昂葡萄球菌、山羊葡萄球菌、粘滑罗斯菌、麻疹孪生球菌、肺炎链球菌、咽峡炎链球菌、血链球菌、牛链球菌Ⅰ型、乳房链球菌、少酸链球菌、无乳链球菌、粪肠球菌、黄肠球菌、浅绿气球菌、解酪蛋白巨大球菌、拥挤棒杆菌、人皮肤棒状杆菌、蜂房芽孢杆菌、短芽孢杆菌、环状芽胞杆菌.分离培养鉴定出12个科21个属48个种179株细菌,肠杆菌科是主要优势菌群,葡萄球菌科、肠球菌科、假单胞菌科、巴斯德菌科、链球菌科是次优势菌群.应用Taq-Man MGB探针实时荧光定量PCR方法从灰仓鼠中检出167份核酸阳性标本,包括支原体、泰泽氏菌、空肠弯曲菌、CAR菌、幽门螺杆菌、肝螺杆菌、嗜肺巴斯德菌.TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测结果显示支原体是主要的优势菌群,泰泽氏菌、空肠弯曲菌、CAR菌、幽门螺杆菌、肝螺杆菌是次优势菌群.结论:TaqManMGB探针实时荧光定量PCR结合分离培养能够更有效地监测分析灰仓鼠细菌多样性,获得更多更全面的微生物多样性信息,该信息对灰仓鼠质量控制标准的制定具有重要意义.研究结果为我国灰仓鼠微生物学监测以及质量标准的制定提供了科学依据.
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土壤细菌群体多样性的T-RFLP分析应用探讨
目的 探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题.方法 依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)方法对5个来源不同的土壤样品和4个同一来源土壤样品的细菌群体多样性进行比较分析,计算土壤样品间的相似系数.结果 不同来源的5个土壤样品间相似系数,大者为0.44,小为0.3;同一来源的4个土壤样品相似系数,大为0.87,小为0.76.结论 不同来源土壤的细菌群体多样性存在差异.
关键词： 法医物证学 土壤 细菌多样性 末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)
