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南药植物高良姜内生真菌群体多样性及其组织分布
采用组织PCR-末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)免培养技术,从南药植物高良姜道地产地植株根、根茎、茎、叶4个不同组织总共检测到28个不同的末端限制性片段(T-RFs),说明高良姜内生真菌群体至少组成28个不同的真菌种;不同组织其T-RFLP图谱、T-RFs数目、优势T-RFs组成不同,内生真菌群体Shannon多样性指数和Shannon均匀度指数也随组织而异;采用水蒸气蒸馏法、甲醇抽提-高效液相色谱法测定高良姜主要活性成分挥发油、高良姜素含量,结果显示,该2类活性组分在其根、根茎、茎、叶4个不同组织均有积累,且均以根茎高;相关性分析显示2类所测活性成分与该宿主内生真菌群体Shannon多样性指数及其均匀度呈极显著的负相关,与325 bp对应于拟盘多毛孢菌属Pestalotiopsis的优势T-RFs呈极显著的正相关.
关键词： 高良姜 内生真菌 末端限制性片段长度多态性 高良姜素 挥发油 -
骨科假体相关性感染的末端限制性片段长度多态性分析
背景：随着骨科假体植入的增加，假体相关性感染日益增多。只有深入研究感染中病原菌的分布特点，才能对假体相关性感染的机理和治疗方式有更全面的认识。
目的：应用末端限制性片段长度多态性（T-RFLP）技术分析骨科假体相关性感染的细菌学特征。
方法：选取骨科假体相关性感染患者的感染灶样本15例和非假体相关性感染患者的感染灶样本10例，提取样本总DNA，对其16S rDNA进行PCR扩增，应用T-RFLP技术分析样本中微生物群落分布情况。
结果：假体相关性感染组检测阳性率为46.7%，非假体相关性感染组检测阳性率为20%；聚类分析结果显示相同解剖部位的感染中细菌群落分布均具有很高的相似性。
结论：假体相关性感染检测阳性率高于非假体相关性感染；无论有无假体存在，相同解剖部位的感染中细菌群落的分布具有很高的相似性。关键词： 假体相关感染 末端限制性片段长度多态性 聚类分析 -
T-RFLP快速分析慢性腹泻患者肠道菌群及其应用研究
目的建立快速检测分析人体肠道菌群的方法,协助慢性腹泻病原学诊断.方法上游引物的5′端用6-FAM进行荧光标记,PCR反应结束后选择适当的限制性内切酶酶切消化,在测序仪上通过毛细管电泳即可检测5′末端荧光标记的限制性片段.利用不同细菌产生的不同峰谱达到快速对细菌定性、定量的目的.对30例慢性腹泻患者和22例健康人进行肠道菌群分析,从而探讨菌群变化情况.结果该法能够对人体肠道菌群进行定性和定量分析,30例腹泻患者均发现肠道菌群紊乱.结论该法快速、特异、敏感.一个样品中能同时检测多种细菌,是一种很有希望的新技术.
关键词： 16S rDNA 聚合酶链反应 末端限制性片段长度多态性 肠道菌群 厌氧菌 -
小鼠对于高脂诱导的肥胖的易感性与肠道菌群的关系
目的 探究肠道菌群与小鼠在高脂膳食下形成的不同肥胖表型的关系.方法 高脂饲料构建肥胖抵抗(DIO-R)和肥胖易感(DIO-P)模型,正常饲料组为对照(NC),使用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)和荧光实时定量PCR (RT-PCR)技术分析小鼠初始(0周)和干预后(7周)的肠道菌群.结果 不仅在表型差异形成后,DIO-R和DIO-P两组小鼠的肠道菌群差异具有统计学意义,而且在初始时刻,不同肥胖表型小鼠的肠道菌群就存在不同:0周和7周时,DIO-P组和DIO-R组在酶切片段的主成分分析图上均可以明显区分,且两组小鼠肠道中Lactobacillus、Bi idobacterium、Akkermansia muciniphila、Desul ovibrio、Staphylococcus aureus、Enterobacter cloacae六种细菌的定量结果也具有明显的差别.结论 肠道菌群初始状态的差异可能引导小鼠摄入高脂后对于肥胖的易感性.
关键词： 肥胖抵抗 肥胖易感 肠道菌群 末端限制性片段长度多态性 实时荧光定量PCR -
肠道清洁对T-RFLP分析溃疡性结肠炎肠黏膜菌群多样性的影响
背景:肠道菌群失调在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用备受关注,末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析已广泛用于UC肠黏膜菌群多样性的研究,但采集肠黏膜标本前清洁肠道对T-RFLP分析黏膜菌群多样性的影响尚未明确.目的:探讨肠道清洁对T-RFLP分析UC患者肠黏膜菌群多样性的影响.方法:纳入UC患者38例,根据结肠镜检查前是否行肠道清洁将患者分为洗肠组和未洗肠组,分别于结肠镜下取直肠、乙状结肠交界处黏膜组织,以T-RFLP分析肠黏膜细菌多样性.结果:聚类分析显示,洗肠组、未洗肠组菌落构成成分相似.洗肠组与未洗肠组的丰度、Simpson指数、均匀度指数相比差异无统计学意义(P＞0.05),未洗肠组Shannon-Wiener指数较洗肠组显著增高(P＜0.05).Msp Ⅰ酶切结果显示,281 bp为未洗肠组特有优势末端限制片段(T-RF),37 bp为洗肠组特有优势T-RF.两组共有优势T-RF的曲线下面积(AUC)比较显示,洗肠组490 bp T-RF较未洗肠组显著增高(P＜0.05),其余优势T-RF的AUC差异无统计学意义(P＞0.05).结论:肠道清洁对T-RFLP分析UC肠黏膜菌群多样性总体无明显影响,但可能会造成部分罕见菌群减少.
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117例梗阻性黄疸患者胆汁细菌群落限制性片段多态性分析
目的 分析梗阻性黄疸患者胆汁中的细菌群落结构.方法 选取2010年10月至2013年10月梗阻性黄疸患者117例,其胆汁细菌常规培养和厌氧菌培养结果均为阴性.每例抽取胆汁10 mL,提取胆汁细菌群落DNA,扩增胆汁细菌16S rDNA,进行终端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析,构建克隆文库并行测序和系统分析.研究数据行卡方检验.结果 117例患者中50例胆汁细菌16S rDNA为阳性,总阳性率为42.7％.结石和肿瘤引起的梗阻中胆汁细菌16S rDNA的阳性率分别为97.3％(36/37)和17.5％(14/80),差异有统计学意义(x2=65.828,P＜0.01).肝门部和肝门部以上及肝门部以下的梗阻中胆汁细菌16S rDNA的阳性率分别为43.3％(13/30)和42.5％(37/87),差异无统计学意义(P＞0.05).结石引起梗阻的细菌群落主要为肠杆菌科(埃希菌属、沙门菌属、克雷伯菌属、变形菌属)、链球菌科(链球菌属)、消化球菌科(消化菌属、消化链球菌属)、微球菌科(葡萄球菌属)、丙酸杆菌科(丙酸杆菌属)、奈瑟球菌科(不动杆菌属).肿瘤引起梗阻的细菌群落主要为肠杆菌科(克雷伯菌属、埃希菌属、伤寒沙门菌)和微球菌科(葡萄球菌属).结论 采用T-RFLP方法分析16S rDNA克隆片段能有效评估梗阻性黄疸患者胆汁中细菌群落的存在情况和多样性.
关键词： 末端限制性片段长度多态性 黄疸 梗阻性 16S rDNA 细菌群落
