首页 > 文献资料
-
传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选
目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCM database@Taiwan)中快速搜索H7N9亚型流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的中药小分子抑制剂.方法:采用AutoDock Vina软件对蛋白质晶体结构数据库PDB中NA与小分子抑制剂扎那米韦形成的复合物(PDB代码为4MWX)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选.综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选.结果:以原配体(扎那米韦)的自由结合能为阈值,筛选出中国传统中药数据库中3个类药性良好的化学成分与NA亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源.结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计及实验合成新抗H7N9流感病毒药物.
-
调脾护心方的化学信息学研究
目的 运用计算机虚拟筛选对调脾护心方所含化学成分的数据库进行了化学信息学分析,为调脾护心方的进一步研究提供导向.方法 对调脾护心方所含化学成分分子特征描述符的分布进行了描述,采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像,同时运用分子对接方法研究调脾护心方所含化学成分与心血管系统重要靶酶之间的相互作用.结果 调脾护心方所含化学成分有良好的多样性,具有类药性质.采用Ligandfit作为采样工具,筛选出调脾护心方中的与心血管系统重要靶酶相互作用强的配体,对进一步的研究工作有重要意义.结论 计算机虚拟筛选是中医药研究的一个有力工具.
-
中药制剂指标性成分群辨识思路与方法解析
中药制剂具有多成分、多靶点、多环节整体作用的特点,使得其制备工艺优化及质量标准体系构建困难,正确辨识中药制剂中与功效密切相关的主要活性成分群并以此构建中药制剂工艺、质量评价体系成为中药制剂工艺设计与质量控制亟待解决的关键科学问题.较为全面地分析了谱-效相关、中药药动学、血清药物化学和血清药理学、整合效应关联性分析、计算机虚拟筛选以及敲入/敲除对比分析等研究方法的可行性,以期为中药制剂工艺与质量评价基于标志性活性成分群的辨识思路提供借鉴.
-
治疗输卵管阻塞性不孕的中药多靶活性成分计算机虚拟筛选
目的 用分子对接方法从中国天然产物数据库中筛选治疗输卵管阻塞性不孕的中药活性成分.方法 采用Accelrys公司Discovery Studio分子模拟软件包(版本2.5.5),对蛋白质晶体结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中8个输卵管阻塞性不孕相关靶酶的三维结构活性部位进行分析,通过配体对接(Ligandfit)模块进行分子对接.结果 分别以靶酶原配体的打分函数为阈值,筛选出中国天然产物数据库中10个具有多靶作用的中药活性成分.结论 该研究结果可促进新型输卵管阻塞性不孕治疗药物的研制.
-
传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选
目的 用分子对接方法从传统中药数据库(TCM Database@Taiwan)中筛选H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂.方法 流感病毒中神经氨酸酶作为一个已经被证明的抗流感药物靶点,从蛋白晶体结果数据库(Protein Data Bank,PDB)中提取晶体结构文件,对其三维结构活性部位进行分析,采用对接软件AutoDockVina与数据库中药物小分子进行高通量分子对接.结果 得到3个亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦(Zanamivir)的天然小分子化舍物,并确定了它们的中草药来源.结论 该结果可促进从传统中药中提取、设计以及实验合成新的抗H7N9流感病毒药物.
-
治疗阿尔茨海默病的中药多靶药物计算机虚拟筛选
目的 用现代化学信息学手段和中药化学数据库寻找中药中治疗阿尔茨海默病的多靶药物.方法 采用Accelrys公司Discovery Studio分子模拟软件包(版本2.5.5),对蛋白质晶体结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中5个阿尔茨海默病相关靶酶的三维结构活性部位进行分析,通过配体对接(Ligandfit)模块进行分子对接.结果 分别以靶酶原配体的打分函数为闽值,筛选出中药化学数据库中6个具有多靶作用的化学成分.结论 该研究结果可为新型阿尔茨海默病治疗药物的研制提供参考.
-
基于中草药数据库的法尼酯受体抑制剂的计算机虚拟筛选
目的:用现代化学信息学手段和中草药化学数据库寻找中草药中法尼酯受体(FXR)的抑制剂.方法:采用Accelrys公司Cerius 2分子模拟软件包(版本4.10)对蛋白质晶体结构数据库PDB中FXR-fexaramine复合物(PDB代码:1OSH)三维结构活性部位进行分析,通过配体对接模块进行分子对接.结果:以原配体fexaramine的打分函数为阈值,筛选出中草药化学数据库中10个与FXR结合较好的的化学成分.结论:本研究结果可促进新型降脂药物的研制,并有助于揭示药物分子与FXR的作用机制.
-
基于计算机虚拟筛选技术寻找NDM-1抑制剂
β-内酰胺类抗生素的广泛使用,使得越来越多的细菌产生由β-内酰胺酶介导的耐药性,针对丝氨酸β-内酰胺酶,目前已有克拉维酸、舒巴坦等抑制剂与临床常用抗生素配伍使用,但尚无金属β-内酰胺酶的有效抑制剂,因此,寻找金属β-内酰胺酶尤其是目前受瞩目的新德里金属β-内酰胺酶-1[NDM-1(B1类)]的抑制剂是遏制“超级细菌”引起的感染迫切的要求.虚拟筛选作为发现新的先导化合物、寻找新药物的有力手段,大大缩小了人工进行配体活性筛选研究范围.我们通过计算机虚拟筛选技术,利用Discovery Studio 2.5和GOLD 3.0平台,基于NDM-1晶体结构(PDB:3Q6X),从一个含有2059个天然产物分子的化合物库里筛选得到6个可能具有金属β-内酰胺酶NDM-1(B1类)抑制活性的化合物结构.
