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2013-2014年漳州市手足口病的病原学特征及分子流行病学研究
目的 了解2013-2014年漳州市手足口病的病原构成及分子流行病学特征,为漳州市手足口病的防治工作提供科学依据.方法 采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)方法,检测2013-2014年漳州市哨点医院送检的1421份临床诊断手足口病疑似病例的标本,进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)的核酸检测;通过RT-PCR方法,扩增VP1区基因部分片段并测序,对非EV71及非Cox A16的肠道病毒进行分型鉴定;扩增完整VP1区基因片段并测序,构建系统进化树对EV71、Cox A16、Cox A6和Cox A10进行基因进化分析.结果 1063份标本肠道病毒通用型阳性,阳性率为74.81％,其中222份标本EV71阳性,340份Cox A16阳性,8份EV71+Cox A16阳性,493份非EV71及非Cox A16的肠道病毒阳性.随机抽取40份非EV71及非Cox A16的肠道病毒阳性标本经RT-PCR和测序进一步分型,共鉴定出38份非EV71及非Cox A16的肠道病毒,其中Cox A6型25份(65.79％,25/38),Cox A10型8份(21.05％,8/38),Cox A5型1份(2.63％,1/38),Cox A4型3份(7.89％,3/38)和Cox A9型1份(2.63％,1/38).VP1区完整基因的进化分析显示,漳州市的EV71均属C4基因亚型的CAa进化分支,Cox A16分属B1基因亚型的B1a和B1b两个分支;Cox A6和Cox A10均与原型株及国外地区分离株的亲缘关系远,与国内地区分离株的亲缘关系近.结论 2013-2014年漳州市非EV71及非Cox A16的肠道病毒在手足口病病原谱中占有重要位置;非EV71及非Cox A16的肠道病毒型别多样,Cox A6和Cox A10为其中的优势型别.漳州市的EV71、Cox A16、Cox A6和Cox A10标本在进化树上与国内地区相应分离株共进化共循环.
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肠道病毒A组山东地方株的基因型分布
为研究肠道病毒A组山东地方株的基因型及分子进化特征,本研究采集1998～2008年急性弛缓性麻痹(AFP)患者及2008年和2009年手足口病(HFMD)患者粪便标本,进行肠道病毒分离.来自HFMD病例的阳性病毒分离物进行肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CVA16)特异性逆转录-聚合酶链反应鉴定,随即选取部分阳性分离株进行VP1完整编码区核苷酸序列测定和分析.EV71和CVA16特异性引物阴性者以及来自AFP病例的阳性病毒分离物采用A组肠道病毒特异性引物进行VP1完整编码区核苷酸序列测定.所获得序列与其他A组各基因型代表株进行比较并构建系统发生树.共获得293株肠道病毒A组山东地方株,分别属于CVA4、CVA5、CVA10、CVA14、CVA16、EV71、EV76、EV90共8个基因型.各基因型内山东地方分离株跟原型株相比基因序列同源性较低,系统发生学分析显示肠道病毒A组山东地方株各血清型中与原型株亲缘关系较远,提示山东省存在不同基因特征的A组肠道病毒传播.
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山东省人类肠道致细胞病变孤儿病毒13型分离株的基因特征分析
目的 阐明山东省从急性弛缓性麻痹病例粪便标本中分离到人类肠道致细胞病变孤儿病毒13型(EntricCytopathic Human Orphanviruses Type13,ECHO13)的VP1基因特征.方法 通过逆转录.聚合酶链反应(ReverseTranscription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)扩增ECHO13 VP1基因序列,进行PCR产物序列测定和分析,将获得的基因序列与基因库中已有的39株ECHO13VP1基因序列进行同源性分析,并共同构建基因进化关系树.结果 6株ECHO13山东省分离株与之前从福建省分离的ECHO13存在明显的基因差异,高达20%,并构成了独立的进化分支B组;同时与其他国家分离到的ECHO13也存在明显的基因差异,在进化树上分属不同的分支,说明中国存在不同基因特征的ECHO13传播.结论 根据VP1基因的差异,ECHO13可被划分为A、B、C三个组.应加强对肠道病毒的监测和分子流行病学研究,防止国外ECHO13的输入.
