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基于分离培养的微生物源追踪方法的研究进展
微生物源追踪是从水体粪便污染研究开始发展起来,该文对基于分离培养的微生物源追踪部分方法 的原理、应用及进展进行了综述.随着研究技术的不断发展,微生物源追踪的研究范围也逐渐扩大,包括食物、空气等.众多的方法 中,基因型方法 在未来微生物源追踪研究中会有更广阔的应用前景.
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抗生素敏感性微生物源追踪方法建立
目的 建立抗生素敏感性微生物源追踪方法,以分析淮河流域某水库粪便污染来源.方法 采集水库周边已知来源粪便标本,分离指示菌,接种至含抗生素的培养基,筛选能区分不同来源指示菌的抗生素浓度,用YMP7.0软件进行判别分析检验效果.同时采集水样进行粪便污染来源追踪.结果 筛选的不同抗生素及其浓度能将已知来源指示菌正确归类率分别为93.05%(2分类)、85.75%(3分类)和78.53%(9分类).100株指示菌中有58株来自家畜,25株来自家禽,11株来自狗,4株来自人,2株来自野生动物.水样标本中主要的粪便污染来源为猪、牛、鸡,分别占水样分离指示菌总数的36%,17%和15%.结论 所筛选的抗生素浓度均能较好地区分指示菌的不同来源,该方法的建立可以为查找水体粪便污染来源以及水体治理提供参考与帮助.
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水库水非点源粪便污染微生物源追踪法鉴定
目的 应用细菌基因组重复序列PCR技术(rep-PCR)微生物源追踪方法对江苏省盱眙县桂五水库中粪便污染来源进行追踪.方法 分别采集不同季节水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌作为指示菌,建立已知污染源指示菌rep-PCR特征指纹库,用基因聚类分析软件计算平均正确归类率,进行判别分析和多元方差分析;同期采集水库水样,分离并确认指示菌,进行rep-PCR扩增,与已知污染源数据库进行对比,判断水样中指示菌污染来源.结果 将已知源数据库分为2,3,4,5和9类时,平均正确归类率分别为89.19%,77.58%,76.69%,75.25%和70.92%;已知源数据库可区分指示菌的不同来源.对534株水库水样指示菌微生物源追踪结果显示,人、鸡、鸭、鹅、狗、猪、牛、羊和野生动物各占26.49%,14.74%,7.77%,5.78%,3.98%,7.97%,10.96%,8.76%和8.57%.结论 桂五水库粪便污染来源种类繁多,其中人、鸡和牛为主要污染源;该方法为查找水体粪便污染来源及污染整改效果评估提供了新技术.
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应用rep-PCR微生物源方法追踪夏秋季桂五水库粪便污染来源
目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪.方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics 4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算各源种类的正确归类率.结果:10、5、3和2分类法平均正确归类率分别为68.13%、74.76%、 82.36%和86.03%.判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开.水样中主要粪便污染来源为人、鸡和牛.结论:建立的rep-PCR微生物源追踪方法能较好地区分水体中指示菌的不同来源,水体标本监测显示桂五水库粪便污染来源种类多,其中人、鸡和牛相对较多,提示应对桂五水库地区加强人、家禽和家畜动物粪便的无害化管理.
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微生物源追踪技术在不同污染水体中的应用评价
目的 建立南京秦淮河上游中山河和淮河流域桂五水库的微生物源追踪抗生素敏感性分析(antibiotic resistance analysis,ARA)数据库,追踪水体中的污染来源,探讨该方法在不同水体中追踪微生物污染源的应用价值.方法 采集目标水体周边自然村中人、家畜、家禽等的粪便标本及生活和工业污水排放口直接排放的污水,分离并确认指示菌,建立已知源微生物源追踪数据库.按计划采集未知源水样,分离指示菌并使用JMP7.0软件进行污染源追踪及效果评价.结果 秦淮河上游中山河水体污染源主要为工业及生活污水和狗的粪便污染.淮河流域桂五水库环境水污染源则主要为人和羊的粪便污染.结论 微生物源追踪方法不仅可以应用于原生态水体,而且可以应用于受生活、工业双重污染水体的微生物污染源追踪,均能取得较好的效果.
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应用不同微生物源追踪方法追踪水库中粪便污染来源
目的:用两种不同的微生物源追踪(Microbial source tracking,MST)方法对江苏省盱眙县桂五水库粪便污染来源进行追踪.方法:于春、夏、秋、冬4季分别采集水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌并作为指示菌,分别建立已知源指示菌细菌基因组重复序列PCR(repetitive Extragenic Palindromic-Polymerase chain reaction,rep-PCR)特征指纹库和已知源指示菌抗生素敏感性(Antibiotic Resistance Analysis,ARA)数据库,并分别用统计分析及试验设计软件(JMP7.0软件)和基因聚类分析软件(Bionumerics 4.0软件)计算平均正确归类率(Average Rate of Correct Classification,ARCC),以检验各自的宿主来源区分效果.同期采集水样,膜过滤法分离并确认指示菌,分别进行rep-PCR扩增和ARA试验,并分别与已知源指示菌rep-PCR特征指纹库和ARA数据库进行统计学比对,判断桂五水库中粪便污染来源.结果:将已知源指示菌rep-PCR特征指纹库和ARA数据库分别分为2、3、4、5和9类时,平均正确归类率分别为:89.19%、77.58%、76.69%、75.25%、70.92%和88.59%、84.98%、80.81%、79.58%、76.71%.两个已知源指示菌数据库均可较好地区分指示菌的不同来源.rep-PCR微生物源追踪和ARA微生物源追踪分别对534和547株水样指示菌进行了分析,判别分析结果分别显示人、鸡、鸭、鹅、狗、猪、牛、羊和野生动物各占26.49%、14.74%、7.77%、5.78%、3.98%、7.97%、10.96%、8.76%、8.57%和32.72%、8.78%、1.28%、2.01%、9.51%、12.98%、1.83%、28.34%、1.83%.结论:水体标本监测结果显示桂五水库粪便污染来源种类繁多,两种方法追踪结果不尽相同,rep-PCR法提示人、鸡和牛为主要污染源,ARA法结果显示人、羊和猪是主要的污染贡献者,这可能与两法所选指示菌不完全相同有关,也可能是方法本身的差异导致源追踪结果有差异.
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rep-PCR基因指纹图微生物源追踪方法建立的研究
[目的]建立重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,应用于淮河流域某水库的粪便污染来源追踪.[方法]采集已知来源的人和动物粪便标本以及水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics 4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算各源种类的正确归类率.[结果]2分类、4分类和10分类的正确归类率分别为:85.60%、79.20%和70.98%.判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开.水样中主要粪便污染来源为猪、鸡和人.[结论]建立的rep-PCR微生物源追踪方法能较好地区分水体中指示菌的不同来源,该方法的建立为查找水体中粪便污染来源以及水体治理提供了新技术.
