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基于分子标记和代谢组学技术的黄芪与红芪比较研究
黄芪和红芪虽然为不同属植物,但在中医理论中具有相似的功效,而且红芪曾经作为黄芪的法定药材使用.本文以多序岩黄芪和蒙古黄芪为研究对象,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列再进行双向测序,获得二者的ITS/ITS2片段并分析其位点信息的异同.黄芪和红芪的ITS碱基序列对齐长度为616,其中508个位点保持一致,占总ITS碱基长度的82.47％;有103个位点存在差异,占总ITS碱基长度的16.72％.基因型决定表现型,采用1H NMR代谢组学技术对黄芪和红芪进行化学分析,找出二者所含化学成分的异同.根据核磁图谱共指认出代谢产物34个,黄芪与红芪共有代谢产物为27个,氨基酸、糖类等初级代谢产物较为相似,黄酮类、皂苷类物质差异较大.本研究从分子和化学角度证明黄芪和红芪既具有相似性,又具有一定差异性,为阐明其具有相似功效的物质基础和资源利用奠定了基础.
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羌活药材 ITS/ITS2条形码鉴定及其稳定性与准确性研究
为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件与其混伪品进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ Tree).ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMMer)的注释方法获得.结果表明,羌活药材ITS序列长度为603～604 bp,ITS2序列长度均为228 bp,羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致.两种基原植物ITS/ITS2序列种内平均kimura 2-parameter (K2P)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离；NJ树结果显示羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分,表现出良好单系性.因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段.
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ITS/ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的应用
目的 评价ITS/ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的准确性与稳定性.方法 以多基原药材花椒为研究对象,采用改良的试剂盒法提取药材基因组DNA,PCR扩增ITS序列,利用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得ITS2序列.通过分析花椒药材及其同属混伪品的种内、种间变异,利用中药材DNA条形码鉴定系统和NJ系统聚类树对花椒药材进行鉴定分析.结果 花椒药材的ITS序列长度为618 ～620 bp,ITS2序列长度为224 bp,两种基原物种花椒和青椒的ITS/ITS2序列种内平均K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间K2P遗传距离;中药材DNA条形码鉴定系统和NJ树均可以准确区分花椒药材及其同属混伪品.结论 ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别花椒药材.
