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染色体微阵列分析技术对一例Phelan-McDermid综合征患儿的遗传性诊断研究
目的 探讨单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphisms array,SNP array)技术在染色体微缺失、微重复综合征诊断中的应用价值. 方法 应用SNP array对1例常规G显带染色体核型分析结果均未见异常的患儿及父母行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测. 结果 患儿及其父母的染色体核型分析均未发现异常.全基因组拷贝数检测结果提示:患儿染色体22q13.32-q13.33区域处存在缺失区域,片段大小为2.28Mb;患儿父母的CNVs检测结果均未发现异常. 结论 SNP array技术具有高分辨率和高准确性的优点,特别是对染色体微缺失、微重复综合征的检测具有重要临床意义.
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应用全基因组拷贝数变异方法探索参芪膜肾方治疗特发膜性肾病基因水平机制的研究
目的：探索特发膜性肾病患者全基因组拷贝数变异与参芪膜肾方疗效的关系。方法：选取80例经参芪膜肾方或经典的激素联合环磷酰胺方案治疗后完全缓解和无效的IMN病例,分为中药有效组(36例)、中药无效组(11例)、西药有效组(18例)和西药无效组(15例)。提取外周血基因组DNA并应用Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片检测全基因组基因拷贝数,应用CNVhac软件进行拷贝数变异( CNV)分析。结果：中药有效组与中药无效组在第5、第6及第8染色体上检测到的CNVs差异具有统计学意义(P<0.05)。其中位于6号染色体上的HLA族基因在中药有效组多数病例中表现为拷贝数扩增,而中药无效组的多数病例则表现为拷贝数缺失。西药有效组与西药无效组之间未检测到具有统计学差异的CNVs。结论：基因背景差异可能是导致参芪膜肾方取得不同疗效的基因水平机制,HLA的同族基因拷贝数变异影响参芪膜肾方疗效的发挥,前者有望成为该方治疗IMN的疗效预测因子,值得进一步深入研究。
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60例不明原因早期癫癎性脑病临床特点及全基因组拷贝数变异分析
目的：研究不明原因早期癫癎性脑病（EEEs）患儿临床特点，并进行全基因组拷贝数变异检测，寻找致病性微缺失/重复。方法收集2012年7月至2013年4月60例不明原因EEEs患儿临床资料进行分析，采集患儿及其父母样本，应用SNP array技术对患儿进行全基因组拷贝数变异检测，结合荧光原位杂交技术进行验证及父母来源分析，寻找可疑致病性拷贝数变异。结果60例不明原因EEEs患儿诊断婴儿痉挛症34例，大田原综合征3例，婴儿严重肌阵挛性癫癎3例，余20例分型不明确。77%患儿伴有中重度智力障碍。颅脑影像学检查提示35%患儿脑发育不良或脑萎缩。54例患儿中，17%有小头畸形。经治疗28例患儿癫癎控制，16例未控制，5例死亡，1例失访。全基因组拷贝数变异分析结果：5人发现7个致病性或可疑致病性拷贝数变异。结论不明原因EEEs临床表现多样，预后差。全基因组拷贝数变异分析可发现致病性或可疑致病性拷贝数变异，丰富癫癎脑病基因型数据库，促进对不明原因EEEs病因学的进一步认识，为患者家庭再生育的遗传咨询提供理论依据。
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SNP array在胎儿超声异常及孕妇不良生育史产前诊断中的应用研究
目的 应用单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测平台对超声发现的各系统畸形胎儿及孕妇不良生育史者进行产前诊断,探讨胎儿畸形及不良生育史与拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的病因学关系,及时干预并预防出生缺陷患儿的出生.方法收集2013年1月至2014年12月在湖南省妇幼保健院就诊的超声异常(室间隔缺损、房间隔缺损、法洛氏四联症、侧脑室增宽、胎儿宫内发育迟缓、颈部透明层增厚、鼻骨长度异常)及孕妇不良生育史胎儿的样本共314例(其中羊水样本189例、脐带血样本125例),排除G显带技术染色体水平可见的畸变后,进一步行SNP array分型检测,对检出的CNVs进行基因型与表型关系分析,查询相关文献后探讨其致病性.结果 SNP array检测发现28例样本存在阳性CNVs (8.91％,28/314),其中11例重复型CNVs,9例缺失型CNVs,4例杂合性丢失,4例缺失合并重复型CNVs.重复片段大小在0.47～16.7 Mb之间,缺失片段在0.16～13.3 Mb之间.结合相关数据库及文献比对,15例为已知的微缺失/微重复综合征或其累及范围与临床表型的拷贝数畸变,余13例为良性或临床意义未明的CNVs.结论 本研究中通过SNP array高通量平台,在常规G显带染色体检查未见异常的胎儿样本中发现4.78％(15/314)存在亚显微结构的致病性畸变,53％(8/15)为已知的综合征或其区域内的畸变,其余47％为非综合征区域内畸变.在产前诊断中,引入SNP array平台有利于发现更多未知的综合征型疾病,为遗传病诊断及咨询提供依据.
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一例孤独症患儿的全基因组拷贝数变异分析
目的 应用单核苷酸多态性微阵列技术对一例不明原因的孤独症患儿进行全基因组拷贝数变异分析.方法 对患儿及其父母进行拷贝数变异分析,用定量PCR进行验证,并分析缺失片段所包含的基因的功能与临床表型的关系.结果 微阵列检测发现患儿18号染色体长臂末端(18q22.3q23区)存在7.1 Mb的缺失(hg39:70 650 318-78 014 582),涉及FBXO15、ZNF407、ZADH2、TSHZ1、MBP、ADNP2等26个基因,其父母未见同样的异常.将患儿与文献报道的其他有孤独症表型的18q缺失的病例进行比较,提示ZNF407可能是引起孤独症表型的关键基因.结论 本例患儿的孤独症表型与18号染色体微缺失有关,该区域内的ZNF407可能是导致孤独症表型的关键基因.全基因组拷贝数变异分析对明确孤独症的遗传学病因具有重要的价值.
关键词： 孤独症 全基因组拷贝数变异 单核苷酸多态性微阵列 18号染色体微缺失 -
染色体微阵列分析技术对一例智力低下患儿的遗传诊断研究
目的 应用单核昔酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphisms array,SNP array),对1例不明原因智力低下的患儿进行全基因组拷贝数变异(genome-wide copy number variation,CNVs)筛查,并探讨SNP array技术在临床分子遗传学诊断中的应用价值.方法 对1例常规G显带染色体核型分析未见异常的智力低下患儿行CNVs检测.同时检测其父母.结果 患儿全基因组拷贝数检测结果提示:染色体15q25.3-26.2位置存在较大片段缺失,片段大小为7.3 Mb.患儿父母的G显带染色体核型分析及CNVs检测均未见异常.结论 该患儿不明原因智力低下、特殊面容与15号染色体微缺失关联性较大,SNP array技术具有高分辨率和高准确性的优点,同时可作为常规G显带核型分析的有益补充,应用于临床细胞遗传诊断中有重要意义.
关键词： 智力低下 全基因组拷贝数变异 单核苷酸多态性微阵列技术 核型分析
