首页 > 文献资料
-
目标基因捕获测序技术检测肺动脉高压致病基因突变的研究
目的:利用目标基因捕获测序技术,对9例肺动脉高压(PAH)患者进行4个已知致病基因突变筛查,探讨利用目标基因捕获测序技术对PAH进行基因诊断的可行性.方法:抽取PAH患者外周血,提取全基因组DNA,制备文库.设计骨形成蛋白2型受体(BMPR2)、激活素受体样激酶1(ACVR1)、细胞内皮糖蛋白(EnG),信号蛋白SMAD4基因(SMAD4)外显子区域特异性捕获探计,利用目标基因捕获技术,进行杂交,富集目标基因组区域的DNA片段,利用Illumina HiSeq 2000进行高通量测序,分析致病基因突变与PAH的相关性.结果:9例患者中,2例患者发现BMPR2基因突变,1例发现ACVRL1突变,BMPR2突变临床症状较重,ACVRL1突变发病年龄较小.结论:本研究利用目标基因捕获测序技术,在9例PAH患者中查出3个致病基因突变.该方法快速有效,可实现对PAH致病基因突变的初步筛查,对PAH的临床基因诊断具有重要价值.
-
利用目标基因测序技术发现马方综合征FBN1新突变
目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对马方综合征(Marfan syndrome,MFS)患者的原纤维蛋白-1(fibrillin-1,FBN1)基因进行突变筛查,探讨MFS与FBN1基因突变的关系.方法:提取5例MFS患者外周血全基因组DNA,利用GenCap目标基因捕获技术(北京迈基诺公司),设计FBN1的65个外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用illumina hiseq2000第二代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,用Sanger测序法对突变位点进行验证.结果:设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段.5例患者目标区域平均测序深度为173.85 ～ 280.73,97.10％ ～ 98.00％目标区域＞4×覆盖度.经过数据分析及Sanger测序验证,发现1个新的无义突变c.5968 C＞T(p.Gln1990X).结论:本研究所建立的GenCap目标基因捕获技术结合illumina hiseq2000第二代测序技术成功的发现了FBN1的新突变.该方法快速而有效,可以使我们对MFS分子病因学有更好的认识.
-
非综合征性遗传性耳聋的基因诊断进展
非综合征性耳聋是感官缺陷中常见的一类疾病.耳聋基因诊断正在经历从一代测序到各种高通量测序平台的技术变革 ,针对不同人群有相应的检测手段.基因诊断对于早期发现、早期预防、耳毒性药物应用及生育风险评估有重要指导意义.
-
先天性晶状体半脱位一家系FBN1基因突变研究及手术治疗
目的 对一个先天性晶状体半脱位家系进行FBN1基因突变筛查,总结该家系晶状体半脱位的治疗方法.设计 回顾性病例系列.研究对象 2014年5月就诊于北京同仁医院白内障中心一个先天性晶状体半脱位家系人员25例.方法提取该家系成员外周血全基因组DNA,利用目标基因捕获技术,收集目标基因组DNA,再利用HiSeq2000进行高通量测序,确定突变位点,用Sanger法验证测序结果.晶状体半脱位90°～180°者4例(8眼)行一期囊袋张力环IOL植入术(Phaco+ CTR+ IOL),二期晶状体囊袋复合体(IOL-CTR)单点巩膜缝合固定术.晶状体半脱位大于180°者1例(2眼)行晶状体玻璃体切除IOL植入,巩膜缝合固定术(PPL+ PPV+ IOL).2例(4眼)行晶状体囊内摘除术(ICCE),1例(1眼)行玻璃体切除术(PPV).主要指标 FBN1基因测序结果、术式、佳矫正视力(BCVA).结果该家系所有患者FBN1基因38号外显子mRNA第4588位碱基均出现C→T杂合性错义改变,导致患者均携带c.4588C＞ T(p.R1530C)突变体,而家系正常个体15人无此突变.行Phaco+ CTR+ IOL联合二期IOL-CTR术后BCVA 0.5～0.8.行PPL+ PPV+ IOL术后BCVA 0.3～0.5.结论 FBN1基因c.4588C＞ T(p.R1530C)突变体是导致该家系的致病原因.采用一期囊袋内张力环IOL植入及二期IOL-CTR单点巩膜缝合固定术矫正IOL偏位效果较好.
-
目标基因测序技术检测与下颌前突相关的BMP-Smad信号通路基因突变
目的:采用目标基因捕获联合二代测序技术探索BMP-Smad信号通路基因与下颌前突(mandibular prognathism)相关的变异.方法:从同济大学附属口腔医院收集176例下颌前突患者及155例正常对照,分别采集5 mL静脉血并提取基因组DNA.采用NimbleGen捕获富集系统对病例对照组的23个目标基因的编码区和侧翼区进行捕获富集,通过Illumina Hiseq 2000测序平台进行测序.通过比较变异位点基因型及等位基因分布频率的差异,探索与下颌前突相关的突变位点.结果:共发现7个与下颌前突相关的常见变异,分别位于5个基因上:chr4:81975103(BMP3)、rs7078571(BMPR1A)、chr2:148686946(ACVR2A)、rs1128919(ACVR2A)、rs2070489(ACVR2B)、chr18:48610378(SMAD4)、chr18:48610376(SMAD4).未发现罕见变异的分布差异有显著性.结论:通过目标基因测序的方法检测到了病例对照组中的常见变异和罕见变异,并发现了与下颌前突相关的可能致病基因BMP3、BMPR1A、ACVR2A、ACVR2B、Smad4.未检测到下颌前突的罕见致病位点.
关键词： 下颌前突 目标基因捕获 新一代测序 BMP-Smad信号通路 突变 -
高通量测序技术筛查单基因隐性遗传病
目的 探讨用高通量测序技术筛查新生儿单基因隐性遗传病,评估其用于孕前筛查或产前诊断的可行性.方法 用目标基因筛选和高通量测序分析法分别对非孕妇的血液基因组DNA和孕妇的血浆游离DNA样本进行400多种遗传病相关基因的全面筛查分析.结果 用高通量测序技术成功地在非孕妇的血液中检测出相关的致病基因,并在疑似地中海贫血患者的基因组中发现了导致地中海贫血症的致病突变基因HBB(chr11:5246595 C/G);成功地从孕妇血浆游离DNA检测出来自胎儿的遗传病相关致病基因突变,平均每个样本中有1～4个突变,基因型为杂合型.结论 高通量测序技术可用于隐性基因携带者的孕前筛查及产前诊断.
-
应用目标基因捕获结合二代测序技术检测无遗传性眼病家族史的遗传性视网膜疾病患者的致病基因
背景 遗传性视网膜疾病(HRDs)是以原发性视网膜病变为主要病理改变、视力和色觉等视敏度严重损害为主要临床表现的致盲眼病,其与遗传因素密切相关,是临床上难治性盲的首要原因. 目的 应用目标基因捕获结合二代测序技术检测HRDs的致病基因. 方法 选择2014年1月至2015年1月在宁夏眼科医院就诊的无遗传性眼病家族史的20例HRDs患者作为研究对象.收集所有患者及其家庭成员临床资料,完善眼科检查,抽取患者和家庭正常成员外周静脉血,提取DNA.针对232个HRDs已知致病基因的目标序列设计并定制目标序列捕获芯片,借助高通量二代测序技术检测患者的遗传变异,数据经分析滤过,候选突变进行Sanger测序验证和致病性评估,明确致病基因和突变,并对表型和基因型间的关系进行分析.结果 20例HRDs患者中有11例患者检测到致病性突变位点,共涉及9个基因,阳性率为55％.其中有8例患者检测到复合杂合突变,3例患者为纯合子突变,均为新发现的突变位点.通过对家系成员的基因筛查分析,6例HRDs患者为常染色体隐性遗传,5例遗传类型不确定.结合临床表型以及基因检测结果分析,11例HRDs患者的诊断分别为锥杆细胞营养不良5例,致病基因分别为ABCA4、RPE65、USH2A、RIMS1和RHO;Leber先天性黑曚3例,致病基因分别为CRB1(2例)和LCA5;先天性静止性夜盲l例,致病基因为PRPF3;Best卵黄样黄斑营养不良1例,致病基因为BEST1基因;Stargardt病1例,致病基因为ABCA4基因. 结论 目标基因捕获结合二代测序技术可以对视网膜疾病患者进行快速、有效的基因诊断,结合临床特征分析有助于提高隐性遗传及遗传方式不明的HRDs的临床诊断水平.
-
目标基因捕获结合第2代测序技术检测原发性高血压致病基因突变
目的 建立目标基因捕获结合第2代测序技术,对原发性高血压(EH)患者的13个已知致病基因进行突变筛查,探讨EH与致病基因突变的关系.方法 提取5例EH患者外周血全基因组DNA,利用GenCap目标基因捕获技术,设计内皮素转化酶1(ECE1)、G蛋白调节信号5(RGS5)、钠钾三磷腺苷酶通道β1多肽(ATP1β1)、选择素E(SELE)、血管紧张素原(AGT)、血管紧张素受体1(AGTR1)、α-内收蛋白(ADD1)、细胞色素P450 3A亚家族多肽5(CYP3A5)、一氧化氮合酶3(NOS3)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白β3(GNβ3)、一氧化氮合酶2A (NOS2A)、苯基乙醇胺N-甲基转移酶(PNMT)和前列腺素I2合成酶(PTGIS)基因外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用Illumina HiSeq 2000第2代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,对选定的突变位点用Sanger测序法验证.结果 设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段.目标区域平均测序深度为301.12～ 431.92,99.30％～ 99.70％目标区域覆盖度.5例患者中ADD1基因发现3个错义突变;AGT基因发现1个错义突变;SELE基因发现2个错义突变;PNMT基因发现1个剪切位点突变;PTGIS基因发现1个错义突变.结论 GenCap目标基因捕获技术结合Illumina HiSeq 2000第2代测序技术成功发现了EH患者的致病基因突变.该方法快速有效,对深入研究EH的分子病因学有重要意义.
-
利用目标基因捕获结合第二代测序技术发现腹主动脉瘤致病基因突变
目的 建立目标基因捕获结合第二代测序技术对腹主动脉瘤患者原纤维蛋白1(FBN1)基因进行突变筛查,探讨腹主动脉瘤与FBN1基因突变的关系.方法 提取4例腹主动脉瘤患者外周血全基因组DNA,利用GenCap目标基因捕获技术,设计FBN1的65个外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用Illumina HiSeq2000第二代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,用Sanger测序法对突变位点进行验证.结果 设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段.4例患者目标区域平均测序深度为448.15～536.61,99.5％ ～ 99.7％目标区域覆盖度.经过数据分析及Sanger测序验证发现1个新的错义突变c.2753 C＞G(p.Pro918 Arg),dbSNP137数据库、千人基因组及内部800名正常汉族人数据库均无此突变.经SIFT预测为有害突变.结论 本研究所建立的GenCap目标基因捕获技术结合Illumina HiSeq2000第二代测序技术成功地发现了FBN1的新突变.该方法快速而有效,对腹主动脉瘤分子病因学有更好的认识.
