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中国不同地区群体遗传结构差异及调整策略研究
目的 描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果.方法 通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4 500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘制主成分二维图,并与样本地区来源相比较,分析我国不同地区样本的遗传结构特征.以CKB队列数据为基础,生成存在遗传结构差异、亲缘关系等队列样本特征的模拟数据集,探索并评价不同分析策略对膨胀因子(λ)的控制效果.结果 我国不同地区人群存在显著的群体遗传结构差异,人群遗传结构主成分分布与项目地区的地理分布基本一致,第一主成分对应不同地区的纬度,第二主成分对应不同地区的经度.生成的模拟数据集,直接进行关联分析假阳性率较高(λ=1.16),即使调整遗传结构主成分或根据地区进行亚组分析仍无法有效控制λ(λ＞ 1.05);使用混合线性模型引入亲属关系矩阵作为随机效应量后,无论是否进一步调整遗传结构主成分,λ均得到有效控制(λ=0.99).结论 我国不同地区人群遗传结构存在较大差异,在分子流行病学研究中需要谨慎处理群体遗传结构造成的研究偏倚;针对大队列数据遗传结构复杂、亲缘关系广泛等特征,需要使用混合线性模型进行关联分析.
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明党参与川明参群体遗传结构及分子鉴定的ISSR分析
目的:明党参和川明参群体遗传遗传多样性、遗传结构及分子鉴定的研究.方法: 对7个不同野生群体的明党参和1个栽培群体的川明参进行ISSR分析.利用POPGENE分析软件分析了群体的遗传多样性和遗传结构.结果: 共检测了152个位点,总的多态性位点百分率P为90.8 %,群体遗传分化值Gst为57.5 %,明党参群体水平的遗传多样性(A=1.272;P=27.26%;I=0.132;H=0.087)高于川明参群体(A=1.217;P=21.7 %;I=0.103;H=0.067).结论: 明党参的遗传多样性较高,遗传变异主要存在于不同群体间.川明参的遗传多样性低于明党参.聚类分析结果表明,川明参与明党参在DNA水平出现了相当的遗传分化.并通过ISSR分析筛选出了川明参一个特有的分子标记.对明党参和川明参的系统发育关系也进行了探讨.
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大肠杆菌遗传多样性与人体健康
大肠杆菌是一个多样性的细菌物种，包括了非致病性的大肠杆菌和多种致病型。其多样化的表型是由其基因组的多样性决定，而基因多样性取决于大肠杆菌复杂的群体遗传结构。然而，大肠杆菌目前被认为与多种疾病的发生有关，其多样性与人体健康息息相关。本文对大肠杆菌的多样性进行了介绍，包括其表型多样性及庞杂的群体遗传结构，探讨这种多样性和人体健康之间的关系。
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微卫星锚定PCR技术研究云南微小按蚊群体遗传结构
目的 研究云南不同地理来源微小按蚊的群体遗传结构,探讨不同群体间的遗传结构和分化现象.方法 在云南省东、西、南、北及中部各选择1～2个自然村,用紫外诱蚊灯于每晚17时至次日7时诱蚊,收集雌成蚊以氯仿麻醉,经形态学鉴别为微小按蚊的样本取单蚊蚊腿,再经复合PCR方法鉴别微小按蚊A或C.采用微卫星锚定PCR技术(SSR-PCR)扩增微小按蚊单蚊基因组DNA,用BIOSIS,RAPDFST,RAPDDIST及PHILIP等软件统计分析基因位点多态性、固定指数FST及θ、种群间的迁移率(Nm)以及遗传距离、聚类分析构建系统树.结果 以多态位点比例衡量各种群的遗传多态性,云南不同地区微小按蚊均共享较高多态性,其中元江(C)的变异程度较低,为43.3%,潞西(A)的变异程度较高,为78.6%.FST和θ结果提示,微小按蚊的遗传变异主要存在于种群内部.微小按蚊A与C分别或两者合并分析,Nm均大于1.系统树主要分为两支,元阳(C)、大关(C)和勐腊(C)聚为一支;另一支分为元江(C)与潞西(A),新平(A)和临沧(C),以及勐腊(A)共3层.结论 各群体问遗传距离部分与亲缘种分类有关,未发现与地理距离相关.
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基于线粒体DNA的我国中华白蛉群体遗传分化研究
目的 阐明我国中华白蛉群体的遗传差异,探讨四川白蛉的分类地位.方法 在我国陕西、河南、甘肃和四川等地采集白蛉,依据形态和分子特征鉴别种类,扩增其线粒体DNA细胞色素b(mitochondrial DNA cytochrome b,mtDNA-Cytb)基因片段,测定和分析序列.结果 共获得42个单倍型,形成2个独立的家系,存在明显的地理聚集性,分别是来自陕西和河南的各单倍型家系,以及四川和甘肃的单倍型家系,均呈平行演化,四川白蛉与中华白蛉的单倍型未完全区分.分子变异等级分析(analysis of molecular variance,AMOVA)计算结果显示变异主要存在于种内群体间(89.25％),其次是群体内个体间(20.41％),种间的变异部分为负值,FST值为0.808,各群体间具有相当水平的遗传分化.各群体间的地理距离与基因流的相关性Mantel检验,显示两者呈负相关性(R2=0.888),群体遗传结构符合距离隔离模型.结论 我国中华白蛉群体间遗传差异大小与地理距离存在密切相关性,综合分析显示中华白蛉与四川白蛉在形态和分子水平已出现遗传分化,支持其为独立种.
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贵州小型香猪群体遗传结构的RAPD分析
目的分析贵州小型香猪的群体遗传结构.方法用经过筛选的31条引物对贵州小型香猪个体基因组DNA进行RAPD扩增.结果经RAPD反应,共扩增出271条带,其中多态性带79条,多态性带频率在0～71%之间,平均为26.6%.不同个体猪拥有的RAPD条带具有差异,但拥有相同条带的个体猪比率较高.该群体猪的相似系数(F)为0.933(0.830～0.980),平均等位基因频率()为0.742,低平均杂合率()为0.258.结论贵州小型香猪个体间具有较好的遗传一致性和遗传稳定性,其群体分化程度处在一个较低的水平.
