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基因芯片技术在辅助生殖领域的发展和应用
通过基因芯片,可获得生殖细胞、胚胎等差异表达基因片段,对其克隆测序,可用于深入研究生殖细胞、胚胎发育或疾病发生的机制,在辅助生殖中可为检测有发育潜能的生殖细胞、胚胎提供新的标志,从而筛选高质量有发育潜能的生殖细胞、胚胎,用于IVF-ET.
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精子顶体小泡蛋白-1(ACRV1)在小鼠睾丸组织中的表达与定位
目的:研究精子顶体小泡蛋白-1(ACRV 1)在小鼠睾丸组织发育过程中的表达特征.方法:将4 d、9 d、18 d、35 d、54 d和6月龄小鼠睾丸组织cDNA探针与Affymetrix全基因组芯片进行杂交,筛选出差异表达的ACRVI基因.采用RT-PCR方法检测ACRVI基因在小鼠不同日龄和不同组织中的表达情况,采用免疫组织化学方法检测ACRVI蛋白在小鼠睾丸组织中的定位.结果:对Affymetrix全基因组芯片杂交结果分析后,筛选得到1个差异表达杂交点,通过在NCBI网站与小鼠全基因组序列Blast分析可知该差异表达基因是ACRVI基因.RT-PCR结果表明ACRVI mRNA呈小鼠睾丸特异性表达,在出生31d小鼠睾丸开始高表达,在成年前达到高峰.ACRVI蛋白主要定位在睾丸圆形精子和长形精子细胞.结论:ACRVI基因存在发育的表达调控,为小鼠年龄依赖性表达基因,其表达与小鼠精子发生的过程有很强的一致性,且具有睾丸特异性表达的特征,因此推测该基因可能在精子发生中具有关健作用.
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新基因TSBAG的生物信息学分析及其在小鼠睾丸组织中的表达
目的:筛选与精子发生相关的睾丸特异性新基因,并探讨其在精子发生过程中所起的作用.方法:将不同发育阶段的小鼠睾丸组织cDNA探针与Affymetrix全基因组芯片进行杂交,通过杂交信号的比较,筛选出差异表达的基因.用生物信息学软件对该基因进行生物信息学分析.RT-PCR分析该基因在小鼠不同发育阶段睾丸、小鼠不同组织中的表达.结果:通过4日龄、9日龄、18日龄、35日龄、54日龄和6月龄小鼠睾丸的芯片信号比较筛选出一个差异表达功能未知的新基因(GenBank登录号:BC049770),全长891 bp,含有702 bp的完整ORF,编码一个233个氨基酸、相对分子量为26.938 kD的蛋白质,我们将其命名为TSBAG(testis-specific BAG-like protein).亚细胞定位预测显示,TSBAG基因可能在细胞核中表达.EBI功能域预测发现,在蛋白质序列8-62处有一个BAG功能域.RT-PCR分析表明,TSBAG基因特异性表达于小鼠睾丸组织中且具有时序性表达.TSBAG蛋白在人的同源基因GenBank登录号为AY349359,在233个氨基酸区域内有83%的同源性.结论:TSBAG基因在小鼠睾丸组织中特异性表达,且与小鼠精子发生过程一致.
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基因芯片技术在卵巢生理及病理研究中的应用
生物芯片技术是随着人类基因组计划(HGP)的发展而发展起来的.生物芯片包括基因芯片、蛋白芯片、细胞芯片和组织芯片等,而基因芯片(gene chip)是生物芯片中应用广泛的一种.1991年,Affymetrix公司运用半导体照相平板技术,在1 cm2左右的玻璃片上原位合成寡核苷酸片段,诞生了世界上首张寡核苷酸基因芯片,并且很快就开始了应用方面的探索性研究.
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人参和其他中草药的遗传学鉴定
The main objective of this paper is to review the chemical and genetic methods used in authentication of ginseng, especially the recent advances in microsatellite genotyping and its application to the authentication of other traditional Chinese medicines (TCM). The standardization and modernization of TCM hinge on the authentication of their botanical identities. Analysis of well-characterized marker compounds is now the most popular method for identifying the herbal materials and quality control of TCM, eg, ginsenoside profiling for authentication of Panax species. However, in many herbal species the chemical composition of the plant changes with the external environment and processing conditions, which lowers the reliability of these authentication methods. In the light of the advances in molecular biotechnology in the past few decades, genetic tools are now considered to provide more standardized and reliable methods for authentication of herbal materials at the DNA level. These genetic tools include random amplified polymorphic DNA (RAPD), DNA fingerprinting using multi-loci probes, restriction fragment length polymorphism (RFLP), amplified fragment length polymorphism (AFLP), and microsatellite marker technology. The practicality of these methods varies in terms of their sensitivity, reliability, reproducibility, and running cost. Using ginseng as an example, we reviewed the advantages and limitations of these molecular techniques in TCM authentication. We have developed a set of microsatellite markers from American ginseng that are able to differentiate Panax ginseng and Panax quinquetolius with the resolution down to farm level, ie, confirmation of its botanical identity and origin. Compared with other molecular techniques, microsatellite marker technology is more robust, accurate, reproducible, reliable, and sensitive. This is essential for large-scale TCM authentication centers.
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长链非编码RNA在桥本甲状腺炎合并甲状腺乳头状癌中的表达研究
目的 探讨及分析长链非编码RNAs(lncRNAs)在PTC合并桥本甲状腺炎(hashimoto's thyroiditis,HT)及不合并HT组织中的表达差异.方法 选取55例甲状腺手术组织标本,利用高通量lncRNA基因芯片检测PTC合并HT(A组)及不合并HT(B组)之间lncRNAs的表达谱差异,并通过QRT-PCR进行验证.结果 芯片共筛选出1 031条差异表达的IncRNAs和1388条mRNA;GO分析显示了免疫系统进程、免疫反应等生物学过程发生了明显变化;QRT-PCR验证发现uc002stn.1、ENST00000452578及uc002sti.1这3个lncRNAs在A组和B组中表达存在明显差异.结论 PTC合并HT与不合并HT中存在明显的IncRNAs差异表达,且这些lncRNAs及某些生物学过程可能在HT恶变过程中发挥重要作用.
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应用基因芯片技术初步探讨散发性甲状旁腺腺瘤基因表达谱
目的 应用基因芯片技术研究散发性甲状旁腺腺瘤基因表达谱的改变,为进一步阐明其早期诊断和发病机理奠定基础.方法 抽提正常甲状旁腺和甲状旁腺腺瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析正常甲状旁腺和甲状旁腺腺瘤组织基因表达谱的差异情况.结果 腺瘤组与正常组的ratio值相比,如以2倍为界,有2 302条基因表达发生明显变化,其中1 012条基因表达水平明显上调,1 290条明显下调.以5倍为界,有10条基因上调,27条下调.基因的功能涉及运输、细胞黏附、信号转导、转录和离子结合等.结论 高通量基因芯片技术筛选出大量的散发性甲状旁腺腺瘤相关基因,对这些基因功能的研究可能有助阐明其早期诊断及发病机理.
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生物学因素在确定乳腺癌辅助治疗策略中的地位(摘要)
乳腺癌除了通常的预后因素如肿瘤的大小,淋巴结的转移情况,组织学分级和激素受体表达情况外,一些新的生物学因素如Her-2,u-PAI1和2的应用,可以更好的确定治疗策略,而另一些生物学因素如基因芯片和循环中的肿瘤细胞等的作用正在评价中.
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移植肾急性排斥反应相关免疫基因芯片的应用
目的：通过基因芯片技术研究与急性排斥反应（AR）相关的差异表达基因，为提高肾移植术后AR的早期诊断水平及肾移植的疗效提供实验依据。方法以手术当日和移植肾穿刺活检当日收集的外周血作为对照血样和实验血样，提取总RNA，反转录合成cDNA，芯片杂交，筛选差异表达基因。结果发现了外周血淋巴细胞中与AR可能相关的免疫基因，其中外周血淋巴细胞免疫相关基因差异表达上调20个基因，下调11个基因。结论外周血淋巴细胞中存在与AR可能相关的免疫基因，筛选出AR时表达量出现差异的基因。
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昆明地区女性HPV基因分型情况分析
人乳头瘤病毒(HPV)是常见的传播性病原体,主要通过直接或间接接触污染物品或性传播方式感染人类.现在研究表明,HPV是引起宫颈癌及其癌前病变的主要因素,99.7％的宫颈癌患者都可以检测到HPV DNA[1,2].HPV检测作为宫颈癌筛查的一种手段越来越受到医务人员的重视.为了解昆明地区妇女HPV感染及基因型分布情况,为宫颈癌早期防治提供理论依据,现对25522例标本的检测结果进行分析,具体报告如下.
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基因芯片在甲状腺肿瘤中的应用
甲状腺肿瘤是头颈部常见的肿瘤,据估计约有5%～10%的人在一生中发生有临床意义的甲状腺结节[1],其中甲状腺癌发生率约为1%[2].甲状腺癌好发于年青女性,是一组具有变化不定的生物学潜力的病变,不同的组织类型具有迥然不同的生物学行为和临床表现,相同的组织类型中仍可以有不同的生物学行为及临床表现.
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昆明地区女性宫颈HPV感染亚型分布情况分析
宫颈癌是妇科第三大致死性肿瘤,2012年,全球大概有527 600新发病例,大约有265 700人因此死亡[1].人乳头瘤病毒(HPV)是宫颈癌的主要致病因素,95％以上的宫颈癌组织中含有高危HPV基因[2].目前为止,已发现200种以上HPV亚型,其中大约有60种感染人类生殖道,根据它们致癌能力不同,分为低危或高危HPV亚型[3].不同型别HPV分布存在地域性差异,不同型别的HPV致癌机制、致病能力也不尽相同[4].明确一个地区HPV流行的主要型别,可以根据感染型别预测病变进展,评估患者预后,指导临床制定合理的治疗方案,帮助医生做到早诊早治,还可以为科研人员研制有针对性的基因疫苗提供可靠依据.
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检测禽流感病毒H5、H7和H9亚型的正向基因芯片的制备
通过分析比较禽流感病毒H5、H7和H9亚型不同毒株的基因组序列,设计出H5、H7和H9亚型特异性引物与探针,将扩增产物点制在芯片上,分别用H5、H7和H9亚型特异性探针与芯片杂交,研制出用于禽流感病毒H5、H7和H9亚型检测的正向杂交基因芯片,同时对正向基因芯片进行特异性、敏感性试验,并用该方法对待检样品进行了检测.结果表明,禽流感病毒正向基因芯片与新城疫病毒、传支病毒等6种禽类常见病毒无反应,其敏感性高于常规PCR方法.
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纳米技术在重大动物疫病诊断研究中的应用
纳米技术在医学中的应用时问不长,但由于纳米材料理化性质的奇特性,它在医学中应用的潜力非常大,将在动物疫病研究方法上产生新的突破.本文以动物疫病与纳米技术相结合的角度为出发点,着重介绍了纳米技术在危害重大的动物疫病研究中的应用,包括纳米传感器、纳米标记物、微流控技术、基因芯片、量子点等技术的介绍和阐述.提出纳米技术应用到重大动物疫病研究中会碰到的问题,并对我国动物疫病防治进行了展望.
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基因芯片图像去噪方法研究进展
随着生命科学进入"后基因组时代",基因组研究的重心也逐渐转向了基因功能的研究.基因芯片又称DNA微阵列(DNA microarray),是指按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的很多核酸分子所组成的微点阵阵列.它的工作原理与经典的核酸分子杂交方法是一致的,在一定条件下,根据碱基互补原理,载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片断杂交,如果把样品中的核酸片断进行标记,就可以通过专用的芯片扫描仪检测到杂交信号谱图,通过分析图谱,提取每个杂交点区域的信号强度或比率,结合数据库中的芯片描述确定分析结果[1～5].
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十二种食源性致病菌可见光基因芯片检测方法的建立
[目的]利用可见光基因芯片技术,针对12种常见食源性致病菌,建立快速、准确、高通量的诊断方法.[方法]设计靶细菌16s rDNA和23s rDNA的通用引物,反向引物5'端标记生物素;特异寡核苷酸探针设计在两对引物之间的可变区,5'端标记氨基基团.将探针点样于固相载体制备基因芯片,优化PCR反应体系后,PCR产物与芯片点制探针区域进行杂交,然后通过化学显色直接观察结果,并评价反应体系的特异性、灵敏度、重复性等指标.收集临床样本28例,同时制备双盲模拟污染样本10例,对检测方法进一步评价.[结果]:本试验所建立的基因芯片方法可同时检测志贺菌、耶尔森氏菌、沙门菌、腊样芽孢杆菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、单增李氏菌、布鲁氏菌、变形杆菌、肠出血性大肠杆菌O157:H7等12种食源性致病菌,特异性高,操作简便;针对纯培养食源性致病菌反应体系的灵敏度为103 cfu/mL,模拟样本的灵敏度为104 cfu/mL;重复性好;采用可见光基因芯片方法检测28例临床样本,26例与常规培养方法结果完全一致,符合率达到92.9%;双盲模拟样本的检测符合率达到100%.
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基因芯片在犬病病原体检测中的应用
为了实现犬病的快速诊断,本研究利用高通量的基因芯片技术,建立了犬传染性肝炎、犬瘟热和犬细小病毒病基因芯片快速检测方法,同时提取DNA和RNA病毒核酸,再用多重不对称PCR扩增目的片段,与芯片上探针特异结合,实现了3种犬病同时检测,CDV、CAV的检测灵敏度达10^2copies,CPV的检测灵敏度达10^3copies。
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五种马病毒基因芯片检测方法的建立
[目的]既保护我国畜牧业的安全,又在检验检疫口岸实现马匹的快速通关,探索建立马病毒基因芯片检测方法.[方法]采用人工拼接的方式拼接了非洲马瘟病毒核酸序列、通过分子克隆技术获得西尼罗热、马冠状病毒、马鼻肺炎病毒和马动脉炎病毒的特异基因片段,设计合成五种马病病毒高度保守的特异性核酸序列作为检测探针点制于芯片上,再用多重不对称PCR以拼接、克隆的核酸序列为模板扩增目的片段,与芯片上探针特异结合.[结果]建立了五种病毒的基因芯片快速检测方法,实现了五种马病同时检测.[结论]本研究建立的芯片快速高通量基因芯片检测方法可应用于大规模出入境马属动物的快速筛查.
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白细胞介素-24抑制K562细胞生长的机制
目的 探讨自细胞介素-24(又称黑色素瘤分化相关基因-7,IL-24/mda-7)对白血病细胞系K562的周期阻滞作用机制.方法 利用基因芯片技术初步分析转染IL-24/mda-7与转染空载体的K562细胞之间基因表达差异,并以实时定量PCR验证;以Western blotting方法检测pRb的磷酸化水平.结果 转染IL-24/mda-7可使K562细胞的细胞周期相关基因p21~(WAF-1)、BCCIP上调,cdk6、Smurf2下调,定量PCR证实了上述表达变化;IL-24/mda-7转染还可明显降低K562细胞pRb磷酸化水平.结论 IL-24/mda-7可能通过调节细胞周期相关蛋白,即上调p21~(WAF-1)、BCCIP,下调cdk6、Smurf2,使K562阻滞于G_0/G_1期,从而抑制细胞生长.
关键词： IL-24/mda-7 白血病 细胞周期 基因芯片 基因治疗 -
基因芯片对白血病和淋巴瘤的分类和研究
白血病和淋巴瘤的分类和分型一直是诊断和治疗的关键问题，2000年WHO发表了血液和淋巴组织肿瘤性疾病的新分类，进一步明确分类不能单纯依赖形态学和一些免疫表型，基因变异是其重要的甚至关键性的特征。白血病……
